MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Coding Repeats of Leptospira borgpetersenii serovar Hardjo-bovis JB197 chromosome chromosome 2

Total Repeats: 103

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_008511	GATCTG	2	12	10046	10057	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	116332455
2	NC_008511	AAAAGA	2	12	11624	11635	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	116332456
3	NC_008511	GTCTTC	2	12	14117	14128	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	116332458
4	NC_008511	GTTTCT	2	12	14920	14931	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	116332459
5	NC_008511	TCAAAA	2	12	17965	17976	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	116332462
6	NC_008511	TAGACG	2	12	19806	19817	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	116332463
7	NC_008511	ATCGTA	2	12	20389	20400	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	116332464
8	NC_008511	AGGAAG	2	12	21078	21089	50 %	0 %	50 %	0 %	116332464
9	NC_008511	TTTTTC	2	12	22270	22281	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	116332465
10	NC_008511	TAAAAA	2	12	23266	23277	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	116332466
11	NC_008511	CAGGCC	2	12	23421	23432	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	116332466
12	NC_008511	AAAGAA	2	12	30048	30059	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	116332471
13	NC_008511	CAAAAA	2	12	32270	32281	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	116332473
14	NC_008511	CGGTAA	2	12	32418	32429	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	116332473
15	NC_008511	GAATCG	2	12	38205	38216	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	116332480
16	NC_008511	TTGGAT	2	12	45591	45602	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	116332484
17	NC_008511	ACGATC	2	12	45792	45803	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	116332484
18	NC_008511	CGAATT	2	12	47104	47115	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	116332485
19	NC_008511	ATTTAT	2	12	47686	47697	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	116332486
20	NC_008511	GGTTTG	2	12	48113	48124	0 %	50 %	50 %	0 %	116332487
21	NC_008511	ACAAAA	2	12	48139	48150	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	116332487
22	NC_008511	CGATCC	2	12	49621	49632	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	116332488
23	NC_008511	TGAAGC	2	12	50432	50443	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	116332489
24	NC_008511	ATGGAC	2	12	50865	50876	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	116332490
25	NC_008511	CGGAAT	2	12	52612	52623	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	116332491
26	NC_008511	TTCTTT	2	12	54279	54290	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	116332492
27	NC_008511	GGGCGA	2	12	67652	67663	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	116332504
28	NC_008511	AATTAA	2	12	71603	71614	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	116332507
29	NC_008511	TGTAAG	2	12	73664	73675	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	116332509
30	NC_008511	AATTCA	2	12	77270	77281	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	116332511
31	NC_008511	TCAAAA	2	12	77444	77455	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	116332511
32	NC_008511	GTTTTT	2	12	95357	95368	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	116332520
33	NC_008511	TTTTTC	2	12	95766	95777	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	116332520
34	NC_008511	TCCTTC	2	12	99439	99450	0 %	50 %	0 %	50 %	116332523
35	NC_008511	GAAAAC	2	12	105285	105296	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	116332527
36	NC_008511	TTCCAA	2	12	109777	109788	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	116332531
37	NC_008511	AATCGG	3	18	113274	113291	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	116332534
38	NC_008511	AAGAAA	2	12	117404	117415	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	116332537
39	NC_008511	TCAACC	2	12	127901	127912	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	116332544
40	NC_008511	GACAAC	2	12	128503	128514	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	116332545
41	NC_008511	ATCCTT	2	12	131472	131483	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	116332548
42	NC_008511	ATTTCG	2	12	131693	131704	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	116332548
43	NC_008511	GTTGGA	2	12	131804	131815	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	116332548
44	NC_008511	TCGGAG	2	12	136501	136512	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	116332551
45	NC_008511	CGGGAG	2	12	136648	136659	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	116332551
46	NC_008511	TTGATG	2	12	137160	137171	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	116332552
47	NC_008511	ATATTA	2	12	137247	137258	50 %	50 %	0 %	0 %	116332552
48	NC_008511	TTCGAT	2	12	140375	140386	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	116332555
49	NC_008511	TAAAGA	2	12	140520	140531	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	116332555
50	NC_008511	GGAGGG	2	12	141617	141628	16.67 %	0 %	83.33 %	0 %	116332557
51	NC_008511	AAACGG	2	12	141714	141725	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	116332557
52	NC_008511	TCATCG	2	12	145730	145741	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	116332560
