MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Leptospira borgpetersenii serovar Hardjo-bovis str. JB197 chromosome 1

Total Repeats: 339

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_008510	AAAACT	2	12	35054	35065	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
2	NC_008510	CGAACT	2	12	35307	35318	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
3	NC_008510	TGAAAA	2	12	35381	35392	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
4	NC_008510	TAAAAG	2	12	35402	35413	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
5	NC_008510	ATAGAA	2	12	40865	40876	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
6	NC_008510	CGATTC	2	12	41559	41570	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
7	NC_008510	TTAAAA	2	12	45856	45867	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_008510	CGTTTT	2	12	59837	59848	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
9	NC_008510	ATTTGA	2	12	98402	98413	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
10	NC_008510	ATTTTC	2	12	100737	100748	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
11	NC_008510	TGATTT	2	12	123429	123440	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
12	NC_008510	AATGAA	2	12	135067	135078	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
13	NC_008510	TTTGTA	2	12	164071	164082	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
14	NC_008510	ATGGAT	2	12	167687	167698	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
15	NC_008510	AGCAAT	2	12	170372	170383	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
16	NC_008510	AATTGC	2	12	185085	185096	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
17	NC_008510	GTTCAT	2	12	192866	192877	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
18	NC_008510	CTTTAT	2	12	235444	235455	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
19	NC_008510	AGAAAA	2	12	251594	251605	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
20	NC_008510	TGAAAA	2	12	270544	270555	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
21	NC_008510	CAGACG	2	12	289904	289915	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
22	NC_008510	ATTTTT	2	12	292925	292936	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_008510	TTTTGT	2	12	311006	311017	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
24	NC_008510	ATCGCA	2	12	314208	314219	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
25	NC_008510	GTCTTC	2	12	317918	317929	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
26	NC_008510	GGAAAA	2	12	324140	324151	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
27	NC_008510	ATCGAA	2	12	325047	325058	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
28	NC_008510	CCGAAA	2	12	335522	335533	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
29	NC_008510	TGAATA	2	12	335586	335597	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
30	NC_008510	TCGAGT	2	12	337784	337795	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
31	NC_008510	CGAATT	2	12	338234	338245	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
32	NC_008510	TGGATG	2	12	351104	351115	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
33	NC_008510	CTAATT	2	12	355619	355630	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
34	NC_008510	AGTTTA	2	12	394734	394745	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
35	NC_008510	TCCTGG	2	12	406355	406366	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
36	NC_008510	TCTTTT	2	12	425046	425057	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
37	NC_008510	TCCATT	2	12	428807	428818	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
38	NC_008510	TGTTTT	2	12	431047	431058	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
39	NC_008510	AATGTA	2	12	435400	435411	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
40	NC_008510	GATGAA	2	12	469496	469507	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
41	NC_008510	GATGAA	2	12	508482	508493	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
42	NC_008510	GGAATT	2	12	532038	532049	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
43	NC_008510	GCGATC	2	12	532814	532825	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
44	NC_008510	TTCTTT	2	12	534880	534891	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
45	NC_008510	CTTAAT	2	12	534981	534992	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
46	NC_008510	AAATTT	2	12	542803	542814	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_008510	TCGATT	2	12	543587	543598	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
48	NC_008510	GATTCC	2	12	546590	546601	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
49	NC_008510	ATAAAG	2	12	552146	552157	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
50	NC_008510	CGACTT	2	12	554373	554384	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
51	NC_008510	TTTCGG	2	12	555522	555533	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
52	NC_008510	TAATTC	2	12	601192	601203	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
53	NC_008510	ATATTT	2	12	649376	649387	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_008510	TGTTTT	2	12	661594	661605	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
55	NC_008510	TTGAAA	2	12	683039	683050	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
56	NC_008510	TTTCTG	2	12	688727	688738	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
57	NC_008510	CGTTGA	2	12	689964	689975	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
58	NC_008510	CAAATG	2	12	691782	691793	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
59	NC_008510	AAACCG	2	12	709532	709543	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
60	NC_008510	TCGTAA	2	12	709637	709648	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
61	NC_008510	AAATAT	2	12	710478	710489	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_008510	TGATTA	2	12	714272	714283	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
63	NC_008510	CTTTAT	2	12	714302	714313	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
64	NC_008510	TGAGAT	2	12	721849	721860	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
