MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Repeats of Buchnera aphidicola str. Cc (Cinara cedri)

Total Repeats: 353

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_008513	AAGAAA	2	12	1673	1684	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	116514951
2	NC_008513	ATTGAT	2	12	2703	2714	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	116514952
3	NC_008513	GTAATT	2	12	3446	3457	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	116514952
4	NC_008513	AAAAAT	2	12	3649	3660	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	116514952
5	NC_008513	TATAAA	2	12	3969	3980	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	116514952
6	NC_008513	TTGAAT	2	12	4586	4597	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	116514953
7	NC_008513	ATTTTT	2	12	4692	4703	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	116514953
8	NC_008513	TACTTT	2	12	4988	4999	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	116514953
9	NC_008513	TTAATT	2	12	5509	5520	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	116514953
10	NC_008513	TAAATA	2	12	6816	6827	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	116514954
11	NC_008513	TAATTT	2	12	7487	7498	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	116514956
12	NC_008513	TATTTC	2	12	7520	7531	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	116514956
13	NC_008513	TTTATA	2	12	8023	8034	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_008513	AGAAAA	2	12	8831	8842	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	116514957
15	NC_008513	AAATTT	2	12	10619	10630	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_008513	AGAAAA	2	12	16282	16293	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	116514965
17	NC_008513	ATAAAA	2	12	18676	18687	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	116514966
18	NC_008513	GATAAT	2	12	24095	24106	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
19	NC_008513	ATTTTT	2	12	27462	27473	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	116514968
20	NC_008513	TATAAA	2	12	28210	28221	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_008513	TTCAGC	2	12	28405	28416	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	116514969
22	NC_008513	TAATCC	2	12	28519	28530	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	116514969
23	NC_008513	GTACTG	2	12	30416	30427	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	116514972
24	NC_008513	CTTTTT	2	12	30434	30445	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	116514972
25	NC_008513	TTAATA	2	12	31407	31418	50 %	50 %	0 %	0 %	116514974
26	NC_008513	ATTTTT	2	12	31658	31669	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_008513	TAAAAG	2	12	32169	32180	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
28	NC_008513	TAAAAT	2	12	32601	32612	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	116514975
29	NC_008513	ATAATT	2	12	34496	34507	50 %	50 %	0 %	0 %	116514977
30	NC_008513	TAAAAA	2	12	37167	37178	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_008513	ATTTTT	2	12	41592	41603	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_008513	TTTAGG	2	12	42239	42250	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	116514982
33	NC_008513	ATATTA	2	12	43602	43613	50 %	50 %	0 %	0 %	116514983
34	NC_008513	TTAAAT	2	12	44712	44723	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
35	NC_008513	ATTACA	2	12	44773	44784	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	116514984
36	NC_008513	TGATTT	2	12	45019	45030	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	116514984
37	NC_008513	TGGATT	2	12	45427	45438	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	116514984
38	NC_008513	TAAAAA	2	12	45532	45543	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	116514984
39	NC_008513	CTTCAG	2	12	49419	49430	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	116514986
40	NC_008513	AAATTT	2	12	50086	50097	50 %	50 %	0 %	0 %	116514986
41	NC_008513	TTTTAA	2	12	50577	50588	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	116514987
42	NC_008513	ATTTAA	2	12	52449	52460	50 %	50 %	0 %	0 %	116514989
43	NC_008513	GATCAT	2	12	53195	53206	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	116514989
44	NC_008513	ATTAAT	2	12	53923	53934	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_008513	TAATTT	2	12	54211	54222	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_008513	TATAAA	2	12	54488	54499	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_008513	ATTTTA	2	12	54671	54682	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_008513	ATATTT	2	12	54779	54790	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_008513	ATAATT	2	12	58528	58539	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_008513	ATTTTA	2	12	58570	58581	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_008513	ATTTTT	2	12	58902	58913	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_008513	GTTTTG	2	12	62249	62260	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	116514998
53	NC_008513	GGAAAG	2	12	65759	65770	50 %	0 %	50 %	0 %	116515001
54	NC_008513	ATTTAT	2	12	69204	69215	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
55	NC_008513	TATAAT	2	12	69925	69936	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
56	NC_008513	AGTTAA	2	12	70270	70281	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	116515005
57	NC_008513	TTATCA	2	12	70499	70510	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	116515005
58	NC_008513	TAAAAA	2	12	72387	72398	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	116515006
59	NC_008513	GAGATA	2	12	73873	73884	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	116515008
60	NC_008513	TAAATA	2	12	74342	74353	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	116515008
61	NC_008513	TAATGT	2	12	74630	74641	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	116515009
62	NC_008513	TTATTT	2	12	74966	74977	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	116515009
63	NC_008513	ATCTAA	2	12	79927	79938	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	116515014
64	NC_008513	TATTAA	2	12	80527	80538	50 %	50 %	0 %	0 %	116515014
65	NC_008513	TAATTT	2	12	83658	83669	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	116515017
