MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Coding Repeats of Leptospira borgpetersenii serovar Hardjo-bovis JB197 chromosome chromosome 2

Total Repeats: 195

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_008511	ACTCA	2	10	679	688	40 %	20 %	0 %	40 %	116332446
2	NC_008511	CAAAA	2	10	1071	1080	80 %	0 %	0 %	20 %	116332447
3	NC_008511	TTCGA	2	10	3240	3249	20 %	40 %	20 %	20 %	116332449
4	NC_008511	TCATT	2	10	5932	5941	20 %	60 %	0 %	20 %	116332450
5	NC_008511	TATCG	2	10	7203	7212	20 %	40 %	20 %	20 %	116332451
6	NC_008511	TTTTC	2	10	8548	8557	0 %	80 %	0 %	20 %	116332452
7	NC_008511	TTCCC	2	10	10336	10345	0 %	40 %	0 %	60 %	116332455
8	NC_008511	CCGTT	2	10	12017	12026	0 %	40 %	20 %	40 %	116332456
9	NC_008511	GATTC	2	10	12177	12186	20 %	40 %	20 %	20 %	116332456
10	NC_008511	GAATC	2	10	14207	14216	40 %	20 %	20 %	20 %	116332458
11	NC_008511	AATCG	2	10	14471	14480	40 %	20 %	20 %	20 %	116332458
12	NC_008511	CGGAG	2	10	14977	14986	20 %	0 %	60 %	20 %	116332459
13	NC_008511	CGATC	2	10	15664	15673	20 %	20 %	20 %	40 %	116332460
14	NC_008511	CGGAT	2	10	17097	17106	20 %	20 %	40 %	20 %	116332461
15	NC_008511	CAAAA	2	10	18120	18129	80 %	0 %	0 %	20 %	116332462
16	NC_008511	GAAAG	2	10	18174	18183	60 %	0 %	40 %	0 %	116332462
17	NC_008511	CCCTA	2	10	20424	20433	20 %	20 %	0 %	60 %	116332464
18	NC_008511	TTTTG	2	10	20827	20836	0 %	80 %	20 %	0 %	116332464
19	NC_008511	TGTTT	2	10	21858	21867	0 %	80 %	20 %	0 %	116332465
20	NC_008511	GGAAA	2	10	22714	22723	60 %	0 %	40 %	0 %	116332466
21	NC_008511	AAGAA	2	10	23904	23913	80 %	0 %	20 %	0 %	116332467
22	NC_008511	AGGAA	2	10	30437	30446	60 %	0 %	40 %	0 %	116332471
23	NC_008511	AAAAC	2	10	32652	32661	80 %	0 %	0 %	20 %	116332474
24	NC_008511	AGAAA	2	10	32756	32765	80 %	0 %	20 %	0 %	116332474
25	NC_008511	GAAAA	2	10	33202	33211	80 %	0 %	20 %	0 %	116332475
26	NC_008511	ATTTC	2	10	34785	34794	20 %	60 %	0 %	20 %	116332476
27	NC_008511	TGGAA	2	10	36380	36389	40 %	20 %	40 %	0 %	116332478
28	NC_008511	CGATA	2	10	36756	36765	40 %	20 %	20 %	20 %	116332479
29	NC_008511	TTTCG	2	10	38724	38733	0 %	60 %	20 %	20 %	116332480
30	NC_008511	CAAAA	2	10	38874	38883	80 %	0 %	0 %	20 %	116332480
31	NC_008511	CGATC	2	10	39645	39654	20 %	20 %	20 %	40 %	116332481
32	NC_008511	TTTTC	2	10	39714	39723	0 %	80 %	0 %	20 %	116332481
33	NC_008511	AAAGG	2	10	40689	40698	60 %	0 %	40 %	0 %	116332482
34	NC_008511	GATCA	2	10	40839	40848	40 %	20 %	20 %	20 %	116332482
35	NC_008511	CGATT	2	10	46989	46998	20 %	40 %	20 %	20 %	116332485
36	NC_008511	TAAAA	2	10	49102	49111	80 %	20 %	0 %	0 %	116332488
37	NC_008511	AGGAG	2	10	51120	51129	40 %	0 %	60 %	0 %	116332490
38	NC_008511	CGATT	2	10	51305	51314	20 %	40 %	20 %	20 %	116332490
39	NC_008511	TCCGT	2	10	53137	53146	0 %	40 %	20 %	40 %	116332491
40	NC_008511	CGTTC	2	10	54017	54026	0 %	40 %	20 %	40 %	116332491
41	NC_008511	ATCTA	2	10	57870	57879	40 %	40 %	0 %	20 %	116332496
42	NC_008511	TCGAA	2	10	58319	58328	40 %	20 %	20 %	20 %	116332497
43	NC_008511	GAAAG	2	10	58462	58471	60 %	0 %	40 %	0 %	116332497
44	NC_008511	GTTTT	2	10	58914	58923	0 %	80 %	20 %	0 %	116332497
