MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Repeats of Leptospira borgpetersenii serovar Hardjo-bovis L550 chromosome chromosome 2

Total Repeats: 150

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_008509	GATCTG	2	12	10046	10057	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	116329566
2	NC_008509	AAAAGA	2	12	11624	11635	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	116329567
3	NC_008509	GTCTTC	2	12	14117	14128	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	116329569
4	NC_008509	GTTTCT	2	12	14920	14931	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	116329570
5	NC_008509	TCAAAA	2	12	17965	17976	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	116329573
6	NC_008509	TAGACG	2	12	19806	19817	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	116329574
7	NC_008509	ATCGTA	2	12	20389	20400	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	116329575
8	NC_008509	AGGAAG	2	12	21078	21089	50 %	0 %	50 %	0 %	116329575
9	NC_008509	TTTTTC	2	12	22270	22281	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	116329576
10	NC_008509	TAAAAA	2	12	23266	23277	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	116329577
11	NC_008509	CAGGCC	2	12	23421	23432	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	116329577
12	NC_008509	GCGGAA	2	12	26696	26707	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
13	NC_008509	GATTTT	2	12	27050	27061	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
14	NC_008509	TTTACG	2	12	27382	27393	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
15	NC_008509	AAAGAA	2	12	30048	30059	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	116329582
16	NC_008509	AAGGTG	2	12	31808	31819	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
17	NC_008509	CAAAAA	2	12	32270	32281	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	116329584
18	NC_008509	CGGTAA	2	12	32418	32429	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	116329584
19	NC_008509	GATTTT	2	12	35010	35021	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
20	NC_008509	GAATCG	2	12	38205	38216	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	116329591
21	NC_008509	TATAAA	2	12	42348	42359	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_008509	TTGGAT	2	12	45590	45601	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	116329595
23	NC_008509	ACGATC	2	12	45791	45802	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	116329595
24	NC_008509	CGAATT	2	12	47103	47114	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	116329596
25	NC_008509	ATTTAT	2	12	47685	47696	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	116329597
26	NC_008509	GGTTTG	2	12	48112	48123	0 %	50 %	50 %	0 %	116329598
27	NC_008509	ACAAAA	2	12	48138	48149	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	116329598
28	NC_008509	CGATCC	2	12	49620	49631	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	116329599
29	NC_008509	TGAAGC	2	12	50431	50442	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	116329600
30	NC_008509	ATGGAC	2	12	50864	50875	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	116329601
31	NC_008509	CGGAAT	2	12	52611	52622	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	116329602
32	NC_008509	TTCTTT	2	12	54278	54289	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	116329603
33	NC_008509	AGAAGG	2	12	63111	63122	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
34	NC_008509	GGGCGA	2	12	67651	67662	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	116329614
35	NC_008509	AATTAA	2	12	71601	71612	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	116329617
36	NC_008509	GAATTA	2	12	73598	73609	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
37	NC_008509	TGTAAG	2	12	73662	73673	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	116329619
38	NC_008509	AAAATA	2	12	76986	76997	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_008509	AATTCA	2	12	77268	77279	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
40	NC_008509	TCAAAA	2	12	77442	77453	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
41	NC_008509	TAAAAT	2	12	78517	78528	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_008509	AATTTT	2	12	78542	78553	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_008509	ATTTGT	2	12	81203	81214	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	116329623
44	NC_008509	ATTTTT	2	12	82523	82534	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	116329624
45	NC_008509	AATTTA	2	12	82943	82954	50 %	50 %	0 %	0 %	116329624
46	NC_008509	AATTAT	2	12	85420	85431	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_008509	TGCAAT	2	12	87593	87604	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
48	NC_008509	AAAACA	2	12	88094	88105	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
49	NC_008509	ATTCAA	2	12	88183	88194	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
50	NC_008509	ATTTTT	2	12	88471	88482	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_008509	GATTTG	2	12	92581	92592	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	116329626
52	NC_008509	TTTCTT	2	12	92941	92952	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	116329626
53	NC_008509	TGTTCT	2	12	97239	97250	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
54	NC_008509	ACATTT	2	12	97317	97328	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
55	NC_008509	TCAACC	2	12	101712	101723	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
56	NC_008509	AGTCCG	2	12	105765	105776	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
57	NC_008509	AAAAAG	2	12	109242	109253	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
58	NC_008509	TCGACG	2	12	109995	110006	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
59	NC_008509	AAAAGG	2	12	110134	110145	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
60	NC_008509	GTTTTT	2	12	113673	113684	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	116329635
61	NC_008509	TTTTTC	2	12	114082	114093	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	116329635
62	NC_008509	TCCTTC	2	12	116751	116762	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
63	NC_008509	GAAAAC	2	12	122597	122608	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	116329641
64	NC_008509	TTCATT	2	12	123822	123833	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
65	NC_008509	TTCCAA	2	12	127089	127100	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	116329645
66	NC_008509	AATCGG	3	18	130586	130603	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	116329648
67	NC_008509	ATCGGC	2	12	132552	132563	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
