MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Burkholderia ambifaria AMMD chromosome 3

Total Repeats: 195

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_008392	GCCCG	2	10	7847	7856	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
2	NC_008392	GATTG	2	10	35380	35389	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
3	NC_008392	CGCGC	2	10	40271	40280	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
4	NC_008392	CGCGC	2	10	41974	41983	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
5	NC_008392	TCGGT	2	10	50320	50329	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
6	NC_008392	CCTCG	2	10	55805	55814	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
7	NC_008392	ATGCG	2	10	79845	79854	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
8	NC_008392	CCGTG	2	10	88681	88690	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
9	NC_008392	GGTCG	2	10	92057	92066	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
10	NC_008392	GCGCG	2	10	92997	93006	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
11	NC_008392	CGTGT	2	10	100827	100836	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
12	NC_008392	GGCCG	2	10	105306	105315	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
13	NC_008392	TGCCG	2	10	105405	105414	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
14	NC_008392	CTCTC	2	10	110771	110780	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
15	NC_008392	TCCTG	2	10	112276	112285	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
16	NC_008392	TAAGG	2	10	118243	118252	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
17	NC_008392	CCGAA	2	10	119645	119654	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
18	NC_008392	GCGTC	2	10	119758	119767	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
19	NC_008392	CGTTC	2	10	154676	154685	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
20	NC_008392	GCCGC	2	10	167895	167904	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
21	NC_008392	GCCGG	2	10	173867	173876	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
22	NC_008392	CGCGG	2	10	177842	177851	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
23	NC_008392	CCGAT	2	10	183116	183125	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
24	NC_008392	ACGCG	2	10	183147	183156	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
25	NC_008392	TCGCG	2	10	201198	201207	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
26	NC_008392	CATCG	2	10	201837	201846	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
27	NC_008392	TTGAA	2	10	215689	215698	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
28	NC_008392	GCGCA	2	10	217313	217322	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
29	NC_008392	GTGCG	2	10	226261	226270	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
30	NC_008392	TAAAA	2	10	226540	226549	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_008392	GGCCC	2	10	227154	227163	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
32	NC_008392	GGTGC	2	10	238915	238924	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
33	NC_008392	GACCA	2	10	245102	245111	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
34	NC_008392	CGACG	2	10	248566	248575	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
35	NC_008392	CCGCG	2	10	252171	252180	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
36	NC_008392	TCCTG	2	10	262267	262276	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
37	NC_008392	CGCTG	2	10	264651	264660	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
38	NC_008392	CCCAT	2	10	270998	271007	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
39	NC_008392	CGCGT	2	10	275594	275603	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
40	NC_008392	TGTGC	2	10	279070	279079	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
41	NC_008392	CGCGC	2	10	279204	279213	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
42	NC_008392	GAATG	2	10	282549	282558	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
43	NC_008392	CGATT	2	10	282688	282697	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
44	NC_008392	GACGG	2	10	284224	284233	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
45	NC_008392	CAACG	2	10	305958	305967	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
46	NC_008392	CCGCG	2	10	319598	319607	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
47	NC_008392	TGCCA	2	10	330939	330948	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
48	NC_008392	CGCTG	2	10	331866	331875	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
49	NC_008392	ACGCG	2	10	333027	333036	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
50	NC_008392	CCGGC	2	10	355376	355385	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
51	NC_008392	GCGAC	2	10	364174	364183	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
52	NC_008392	AACCG	2	10	369037	369046	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
53	NC_008392	ATTTA	2	10	377414	377423	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_008392	CGCGC	2	10	384329	384338	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
55	NC_008392	CGCGA	2	10	457360	457369	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
56	NC_008392	CGAGT	2	10	466987	466996	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
57	NC_008392	GTCGG	2	10	503376	503385	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
58	NC_008392	CATCG	2	10	504983	504992	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
59	NC_008392	AAAAC	2	10	505806	505815	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
60	NC_008392	GATGA	2	10	512522	512531	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
61	NC_008392	CTCCC	2	10	514523	514532	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
62	NC_008392	TTCGC	2	10	514841	514850	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
63	NC_008392	CACGA	2	10	516066	516075	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
64	NC_008392	TCGGT	2	10	517158	517167	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
65	NC_008392	CTTCC	2	10	517501	517510	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
