MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Lactobacillus casei ATCC 334 chromosome

Total Repeats: 399

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_008526	TATAT	2	10	1567	1576	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_008526	ATGAA	2	10	2813	2822	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
3	NC_008526	TTTTA	2	10	16553	16562	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
4	NC_008526	TCTGG	2	10	20102	20111	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
5	NC_008526	GTGAT	2	10	20134	20143	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
6	NC_008526	GTTTT	2	10	25101	25110	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
7	NC_008526	TTCTT	2	10	28522	28531	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
8	NC_008526	CGAAC	2	10	42948	42957	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
9	NC_008526	ATAAA	2	10	44234	44243	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_008526	AATAA	2	10	46653	46662	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_008526	AACGC	2	10	48644	48653	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
12	NC_008526	ACAAA	2	10	50602	50611	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
13	NC_008526	TTTCT	2	10	51237	51246	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
14	NC_008526	TCGTT	2	10	51634	51643	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
15	NC_008526	TAATA	2	10	82525	82534	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_008526	TTATT	2	10	83289	83298	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_008526	TTTCA	2	10	83362	83371	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
18	NC_008526	CCCAG	2	10	89015	89024	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
19	NC_008526	TTGAA	2	10	117895	117904	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
20	NC_008526	TCAAA	2	10	131820	131829	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
21	NC_008526	TCAAG	2	10	134429	134438	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
22	NC_008526	GTCAT	2	10	151876	151885	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
23	NC_008526	GAGGC	2	10	161890	161899	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
24	NC_008526	CAATG	2	10	178635	178644	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
25	NC_008526	TGAAA	2	10	183903	183912	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
26	NC_008526	TCGAT	2	10	191302	191311	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
27	NC_008526	AAGGT	2	10	195188	195197	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
28	NC_008526	TGAGG	2	10	195664	195673	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
29	NC_008526	AAATG	2	10	196628	196637	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
30	NC_008526	TCGTT	2	10	198786	198795	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
31	NC_008526	AGCAT	2	10	237692	237701	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
32	NC_008526	GTTGT	2	10	243436	243445	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
33	NC_008526	AAAAG	2	10	249822	249831	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
34	NC_008526	TAATT	2	10	251207	251216	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
35	NC_008526	GTCGT	2	10	256366	256375	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
36	NC_008526	GTCTG	2	10	260267	260276	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
37	NC_008526	TCGTG	2	10	260601	260610	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
38	NC_008526	TCGCA	2	10	261261	261270	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
39	NC_008526	GAGAT	2	10	264087	264096	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
40	NC_008526	CAAAA	2	10	271773	271782	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
41	NC_008526	ACCAT	2	10	278245	278254	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
42	NC_008526	AGATA	2	10	278312	278321	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
43	NC_008526	AAATT	2	10	282649	282658	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_008526	TTGAA	2	10	292882	292891	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
45	NC_008526	GTTGT	2	10	303744	303753	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
46	NC_008526	AGTTA	2	10	312591	312600	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
47	NC_008526	TTGGA	2	10	320503	320512	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
48	NC_008526	GAAAA	2	10	321392	321401	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
49	NC_008526	AGAGG	2	10	329790	329799	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
50	NC_008526	TATAA	2	10	333906	333915	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_008526	ATATC	2	10	334051	334060	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
52	NC_008526	AAAAG	2	10	339926	339935	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
53	NC_008526	AAAAG	2	10	342563	342572	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
54	NC_008526	ACGCT	2	10	360184	360193	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
55	NC_008526	ATTCA	2	10	360770	360779	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
56	NC_008526	ATGCT	2	10	361292	361301	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
57	NC_008526	CAAAA	2	10	371227	371236	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
58	NC_008526	GCATA	2	10	374499	374508	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
59	NC_008526	GATGT	2	10	374958	374967	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
60	NC_008526	TAAAT	2	10	376539	376548	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_008526	CTCTT	2	10	392779	392788	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
62	NC_008526	TAAAC	2	10	394553	394562	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
63	NC_008526	TCTGG	2	10	407727	407736	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
64	NC_008526	CCATC	2	10	430793	430802	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
65	NC_008526	TGGCA	2	10	430823	430832	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
66	NC_008526	TCAAA	2	10	441105	441114	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
67	NC_008526	TAGAA	2	10	441978	441987	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
68	NC_008526	AGCAT	2	10	451712	451721	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
69	NC_008526	TGTCA	2	10	462142	462151	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
70	NC_008526	ATTTA	2	10	476872	476881	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