45	NC_008511	GAAAG	2	10	65451	65460	60 %	0 %	40 %	0 %	116332503
46	NC_008511	TACTT	2	10	66936	66945	20 %	60 %	0 %	20 %	116332504
47	NC_008511	TCATC	2	10	68403	68412	20 %	40 %	0 %	40 %	116332505
48	NC_008511	GATTT	2	10	71684	71693	20 %	60 %	20 %	0 %	116332507
49	NC_008511	ATTTT	2	10	73263	73272	20 %	80 %	0 %	0 %	116332508
50	NC_008511	AAATT	2	10	73344	73353	60 %	40 %	0 %	0 %	116332508
51	NC_008511	CTTCT	2	10	75273	75282	0 %	60 %	0 %	40 %	116332510
52	NC_008511	GAAAA	2	10	79390	79399	80 %	0 %	20 %	0 %	116332512
53	NC_008511	TCAAA	2	10	79504	79513	60 %	20 %	0 %	20 %	116332513
54	NC_008511	GAAAG	2	10	92561	92570	60 %	0 %	40 %	0 %	116332517
55	NC_008511	GATTT	2	10	92876	92885	20 %	60 %	20 %	0 %	116332517
56	NC_008511	AAAAC	2	10	94534	94543	80 %	0 %	0 %	20 %	116332518
57	NC_008511	GAATA	2	10	97221	97230	60 %	20 %	20 %	0 %	116332521
58	NC_008511	GGAAG	2	10	98204	98213	40 %	0 %	60 %	0 %	116332522
59	NC_008511	TAAAG	2	10	100510	100519	60 %	20 %	20 %	0 %	116332525
60	NC_008511	GGAAA	2	10	104933	104942	60 %	0 %	40 %	0 %	116332527
61	NC_008511	TTTCA	2	10	106082	106091	20 %	60 %	0 %	20 %	116332528
62	NC_008511	TTTCG	2	10	109499	109508	0 %	60 %	20 %	20 %	116332531
63	NC_008511	TAGAT	2	10	109724	109733	40 %	40 %	20 %	0 %	116332531
64	NC_008511	TTCTT	2	10	110464	110473	0 %	80 %	0 %	20 %	116332531
65	NC_008511	GATTC	2	10	111453	111462	20 %	40 %	20 %	20 %	116332532
66	NC_008511	AGGGA	2	10	114203	114212	40 %	0 %	60 %	0 %	116332534
67	NC_008511	GAAGT	2	10	114597	114606	40 %	20 %	40 %	0 %	116332534
68	NC_008511	ACCTT	2	10	114748	114757	20 %	40 %	0 %	40 %	116332535
69	NC_008511	TTTGA	2	10	120062	120071	20 %	60 %	20 %	0 %	116332538
70	NC_008511	CTTTT	2	10	120175	120184	0 %	80 %	0 %	20 %	116332538
71	NC_008511	TCAAT	2	10	122329	122338	40 %	40 %	0 %	20 %	116332539
72	NC_008511	CAAAT	2	10	122607	122616	60 %	20 %	0 %	20 %	116332539
73	NC_008511	TGTTC	2	10	123886	123895	0 %	60 %	20 %	20 %	116332541
74	NC_008511	GGAAG	2	10	125080	125089	40 %	0 %	60 %	0 %	116332542
75	NC_008511	TCGAA	2	10	126117	126126	40 %	20 %	20 %	20 %	116332543
76	NC_008511	TTTTC	2	10	126927	126936	0 %	80 %	0 %	20 %	116332543
77	NC_008511	AATTC	2	10	127712	127721	40 %	40 %	0 %	20 %	116332543
78	NC_008511	ATTTT	2	10	127766	127775	20 %	80 %	0 %	0 %	116332544
79	NC_008511	GGAAA	2	10	129346	129355	60 %	0 %	40 %	0 %	116332545
80	NC_008511	ATCGA	2	10	132002	132011	40 %	20 %	20 %	20 %	116332548
81	NC_008511	TTCTT	2	10	133494	133503	0 %	80 %	0 %	20 %	116332549
82	NC_008511	GGGAA	2	10	133540	133549	40 %	0 %	60 %	0 %	116332549
83	NC_008511	TTGAT	2	10	135215	135224	20 %	60 %	20 %	0 %	116332549
84	NC_008511	TAGAA	2	10	135568	135577	60 %	20 %	20 %	0 %	116332549
85	NC_008511	AAAAT	2	10	135753	135762	80 %	20 %	0 %	0 %	116332550
86	NC_008511	TTGTT	2	10	136433	136442	0 %	80 %	20 %	0 %	116332551
87	NC_008511	CGAAT	2	10	136834	136843	40 %	20 %	20 %	20 %	116332551
88	NC_008511	TAATG	2	10	138578	138587	40 %	40 %	20 %	0 %	116332555
89	NC_008511	TCCGG	2	10	139038	139047	0 %	20 %	40 %	40 %	116332555
90	NC_008511	AATTT	2	10	139617	139626	40 %	60 %	0 %	0 %	116332555
