MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Lactobacillus casei ATCC 334 chromosome

Total Repeats: 139

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_008526	CTATTA	2	12	1543	1554	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
2	NC_008526	TTCTTT	2	12	50647	50658	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
3	NC_008526	GCTCAC	2	12	74476	74487	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
4	NC_008526	TGATCT	2	12	74765	74776	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
5	NC_008526	GGAGAA	2	12	75068	75079	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
6	NC_008526	AAAAAT	2	12	76253	76264	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_008526	TCGCAG	2	12	142012	142023	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
8	NC_008526	GTGATG	2	12	154211	154222	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
9	NC_008526	GAATAA	2	12	159856	159867	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
10	NC_008526	TGACAA	2	12	173628	173639	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
11	NC_008526	ATCAAA	2	12	178321	178332	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
12	NC_008526	TAAAAA	2	12	178573	178584	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_008526	GCAAGG	2	12	221389	221400	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
14	NC_008526	TGGAAG	2	12	264150	264161	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
15	NC_008526	CTGCGA	2	12	264315	264326	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
16	NC_008526	TTGTAA	2	12	330540	330551	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
17	NC_008526	AGCGGT	2	12	343374	343385	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
18	NC_008526	TTTATT	2	12	345518	345529	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_008526	AATTGA	2	12	375020	375031	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
20	NC_008526	CTCTAT	2	12	400192	400203	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
21	NC_008526	TGAAGA	2	12	413660	413671	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
22	NC_008526	ATTTGT	2	12	417278	417289	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
23	NC_008526	ATTGAA	2	12	428193	428204	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
24	NC_008526	ACCTGA	2	12	441041	441052	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
25	NC_008526	TTTCAC	2	12	455749	455760	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
26	NC_008526	ATGTCT	2	12	462874	462885	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
27	NC_008526	CTGGTG	2	12	478410	478421	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
28	NC_008526	CAACAT	2	12	504690	504701	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
29	NC_008526	TTTAGA	2	12	566473	566484	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
30	NC_008526	AAATTA	2	12	570654	570665	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_008526	TTCAGC	2	12	572115	572126	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
32	NC_008526	ACTTCA	2	12	578998	579009	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
33	NC_008526	TGCGAC	2	12	634786	634797	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
34	NC_008526	AAAACA	2	12	667016	667027	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
35	NC_008526	CGACTT	2	12	675104	675115	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
36	NC_008526	ATGCTC	2	12	683268	683279	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
37	NC_008526	CTGCGA	2	12	701631	701642	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
38	NC_008526	TCGCAG	2	12	719652	719663	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
39	NC_008526	GCTCAC	2	12	719756	719767	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
40	NC_008526	GCAGAT	2	12	722480	722491	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
41	NC_008526	TCGCAG	2	12	737225	737236	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
42	NC_008526	TCGCAG	2	12	764487	764498	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
43	NC_008526	AAAATA	2	12	767409	767420	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_008526	AACTTT	2	12	804126	804137	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
45	NC_008526	TGGAAG	2	12	828419	828430	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
46	NC_008526	TGTTAT	2	12	829600	829611	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
47	NC_008526	ATGGTT	2	12	835853	835864	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
48	NC_008526	TATACT	2	12	836640	836651	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
49	NC_008526	TGGAAG	2	12	850169	850180	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
50	NC_008526	TCGCAG	2	12	858646	858657	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
51	NC_008526	CTGCGA	2	12	898344	898355	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
52	NC_008526	TAAGAA	2	12	971021	971032	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
53	NC_008526	TTTAGT	2	12	1029051	1029062	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
54	NC_008526	TGAATT	2	12	1064103	1064114	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
55	NC_008526	CCGACA	2	12	1072991	1073002	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
56	NC_008526	GAATAG	2	12	1080499	1080510	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
57	NC_008526	GAAAAG	2	12	1125535	1125546	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
58	NC_008526	GCTGGT	2	12	1149862	1149873	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
59	NC_008526	TACCGG	2	12	1175369	1175380	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
60	NC_008526	AACGAA	2	12	1185177	1185188	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
61	NC_008526	TCCACC	2	12	1203474	1203485	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
62	NC_008526	ACATTT	2	12	1226153	1226164	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
63	NC_008526	AGCGCA	2	12	1266839	1266850	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
64	NC_008526	TGTATT	2	12	1271857	1271868	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
65	NC_008526	AGGTCT	2	12	1283779	1283790	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
66	NC_008526	TGAAAA	2	12	1343357	1343368	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
67	NC_008526	GATAGT	2	12	1361746	1361757	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
68	NC_008526	TCGCAG	2	12	1392025	1392036	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
69	NC_008526	AGGATG	2	12	1394159	1394170	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
70	NC_008526	TCGCAG	2	12	1424765	1424776	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
