MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Streptococcus pneumoniae D39 chromosome

Total Repeats: 342

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_008533	GAAAA	2	10	2702	2711	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
2	NC_008533	TGAAA	2	10	2974	2983	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
3	NC_008533	TCGTG	2	10	16225	16234	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
4	NC_008533	GTTAA	2	10	16946	16955	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
5	NC_008533	GGGAG	2	10	17464	17473	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
6	NC_008533	AGGGA	2	10	19675	19684	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
7	NC_008533	CTTTT	2	10	24011	24020	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
8	NC_008533	AGAGG	2	10	44058	44067	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
9	NC_008533	TTTAT	2	10	64522	64531	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_008533	ATTCA	2	10	70443	70452	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
11	NC_008533	TATCA	2	10	76210	76219	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
12	NC_008533	GAAAG	2	10	78066	78075	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
13	NC_008533	ATAAA	2	10	87609	87618	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_008533	TAACC	2	10	87707	87716	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
15	NC_008533	GGCTT	2	10	103719	103728	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
16	NC_008533	ATGAA	2	10	105110	105119	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
17	NC_008533	TTATT	2	10	120831	120840	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_008533	GCTTT	2	10	121005	121014	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
19	NC_008533	TAAAA	2	10	126865	126874	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_008533	TTCTA	2	10	127841	127850	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
21	NC_008533	ATTAA	2	10	130220	130229	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_008533	GTTTG	2	10	137010	137019	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
23	NC_008533	ACATG	2	10	137155	137164	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
24	NC_008533	GAAAA	2	10	137747	137756	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
25	NC_008533	TTTTC	2	10	150418	150427	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
26	NC_008533	TGAAA	2	10	165213	165222	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
27	NC_008533	ATTTC	2	10	166739	166748	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
28	NC_008533	CCCTG	2	10	173988	173997	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
29	NC_008533	ATGAT	2	10	189362	189371	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
30	NC_008533	AAGGA	2	10	201605	201614	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
31	NC_008533	GTTCA	2	10	203239	203248	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
32	NC_008533	ATCGA	2	10	207794	207803	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
33	NC_008533	GAGAT	2	10	211258	211267	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
34	NC_008533	ATTCC	2	10	211276	211285	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
35	NC_008533	TGGTG	2	10	211532	211541	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
36	NC_008533	TCTGT	2	10	211952	211961	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
37	NC_008533	TGGAT	2	10	211962	211971	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
38	NC_008533	TTTTA	2	10	212419	212428	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_008533	ATTCT	2	10	217190	217199	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
40	NC_008533	CTATC	2	10	218412	218421	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
41	NC_008533	CTTTT	2	10	231373	231382	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
42	NC_008533	CTTAA	2	10	233730	233739	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
43	NC_008533	AAGCC	2	10	247303	247312	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
44	NC_008533	AATAG	2	10	248849	248858	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
45	NC_008533	TGATA	2	10	258071	258080	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
46	NC_008533	TTTAT	2	10	276326	276335	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_008533	ATTTT	2	10	281197	281206	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_008533	TAAAG	2	10	281289	281298	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
49	NC_008533	CTTTT	2	10	284972	284981	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
50	NC_008533	AGAAC	2	10	289240	289249	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
51	NC_008533	AAATA	2	10	299997	300006	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_008533	ATATA	2	10	305638	305647	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_008533	TATAT	2	10	313519	313528	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_008533	ATAAA	2	10	347227	347236	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
55	NC_008533	TTAAA	2	10	358601	358610	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
56	NC_008533	TTTTA	2	10	371209	371218	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_008533	TAAAA	2	10	383270	383279	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_008533	GACTG	2	10	408651	408660	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
59	NC_008533	TGATT	2	10	410572	410581	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
60	NC_008533	CTGAC	2	10	416200	416209	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
61	NC_008533	TCCAG	2	10	416225	416234	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
62	NC_008533	ATATA	2	10	417174	417183	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
63	NC_008533	AAATA	2	10	419508	419517	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_008533	AGAAA	2	10	419529	419538	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
65	NC_008533	TTTAT	2	10	425838	425847	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
66	NC_008533	ATTTA	2	10	425952	425961	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
67	NC_008533	AAGAG	2	10	437650	437659	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
68	NC_008533	CAGGG	2	10	440984	440993	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
69	NC_008533	TGAAA	2	10	446317	446326	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
70	NC_008533	ATACT	2	10	446492	446501	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
71	NC_008533	CTATT	2	10	448387	448396	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
72	NC_008533	AATAA	2	10	453683	453692	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_008533	CTTTT	2	10	454951	454960	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
74	NC_008533	TAAAA	2	10	454964	454973	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
75	NC_008533	TGTTT	2	10	457836	457845	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
76	NC_008533	CTTTC	2	10	463898	463907	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
77	NC_008533	ATAAA	2	10	466278	466287	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_008533	AGCGA	2	10	469414	469423	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
79	NC_008533	ATTCA	2	10	473571	473580	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
80	NC_008533	TACTG	2	10	474344	474353	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
81	NC_008533	ATATA	2	10	474361	474370	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_008533	TTCTT	2	10	476925	476934	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
83	NC_008533	GATAA	2	10	479599	479608	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
84	NC_008533	AGGAT	2	10	480787	480796	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
85	NC_008533	GTTTG	2	10	481821	481830	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
86	NC_008533	AAAAG	2	10	482188	482197	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