65	NC_008510	TTTCCG	2	12	732851	732862	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
66	NC_008510	TTTCAC	2	12	747336	747347	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
67	NC_008510	CCCGAA	2	12	771964	771975	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
68	NC_008510	GAGATC	2	12	799619	799630	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
69	NC_008510	AAAGGG	2	12	817771	817782	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
70	NC_008510	GAGAAA	2	12	850056	850067	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
71	NC_008510	GGTTCC	2	12	859277	859288	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
72	NC_008510	TTTTAC	2	12	863834	863845	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
73	NC_008510	GAAACG	2	12	865391	865402	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
74	NC_008510	TTTTCG	2	12	865691	865702	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
75	NC_008510	ATAAAA	2	12	880888	880899	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
76	NC_008510	TCAAAA	2	12	880905	880916	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
77	NC_008510	TTTTGA	2	12	885023	885034	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
78	NC_008510	TGATTT	2	12	888645	888656	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
79	NC_008510	TTTCAT	2	12	900501	900512	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
80	NC_008510	TAGAAT	2	12	911672	911683	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
81	NC_008510	ATGGAA	2	12	936062	936073	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
82	NC_008510	CCAATA	2	12	965001	965012	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
83	NC_008510	ATAGAA	2	12	978251	978262	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
84	NC_008510	CTATTC	2	12	979556	979567	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
85	NC_008510	AAAAAC	2	12	981236	981247	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
86	NC_008510	TTCTCT	2	12	982150	982161	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
87	NC_008510	ATTTGG	2	12	982221	982232	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
88	NC_008510	TTAGCG	2	12	987354	987365	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
89	NC_008510	TAAAAA	2	12	988096	988107	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
90	NC_008510	GCGATC	2	12	989789	989800	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
91	NC_008510	TAGTGA	2	12	1000368	1000379	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
92	NC_008510	CGAATT	2	12	1000862	1000873	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
93	NC_008510	TTTCAA	2	12	1004479	1004490	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
94	NC_008510	TCTAAA	2	12	1009808	1009819	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
95	NC_008510	AAAATT	2	12	1009820	1009831	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
96	NC_008510	TTCCAT	2	12	1032977	1032988	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
97	NC_008510	GTTTGA	2	12	1039624	1039635	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
98	NC_008510	ATATCG	2	12	1053425	1053436	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
99	NC_008510	TTCCAT	2	12	1053513	1053524	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
100	NC_008510	ATAAAC	2	12	1054106	1054117	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
101	NC_008510	TCTGTT	2	12	1055854	1055865	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
102	NC_008510	TTTTAG	2	12	1063045	1063056	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
103	NC_008510	AAAATA	2	12	1104374	1104385	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
104	NC_008510	GGATGT	2	12	1124749	1124760	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
105	NC_008510	TTTTTC	2	12	1141148	1141159	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
106	NC_008510	ATCATG	2	12	1146861	1146872	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
107	NC_008510	AAATCG	2	12	1168098	1168109	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
108	NC_008510	CAAAGA	2	12	1187202	1187213	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
109	NC_008510	GCGACT	2	12	1188402	1188413	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
110	NC_008510	TGATAG	2	12	1189982	1189993	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
111	NC_008510	TGTAAA	2	12	1190532	1190543	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
112	NC_008510	ATTTCC	2	12	1193009	1193020	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
113	NC_008510	CAAATT	2	12	1193262	1193273	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
114	NC_008510	GAAATC	2	12	1193445	1193456	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
115	NC_008510	TATGAA	2	12	1193793	1193804	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
116	NC_008510	CCGGAC	2	12	1194420	1194431	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
117	NC_008510	AGTTGT	2	12	1196246	1196257	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
118	NC_008510	TTTTCC	2	12	1219872	1219883	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
119	NC_008510	AAGTGG	2	12	1232625	1232636	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
120	NC_008510	TATTTT	2	12	1234833	1234844	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
121	NC_008510	ATGGAA	2	12	1258700	1258711	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
122	NC_008510	CGATTC	2	12	1261583	1261594	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
123	NC_008510	AGATTG	2	12	1272005	1272016	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
124	NC_008510	TGGATT	2	12	1272351	1272362	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
125	NC_008510	TTTCGG	2	12	1276435	1276446	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
126	NC_008510	ATCGAA	2	12	1279112	1279123	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
127	NC_008510	GTTTTC	2	12	1308650	1308661	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
128	NC_008510	TTTAAA	2	12	1309062	1309073	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.