MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tri-nucleotide Coding Repeats of Lactobacillus casei ATCC 334 plasmid 1

Total Repeats: 243

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_008502	GCA	2	6	425	430	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	116326659
2	NC_008502	ACA	2	6	465	470	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	116326659
3	NC_008502	CCA	2	6	514	519	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	116326659
4	NC_008502	TGA	2	6	705	710	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	116326659
5	NC_008502	AAT	2	6	739	744	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	116326659
6	NC_008502	ATC	2	6	754	759	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	116326659
7	NC_008502	AGC	2	6	973	978	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	116326659
8	NC_008502	CAG	2	6	987	992	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	116326659
9	NC_008502	ATT	2	6	1177	1182	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	116326659
10	NC_008502	GGC	2	6	1189	1194	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	116326659
11	NC_008502	TAA	2	6	1204	1209	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	116326659
12	NC_008502	GTT	2	6	1211	1216	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	116326659
13	NC_008502	CAT	2	6	1227	1232	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	116326659
14	NC_008502	GTA	2	6	1367	1372	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	116326659
15	NC_008502	AAT	2	6	1492	1497	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	116326659
16	NC_008502	TCT	2	6	1550	1555	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	116326659
17	NC_008502	TTG	2	6	1658	1663	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	116326659
18	NC_008502	CAC	2	6	1668	1673	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	116326659
19	NC_008502	GCA	2	6	1706	1711	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	116326659
20	NC_008502	TAA	2	6	1758	1763	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	116326659
21	NC_008502	CTT	2	6	1836	1841	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	116326659
22	NC_008502	GCC	2	6	1889	1894	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	116326659
23	NC_008502	AAG	2	6	2018	2023	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	116326659
24	NC_008502	TTG	2	6	2024	2029	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	116326659
25	NC_008502	TCA	2	6	2088	2093	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	116326659
26	NC_008502	GAT	2	6	2182	2187	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	116326659
27	NC_008502	CAA	2	6	2193	2198	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	116326659
28	NC_008502	CAT	2	6	2317	2322	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	116326659
29	NC_008502	CAT	3	9	2335	2343	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	116326659
30	NC_008502	TCA	2	6	2522	2527	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	116326659
31	NC_008502	ATT	2	6	2554	2559	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	116326659
32	NC_008502	TTG	2	6	3001	3006	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	116326660
33	NC_008502	CAA	2	6	3076	3081	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	116326660
34	NC_008502	GCC	2	6	3107	3112	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	116326660
35	NC_008502	TGC	2	6	3114	3119	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	116326660
36	NC_008502	GTT	2	6	3162	3167	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	116326660
37	NC_008502	TTG	2	6	4560	4565	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	116326661
38	NC_008502	GGC	2	6	4616	4621	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	116326661
39	NC_008502	TGG	2	6	4783	4788	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	116326661
40	NC_008502	GAC	2	6	4840	4845	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	116326661
41	NC_008502	CAG	2	6	4971	4976	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	116326661
42	NC_008502	ATG	2	6	5956	5961	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	116326662
43	NC_008502	GAA	2	6	6033	6038	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	116326662
44	NC_008502	CAT	2	6	6122	6127	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	116326662
45	NC_008502	GTC	2	6	6343	6348	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	116326662
46	NC_008502	ATT	2	6	6477	6482	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	116326662
47	NC_008502	CAA	2	6	6488	6493	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	116326662
48	NC_008502	TCA	2	6	6514	6519	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	116326662
49	NC_008502	TGA	2	6	6559	6564	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	116326662
50	NC_008502	CGG	2	6	6668	6673	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	116326662
51	NC_008502	CCA	2	6	6788	6793	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	116326662
52	NC_008502	TTG	2	6	6867	6872	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	116326662
53	NC_008502	TTC	2	6	6927	6932	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	116326662
54	NC_008502	GTC	2	6	6960	6965	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	116326662
55	NC_008502	ATG	2	6	7023	7028	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	116326662
56	NC_008502	ATG	2	6	7050	7055	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	116326662
57	NC_008502	GGC	2	6	7056	7061	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	116326662
58	NC_008502	TCA	2	6	7198	7203	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	116326662
59	NC_008502	GAT	2	6	7208	7213	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	116326662
60	NC_008502	TGG	2	6	7298	7303	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	116326662
61	NC_008502	CGG	2	6	7322	7327	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	116326662
62	NC_008502	CAA	2	6	7411	7416	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	116326663
63	NC_008502	TTG	2	6	7437	7442	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	116326663
64	NC_008502	GTT	2	6	7467	7472	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	116326663
65	NC_008502	GCG	2	6	7537	7542	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	116326663
66	NC_008502	CCA	3	9	7671	7679	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	116326663