66	NC_008392	GCCCG	2	10	524914	524923	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
67	NC_008392	CGGGC	2	10	524932	524941	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
68	NC_008392	TGGCA	2	10	541343	541352	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
69	NC_008392	CGGGG	2	10	541964	541973	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
70	NC_008392	GCGCG	2	10	542031	542040	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
71	NC_008392	CGAGT	2	10	544036	544045	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
72	NC_008392	TTCCG	2	10	554817	554826	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
73	NC_008392	AGGGG	2	10	554970	554979	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
74	NC_008392	ATCGT	2	10	555294	555303	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
75	NC_008392	GCATC	2	10	560806	560815	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
76	NC_008392	GACGC	2	10	569320	569329	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
77	NC_008392	CTTCG	2	10	579855	579864	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
78	NC_008392	CCGTG	2	10	589214	589223	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
79	NC_008392	GTCGA	2	10	601927	601936	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
80	NC_008392	CGGAT	2	10	614656	614665	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
81	NC_008392	GGGAC	2	10	616778	616787	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
82	NC_008392	GACCG	2	10	618695	618704	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
83	NC_008392	GCGCC	2	10	637106	637115	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
84	NC_008392	TAAGG	2	10	638374	638383	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
85	NC_008392	GCCGG	2	10	640233	640242	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
86	NC_008392	CATCG	2	10	640257	640266	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
87	NC_008392	TCGCG	2	10	642936	642945	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
88	NC_008392	GTCGC	2	10	645976	645985	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
89	NC_008392	CGTTC	2	10	648355	648364	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
90	NC_008392	ACGCC	2	10	660281	660290	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
91	NC_008392	ATAAA	2	10	667299	667308	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
92	NC_008392	CTGAT	2	10	673167	673176	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
93	NC_008392	CGCAT	2	10	676533	676542	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
94	NC_008392	ATGCG	2	10	682031	682040	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
95	NC_008392	GGGAA	2	10	682884	682893	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
96	NC_008392	GCGAC	2	10	712962	712971	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
97	NC_008392	ATTGT	2	10	715387	715396	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
98	NC_008392	TCGCG	2	10	716757	716766	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
99	NC_008392	TGCAG	2	10	723536	723545	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
100	NC_008392	GGCCG	2	10	729060	729069	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
101	NC_008392	GTCAT	2	10	730869	730878	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
102	NC_008392	GCCGC	2	10	736793	736802	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
103	NC_008392	AATTC	2	10	738924	738933	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
104	NC_008392	CGGCC	2	10	744894	744903	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
105	NC_008392	TCCTT	2	10	751265	751274	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
106	NC_008392	CCGCA	2	10	761159	761168	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
107	NC_008392	CAGTT	2	10	770505	770514	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
108	NC_008392	TTGCG	2	10	778288	778297	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
109	NC_008392	GCATC	2	10	779057	779066	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
110	NC_008392	CGTGC	2	10	796306	796315	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
111	NC_008392	CGACG	2	10	797797	797806	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
112	NC_008392	CACGC	2	10	827612	827621	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
113	NC_008392	ATGAA	2	10	831931	831940	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
114	NC_008392	AGTTG	2	10	831976	831985	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
115	NC_008392	TTGGC	2	10	832073	832082	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
116	NC_008392	ATGTC	2	10	832116	832125	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
117	NC_008392	TTAAT	2	10	832676	832685	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
118	NC_008392	AGTAT	2	10	834299	834308	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
119	NC_008392	TTGAA	2	10	851152	851161	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
120	NC_008392	GCGCG	2	10	854745	854754	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
121	NC_008392	CCGGA	2	10	854755	854764	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
122	NC_008392	AGATG	2	10	857796	857805	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
123	NC_008392	GGGTG	2	10	866478	866487	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
124	NC_008392	GCCGC	2	10	867784	867793	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
125	NC_008392	TGCGG	2	10	867920	867929	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
126	NC_008392	CGCAC	2	10	869974	869983	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
127	NC_008392	GCCAC	2	10	873091	873100	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
128	NC_008392	CGATC	2	10	876583	876592	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
129	NC_008392	GCGCG	2	10	876646	876655	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
130	NC_008392	GCCAG	2	10	883183	883192	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
131	NC_008392	CGCGG	2	10	896093	896102	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
