MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tri-nucleotide Repeats of Streptococcus thermophilus LMD-9 plasmid 1

Total Repeats: 52

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_008500	TCC	2	6	1	6	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
2	NC_008500	TTG	2	6	16	21	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
3	NC_008500	CGA	2	6	45	50	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
4	NC_008500	ACT	2	6	64	69	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	116326680
5	NC_008500	CAA	2	6	98	103	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	116326680
6	NC_008500	TTC	2	6	119	124	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	116326680
7	NC_008500	GAA	2	6	336	341	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	116326680
8	NC_008500	AAT	2	6	363	368	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	116326680
9	NC_008500	TCC	2	6	394	399	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
10	NC_008500	TAT	2	6	418	423	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_008500	CAT	2	6	690	695	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
12	NC_008500	TGA	2	6	733	738	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
13	NC_008500	ACG	2	6	820	825	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
14	NC_008500	TCA	2	6	876	881	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
15	NC_008500	GGA	2	6	902	907	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
16	NC_008500	AAG	2	6	930	935	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
17	NC_008500	TGC	2	6	988	993	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
18	NC_008500	ACA	2	6	1119	1124	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	116326681
19	NC_008500	TAA	2	6	1240	1245	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	116326681
20	NC_008500	TAG	2	6	1251	1256	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	116326681
21	NC_008500	GTA	2	6	1286	1291	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	116326681
22	NC_008500	TCA	2	6	1424	1429	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	116326681
23	NC_008500	ACA	2	6	1548	1553	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	116326681
24	NC_008500	TCA	2	6	1565	1570	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	116326681
25	NC_008500	CAA	2	6	1724	1729	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
26	NC_008500	CTT	2	6	1767	1772	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
27	NC_008500	GTT	2	6	1794	1799	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
28	NC_008500	TCT	2	6	1847	1852	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
29	NC_008500	TCT	2	6	1943	1948	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
30	NC_008500	CTC	2	6	2115	2120	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
31	NC_008500	CCA	2	6	2302	2307	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
32	NC_008500	CTT	2	6	2389	2394	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	116326682
33	NC_008500	AAT	2	6	2473	2478	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	116326682
34	NC_008500	TAA	2	6	2497	2502	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	116326682
35	NC_008500	TGA	2	6	2505	2510	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	116326682
36	NC_008500	TTC	2	6	2537	2542	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	116326682
37	NC_008500	CCA	2	6	2660	2665	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	116326682
38	NC_008500	TCG	2	6	2719	2724	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	116326682
39	NC_008500	CAA	2	6	2737	2742	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	116326682
40	NC_008500	TCT	2	6	2821	2826	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	116326682
41	NC_008500	CTT	2	6	2872	2877	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	116326682
42	NC_008500	AAC	2	6	3017	3022	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	116326682
43	NC_008500	GAC	2	6	3039	3044	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	116326682
44	NC_008500	ATC	2	6	3104	3109	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	116326682
45	NC_008500	ATT	2	6	3179	3184	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	116326682
46	NC_008500	TCA	2	6	3417	3422	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	116326682
47	NC_008500	CTG	2	6	3540	3545	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
48	NC_008500	CAG	2	6	3557	3562	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
49	NC_008500	CAA	2	6	3902	3907	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	116326683
50	NC_008500	TTC	2	6	4005	4010	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	116326683
51	NC_008500	TCG	2	6	4393	4398	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
52	NC_008500	CAA	2	6	4422	4427	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.