71	NC_008526	TTTGA	2	10	478069	478078	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
72	NC_008526	ATAAA	2	10	479007	479016	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_008526	ATAAA	2	10	484953	484962	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
74	NC_008526	CAATT	2	10	491663	491672	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
75	NC_008526	ATGAA	2	10	498852	498861	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
76	NC_008526	CAAAA	2	10	509659	509668	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
77	NC_008526	CTTGC	2	10	518586	518595	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
78	NC_008526	AATTT	2	10	519192	519201	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_008526	CTCGA	2	10	521175	521184	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
80	NC_008526	ACTTG	2	10	522067	522076	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
81	NC_008526	GAAAG	2	10	541799	541808	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
82	NC_008526	TGCGC	2	10	548617	548626	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
83	NC_008526	GAACA	2	10	557758	557767	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
84	NC_008526	GGAAC	2	10	558597	558606	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
85	NC_008526	GGTTG	2	10	558782	558791	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
86	NC_008526	CACCG	2	10	566603	566612	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
87	NC_008526	ATTCA	2	10	581022	581031	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
88	NC_008526	GGTAA	2	10	582759	582768	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
89	NC_008526	AAGCT	2	10	589418	589427	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
90	NC_008526	TTTAG	2	10	596424	596433	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
91	NC_008526	AGCAA	2	10	602991	603000	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
92	NC_008526	GCATA	2	10	603303	603312	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
93	NC_008526	GGTGC	2	10	617619	617628	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
94	NC_008526	GTTTT	2	10	636030	636039	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
95	NC_008526	TGCTA	2	10	645878	645887	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
96	NC_008526	AGAAT	2	10	645970	645979	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
97	NC_008526	ATAGC	2	10	653577	653586	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
98	NC_008526	CCAGC	2	10	658660	658669	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
99	NC_008526	TAAAA	2	10	667071	667080	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_008526	CCGCT	2	10	691400	691409	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
101	NC_008526	CTTTT	2	10	703281	703290	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
102	NC_008526	CATGC	2	10	722787	722796	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
103	NC_008526	GTAAA	2	10	724534	724543	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
104	NC_008526	CCCAA	2	10	728977	728986	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
105	NC_008526	TAACC	2	10	733734	733743	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
106	NC_008526	TGACA	2	10	736020	736029	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
107	NC_008526	GGTAA	2	10	749074	749083	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
108	NC_008526	TTGAT	2	10	749459	749468	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
109	NC_008526	AACAG	2	10	774581	774590	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
110	NC_008526	ATAGA	2	10	784112	784121	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
111	NC_008526	CAAAG	2	10	794882	794891	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
112	NC_008526	GCTGG	2	10	822208	822217	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
113	NC_008526	AATGA	2	10	822894	822903	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
114	NC_008526	GAATA	2	10	823330	823339	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
115	NC_008526	CAAAA	2	10	823477	823486	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
116	NC_008526	GTCTG	2	10	824536	824545	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
117	NC_008526	TCGTG	2	10	824870	824879	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
118	NC_008526	TCGCA	2	10	825530	825539	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
119	NC_008526	GAGAT	2	10	828356	828365	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
120	NC_008526	TAGTT	2	10	830509	830518	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
121	NC_008526	TCCAA	2	10	831334	831343	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
122	NC_008526	TAAAC	2	10	831400	831409	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
123	NC_008526	TGCAA	2	10	841651	841660	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
124	NC_008526	GTCTG	2	10	846286	846295	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
125	NC_008526	TCGTG	2	10	846620	846629	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
126	NC_008526	TCGCA	2	10	847280	847289	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
127	NC_008526	GAGAT	2	10	850106	850115	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
128	NC_008526	TGGTG	2	10	864127	864136	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
129	NC_008526	CGTGG	2	10	881430	881439	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
130	NC_008526	ATTTG	2	10	885302	885311	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
131	NC_008526	CATAG	2	10	886388	886397	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
132	NC_008526	GAAAA	2	10	887573	887582	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
133	NC_008526	AGCTT	2	10	888472	888481	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
134	NC_008526	TCGCT	2	10	889635	889644	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
135	NC_008526	GCTCT	2	10	934571	934580	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
136	NC_008526	AATTT	2	10	934615	934624	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
137	NC_008526	TTTTG	2	10	961525	961534	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
138	NC_008526	CTTCA	2	10	964399	964408	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
139	NC_008526	GCTTC	2	10	972103	972112	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
140	NC_008526	GGCAG	2	10	972145	972154	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