91	NC_008511	TTTTG	2	10	139869	139878	0 %	80 %	20 %	0 %	116332555
92	NC_008511	TAATT	2	10	141141	141150	40 %	60 %	0 %	0 %	116332556
93	NC_008511	ACATG	2	10	141738	141747	40 %	20 %	20 %	20 %	116332557
94	NC_008511	GAAAA	2	10	142139	142148	80 %	0 %	20 %	0 %	116332558
95	NC_008511	CTGAT	2	10	143037	143046	20 %	40 %	20 %	20 %	116332559
96	NC_008511	CTTGT	2	10	143343	143352	0 %	60 %	20 %	20 %	116332559
97	NC_008511	CACGA	2	10	145032	145041	40 %	0 %	20 %	40 %	116332560
98	NC_008511	GAATC	2	10	145793	145802	40 %	20 %	20 %	20 %	116332560
99	NC_008511	AATTC	2	10	146310	146319	40 %	40 %	0 %	20 %	116332561
100	NC_008511	TTCTT	2	10	146838	146847	0 %	80 %	0 %	20 %	116332561
101	NC_008511	TGAAG	2	10	147676	147685	40 %	20 %	40 %	0 %	116332561
102	NC_008511	TTATC	2	10	149785	149794	20 %	60 %	0 %	20 %	116332563
103	NC_008511	TCAGG	2	10	150475	150484	20 %	20 %	40 %	20 %	116332564
104	NC_008511	TTGGA	2	10	159002	159011	20 %	40 %	40 %	0 %	116332567
105	NC_008511	GAAAA	2	10	160798	160807	80 %	0 %	20 %	0 %	116332567
106	NC_008511	GAAAA	2	10	162857	162866	80 %	0 %	20 %	0 %	116332570
107	NC_008511	TCAAA	2	10	162971	162980	60 %	20 %	0 %	20 %	116332570
108	NC_008511	GAATG	2	10	163005	163014	40 %	20 %	40 %	0 %	116332570
109	NC_008511	AAAAC	2	10	166097	166106	80 %	0 %	0 %	20 %	116332572
110	NC_008511	TAAAA	2	10	168400	168409	80 %	20 %	0 %	0 %	116332576
111	NC_008511	CCGAT	2	10	168660	168669	20 %	20 %	20 %	40 %	116332576
112	NC_008511	AAAAG	2	10	168936	168945	80 %	0 %	20 %	0 %	116332576
113	NC_008511	AATCA	2	10	169777	169786	60 %	20 %	0 %	20 %	116332577
114	NC_008511	AGAGA	2	10	171091	171100	60 %	0 %	40 %	0 %	116332578
115	NC_008511	TTTTG	2	10	171236	171245	0 %	80 %	20 %	0 %	116332578
116	NC_008511	CCCAA	2	10	172639	172648	40 %	0 %	0 %	60 %	116332579
117	NC_008511	AAAAT	2	10	173178	173187	80 %	20 %	0 %	0 %	116332579
118	NC_008511	GAAAA	2	10	173659	173668	80 %	0 %	20 %	0 %	116332579
119	NC_008511	GAAAA	2	10	173672	173681	80 %	0 %	20 %	0 %	116332579
120	NC_008511	GATTC	2	10	177877	177886	20 %	40 %	20 %	20 %	116332583
121	NC_008511	AGTCC	2	10	180485	180494	20 %	20 %	20 %	40 %	116332585
122	NC_008511	AAAAT	2	10	180743	180752	80 %	20 %	0 %	0 %	116332585
123	NC_008511	TACTT	2	10	181672	181681	20 %	60 %	0 %	20 %	116332585
124	NC_008511	ATCCA	2	10	184119	184128	40 %	20 %	0 %	40 %	116332588
125	NC_008511	AAGGT	2	10	184747	184756	40 %	20 %	40 %	0 %	116332589
126	NC_008511	GAAAA	2	10	186045	186054	80 %	0 %	20 %	0 %	116332591
127	NC_008511	ATCGG	2	10	187039	187048	20 %	20 %	40 %	20 %	116332591
128	NC_008511	AGAGG	2	10	188936	188945	40 %	0 %	60 %	0 %	116332592
129	NC_008511	AGTTT	2	10	189181	189190	20 %	60 %	20 %	0 %	116332592
130	NC_008511	AATTC	2	10	192019	192028	40 %	40 %	0 %	20 %	116332594
131	NC_008511	GCATC	2	10	192795	192804	20 %	20 %	20 %	40 %	116332595
132	NC_008511	CTTTT	2	10	192830	192839	0 %	80 %	0 %	20 %	116332595
133	NC_008511	AGATT	2	10	195452	195461	40 %	40 %	20 %	0 %	116332596
134	NC_008511	GGTAA	2	10	199569	199578	40 %	20 %	40 %	0 %	116332600
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.