MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Coding Repeats of Leptospira borgpetersenii serovar Hardjo-bovis L550 chromosome chromosome 2

Total Repeats: 209

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_008509	ACTCA	2	10	679	688	40 %	20 %	0 %	40 %	116329557
2	NC_008509	CAAAA	2	10	1071	1080	80 %	0 %	0 %	20 %	116329558
3	NC_008509	TTCGA	2	10	3240	3249	20 %	40 %	20 %	20 %	116329560
4	NC_008509	TCATT	2	10	5932	5941	20 %	60 %	0 %	20 %	116329561
5	NC_008509	TATCG	2	10	7203	7212	20 %	40 %	20 %	20 %	116329562
6	NC_008509	TTTTC	2	10	8548	8557	0 %	80 %	0 %	20 %	116329563
7	NC_008509	TTCCC	2	10	10336	10345	0 %	40 %	0 %	60 %	116329566
8	NC_008509	CCGTT	2	10	12017	12026	0 %	40 %	20 %	40 %	116329567
9	NC_008509	GATTC	2	10	12177	12186	20 %	40 %	20 %	20 %	116329567
10	NC_008509	GAATC	2	10	14207	14216	40 %	20 %	20 %	20 %	116329569
11	NC_008509	AATCG	2	10	14471	14480	40 %	20 %	20 %	20 %	116329569
12	NC_008509	CGGAG	2	10	14977	14986	20 %	0 %	60 %	20 %	116329570
13	NC_008509	CGATC	2	10	15664	15673	20 %	20 %	20 %	40 %	116329571
14	NC_008509	CGGAT	2	10	17097	17106	20 %	20 %	40 %	20 %	116329572
15	NC_008509	CAAAA	2	10	18120	18129	80 %	0 %	0 %	20 %	116329573
16	NC_008509	GAAAG	2	10	18174	18183	60 %	0 %	40 %	0 %	116329573
17	NC_008509	CCCTA	2	10	20424	20433	20 %	20 %	0 %	60 %	116329575
18	NC_008509	TTTTG	2	10	20827	20836	0 %	80 %	20 %	0 %	116329575
19	NC_008509	TGTTT	2	10	21858	21867	0 %	80 %	20 %	0 %	116329576
20	NC_008509	GGAAA	2	10	22714	22723	60 %	0 %	40 %	0 %	116329577
21	NC_008509	AAGAA	2	10	23904	23913	80 %	0 %	20 %	0 %	116329578
22	NC_008509	AGGAA	2	10	30437	30446	60 %	0 %	40 %	0 %	116329582
23	NC_008509	AAAAC	2	10	32652	32661	80 %	0 %	0 %	20 %	116329585
24	NC_008509	AGAAA	2	10	32756	32765	80 %	0 %	20 %	0 %	116329585
25	NC_008509	AAATC	2	10	32941	32950	60 %	20 %	0 %	20 %	116329585
26	NC_008509	GAAAA	2	10	33202	33211	80 %	0 %	20 %	0 %	116329586
27	NC_008509	ATTTC	2	10	34785	34794	20 %	60 %	0 %	20 %	116329587
28	NC_008509	CGATA	2	10	36756	36765	40 %	20 %	20 %	20 %	116329590
29	NC_008509	TTTCG	2	10	38724	38733	0 %	60 %	20 %	20 %	116329591
30	NC_008509	CAAAA	2	10	38874	38883	80 %	0 %	0 %	20 %	116329591
31	NC_008509	CGATC	2	10	39645	39654	20 %	20 %	20 %	40 %	116329592
32	NC_008509	TTTTC	2	10	39714	39723	0 %	80 %	0 %	20 %	116329592
33	NC_008509	AAAGG	2	10	40689	40698	60 %	0 %	40 %	0 %	116329593
34	NC_008509	GATCA	2	10	40839	40848	40 %	20 %	20 %	20 %	116329593
35	NC_008509	CGATT	2	10	46988	46997	20 %	40 %	20 %	20 %	116329596
36	NC_008509	TAAAA	2	10	49101	49110	80 %	20 %	0 %	0 %	116329599
37	NC_008509	AGGAG	2	10	51119	51128	40 %	0 %	60 %	0 %	116329601
38	NC_008509	CGATT	2	10	51304	51313	20 %	40 %	20 %	20 %	116329601
39	NC_008509	TCCGT	2	10	53136	53145	0 %	40 %	20 %	40 %	116329602
40	NC_008509	CGTTC	2	10	54016	54025	0 %	40 %	20 %	40 %	116329602
41	NC_008509	ATCTA	2	10	57870	57879	40 %	40 %	0 %	20 %	116329607
42	NC_008509	GAAAG	2	10	65450	65459	60 %	0 %	40 %	0 %	116329613
43	NC_008509	TACTT	2	10	66935	66944	20 %	60 %	0 %	20 %	116329614
44	NC_008509	TCATC	2	10	68402	68411	20 %	40 %	0 %	40 %	116329615