141	NC_008526	CTTTT	2	10	978972	978981	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
142	NC_008526	GGCGC	2	10	979523	979532	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
143	NC_008526	TTTGG	2	10	982876	982885	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
144	NC_008526	GGTTG	2	10	990220	990229	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
145	NC_008526	CAAAT	2	10	990385	990394	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
146	NC_008526	AGTTT	2	10	990446	990455	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
147	NC_008526	GCTTT	2	10	1005213	1005222	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
148	NC_008526	ATCGA	2	10	1009078	1009087	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
149	NC_008526	CTTGT	2	10	1015359	1015368	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
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154	NC_008526	ATGCT	2	10	1054405	1054414	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
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163	NC_008526	GTTCA	2	10	1080176	1080185	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
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172	NC_008526	TTGCC	2	10	1158363	1158372	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
173	NC_008526	GCGGA	2	10	1158790	1158799	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
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184	NC_008526	GTTTG	2	10	1268793	1268802	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
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194	NC_008526	ACTTG	2	10	1321848	1321857	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
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221	NC_008526	TCCGA	2	10	1533786	1533795	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
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281	NC_008526	AAATC	2	10	1994351	1994360	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
282	NC_008526	TATAT	2	10	1995640	1995649	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
283	NC_008526	TTGAA	2	10	1997184	1997193	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
284	NC_008526	TGTCA	2	10	1998301	1998310	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
285	NC_008526	TGCTT	2	10	2005464	2005473	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
286	NC_008526	ACTTG	2	10	2008059	2008068	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
287	NC_008526	ACGCA	2	10	2017537	2017546	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
288	NC_008526	CGCCT	2	10	2017665	2017674	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
289	NC_008526	AATGA	2	10	2027673	2027682	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
290	NC_008526	TAACT	2	10	2030119	2030128	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
291	NC_008526	AATTT	2	10	2032014	2032023	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
292	NC_008526	ATGCT	2	10	2036748	2036757	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
293	NC_008526	CAACC	2	10	2037110	2037119	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
294	NC_008526	GTTCC	2	10	2037295	2037304	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
295	NC_008526	GTTTG	2	10	2037682	2037691	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
296	NC_008526	CTCCA	2	10	2038994	2039003	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
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298	NC_008526	CTTAC	2	10	2051819	2051828	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
299	NC_008526	GCCGG	2	10	2053202	2053211	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
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304	NC_008526	ACATC	2	10	2089167	2089176	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
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325	NC_008526	AGCCC	2	10	2254989	2254998	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
326	NC_008526	CCTGA	2	10	2258674	2258683	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
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331	NC_008526	AGCAT	2	10	2300480	2300489	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
332	NC_008526	AAGAC	2	10	2300533	2300542	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
333	NC_008526	GCCTT	2	10	2300567	2300576	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
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341	NC_008526	GATAT	2	10	2381148	2381157	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
342	NC_008526	TCAAG	2	10	2381835	2381844	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
343	NC_008526	ACTCT	2	10	2389112	2389121	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
344	NC_008526	ATGCT	2	10	2410641	2410650	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
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351	NC_008526	ATGCT	2	10	2445620	2445629	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
352	NC_008526	CGCTC	2	10	2487154	2487163	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
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354	NC_008526	ATCTC	2	10	2501152	2501161	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
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359	NC_008526	CATGA	2	10	2515828	2515837	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
360	NC_008526	AGCCT	2	10	2520705	2520714	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
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381	NC_008526	CCTCA	2	10	2723537	2723546	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
382	NC_008526	CCTTA	2	10	2745649	2745658	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
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387	NC_008526	CGTTT	2	10	2805024	2805033	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
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389	NC_008526	AATAG	2	10	2812741	2812750	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
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395	NC_008526	ACTGG	2	10	2849121	2849130	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
396	NC_008526	GGATG	2	10	2858161	2858170	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
397	NC_008526	TAAAA	2	10	2861903	2861912	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
398	NC_008526	AATTT	2	10	2873495	2873504	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
399	NC_008526	ATTTT	2	10	2874338	2874347	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.