MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Burkholderia ambifaria AMMD chromosome 2

Total Repeats: 133

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_008391	CGTAAT	2	12	9716	9727	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
2	NC_008391	CGGGGG	2	12	75475	75486	0 %	0 %	83.33 %	16.67 %	Non-Coding
3	NC_008391	CGTGGC	2	12	75562	75573	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
4	NC_008391	TGTTCG	2	12	103053	103064	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
5	NC_008391	TGATCG	2	12	109204	109215	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
6	NC_008391	TCGCGA	2	12	114278	114289	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
7	NC_008391	TCGTGG	2	12	115633	115644	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
8	NC_008391	CCGCGC	2	12	137539	137550	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
9	NC_008391	AATCGA	2	12	154193	154204	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
10	NC_008391	CCGGCG	2	12	177874	177885	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
11	NC_008391	GCAGCG	2	12	210656	210667	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
12	NC_008391	GTGCTC	2	12	262999	263010	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
13	NC_008391	GGCGCA	2	12	276649	276660	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
14	NC_008391	TGAAAA	2	12	278666	278677	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
15	NC_008391	CGGTGC	2	12	308547	308558	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
16	NC_008391	GTGTCG	2	12	315384	315395	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
17	NC_008391	ACCGGC	2	12	333031	333042	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
18	NC_008391	GCGACG	2	12	336788	336799	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
19	NC_008391	CGCCGA	2	12	340488	340499	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
20	NC_008391	CCGGCG	2	12	344262	344273	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
21	NC_008391	CGGGCG	2	12	361447	361458	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
22	NC_008391	GCTTCG	2	12	385725	385736	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
23	NC_008391	ACCGCA	2	12	483527	483538	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
24	NC_008391	ATGGCG	2	12	488716	488727	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
25	NC_008391	CGCGCC	2	12	498074	498085	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
26	NC_008391	CGGCCC	2	12	498327	498338	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
27	NC_008391	AAGGGG	2	12	512699	512710	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
28	NC_008391	GCGACG	2	12	558982	558993	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
29	NC_008391	GAACAT	2	12	584463	584474	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
30	NC_008391	TGCCGC	2	12	655693	655704	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
31	NC_008391	AAGCGC	2	12	666383	666394	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
32	NC_008391	CGCCCA	4	24	715708	715731	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
33	NC_008391	CCGGCA	2	12	735560	735571	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
34	NC_008391	ACCGTC	2	12	745921	745932	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
35	NC_008391	GCGATT	2	12	758248	758259	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
36	NC_008391	AACGAA	2	12	758474	758485	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
37	NC_008391	GTTGCA	2	12	815655	815666	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
38	NC_008391	TCGCGA	2	12	846265	846276	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
39	NC_008391	GCGCCC	2	12	855359	855370	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
40	NC_008391	GAAGTG	2	12	859220	859231	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
41	NC_008391	CAAAAA	2	12	859315	859326	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
42	NC_008391	CACCAT	2	12	950607	950618	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
43	NC_008391	CGGCAG	2	12	955480	955491	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
44	NC_008391	GCGCGG	2	12	964418	964429	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
45	NC_008391	TCGCGC	2	12	968229	968240	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
46	NC_008391	GCCGTC	2	12	981188	981199	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
47	NC_008391	CTGGAA	2	12	1004568	1004579	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
48	NC_008391	TGCGGC	2	12	1006638	1006649	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
49	NC_008391	CGAAAA	2	12	1013432	1013443	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
50	NC_008391	GACGCG	2	12	1044357	1044368	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
51	NC_008391	CGTGCC	2	12	1089816	1089827	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
52	NC_008391	GACGCG	2	12	1100159	1100170	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
53	NC_008391	GCTCCG	2	12	1142450	1142461	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
54	NC_008391	ACTGTC	2	12	1158898	1158909	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
55	NC_008391	GCCGTC	2	12	1262786	1262797	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
56	NC_008391	TCGTGC	2	12	1263668	1263679	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
57	NC_008391	CGATCG	2	12	1285979	1285990	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
58	NC_008391	GATCAA	2	12	1299237	1299248	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
59	NC_008391	CTGGCG	2	12	1299267	1299278	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
60	NC_008391	CATCGC	2	12	1333864	1333875	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
61	NC_008391	GCAATC	2	12	1334916	1334927	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
62	NC_008391	TTCGCA	2	12	1352909	1352920	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
63	NC_008391	CCGCCA	2	12	1357528	1357539	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
64	NC_008391	ATGCGC	2	12	1366883	1366894	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
65	NC_008391	GCATGC	2	12	1374555	1374566	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
66	NC_008391	CCGCCC	2	12	1391134	1391145	0 %	0 %	16.67 %	83.33 %	Non-Coding
67	NC_008391	CCGCGG	2	12	1392332	1392343	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