45	NC_008509	GATTT	2	10	71682	71691	20 %	60 %	20 %	0 %	116329617
46	NC_008509	ATTTT	2	10	73261	73270	20 %	80 %	0 %	0 %	116329618
47	NC_008509	AAATT	2	10	73342	73351	60 %	40 %	0 %	0 %	116329618
48	NC_008509	CTTCT	2	10	75271	75280	0 %	60 %	0 %	40 %	116329620
49	NC_008509	GAAAA	2	10	79123	79132	80 %	0 %	20 %	0 %	116329622
50	NC_008509	TCAAA	2	10	79237	79246	60 %	20 %	0 %	20 %	116329622
51	NC_008509	AATTA	2	10	85904	85913	60 %	40 %	0 %	0 %	116329625
52	NC_008509	CTTTT	2	10	93923	93932	0 %	80 %	0 %	20 %	116329627
53	NC_008509	GCTTC	2	10	94022	94031	0 %	40 %	20 %	40 %	116329627
54	NC_008509	ATTTC	2	10	94073	94082	20 %	60 %	0 %	20 %	116329627
55	NC_008509	TTTCG	2	10	95044	95053	0 %	60 %	20 %	20 %	116329628
56	NC_008509	ATTTT	2	10	95274	95283	20 %	80 %	0 %	0 %	116329628
57	NC_008509	GTTTT	2	10	96121	96130	0 %	80 %	20 %	0 %	116329628
58	NC_008509	CCGAT	2	10	96329	96338	20 %	20 %	20 %	40 %	116329628
59	NC_008509	GAAAG	2	10	110877	110886	60 %	0 %	40 %	0 %	116329632
60	NC_008509	GATTT	2	10	111192	111201	20 %	60 %	20 %	0 %	116329632
61	NC_008509	AAAAC	2	10	112850	112859	80 %	0 %	0 %	20 %	116329633
62	NC_008509	GAATA	2	10	115537	115546	60 %	20 %	20 %	0 %	116329636
63	NC_008509	TAAAG	2	10	117822	117831	60 %	20 %	20 %	0 %	116329639
64	NC_008509	GGAAA	2	10	122245	122254	60 %	0 %	40 %	0 %	116329641
65	NC_008509	TTTCA	2	10	123394	123403	20 %	60 %	0 %	20 %	116329642
66	NC_008509	TTTCG	2	10	126811	126820	0 %	60 %	20 %	20 %	116329645
67	NC_008509	TAGAT	2	10	127036	127045	40 %	40 %	20 %	0 %	116329645
68	NC_008509	TTCTT	2	10	127776	127785	0 %	80 %	0 %	20 %	116329645
69	NC_008509	GATTC	2	10	128765	128774	20 %	40 %	20 %	20 %	116329646
70	NC_008509	TCCTT	2	10	128807	128816	0 %	60 %	0 %	40 %	116329646
71	NC_008509	AGGGA	2	10	131515	131524	40 %	0 %	60 %	0 %	116329648
72	NC_008509	GAAGT	2	10	131909	131918	40 %	20 %	40 %	0 %	116329648
73	NC_008509	ACCTT	2	10	132060	132069	20 %	40 %	0 %	40 %	116329649
74	NC_008509	TTTGA	2	10	137381	137390	20 %	60 %	20 %	0 %	116329652
75	NC_008509	CTTTT	2	10	137494	137503	0 %	80 %	0 %	20 %	116329652
76	NC_008509	TCAAT	2	10	139650	139659	40 %	40 %	0 %	20 %	116329654
77	NC_008509	CAAAT	2	10	139928	139937	60 %	20 %	0 %	20 %	116329654
78	NC_008509	TGTTC	2	10	141207	141216	0 %	60 %	20 %	20 %	116329656
79	NC_008509	GGAAG	2	10	142401	142410	40 %	0 %	60 %	0 %	116329657
80	NC_008509	TCGAA	2	10	143438	143447	40 %	20 %	20 %	20 %	116329658
81	NC_008509	TTTTC	2	10	144248	144257	0 %	80 %	0 %	20 %	116329658
82	NC_008509	AATTC	2	10	145033	145042	40 %	40 %	0 %	20 %	116329658
83	NC_008509	ATTTT	2	10	145087	145096	20 %	80 %	0 %	0 %	116329659
84	NC_008509	GGAAA	2	10	146667	146676	60 %	0 %	40 %	0 %	116329660
85	NC_008509	ATCGA	2	10	149323	149332	40 %	20 %	20 %	20 %	116329663
86	NC_008509	TTCTT	2	10	150815	150824	0 %	80 %	0 %	20 %	116329664
87	NC_008509	GGGAA	2	10	150861	150870	40 %	0 %	60 %	0 %	116329664
88	NC_008509	TTGAT	2	10	152536	152545	20 %	60 %	20 %	0 %	116329664
89	NC_008509	TAGAA	2	10	152889	152898	60 %	20 %	20 %	0 %	116329664
90	NC_008509	AAAAT	2	10	153074	153083	80 %	20 %	0 %	0 %	116329665
