MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Streptococcus thermophilus LMD-9

Total Repeats: 380

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_008532	CTTTT	2	10	9931	9940	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
2	NC_008532	GGAAA	2	10	10054	10063	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
3	NC_008532	TCGTG	2	10	20221	20230	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
4	NC_008532	GTTAA	2	10	20967	20976	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
5	NC_008532	GGGAG	2	10	21485	21494	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
6	NC_008532	AGGGA	2	10	23694	23703	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
7	NC_008532	TTGAG	2	10	23928	23937	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
8	NC_008532	TTTTA	2	10	28442	28451	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_008532	ACCTT	2	10	30248	30257	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
10	NC_008532	AACAA	2	10	34288	34297	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
11	NC_008532	ACTAT	2	10	46010	46019	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
12	NC_008532	ATTTT	2	10	49629	49638	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_008532	CTTTT	2	10	52941	52950	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
14	NC_008532	TTCTT	2	10	65838	65847	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
15	NC_008532	TTTGA	2	10	65848	65857	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
16	NC_008532	GATAA	2	10	65953	65962	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
17	NC_008532	TCGTG	2	10	67883	67892	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
18	NC_008532	GTTAA	2	10	68629	68638	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
19	NC_008532	GGGAG	2	10	69147	69156	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
20	NC_008532	AGGGA	2	10	71356	71365	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
21	NC_008532	TTGAG	2	10	71590	71599	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
22	NC_008532	AATTT	2	10	79078	79087	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_008532	GGGGC	2	10	83784	83793	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
24	NC_008532	CAGCC	2	10	83795	83804	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
25	NC_008532	AAAAG	2	10	84898	84907	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
26	NC_008532	TTTTA	2	10	97199	97208	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_008532	TTTAC	2	10	105730	105739	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
28	NC_008532	ATTTT	2	10	106149	106158	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
29	NC_008532	TTTAA	2	10	108131	108140	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_008532	ATTAT	2	10	108182	108191	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_008532	TATTT	2	10	109709	109718	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_008532	AACCA	2	10	125357	125366	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
33	NC_008532	ATTGT	2	10	129170	129179	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
34	NC_008532	AAGTG	2	10	137241	137250	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
35	NC_008532	TTCGT	2	10	137270	137279	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
36	NC_008532	AAATA	2	10	137283	137292	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
37	NC_008532	TGATA	2	10	138656	138665	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
38	NC_008532	TCGTG	2	10	142092	142101	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
39	NC_008532	GTTAA	2	10	142838	142847	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
40	NC_008532	GGGAG	2	10	143356	143365	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
41	NC_008532	AGGGA	2	10	145565	145574	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
42	NC_008532	TTGAG	2	10	145799	145808	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
43	NC_008532	TCGTG	2	10	147898	147907	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
44	NC_008532	GTTAA	2	10	148644	148653	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
45	NC_008532	GGGAG	2	10	149162	149171	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
46	NC_008532	AGGGA	2	10	151371	151380	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
47	NC_008532	TTGAG	2	10	151605	151614	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
48	NC_008532	TATTT	2	10	155437	155446	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_008532	AAATT	2	10	156918	156927	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_008532	TAAAC	2	10	157054	157063	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
51	NC_008532	ATAAA	2	10	167026	167035	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_008532	TATTT	2	10	174057	174066	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_008532	CACAA	2	10	178041	178050	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
54	NC_008532	AGATA	2	10	181720	181729	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
55	NC_008532	TTTTA	2	10	182097	182106	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
56	NC_008532	CTTTA	2	10	189830	189839	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
57	NC_008532	TTGAT	2	10	191602	191611	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
58	NC_008532	GAAAT	2	10	201373	201382	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
59	NC_008532	ATAAA	2	10	212793	212802	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_008532	AATCC	2	10	226336	226345	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
61	NC_008532	TAGTA	2	10	227464	227473	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
62	NC_008532	TACAT	2	10	231887	231896	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
63	NC_008532	GAACA	2	10	240947	240956	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
64	NC_008532	GTTAC	2	10	250144	250153	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
65	NC_008532	TATAA	2	10	260497	260506	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
66	NC_008532	ATGTA	2	10	260821	260830	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
67	NC_008532	TTGGT	2	10	273235	273244	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
68	NC_008532	TATGG	2	10	274299	274308	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
69	NC_008532	CTTTT	2	10	276154	276163	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
70	NC_008532	AGTAG	2	10	276271	276280	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
71	NC_008532	GAGAA	2	10	286740	286749	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
72	NC_008532	AATTT	2	10	309342	309351	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_008532	AGATG	2	10	311986	311995	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
74	NC_008532	TAAAA	2	10	319232	319241	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
75	NC_008532	TAAAA	2	10	321010	321019	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
76	NC_008532	TTAAG	2	10	329487	329496	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
77	NC_008532	TTTAA	2	10	329533	329542	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_008532	ATTAA	2	10	329554	329563	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_008532	GCTAT	2	10	331928	331937	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
80	NC_008532	CTGGC	2	10	337244	337253	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
81	NC_008532	CTTAA	2	10	349118	349127	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
82	NC_008532	ATGAA	2	10	354121	354130	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
83	NC_008532	TCGTG	2	10	360530	360539	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
84	NC_008532	GTTAA	2	10	361276	361285	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
85	NC_008532	GGGAG	2	10	361794	361803	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
86	NC_008532	AGGGA	2	10	364003	364012	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
87	NC_008532	TTGAG	2	10	364237	364246	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
