MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Streptococcus thermophilus LMD-9

Total Repeats: 133

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_008532	GAAGTG	2	12	23805	23816	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
2	NC_008532	ACTAAT	2	12	23835	23846	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
3	NC_008532	TGGATT	2	12	49955	49966	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
4	NC_008532	GAAGTG	2	12	71467	71478	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
5	NC_008532	ACTAAT	2	12	71497	71508	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
6	NC_008532	TTCGGG	2	12	72383	72394	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
7	NC_008532	TTTATA	2	12	79420	79431	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_008532	GCAAAA	2	12	81315	81326	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
9	NC_008532	TGATAT	2	12	90117	90128	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
10	NC_008532	TCCAAC	2	12	140243	140254	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
11	NC_008532	GAAGTG	2	12	145676	145687	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
12	NC_008532	ACTAAT	2	12	145706	145717	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
13	NC_008532	GAAGTG	2	12	151482	151493	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
14	NC_008532	ACTAAT	2	12	151512	151523	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
15	NC_008532	TGAAAA	2	12	152209	152220	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
16	NC_008532	TACAGC	2	12	154248	154259	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
17	NC_008532	ATTTAT	2	12	155491	155502	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_008532	CAAATA	2	12	169975	169986	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
19	NC_008532	TCAGAA	2	12	171270	171281	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
20	NC_008532	CAAAAA	2	12	200271	200282	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
21	NC_008532	CATGTT	2	12	202468	202479	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
22	NC_008532	GAAAGA	2	12	219959	219970	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
23	NC_008532	TTGGTT	2	12	276902	276913	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
24	NC_008532	TTAACT	2	12	311502	311513	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
25	NC_008532	CAGATG	2	12	311543	311554	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
26	NC_008532	GGTACA	2	12	311998	312009	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
27	NC_008532	AGATAA	2	12	319329	319340	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
28	NC_008532	ATGATA	2	12	319408	319419	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
29	NC_008532	ATTTTT	2	12	329646	329657	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_008532	GAAGTG	2	12	364114	364125	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
31	NC_008532	ACTAAT	2	12	364144	364155	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
32	NC_008532	TTTCTT	2	12	364907	364918	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
33	NC_008532	ATATCC	2	12	384274	384285	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
34	NC_008532	TGACAA	2	12	388368	388379	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
35	NC_008532	TGTAGG	2	12	392316	392327	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
36	NC_008532	AAAAGG	2	12	397221	397232	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
37	NC_008532	TCAAGC	2	12	428490	428501	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
38	NC_008532	TTATGG	2	12	429381	429392	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
39	NC_008532	CGATAG	2	12	429417	429428	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
40	NC_008532	AGTGGG	2	12	432580	432591	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
41	NC_008532	AATGGG	2	12	445527	445538	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
42	NC_008532	TAGTAA	2	12	472788	472799	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
43	NC_008532	CAAAAA	2	12	490681	490692	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
44	NC_008532	ATTTTT	2	12	495309	495320	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_008532	CCCCTA	2	12	500459	500470	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
46	NC_008532	TCTATA	2	12	509993	510004	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
47	NC_008532	GTCATT	2	12	511385	511396	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
48	NC_008532	TATTCC	2	12	514002	514013	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
49	NC_008532	GTGATA	2	12	514735	514746	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
50	NC_008532	TTGTCA	2	12	515021	515032	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
51	NC_008532	TTCGGG	2	12	581077	581088	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
52	NC_008532	CAAGGA	2	12	584577	584588	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
53	NC_008532	ATTTGA	2	12	614587	614598	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
54	NC_008532	CTTAGG	2	12	670654	670665	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
55	NC_008532	GACAAG	2	12	677608	677619	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
56	NC_008532	GGATTT	2	12	687950	687961	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
57	NC_008532	TGGAAA	2	12	767211	767222	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
58	NC_008532	AGCTCA	2	12	794062	794073	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
59	NC_008532	CAAACC	2	12	809094	809105	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
60	NC_008532	TATTGC	2	12	810077	810088	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
61	NC_008532	GTTATT	2	12	816684	816695	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
62	NC_008532	AGTATG	2	12	825060	825071	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
63	NC_008532	CGTTGA	2	12	840458	840469	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
64	NC_008532	CAGTTT	2	12	860287	860298	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
65	NC_008532	AAAAGC	2	12	873177	873188	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
66	NC_008532	AATGAT	2	12	874433	874444	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
67	NC_008532	GTTCGT	2	12	909872	909883	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