67	NC_008502	TCG	2	6	7770	7775	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	116326663
68	NC_008502	CGT	2	6	7849	7854	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	116326663
69	NC_008502	TTC	2	6	7880	7885	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	116326663
70	NC_008502	CAT	2	6	8039	8044	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	116326663
71	NC_008502	GAA	2	6	8120	8125	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	116326663
72	NC_008502	ATG	2	6	8244	8249	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	116326663
73	NC_008502	ACC	2	6	8256	8261	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	116326663
74	NC_008502	CCA	2	6	8277	8282	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	116326663
75	NC_008502	TGC	2	6	8349	8354	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	116326663
76	NC_008502	GCT	2	6	8361	8366	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	116326663
77	NC_008502	ACA	2	6	8388	8393	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	116326663
78	NC_008502	AGA	2	6	8434	8439	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	116326663
79	NC_008502	GCG	2	6	8497	8502	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	116326663
80	NC_008502	GTA	2	6	8681	8686	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	116326663
81	NC_008502	CAT	2	6	9002	9007	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	116326663
82	NC_008502	GAT	3	9	9023	9031	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	116326663
83	NC_008502	AGC	2	6	9080	9085	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	116326663
84	NC_008502	GAT	2	6	9314	9319	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	116326664
85	NC_008502	TAG	2	6	9519	9524	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	116326664
86	NC_008502	TGA	2	6	9552	9557	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	116326664
87	NC_008502	CTT	2	6	9568	9573	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	116326664
88	NC_008502	AAT	2	6	9893	9898	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	116326664
89	NC_008502	GTC	2	6	9909	9914	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	116326664
90	NC_008502	TCT	2	6	9988	9993	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	116326664
91	NC_008502	GTT	3	9	10097	10105	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	116326664
92	NC_008502	AAG	2	6	10808	10813	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	116326665
93	NC_008502	CTG	2	6	10835	10840	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	116326665
94	NC_008502	CGT	2	6	10963	10968	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	116326665
95	NC_008502	CCA	2	6	11021	11026	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	116326665
96	NC_008502	GCC	2	6	11188	11193	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	116326665
97	NC_008502	CAA	2	6	11244	11249	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	116326665
98	NC_008502	TTG	2	6	12204	12209	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	116326666
99	NC_008502	TCC	2	6	12371	12376	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	116326666
100	NC_008502	GTG	2	6	12477	12482	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	116326666
101	NC_008502	AAT	2	6	12559	12564	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	116326666
102	NC_008502	ATC	2	6	12571	12576	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	116326666
103	NC_008502	ATC	2	6	12655	12660	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	116326666
104	NC_008502	CAC	2	6	12672	12677	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	116326666
105	NC_008502	GCC	2	6	12729	12734	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	116326666
106	NC_008502	TTG	2	6	12787	12792	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	116326666
107	NC_008502	ATA	2	6	12793	12798	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	116326666
108	NC_008502	TCG	2	6	12953	12958	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	116326667
109	NC_008502	GGT	2	6	13066	13071	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	116326667
110	NC_008502	ATT	2	6	13085	13090	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	116326667
111	NC_008502	TGG	2	6	13107	13112	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	116326667
112	NC_008502	TGA	2	6	13419	13424	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	116326667
113	NC_008502	GTG	2	6	13440	13445	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	116326667
114	NC_008502	TGA	2	6	13446	13451	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	116326667
115	NC_008502	TAG	2	6	13515	13520	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	116326667
116	NC_008502	CTA	2	6	13528	13533	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	116326667
117	NC_008502	GAT	2	6	13535	13540	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	116326667
118	NC_008502	CGG	2	6	15316	15321	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	116326668
119	NC_008502	ATT	2	6	15380	15385	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	116326668
120	NC_008502	TTC	2	6	15449	15454	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	116326668
121	NC_008502	CGT	2	6	15469	15474	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	116326668
122	NC_008502	GCT	2	6	15475	15480	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	116326668
123	NC_008502	GCT	2	6	15569	15574	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	116326668
124	NC_008502	GAC	2	6	15745	15750	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	116326668
125	NC_008502	CAA	2	6	15797	15802	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	116326668
126	NC_008502	AAT	2	6	15815	15820	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	116326668
127	NC_008502	TGG	2	6	15899	15904	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	116326668
128	NC_008502	AGA	3	9	15918	15926	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	116326668
129	NC_008502	TAT	2	6	15981	15986	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	116326669
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134	NC_008502	GCT	2	6	16287	16292	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	116326669
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243	NC_008502	AGA	2	6	28309	28314	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	116326678

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.