MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Burkholderia ambifaria AMMD chromosome 1

Total Repeats: 177

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_008390	CTAGCC	2	12	11163	11174	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
2	NC_008390	GCTCAC	2	12	20146	20157	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
3	NC_008390	TTCGGT	2	12	20249	20260	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
4	NC_008390	GCATCG	2	12	27855	27866	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
5	NC_008390	GCGAGC	2	12	34656	34667	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
6	NC_008390	GTAATG	2	12	49632	49643	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
7	NC_008390	CTCTTT	2	12	73227	73238	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
8	NC_008390	CGTTTT	2	12	74473	74484	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
9	NC_008390	ATGCGC	2	12	83603	83614	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
10	NC_008390	GTTTCA	2	12	89070	89081	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
11	NC_008390	GTTTTT	2	12	94792	94803	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
12	NC_008390	CACGAC	7	42	131594	131635	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
13	NC_008390	TGCGCG	2	12	171646	171657	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
14	NC_008390	GCCGGG	2	12	175392	175403	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
15	NC_008390	GCGGGG	2	12	196227	196238	0 %	0 %	83.33 %	16.67 %	Non-Coding
16	NC_008390	CGGTCT	2	12	239312	239323	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
17	NC_008390	CGGAGC	2	12	239571	239582	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
18	NC_008390	GCGGGC	2	12	273343	273354	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
19	NC_008390	GATGCC	2	12	273530	273541	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
20	NC_008390	TTTTTG	2	12	333772	333783	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
21	NC_008390	CCGCGA	2	12	444714	444725	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
22	NC_008390	GTCGAA	2	12	477867	477878	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
23	NC_008390	GCCAGG	2	12	491896	491907	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
24	NC_008390	CTGCGC	2	12	559873	559884	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
25	NC_008390	CGGCCC	2	12	564901	564912	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
26	NC_008390	GCAGGA	2	12	589472	589483	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
27	NC_008390	GGGGGC	2	12	643292	643303	0 %	0 %	83.33 %	16.67 %	Non-Coding
28	NC_008390	CGGCGA	2	12	644822	644833	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
29	NC_008390	GATTCG	2	12	645552	645563	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
30	NC_008390	GCGGCC	2	12	670800	670811	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
31	NC_008390	TGCCGG	2	12	695166	695177	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
32	NC_008390	GTTCCG	2	12	719069	719080	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
33	NC_008390	CCGCGC	2	12	740417	740428	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
34	NC_008390	CGACAC	2	12	775927	775938	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
35	NC_008390	GCGCAT	2	12	788702	788713	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
36	NC_008390	AGCGAT	2	12	799983	799994	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
37	NC_008390	CTTTTT	2	12	802150	802161	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
38	NC_008390	GCCGAG	2	12	825568	825579	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
39	NC_008390	GAGCGC	2	12	890938	890949	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
40	NC_008390	ACGGCG	2	12	907513	907524	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
41	NC_008390	TGGGCG	2	12	924552	924563	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
42	NC_008390	CCCCCG	2	12	924640	924651	0 %	0 %	16.67 %	83.33 %	Non-Coding
43	NC_008390	CGGATG	2	12	972058	972069	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
44	NC_008390	TTGCGC	2	12	973148	973159	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
45	NC_008390	CCGCTG	2	12	1034589	1034600	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
46	NC_008390	TTGCGC	2	12	1079459	1079470	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
47	NC_008390	CTGTTG	2	12	1105909	1105920	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
48	NC_008390	TGCAGG	2	12	1111074	1111085	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
49	NC_008390	CTTTTC	2	12	1113866	1113877	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
50	NC_008390	CGGGGC	2	12	1114509	1114520	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
51	NC_008390	CCCGCG	2	12	1122484	1122495	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
52	NC_008390	GTTGCC	2	12	1129924	1129935	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
53	NC_008390	TTTCCG	2	12	1130014	1130025	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
54	NC_008390	GCCGGT	2	12	1140362	1140373	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
55	NC_008390	GGCGCT	2	12	1145905	1145916	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
56	NC_008390	CGGAAA	2	12	1182000	1182011	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
57	NC_008390	ACGCGC	2	12	1189877	1189888	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
58	NC_008390	GCTCGA	2	12	1221591	1221602	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
59	NC_008390	TGGCGA	2	12	1310141	1310152	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
60	NC_008390	TGGCAA	2	12	1319006	1319017	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
61	NC_008390	ATCGCG	2	12	1382237	1382248	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
62	NC_008390	GATACC	2	12	1433850	1433861	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
63	NC_008390	CCGTGC	2	12	1443114	1443125	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
64	NC_008390	TCGATT	2	12	1443166	1443177	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
65	NC_008390	GCCGGT	2	12	1466157	1466168	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
66	NC_008390	CGTATG	2	12	1471368	1471379	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
67	NC_008390	CCGCGC	2	12	1513855	1513866	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