91	NC_008509	TTGTT	2	10	153754	153763	0 %	80 %	20 %	0 %	116329666
92	NC_008509	CGAAT	2	10	154155	154164	40 %	20 %	20 %	20 %	116329666
93	NC_008509	TAATG	2	10	155899	155908	40 %	40 %	20 %	0 %	116329670
94	NC_008509	TCCGG	2	10	156359	156368	0 %	20 %	40 %	40 %	116329670
95	NC_008509	AATTT	2	10	156938	156947	40 %	60 %	0 %	0 %	116329670
96	NC_008509	TTTTG	2	10	157190	157199	0 %	80 %	20 %	0 %	116329670
97	NC_008509	TAATT	2	10	158462	158471	40 %	60 %	0 %	0 %	116329671
98	NC_008509	ACATG	2	10	159059	159068	40 %	20 %	20 %	20 %	116329672
99	NC_008509	GAAAA	2	10	159460	159469	80 %	0 %	20 %	0 %	116329673
100	NC_008509	CTGAT	2	10	160358	160367	20 %	40 %	20 %	20 %	116329674
101	NC_008509	CTTGT	2	10	160664	160673	0 %	60 %	20 %	20 %	116329674
102	NC_008509	CACGA	2	10	162353	162362	40 %	0 %	20 %	40 %	116329675
103	NC_008509	GAATC	2	10	163114	163123	40 %	20 %	20 %	20 %	116329675
104	NC_008509	AATTC	2	10	163631	163640	40 %	40 %	0 %	20 %	116329676
105	NC_008509	TTCTT	2	10	164159	164168	0 %	80 %	0 %	20 %	116329676
106	NC_008509	TGAAG	2	10	164997	165006	40 %	20 %	40 %	0 %	116329676
107	NC_008509	TTATC	2	10	167106	167115	20 %	60 %	0 %	20 %	116329678
108	NC_008509	TCAGG	2	10	167796	167805	20 %	20 %	40 %	20 %	116329679
109	NC_008509	TTTGA	2	10	173088	173097	20 %	60 %	20 %	0 %	116329681
110	NC_008509	CTTTT	2	10	173201	173210	0 %	80 %	0 %	20 %	116329681
111	NC_008509	TTGGA	2	10	176260	176269	20 %	40 %	40 %	0 %	116329683
112	NC_008509	GTCCG	2	10	176280	176289	0 %	20 %	40 %	40 %	116329683
113	NC_008509	GAAAA	2	10	178056	178065	80 %	0 %	20 %	0 %	116329683
114	NC_008509	GAAAA	2	10	180115	180124	80 %	0 %	20 %	0 %	116329686
115	NC_008509	TCAAA	2	10	180229	180238	60 %	20 %	0 %	20 %	116329686
116	NC_008509	AAAAC	2	10	183463	183472	80 %	0 %	0 %	20 %	116329688
117	NC_008509	TAAAA	2	10	185766	185775	80 %	20 %	0 %	0 %	116329692
118	NC_008509	CCGAT	2	10	186026	186035	20 %	20 %	20 %	40 %	116329692
119	NC_008509	AAAAG	2	10	186302	186311	80 %	0 %	20 %	0 %	116329692
120	NC_008509	AATCA	2	10	187143	187152	60 %	20 %	0 %	20 %	116329693
121	NC_008509	TCGTT	2	10	187255	187264	0 %	60 %	20 %	20 %	116329693
122	NC_008509	AGAGA	2	10	188457	188466	60 %	0 %	40 %	0 %	116329694
123	NC_008509	TTTTG	2	10	188602	188611	0 %	80 %	20 %	0 %	116329694
124	NC_008509	CCCAA	2	10	190005	190014	40 %	0 %	0 %	60 %	116329695
125	NC_008509	AAAAT	2	10	190544	190553	80 %	20 %	0 %	0 %	116329695
126	NC_008509	GAAAA	2	10	191025	191034	80 %	0 %	20 %	0 %	116329695
127	NC_008509	GAAAA	2	10	191038	191047	80 %	0 %	20 %	0 %	116329695
128	NC_008509	GATTC	2	10	195243	195252	20 %	40 %	20 %	20 %	116329699
129	NC_008509	AGTCC	2	10	197851	197860	20 %	20 %	20 %	40 %	116329701
130	NC_008509	AAAAT	2	10	198109	198118	80 %	20 %	0 %	0 %	116329701
131	NC_008509	TACTT	2	10	199038	199047	20 %	60 %	0 %	20 %	116329701
132	NC_008509	ATCCA	2	10	201485	201494	40 %	20 %	0 %	40 %	116329704
133	NC_008509	AAGGT	2	10	202113	202122	40 %	20 %	40 %	0 %	116329705
134	NC_008509	GAAAA	2	10	203411	203420	80 %	0 %	20 %	0 %	116329707
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.