88	NC_008532	TGATT	2	10	372897	372906	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
89	NC_008532	AAAAT	2	10	384533	384542	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
90	NC_008532	GAACA	2	10	385172	385181	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
91	NC_008532	TTGAG	2	10	387550	387559	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
92	NC_008532	AGGTA	2	10	388055	388064	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
93	NC_008532	ATTTG	2	10	388351	388360	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
94	NC_008532	GGTTT	2	10	391623	391632	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
95	NC_008532	GTCAA	2	10	403607	403616	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
96	NC_008532	AAGAA	2	10	414709	414718	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
97	NC_008532	CAAGA	2	10	419679	419688	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
98	NC_008532	CTAAT	2	10	420754	420763	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
99	NC_008532	TTTGC	2	10	421341	421350	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
100	NC_008532	AATCA	2	10	421466	421475	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
101	NC_008532	TTTTA	2	10	425764	425773	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
102	NC_008532	GTTTA	2	10	432798	432807	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
103	NC_008532	AAGTG	2	10	445109	445118	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
104	NC_008532	ACTTG	2	10	454464	454473	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
105	NC_008532	ATAAA	2	10	472810	472819	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
106	NC_008532	GAATT	2	10	481656	481665	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
107	NC_008532	TTTTA	2	10	483281	483290	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
108	NC_008532	ATTTT	2	10	484557	484566	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
109	NC_008532	AGGAA	2	10	485755	485764	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
110	NC_008532	TAGGA	2	10	513873	513882	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
111	NC_008532	CATAT	2	10	514719	514728	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
112	NC_008532	TAAAT	2	10	515637	515646	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
113	NC_008532	TTTTA	2	10	517789	517798	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
114	NC_008532	TAATT	2	10	523056	523065	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
115	NC_008532	AAACT	2	10	523126	523135	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
116	NC_008532	AAAAG	2	10	523952	523961	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
117	NC_008532	ATGTG	2	10	527550	527559	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
118	NC_008532	AGCCT	2	10	536242	536251	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
119	NC_008532	TAAAA	2	10	540960	540969	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
120	NC_008532	TAGAT	2	10	544346	544355	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
121	NC_008532	TATAA	2	10	552179	552188	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
122	NC_008532	TTCAG	2	10	553378	553387	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
123	NC_008532	AGCTA	2	10	558893	558902	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
124	NC_008532	AAGTG	2	10	559378	559387	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
125	NC_008532	TAAAA	2	10	565190	565199	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
126	NC_008532	TTGAT	2	10	580986	580995	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
127	NC_008532	ATATA	2	10	590458	590467	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
128	NC_008532	TACTA	2	10	597122	597131	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
129	NC_008532	TATGA	2	10	597891	597900	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
130	NC_008532	TTGAT	2	10	598479	598488	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
131	NC_008532	TAAAA	2	10	603572	603581	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
132	NC_008532	TCAAG	2	10	604358	604367	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
133	NC_008532	GATTT	2	10	605534	605543	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
134	NC_008532	CTTTC	2	10	617505	617514	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
135	NC_008532	AAATA	2	10	621377	621386	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
136	NC_008532	ATATA	2	10	640059	640068	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
137	NC_008532	AAAAT	2	10	643001	643010	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
138	NC_008532	TATCA	2	10	675748	675757	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
139	NC_008532	TAAAA	2	10	688149	688158	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
140	NC_008532	TATAA	2	10	694536	694545	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
141	NC_008532	TATTT	2	10	699908	699917	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
142	NC_008532	ATTTA	2	10	713439	713448	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
143	NC_008532	AAAAC	2	10	714558	714567	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
144	NC_008532	AATGA	2	10	717816	717825	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
145	NC_008532	ACCTT	2	10	718055	718064	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
146	NC_008532	AAACT	2	10	718192	718201	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
147	NC_008532	TAAGA	2	10	723379	723388	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
148	NC_008532	GGAAA	2	10	727616	727625	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
149	NC_008532	TAAAA	2	10	746588	746597	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
150	NC_008532	TTTTG	2	10	746751	746760	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
151	NC_008532	TTTTC	2	10	746780	746789	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
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165	NC_008532	TGGTA	2	10	823223	823232	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
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291	NC_008532	GGAAT	2	10	1477405	1477414	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
292	NC_008532	ATTTC	2	10	1480064	1480073	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
293	NC_008532	AAAGA	2	10	1486515	1486524	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
294	NC_008532	CCAGA	2	10	1492137	1492146	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
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299	NC_008532	AATAA	2	10	1504769	1504778	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
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304	NC_008532	ATATA	2	10	1535154	1535163	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
305	NC_008532	AACAA	2	10	1560594	1560603	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
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312	NC_008532	AATAA	2	10	1583797	1583806	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
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327	NC_008532	CTTAA	2	10	1648220	1648229	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
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343	NC_008532	GACAA	2	10	1689945	1689954	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
344	NC_008532	TATCA	2	10	1693235	1693244	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
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346	NC_008532	AACTT	2	10	1697540	1697549	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
347	NC_008532	ATTTA	2	10	1698883	1698892	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
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351	NC_008532	CCCAT	2	10	1737394	1737403	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
352	NC_008532	AAACC	2	10	1739432	1739441	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
353	NC_008532	CATTG	2	10	1742266	1742275	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.