68	NC_008509	AAGAAA	2	12	134717	134728	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	116329651
69	NC_008509	TTCATT	2	12	139265	139276	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	116329653
70	NC_008509	TCAACC	2	12	145222	145233	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	116329659
71	NC_008509	GACAAC	2	12	145824	145835	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	116329660
72	NC_008509	ATCCTT	2	12	148793	148804	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	116329663
73	NC_008509	ATTTCG	2	12	149014	149025	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	116329663
74	NC_008509	GTTGGA	2	12	149125	149136	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	116329663
75	NC_008509	TCGGAG	2	12	153822	153833	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	116329666
76	NC_008509	CGGGAG	2	12	153969	153980	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	116329666
77	NC_008509	TTGATG	2	12	154481	154492	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	116329667
78	NC_008509	ATATTA	2	12	154568	154579	50 %	50 %	0 %	0 %	116329667
79	NC_008509	TTCGAT	2	12	157696	157707	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	116329670
80	NC_008509	TAAAGA	2	12	157841	157852	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	116329670
81	NC_008509	GGAGGG	2	12	158938	158949	16.67 %	0 %	83.33 %	0 %	116329672
82	NC_008509	AAACGG	2	12	159035	159046	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	116329672
83	NC_008509	TCATCG	2	12	163051	163062	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	116329675
84	NC_008509	TCCGGC	2	12	163999	164010	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	116329676
85	NC_008509	AAAGAA	2	12	176536	176547	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	116329683
86	NC_008509	GATCCA	2	12	181509	181520	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
87	NC_008509	GAATTG	2	12	181671	181682	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
88	NC_008509	ACTTCC	2	12	181805	181816	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
89	NC_008509	TTCGTA	2	12	184173	184184	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	116329689
90	NC_008509	GAAATT	2	12	188848	188859	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	116329694
91	NC_008509	ATAAAA	2	12	189532	189543	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	116329694
92	NC_008509	CGAACG	2	12	189935	189946	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	116329695
93	NC_008509	AAAAGA	2	12	190126	190137	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	116329695
94	NC_008509	GAGATT	2	12	190161	190172	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	116329695
95	NC_008509	ACGAAG	2	12	190833	190844	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	116329695
96	NC_008509	TGCGAG	2	12	193881	193892	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	116329698
97	NC_008509	TCAAAA	2	12	195312	195323	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	116329699
98	NC_008509	GAAAAA	2	12	198615	198626	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	116329701
99	NC_008509	TTAGAA	2	12	201773	201784	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
100	NC_008509	TATACG	2	12	202424	202435	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	116329705
101	NC_008509	GTTTTG	2	12	205607	205618	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
102	NC_008509	TTGATT	2	12	210113	210124	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	116329711
103	NC_008509	ACGAAA	2	12	212432	212443	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	116329712
104	NC_008509	CTGAAC	2	12	214459	214470	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	116329713
105	NC_008509	AGATAA	2	12	221602	221613	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	116329720
106	NC_008509	AATTTT	2	12	223436	223447	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
107	NC_008509	ATCCAA	2	12	224664	224675	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	116329721
108	NC_008509	AAACGA	2	12	225387	225398	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	116329721
109	NC_008509	CCGTTC	2	12	226330	226341	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	116329723
110	NC_008509	CCGGTT	2	12	229198	229209	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	116329726
111	NC_008509	AAGACA	2	12	232096	232107	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	116329729
112	NC_008509	CAGGAA	2	12	234365	234376	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	116329732
113	NC_008509	AAGAAA	2	12	235563	235574	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	116329732
114	NC_008509	AACCGG	2	12	236204	236215	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	116329733
115	NC_008509	CGTCAA	2	12	237181	237192	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	116329735
116	NC_008509	AAAATC	2	12	237523	237534	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	116329735
117	NC_008509	GCGAAA	2	12	238670	238681	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	116329735
118	NC_008509	ATCCGA	2	12	239555	239566	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	116329735
119	NC_008509	AAGGTG	2	12	247514	247525	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
120	NC_008509	AGATAC	2	12	248583	248594	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	116329741
121	NC_008509	TGCAAC	2	12	251565	251576	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	116329742
122	NC_008509	TCGGAA	2	12	252923	252934	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	116329744
123	NC_008509	CAATCA	2	12	254118	254129	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
124	NC_008509	GAAACA	2	12	255040	255051	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
125	NC_008509	TCCGAA	2	12	256637	256648	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	116329748
126	NC_008509	TCGCGG	2	12	258290	258301	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	116329749
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128	NC_008509	CGTTTC	2	12	263690	263701	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	116329752
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131	NC_008509	ATGGGA	2	12	271942	271953	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
132	NC_008509	TCCATC	2	12	272511	272522	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	116329760
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149	NC_008509	TCGTTC	2	12	314752	314763	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
150	NC_008509	TCTTCC	2	12	314918	314929	0 %	50 %	0 %	50 %	116329797

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.