71	NC_008526	CGAAAA	2	12	1424819	1424830	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
72	NC_008526	GATCAG	2	12	1425053	1425064	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
73	NC_008526	TCGCAG	2	12	1451300	1451311	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
74	NC_008526	TTAGTT	2	12	1471140	1471151	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
75	NC_008526	TTTGTC	2	12	1515151	1515162	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
76	NC_008526	TTTTGA	2	12	1522691	1522702	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
77	NC_008526	GCACGC	2	12	1539650	1539661	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
78	NC_008526	AATGCT	2	12	1544189	1544200	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
79	NC_008526	ACAGGT	2	12	1549140	1549151	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
80	NC_008526	CTGCGA	2	12	1618471	1618482	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
81	NC_008526	CCTGCC	2	12	1643304	1643315	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
82	NC_008526	TCGCCA	2	12	1751634	1751645	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
83	NC_008526	TAATGA	2	12	1773930	1773941	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
84	NC_008526	TTACGA	2	12	1777899	1777910	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
85	NC_008526	ACTCAA	2	12	1814985	1814996	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
86	NC_008526	TCGCAG	2	12	1825695	1825706	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
87	NC_008526	CACTTC	2	12	1825782	1825793	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
88	NC_008526	TACAAG	2	12	1834346	1834357	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
89	NC_008526	ATTGTT	2	12	1834380	1834391	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
90	NC_008526	TCGCAG	2	12	1837778	1837789	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
91	NC_008526	TCGCAG	2	12	1838028	1838039	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
92	NC_008526	GACATG	2	12	1887593	1887604	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
93	NC_008526	TAAGTG	2	12	1890040	1890051	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
94	NC_008526	AGTTGC	2	12	1891310	1891321	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
95	NC_008526	TAACCT	2	12	1897979	1897990	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
96	NC_008526	CTTTCA	2	12	1899994	1900005	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
97	NC_008526	AATTAA	2	12	1988043	1988054	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
98	NC_008526	ATAACA	2	12	2013045	2013056	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
99	NC_008526	CTACGT	2	12	2041697	2041708	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
100	NC_008526	CTGCGA	2	12	2109121	2109132	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
101	NC_008526	AAATTG	2	12	2131806	2131817	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
102	NC_008526	TCATTT	2	12	2135256	2135267	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
103	NC_008526	GATATG	2	12	2140719	2140730	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
104	NC_008526	ATTTAA	2	12	2149885	2149896	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_008526	ATTTAA	2	12	2155285	2155296	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
106	NC_008526	AAATTG	2	12	2162855	2162866	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
107	NC_008526	TCGCAG	2	12	2177136	2177147	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
108	NC_008526	GTGAGC	2	12	2233090	2233101	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
109	NC_008526	TTCGCA	2	12	2247899	2247910	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
110	NC_008526	ACTGGA	2	12	2262966	2262977	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
111	NC_008526	TAACAA	2	12	2288258	2288269	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
112	NC_008526	AATTTA	2	12	2299791	2299802	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
113	NC_008526	GTCTTC	2	12	2325777	2325788	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
114	NC_008526	TAGGCA	2	12	2356679	2356690	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
115	NC_008526	TTTAGA	2	12	2366456	2366467	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
116	NC_008526	CTTGTT	2	12	2381586	2381597	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
117	NC_008526	TACAGT	2	12	2392474	2392485	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
118	NC_008526	ACATAT	2	12	2409635	2409646	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
119	NC_008526	CTAATT	2	12	2443165	2443176	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
120	NC_008526	CCAAAC	2	12	2443331	2443342	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
121	NC_008526	AGCAAA	2	12	2453437	2453448	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
122	NC_008526	AACGGC	2	12	2478259	2478270	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
123	NC_008526	TCGCAG	2	12	2489011	2489022	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
124	NC_008526	TTTGAC	2	12	2499829	2499840	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
125	NC_008526	CACTTC	2	12	2501085	2501096	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
126	NC_008526	CTGCGA	2	12	2529165	2529176	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
127	NC_008526	CTGCGA	2	12	2529287	2529298	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
128	NC_008526	TTTCAT	2	12	2545162	2545173	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
129	NC_008526	TTAAGA	2	12	2547477	2547488	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
130	NC_008526	CCAAAA	2	12	2560719	2560730	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
131	NC_008526	CGATAT	2	12	2561477	2561488	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
132	NC_008526	TTTCAG	2	12	2640007	2640018	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
133	NC_008526	TAAACG	2	12	2652797	2652808	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
134	NC_008526	CGCAGG	2	12	2652813	2652824	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
135	NC_008526	TTCCTA	2	12	2764684	2764695	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
136	NC_008526	TCGCAG	2	12	2804101	2804112	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
137	NC_008526	GTGAGC	2	12	2805103	2805114	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
138	NC_008526	TTTCTA	2	12	2877667	2877678	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
139	NC_008526	TACTGC	2	12	2877748	2877759	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.