66	NC_008513	ATTTTT	2	12	83701	83712	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	116515017
67	NC_008513	TTAAAT	2	12	83976	83987	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_008513	ATATTT	2	12	84243	84254	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_008513	TATTAA	2	12	88537	88548	50 %	50 %	0 %	0 %	116515022
70	NC_008513	TTTTAT	2	12	88715	88726	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
71	NC_008513	ATAAAA	2	12	89972	89983	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	116515024
72	NC_008513	TAATAT	2	12	90384	90395	50 %	50 %	0 %	0 %	116515024
73	NC_008513	AGAAAA	2	12	91597	91608	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	116515024
74	NC_008513	TACTAA	2	12	93554	93565	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	116515026
75	NC_008513	ATATTT	2	12	95805	95816	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
76	NC_008513	CTTTTT	2	12	95987	95998	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	116515028
77	NC_008513	TTCTTT	2	12	98625	98636	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
78	NC_008513	ATTTTA	2	12	98897	98908	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	116515031
79	NC_008513	ATTTTT	2	12	102459	102470	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	116515032
80	NC_008513	TAATAT	2	12	102544	102555	50 %	50 %	0 %	0 %	116515032
81	NC_008513	ATTTTT	2	12	104082	104093	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	116515034
82	NC_008513	AATATT	2	12	106123	106134	50 %	50 %	0 %	0 %	116515034
83	NC_008513	TTCAGC	2	12	106254	106265	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	116515034
84	NC_008513	ATATTA	2	12	107013	107024	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_008513	AATTTA	2	12	107646	107657	50 %	50 %	0 %	0 %	116515036
86	NC_008513	AACCAT	2	12	108219	108230	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	116515036
87	NC_008513	TTTTCT	2	12	108888	108899	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	116515037
88	NC_008513	ATTTTG	2	12	113745	113756	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	116515040
89	NC_008513	ATAAAT	2	12	114691	114702	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	116515041
90	NC_008513	AAGAGG	2	12	114883	114894	50 %	0 %	50 %	0 %	116515042
91	NC_008513	TTTAAT	2	12	115202	115213	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	116515042
92	NC_008513	TAAAAA	2	12	115981	115992	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	116515042
93	NC_008513	AAATAT	2	12	115993	116004	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	116515042
94	NC_008513	TTTTTC	2	12	118383	118394	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	116515043
95	NC_008513	TTGGTA	2	12	118808	118819	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	116515043
96	NC_008513	ATTTTT	2	12	118934	118945	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	116515044
97	NC_008513	TATGAA	2	12	119858	119869	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	116515045
98	NC_008513	TGTTTA	2	12	120808	120819	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	116515046
99	NC_008513	TATAAA	2	12	123082	123093	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	116515048
100	NC_008513	AAATAT	2	12	127212	127223	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
101	NC_008513	AATTGG	2	12	127917	127928	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	116515052
102	NC_008513	ATAGAA	2	12	128333	128344	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	116515052
103	NC_008513	CAGAAA	2	12	128793	128804	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	116515053
104	NC_008513	AATAGA	2	12	129311	129322	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	116515053
105	NC_008513	TTCTTT	2	12	129678	129689	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	116515054
106	NC_008513	ATTAAA	2	12	130008	130019	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	116515054
107	NC_008513	CTTTTT	2	12	132745	132756	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	116515057
108	NC_008513	TATAAT	2	12	135223	135234	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
109	NC_008513	ATAATT	2	12	138437	138448	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
110	NC_008513	TCTATA	2	12	139060	139071	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	116515062
111	NC_008513	GATATT	2	12	140574	140585	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	116515064
112	NC_008513	TTTTAA	2	12	141352	141363	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	116515065
113	NC_008513	CCTGAA	2	12	142767	142778	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	116515066
114	NC_008513	TCTTTT	2	12	144870	144881	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	116515067
115	NC_008513	TTCTTT	2	12	145782	145793	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	116515067
116	NC_008513	TATTGA	2	12	146660	146671	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	116515068
117	NC_008513	ATTTTA	2	12	148050	148061	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
118	NC_008513	CAAAAA	2	12	148375	148386	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	116515069
119	NC_008513	ATTTTT	2	12	152425	152436	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
120	NC_008513	GAATCA	2	12	153252	153263	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	116515071
121	NC_008513	GTCATA	2	12	154477	154488	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	116515071
122	NC_008513	TTAATG	2	12	156574	156585	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	116515073
123	NC_008513	TAAAAT	2	12	158045	158056	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
124	NC_008513	TCCTGT	2	12	159644	159655	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	116515075
125	NC_008513	ATTTTT	2	12	161614	161625	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
126	NC_008513	ATTTTT	2	12	161855	161866	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	116515077
127	NC_008513	ATCAAT	2	12	164132	164143	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	116515079
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130	NC_008513	AATATT	2	12	168948	168959	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
131	NC_008513	ATTATA	2	12	169783	169794	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.