87	NC_008533	TATAA	2	10	494284	494293	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_008533	TTTTA	2	10	497008	497017	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
89	NC_008533	CTTTT	2	10	497099	497108	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
90	NC_008533	TTTTA	2	10	497180	497189	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
91	NC_008533	ATTTT	2	10	505335	505344	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
92	NC_008533	TAATT	2	10	506101	506110	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
93	NC_008533	GATTG	2	10	507230	507239	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
94	NC_008533	AGATG	2	10	508032	508041	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
95	NC_008533	ATAAA	2	10	508227	508236	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
96	NC_008533	TTTTA	2	10	508379	508388	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
97	NC_008533	TTTAT	2	10	512620	512629	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
98	NC_008533	AGGAA	2	10	514699	514708	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
99	NC_008533	ATAAA	2	10	522735	522744	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_008533	ATATA	2	10	534701	534710	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
101	NC_008533	TAGTA	2	10	537931	537940	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
102	NC_008533	CATTT	2	10	539384	539393	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
103	NC_008533	TAAAA	2	10	547767	547776	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
104	NC_008533	ATATA	2	10	579633	579642	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_008533	ATTTC	2	10	586590	586599	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
106	NC_008533	AAAAG	2	10	616133	616142	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
107	NC_008533	GAAAA	2	10	617172	617181	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
108	NC_008533	GTTAT	2	10	617211	617220	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
109	NC_008533	AGGTT	2	10	627084	627093	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
110	NC_008533	ATTGG	2	10	629895	629904	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
111	NC_008533	TTTGA	2	10	631303	631312	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
112	NC_008533	GATAA	2	10	631370	631379	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
113	NC_008533	CGTAG	2	10	637574	637583	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
114	NC_008533	TAGTA	2	10	660611	660620	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
115	NC_008533	ACGAA	2	10	662091	662100	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
116	NC_008533	AGGGG	2	10	663542	663551	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
117	NC_008533	CCCTG	2	10	663628	663637	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
118	NC_008533	ATGGA	2	10	685166	685175	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
119	NC_008533	TTATT	2	10	687461	687470	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
120	NC_008533	ATAAA	2	10	695063	695072	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
121	NC_008533	GGAAA	2	10	703984	703993	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
122	NC_008533	TAAAA	2	10	714722	714731	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
123	NC_008533	TAAAA	2	10	727610	727619	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
124	NC_008533	ATTTT	2	10	729871	729880	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
125	NC_008533	CAAGA	2	10	735817	735826	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
126	NC_008533	CAAAT	2	10	737946	737955	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
127	NC_008533	AAAAT	2	10	737991	738000	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
128	NC_008533	TCTGA	2	10	741519	741528	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
129	NC_008533	CTGAA	2	10	743717	743726	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
130	NC_008533	ATAAA	2	10	743891	743900	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
131	NC_008533	TTTGA	2	10	743919	743928	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
132	NC_008533	AAATA	2	10	751590	751599	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
133	NC_008533	TATTT	2	10	767149	767158	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
134	NC_008533	AAGCT	2	10	768553	768562	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
135	NC_008533	CGTTT	2	10	768703	768712	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
136	NC_008533	TTTTG	2	10	793815	793824	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
137	NC_008533	AAATT	2	10	793909	793918	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
138	NC_008533	TATAT	2	10	803352	803361	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
139	NC_008533	ATCTA	2	10	809900	809909	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
140	NC_008533	AAGGG	2	10	819617	819626	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
141	NC_008533	AAATC	2	10	820877	820886	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
142	NC_008533	AGGTT	2	10	820956	820965	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
143	NC_008533	CATTT	2	10	821113	821122	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
144	NC_008533	AGAAC	2	10	825653	825662	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
145	NC_008533	ATATA	2	10	828584	828593	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
146	NC_008533	CTTTT	2	10	833986	833995	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
147	NC_008533	TAATA	2	10	834998	835007	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
148	NC_008533	ATAGA	2	10	843757	843766	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
149	NC_008533	TAAAA	2	10	848949	848958	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
150	NC_008533	CTTTT	2	10	855555	855564	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
151	NC_008533	CATCT	2	10	855924	855933	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
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154	NC_008533	TCTTT	2	10	864666	864675	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
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166	NC_008533	AAATT	2	10	932300	932309	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
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172	NC_008533	TCTAA	2	10	962323	962332	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
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184	NC_008533	TAATA	2	10	1037439	1037448	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
185	NC_008533	TAGTT	2	10	1043557	1043566	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
186	NC_008533	ATATA	2	10	1043707	1043716	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
187	NC_008533	TAAAA	2	10	1043793	1043802	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
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192	NC_008533	TAAAA	2	10	1060850	1060859	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
193	NC_008533	AAGTA	2	10	1061153	1061162	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
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198	NC_008533	TGTTT	2	10	1084590	1084599	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
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333	NC_008533	ATCAA	2	10	1907476	1907485	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
334	NC_008533	AAATC	2	10	1908913	1908922	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
335	NC_008533	ACTTT	2	10	1932396	1932405	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
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338	NC_008533	AGCAT	2	10	1992838	1992847	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
339	NC_008533	AATGG	2	10	1999905	1999914	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.