53	NC_008511	TCCGGC	2	12	146678	146689	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	116332561
54	NC_008511	AAAGAA	2	12	159278	159289	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	116332567
55	NC_008511	TTCGTA	2	12	166807	166818	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	116332573
56	NC_008511	GAAATT	2	12	171482	171493	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	116332578
57	NC_008511	ATAAAA	2	12	172166	172177	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	116332578
58	NC_008511	CGAACG	2	12	172569	172580	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	116332579
59	NC_008511	AAAAGA	2	12	172760	172771	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	116332579
60	NC_008511	GAGATT	2	12	172795	172806	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	116332579
61	NC_008511	ACGAAG	2	12	173467	173478	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	116332579
62	NC_008511	TGCGAG	2	12	176515	176526	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	116332582
63	NC_008511	TCAAAA	2	12	177946	177957	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	116332583
64	NC_008511	GAAAAA	2	12	181249	181260	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	116332585
65	NC_008511	TATACG	2	12	185058	185069	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	116332589
66	NC_008511	TTGATT	2	12	192748	192759	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	116332595
67	NC_008511	ACGAAA	2	12	195067	195078	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	116332596
68	NC_008511	CTGAAC	2	12	197094	197105	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	116332597
69	NC_008511	ATCCAA	2	12	207299	207310	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	116332604
70	NC_008511	AAACGA	2	12	208022	208033	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	116332604
71	NC_008511	CCGTTC	2	12	208965	208976	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	116332606
72	NC_008511	CCGGTT	2	12	211833	211844	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	116332609
73	NC_008511	AAGACA	2	12	214731	214742	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	116332612
74	NC_008511	CAGGAA	2	12	217000	217011	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	116332615
75	NC_008511	AAGAAA	2	12	218198	218209	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	116332615
76	NC_008511	AACCGG	2	12	218839	218850	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	116332616
77	NC_008511	CGTCAA	2	12	219816	219827	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	116332618
78	NC_008511	AAAATC	2	12	220158	220169	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	116332618
79	NC_008511	GCGAAA	2	12	221305	221316	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	116332618
80	NC_008511	ATCCGA	2	12	222190	222201	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	116332618
81	NC_008511	AGATAC	2	12	231026	231037	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	116332623
82	NC_008511	TGCAAC	2	12	234008	234019	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	116332624
83	NC_008511	TCGGAA	2	12	235366	235377	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	116332626
84	NC_008511	TCCGAA	2	12	239080	239091	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	116332630
85	NC_008511	TCGCGG	2	12	240733	240744	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	116332631
86	NC_008511	AGAAAA	2	12	249382	249393	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	116332635
87	NC_008511	AAGAAA	2	12	250271	250282	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	116332636
88	NC_008511	ATGGGA	2	12	254363	254374	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	116332641
89	NC_008511	TCCATC	2	12	254933	254944	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	116332642
90	NC_008511	GGAGGT	2	12	255918	255929	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	116332642
91	NC_008511	GCTTCC	2	12	264413	264424	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	116332652
92	NC_008511	ATCGGA	2	12	270180	270191	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	116332656
93	NC_008511	CGCAAA	2	12	272196	272207	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	116332658
94	NC_008511	CAAAAG	2	12	277775	277786	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	116332663
95	NC_008511	TGGGAA	2	12	281708	281719	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	116332669
96	NC_008511	TTTCAA	2	12	284667	284678	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	116332670
97	NC_008511	TCCTTT	2	12	286628	286639	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	116332671
98	NC_008511	TTTTCC	2	12	287297	287308	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	116332671
99	NC_008511	TTTATC	2	12	287914	287925	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	116332671
100	NC_008511	TGTCTT	2	12	289266	289277	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	116332673
101	NC_008511	TCGACT	2	12	290520	290531	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	116332673
102	NC_008511	ATTTTT	2	12	291923	291934	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	116332674
103	NC_008511	TCTTCC	2	12	297344	297355	0 %	50 %	0 %	50 %	116332679

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.