132	NC_008392	CCGGC	2	10	896129	896138	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
133	NC_008392	GCCGG	2	10	907546	907555	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
134	NC_008392	CCGGC	2	10	910667	910676	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
135	NC_008392	GCGCC	2	10	914987	914996	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
136	NC_008392	CAATC	2	10	917063	917072	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
137	NC_008392	ACAAG	2	10	923253	923262	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
138	NC_008392	GTGCA	2	10	923552	923561	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
139	NC_008392	CGGTG	2	10	932935	932944	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
140	NC_008392	CATCG	2	10	945566	945575	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
141	NC_008392	CCGCG	2	10	946127	946136	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
142	NC_008392	GGTTG	2	10	947023	947032	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
143	NC_008392	CCGCG	2	10	948014	948023	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
144	NC_008392	GTCAA	2	10	949313	949322	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
145	NC_008392	GCCGG	2	10	957003	957012	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
146	NC_008392	GCCGC	2	10	959053	959062	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
147	NC_008392	CGTGC	2	10	959154	959163	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
148	NC_008392	CGTTT	2	10	969342	969351	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
149	NC_008392	CGAAT	2	10	976171	976180	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
150	NC_008392	AACGG	2	10	979542	979551	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
151	NC_008392	GGCGC	2	10	983563	983572	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
152	NC_008392	GAACG	2	10	983974	983983	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
153	NC_008392	GGTTT	2	10	1004557	1004566	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
154	NC_008392	GGGGT	2	10	1010074	1010083	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
155	NC_008392	CGTTG	2	10	1014237	1014246	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
156	NC_008392	TCCGT	2	10	1014321	1014330	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
157	NC_008392	GCGCG	2	10	1014379	1014388	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
158	NC_008392	GTGTT	2	10	1015178	1015187	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
159	NC_008392	TGTGG	2	10	1016353	1016362	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
160	NC_008392	CGCTG	2	10	1019882	1019891	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
161	NC_008392	AAGGA	2	10	1048561	1048570	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
162	NC_008392	TCGTT	2	10	1055979	1055988	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
163	NC_008392	TACGC	2	10	1082398	1082407	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
164	NC_008392	GCGCC	2	10	1084313	1084322	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
165	NC_008392	ACGAC	2	10	1088242	1088251	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
166	NC_008392	CCGGG	2	10	1089042	1089051	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
167	NC_008392	GTGGA	2	10	1093278	1093287	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
168	NC_008392	ATCGA	2	10	1100666	1100675	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
169	NC_008392	ATCGC	2	10	1100868	1100877	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
170	NC_008392	CGTTT	2	10	1101019	1101028	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
171	NC_008392	GCCCG	2	10	1116248	1116257	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
172	NC_008392	CACAT	2	10	1157068	1157077	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
173	NC_008392	TCCGG	2	10	1157490	1157499	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
174	NC_008392	CCATC	2	10	1159204	1159213	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
175	NC_008392	GATTC	2	10	1159388	1159397	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
176	NC_008392	AATGG	2	10	1169526	1169535	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
177	NC_008392	CGCGG	2	10	1175763	1175772	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
178	NC_008392	GCGCT	2	10	1180898	1180907	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
179	NC_008392	GCATC	2	10	1181375	1181384	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
180	NC_008392	AAATT	2	10	1193678	1193687	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
181	NC_008392	GAACT	2	10	1200356	1200365	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
182	NC_008392	TCGAA	2	10	1201547	1201556	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
183	NC_008392	CTTCT	2	10	1201588	1201597	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
184	NC_008392	GCCCG	2	10	1210711	1210720	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
185	NC_008392	ACACG	2	10	1212314	1212323	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
186	NC_008392	GCACC	2	10	1212822	1212831	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
187	NC_008392	CCGTC	2	10	1213002	1213011	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
188	NC_008392	CATTG	2	10	1215442	1215451	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
189	NC_008392	AGCGC	2	10	1219383	1219392	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
190	NC_008392	GGCGG	2	10	1231465	1231474	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
191	NC_008392	CCGAT	2	10	1236662	1236671	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
192	NC_008392	GGCGC	2	10	1241214	1241223	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
193	NC_008392	GCGCC	2	10	1246906	1246915	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
194	NC_008392	TCGTG	2	10	1247633	1247642	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
195	NC_008392	GTTCG	2	10	1281384	1281393	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.