MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Coding Repeats of Buchnera aphidicola str. Cc (Cinara cedri)

Total Repeats: 254

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_008513	AAGAAA	2	12	1673	1684	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	116514951
2	NC_008513	ATTGAT	2	12	2703	2714	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	116514952
3	NC_008513	GTAATT	2	12	3446	3457	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	116514952
4	NC_008513	AAAAAT	2	12	3649	3660	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	116514952
5	NC_008513	TATAAA	2	12	3969	3980	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	116514952
6	NC_008513	TTGAAT	2	12	4586	4597	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	116514953
7	NC_008513	ATTTTT	2	12	4692	4703	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	116514953
8	NC_008513	TACTTT	2	12	4988	4999	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	116514953
9	NC_008513	TTAATT	2	12	5509	5520	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	116514953
10	NC_008513	TAAATA	2	12	6816	6827	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	116514954
11	NC_008513	TAATTT	2	12	7487	7498	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	116514956
12	NC_008513	TATTTC	2	12	7520	7531	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	116514956
13	NC_008513	AGAAAA	2	12	8831	8842	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	116514957
14	NC_008513	AGAAAA	2	12	16282	16293	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	116514965
15	NC_008513	ATAAAA	2	12	18676	18687	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	116514966
16	NC_008513	ATTTTT	2	12	27462	27473	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	116514968
17	NC_008513	TTCAGC	2	12	28405	28416	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	116514969
18	NC_008513	TAATCC	2	12	28519	28530	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	116514969
19	NC_008513	GTACTG	2	12	30416	30427	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	116514972
20	NC_008513	CTTTTT	2	12	30434	30445	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	116514972
21	NC_008513	TTAATA	2	12	31407	31418	50 %	50 %	0 %	0 %	116514974
22	NC_008513	TAAAAT	2	12	32601	32612	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	116514975
23	NC_008513	ATAATT	2	12	34496	34507	50 %	50 %	0 %	0 %	116514977
24	NC_008513	TTTAGG	2	12	42239	42250	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	116514982
25	NC_008513	ATATTA	2	12	43602	43613	50 %	50 %	0 %	0 %	116514983
26	NC_008513	ATTACA	2	12	44773	44784	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	116514984
27	NC_008513	TGATTT	2	12	45019	45030	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	116514984
28	NC_008513	TGGATT	2	12	45427	45438	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	116514984
29	NC_008513	TAAAAA	2	12	45532	45543	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	116514984
30	NC_008513	CTTCAG	2	12	49419	49430	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	116514986
31	NC_008513	AAATTT	2	12	50086	50097	50 %	50 %	0 %	0 %	116514986
32	NC_008513	TTTTAA	2	12	50577	50588	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	116514987
33	NC_008513	ATTTAA	2	12	52449	52460	50 %	50 %	0 %	0 %	116514989
34	NC_008513	GATCAT	2	12	53195	53206	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	116514989
35	NC_008513	GTTTTG	2	12	62249	62260	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	116514998
36	NC_008513	GGAAAG	2	12	65759	65770	50 %	0 %	50 %	0 %	116515001
37	NC_008513	AGTTAA	2	12	70270	70281	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	116515005
38	NC_008513	TTATCA	2	12	70499	70510	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	116515005
39	NC_008513	TAAAAA	2	12	72387	72398	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	116515006
40	NC_008513	GAGATA	2	12	73873	73884	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	116515008
41	NC_008513	TAAATA	2	12	74342	74353	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	116515008
42	NC_008513	TAATGT	2	12	74630	74641	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	116515009
43	NC_008513	TTATTT	2	12	74966	74977	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	116515009
44	NC_008513	ATCTAA	2	12	79927	79938	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	116515014
45	NC_008513	TATTAA	2	12	80527	80538	50 %	50 %	0 %	0 %	116515014
46	NC_008513	TAATTT	2	12	83658	83669	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	116515017
47	NC_008513	ATTTTT	2	12	83701	83712	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	116515017
48	NC_008513	TATTAA	2	12	88537	88548	50 %	50 %	0 %	0 %	116515022
49	NC_008513	ATAAAA	2	12	89972	89983	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	116515024
50	NC_008513	TAATAT	2	12	90384	90395	50 %	50 %	0 %	0 %	116515024
51	NC_008513	AGAAAA	2	12	91597	91608	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	116515024
52	NC_008513	TACTAA	2	12	93554	93565	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	116515026
53	NC_008513	CTTTTT	2	12	95987	95998	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	116515028
54	NC_008513	ATTTTA	2	12	98897	98908	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	116515031
55	NC_008513	ATTTTT	2	12	102459	102470	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	116515032
56	NC_008513	TAATAT	2	12	102544	102555	50 %	50 %	0 %	0 %	116515032
57	NC_008513	ATTTTT	2	12	104082	104093	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	116515034
58	NC_008513	AATATT	2	12	106123	106134	50 %	50 %	0 %	0 %	116515034
59	NC_008513	TTCAGC	2	12	106254	106265	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	116515034
60	NC_008513	AATTTA	2	12	107646	107657	50 %	50 %	0 %	0 %	116515036
61	NC_008513	AACCAT	2	12	108219	108230	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	116515036
62	NC_008513	TTTTCT	2	12	108888	108899	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	116515037
63	NC_008513	ATTTTG	2	12	113745	113756	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	116515040
64	NC_008513	ATAAAT	2	12	114691	114702	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	116515041
65	NC_008513	AAGAGG	2	12	114883	114894	50 %	0 %	50 %	0 %	116515042
66	NC_008513	TTTAAT	2	12	115202	115213	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	116515042