68	NC_008532	AAATGA	2	12	911484	911495	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
69	NC_008532	ATCAGT	2	12	911751	911762	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
70	NC_008532	CCAAAA	2	12	922244	922255	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
71	NC_008532	GTTACT	2	12	954463	954474	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
72	NC_008532	ACTCAA	2	12	963546	963557	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
73	NC_008532	CTACCA	2	12	973589	973600	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
74	NC_008532	TCACCA	2	12	976996	977007	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
75	NC_008532	GCTTTT	2	12	979554	979565	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
76	NC_008532	AAAATT	2	12	995029	995040	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
77	NC_008532	ATTTTT	2	12	995252	995263	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_008532	TAAAAA	2	12	996097	996108	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_008532	TAAAGG	2	12	997540	997551	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
80	NC_008532	TTTATC	2	12	1002581	1002592	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
81	NC_008532	TAACCA	2	12	1002972	1002983	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
82	NC_008532	CAAAAT	2	12	1015163	1015174	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
83	NC_008532	ATATTC	2	12	1020129	1020140	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
84	NC_008532	CTATAT	2	12	1032205	1032216	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
85	NC_008532	CTTTTT	2	12	1062767	1062778	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
86	NC_008532	TAGTTG	2	12	1083538	1083549	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
87	NC_008532	GTTTTC	2	12	1107179	1107190	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
88	NC_008532	GAAAAA	2	12	1159232	1159243	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
89	NC_008532	TTAAAG	2	12	1194530	1194541	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
90	NC_008532	AAGATT	2	12	1226814	1226825	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
91	NC_008532	TCTTTT	2	12	1229338	1229349	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
92	NC_008532	TTATCG	2	12	1262738	1262749	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
93	NC_008532	CCTTTA	2	12	1296653	1296664	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
94	NC_008532	ACGTTG	2	12	1325203	1325214	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
95	NC_008532	TTTTTA	2	12	1363477	1363488	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
96	NC_008532	TGGACT	2	12	1391670	1391681	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
97	NC_008532	TCGGCT	3	18	1396606	1396623	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
98	NC_008532	ATCTCA	2	12	1446061	1446072	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
99	NC_008532	CAAAAT	2	12	1467710	1467721	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
100	NC_008532	TTTTTC	2	12	1482378	1482389	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
101	NC_008532	ATAGTA	2	12	1493635	1493646	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
102	NC_008532	ATCAAA	2	12	1500410	1500421	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
103	NC_008532	TTGTAT	2	12	1501862	1501873	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
104	NC_008532	TTTTAT	2	12	1502188	1502199	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_008532	ATTATC	2	12	1502313	1502324	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
106	NC_008532	ACACAA	2	12	1511333	1511344	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
107	NC_008532	TCATAA	2	12	1531716	1531727	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
108	NC_008532	AAAAAG	2	12	1536385	1536396	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
109	NC_008532	GATTTT	2	12	1543939	1543950	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
110	NC_008532	CTTTTA	2	12	1552575	1552586	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
111	NC_008532	CTTGGG	2	12	1567224	1567235	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
112	NC_008532	TTTAGT	2	12	1608860	1608871	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
113	NC_008532	CCTCTA	2	12	1609518	1609529	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
114	NC_008532	CATAAA	2	12	1609648	1609659	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
115	NC_008532	GCCACT	2	12	1613243	1613254	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
116	NC_008532	GCTTTT	2	12	1646702	1646713	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
117	NC_008532	GAACCA	2	12	1650455	1650466	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
118	NC_008532	AAATAA	2	12	1661658	1661669	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
119	NC_008532	TATTAG	2	12	1662589	1662600	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
120	NC_008532	TCATCG	2	12	1667790	1667801	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
121	NC_008532	TTATCC	2	12	1680204	1680215	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
122	NC_008532	TATTTA	2	12	1694446	1694457	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
123	NC_008532	TTGGAG	2	12	1738574	1738585	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
124	NC_008532	CATATT	2	12	1745980	1745991	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
125	NC_008532	CATATT	2	12	1750174	1750185	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
126	NC_008532	ATAATC	2	12	1752655	1752666	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
127	NC_008532	CGATAA	2	12	1785701	1785712	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
128	NC_008532	GACTAT	2	12	1790750	1790761	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
129	NC_008532	TAAAAT	2	12	1811989	1812000	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
130	NC_008532	TTCCTT	2	12	1812747	1812758	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
131	NC_008532	TAAATC	2	12	1813518	1813529	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
132	NC_008532	CGTAAA	2	12	1818126	1818137	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
133	NC_008532	AATAAA	2	12	1847936	1847947	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.