68	NC_008391	CGTGGC	2	12	1392773	1392784	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
69	NC_008391	CGTTGA	2	12	1411554	1411565	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
70	NC_008391	TCGCCG	2	12	1416487	1416498	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
71	NC_008391	CGGTTC	2	12	1419794	1419805	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
72	NC_008391	TCCGCA	2	12	1462565	1462576	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
73	NC_008391	CGAAAA	2	12	1482077	1482088	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
74	NC_008391	GAAAGC	2	12	1482101	1482112	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
75	NC_008391	TGTATA	2	12	1483594	1483605	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
76	NC_008391	GCGCAA	2	12	1484069	1484080	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
77	NC_008391	ATCGCA	2	12	1484101	1484112	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
78	NC_008391	CGATCA	2	12	1545584	1545595	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
79	NC_008391	TCGATA	2	12	1565452	1565463	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
80	NC_008391	GGGTCG	2	12	1580584	1580595	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
81	NC_008391	GGCGCG	2	12	1588555	1588566	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
82	NC_008391	GGTGCG	4	24	1629397	1629420	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
83	NC_008391	CCCGCG	2	12	1654717	1654728	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
84	NC_008391	GCGCCC	2	12	1704362	1704373	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
85	NC_008391	TATCAA	2	12	1732872	1732883	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
86	NC_008391	AGCAGG	2	12	1738762	1738773	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
87	NC_008391	TCAAAA	2	12	1743175	1743186	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
88	NC_008391	TTGAAT	2	12	1745818	1745829	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
89	NC_008391	CGAATG	2	12	1778682	1778693	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
90	NC_008391	CCGCGC	2	12	1797950	1797961	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
91	NC_008391	GGACGG	2	12	1813671	1813682	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
92	NC_008391	TCCGCC	2	12	1855957	1855968	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
93	NC_008391	CCACTC	7	42	1856100	1856141	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
94	NC_008391	ACACGC	4	24	1859447	1859470	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
95	NC_008391	ACCGGC	2	12	1877915	1877926	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
96	NC_008391	CCACGC	2	12	1886288	1886299	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
97	NC_008391	AAAAGC	2	12	1886956	1886967	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
98	NC_008391	CCTCAC	2	12	1892550	1892561	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
99	NC_008391	CGCATG	2	12	1908987	1908998	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
100	NC_008391	CGATAT	2	12	1934375	1934386	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
101	NC_008391	CGCGTC	2	12	1958728	1958739	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
102	NC_008391	AAATAT	2	12	1980377	1980388	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
103	NC_008391	GCACCA	2	12	1998152	1998163	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
104	NC_008391	ATCAAT	2	12	2004906	2004917	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
105	NC_008391	GCGTCG	2	12	2013573	2013584	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
106	NC_008391	GCATCT	2	12	2014320	2014331	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
107	NC_008391	GGGAAC	2	12	2020590	2020601	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
108	NC_008391	CGTTTT	2	12	2025566	2025577	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
109	NC_008391	CGGGGC	2	12	2042352	2042363	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
110	NC_008391	GTGCCG	2	12	2128024	2128035	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
111	NC_008391	CGGAAA	2	12	2155954	2155965	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
112	NC_008391	TGCGGC	2	12	2168144	2168155	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
113	NC_008391	GGCCGG	2	12	2188782	2188793	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
114	NC_008391	GCCGGT	2	12	2228987	2228998	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
115	NC_008391	TATTTT	2	12	2247064	2247075	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
116	NC_008391	GCGCCC	2	12	2248954	2248965	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
117	NC_008391	ATGCGT	2	12	2278561	2278572	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
118	NC_008391	CAGCAC	2	12	2283859	2283870	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
119	NC_008391	GGAAAT	2	12	2325828	2325839	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
120	NC_008391	CGATAT	2	12	2358643	2358654	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
121	NC_008391	CCGCGC	2	12	2368637	2368648	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
122	NC_008391	CGATAC	2	12	2388106	2388117	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
123	NC_008391	AGGTGA	2	12	2395115	2395126	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
124	NC_008391	AGGTGA	2	12	2395172	2395183	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
125	NC_008391	TGGCGA	2	12	2395201	2395212	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
126	NC_008391	AAAGTC	2	12	2408348	2408359	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
127	NC_008391	GGCGTT	2	12	2440501	2440512	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
128	NC_008391	TGCACC	2	12	2567779	2567790	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
129	NC_008391	GGCGTG	4	24	2579741	2579764	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
130	NC_008391	CGATTG	2	12	2579772	2579783	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
131	NC_008391	TGCCGG	2	12	2579788	2579799	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
132	NC_008391	TGCGCC	2	12	2601480	2601491	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
133	NC_008391	CGCGTG	2	12	2641282	2641293	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.