67	NC_008513	TAAAAA	2	12	115981	115992	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	116515042
68	NC_008513	AAATAT	2	12	115993	116004	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	116515042
69	NC_008513	TTTTTC	2	12	118383	118394	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	116515043
70	NC_008513	TTGGTA	2	12	118808	118819	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	116515043
71	NC_008513	ATTTTT	2	12	118934	118945	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	116515044
72	NC_008513	TATGAA	2	12	119858	119869	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	116515045
73	NC_008513	TGTTTA	2	12	120808	120819	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	116515046
74	NC_008513	TATAAA	2	12	123082	123093	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	116515048
75	NC_008513	AATTGG	2	12	127917	127928	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	116515052
76	NC_008513	ATAGAA	2	12	128333	128344	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	116515052
77	NC_008513	CAGAAA	2	12	128793	128804	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	116515053
78	NC_008513	AATAGA	2	12	129311	129322	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	116515053
79	NC_008513	TTCTTT	2	12	129678	129689	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	116515054
80	NC_008513	ATTAAA	2	12	130008	130019	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	116515054
81	NC_008513	CTTTTT	2	12	132745	132756	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	116515057
82	NC_008513	TCTATA	2	12	139060	139071	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	116515062
83	NC_008513	GATATT	2	12	140574	140585	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	116515064
84	NC_008513	TTTTAA	2	12	141352	141363	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	116515065
85	NC_008513	CCTGAA	2	12	142767	142778	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	116515066
86	NC_008513	TCTTTT	2	12	144870	144881	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	116515067
87	NC_008513	TTCTTT	2	12	145782	145793	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	116515067
88	NC_008513	TATTGA	2	12	146660	146671	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	116515068
89	NC_008513	CAAAAA	2	12	148375	148386	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	116515069
90	NC_008513	GAATCA	2	12	153252	153263	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	116515071
91	NC_008513	GTCATA	2	12	154477	154488	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	116515071
92	NC_008513	TTAATG	2	12	156574	156585	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	116515073
93	NC_008513	TCCTGT	2	12	159644	159655	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	116515075
94	NC_008513	ATTTTT	2	12	161855	161866	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	116515077
95	NC_008513	ATCAAT	2	12	164132	164143	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	116515079
96	NC_008513	AATATA	2	12	165837	165848	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	116515080
97	NC_008513	AAAAGA	2	12	170242	170253	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	116515085
98	NC_008513	ATTAAA	2	12	170741	170752	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	116515086
99	NC_008513	ATTTTA	2	12	171076	171087	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	116515086
100	NC_008513	AAATAA	2	12	173835	173846	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	116515088
101	NC_008513	TTTAAT	2	12	177139	177150	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	116515089
102	NC_008513	AGTTTT	2	12	178321	178332	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	116515090
103	NC_008513	TTTTAA	2	12	179351	179362	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	116515091
104	NC_008513	CTTTTG	2	12	181892	181903	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	116515092
105	NC_008513	CAATTC	2	12	188327	188338	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	116515097
106	NC_008513	AATTTT	2	12	188380	188391	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	116515098
107	NC_008513	TTTATT	2	12	191999	192010	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	116515101
108	NC_008513	GGATTT	2	12	195382	195393	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	116515104
109	NC_008513	TTAATT	2	12	195818	195829	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	116515104
110	NC_008513	AATTAA	2	12	198368	198379	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	116515106
111	NC_008513	AATTAT	2	12	199986	199997	50 %	50 %	0 %	0 %	116515107
112	NC_008513	ATTAGG	2	12	200137	200148	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	116515107
113	NC_008513	AAAATA	2	12	201988	201999	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	116515109
114	NC_008513	ATCAAA	2	12	206869	206880	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	116515113
115	NC_008513	TTTAGC	2	12	208124	208135	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	116515114
116	NC_008513	ATTTAT	2	12	209122	209133	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	116515115
117	NC_008513	TTTTTA	2	12	210687	210698	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	116515116
118	NC_008513	TATACT	2	12	211014	211025	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	116515116
119	NC_008513	TCCTTT	2	12	217416	217427	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	116515120
120	NC_008513	TATTAA	2	12	217458	217469	50 %	50 %	0 %	0 %	116515120
121	NC_008513	TAAAAA	2	12	218129	218140	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	116515121
122	NC_008513	ATAAAT	2	12	218356	218367	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	116515121
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241	NC_008513	TTATAT	2	12	395098	395109	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	116515289
242	NC_008513	TTATGC	2	12	395941	395952	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	116515290
243	NC_008513	AGAAAT	2	12	396602	396613	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	116515291
244	NC_008513	ATAAAA	2	12	398574	398585	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	116515292
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254	NC_008513	CAATAA	2	12	414903	414914	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	116515306

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.