68	NC_008390	CGGAGT	2	12	1524102	1524113	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
69	NC_008390	GTCGCG	2	12	1543784	1543795	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
70	NC_008390	CGCAGA	2	12	1577073	1577084	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
71	NC_008390	TGCAGG	2	12	1610904	1610915	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
72	NC_008390	GTTTTT	2	12	1616925	1616936	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
73	NC_008390	GCATTC	2	12	1622532	1622543	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
74	NC_008390	CGAATG	2	12	1626163	1626174	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
75	NC_008390	CACACG	3	18	1627676	1627693	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
76	NC_008390	CCGTGC	2	12	1632841	1632852	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
77	NC_008390	ATATCG	2	12	1661350	1661361	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
78	NC_008390	GCCATC	2	12	1680671	1680682	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
79	NC_008390	CGGCCG	2	12	1736272	1736283	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
80	NC_008390	CCCGCG	2	12	1761864	1761875	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
81	NC_008390	CACCAG	2	12	1767091	1767102	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
82	NC_008390	CGCTGC	2	12	1767195	1767206	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
83	NC_008390	CGCCGA	2	12	1768153	1768164	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
84	NC_008390	GCAGCG	2	12	1768599	1768610	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
85	NC_008390	ACAGGA	2	12	1770837	1770848	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
86	NC_008390	GCAACG	2	12	1774325	1774336	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
87	NC_008390	GCATCA	2	12	1781402	1781413	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
88	NC_008390	GCACCG	3	18	1781414	1781431	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
89	NC_008390	ATTATG	2	12	1814907	1814918	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
90	NC_008390	TGGTGT	2	12	1819459	1819470	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
91	NC_008390	ATCGCG	2	12	1844550	1844561	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
92	NC_008390	CGGCCG	2	12	1896716	1896727	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
93	NC_008390	AAATAA	2	12	1906122	1906133	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
94	NC_008390	CCGGGC	2	12	1907634	1907645	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
95	NC_008390	TCGCCC	2	12	1955110	1955121	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
96	NC_008390	GTGAAG	2	12	1971579	1971590	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
97	NC_008390	CGGCCG	2	12	2006439	2006450	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
98	NC_008390	ACGCCG	2	12	2009110	2009121	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
99	NC_008390	CTCGGT	2	12	2034629	2034640	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
100	NC_008390	ACCATC	2	12	2058217	2058228	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
101	NC_008390	CGTTCA	2	12	2062321	2062332	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
102	NC_008390	GCGAGT	2	12	2068309	2068320	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
103	NC_008390	CGATGC	2	12	2101235	2101246	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
104	NC_008390	ACCGAC	2	12	2138886	2138897	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
105	NC_008390	AACGGC	2	12	2145598	2145609	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
106	NC_008390	ATTCGA	2	12	2156028	2156039	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
107	NC_008390	CACTCC	2	12	2160522	2160533	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
108	NC_008390	GGCAGG	2	12	2171747	2171758	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
109	NC_008390	CCTGCC	12	72	2179613	2179684	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
110	NC_008390	CGATGC	2	12	2183283	2183294	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
111	NC_008390	CGGCTG	2	12	2184643	2184654	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
112	NC_008390	GCCCCC	2	12	2248663	2248674	0 %	0 %	16.67 %	83.33 %	Non-Coding
113	NC_008390	GAAAAA	2	12	2317939	2317950	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
114	NC_008390	CCGCGC	2	12	2330648	2330659	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
115	NC_008390	TGACGC	2	12	2332823	2332834	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
116	NC_008390	GCGGGC	2	12	2352286	2352297	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
117	NC_008390	CAGAGG	2	12	2385398	2385409	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
118	NC_008390	TCCGTT	2	12	2390272	2390283	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
119	NC_008390	CGCCGG	2	12	2424697	2424708	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
120	NC_008390	CTCGCG	2	12	2443347	2443358	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
121	NC_008390	CATTCT	2	12	2468667	2468678	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
122	NC_008390	CGGGCG	2	12	2531673	2531684	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
123	NC_008390	CGGGCG	2	12	2556486	2556497	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
124	NC_008390	CTCGCG	2	12	2572867	2572878	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
125	NC_008390	CGGCCG	2	12	2594408	2594419	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
126	NC_008390	CGGGCG	2	12	2598238	2598249	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
127	NC_008390	ACTTGA	2	12	2628821	2628832	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
128	NC_008390	CACCGC	2	12	2639040	2639051	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
129	NC_008390	GTTACG	2	12	2672489	2672500	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
130	NC_008390	TGGCGC	2	12	2728052	2728063	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
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132	NC_008390	GCATCG	2	12	2765966	2765977	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
133	NC_008390	CGCACG	2	12	2766000	2766011	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
134	NC_008390	GTGCCG	2	12	2791943	2791954	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
135	NC_008390	CGCCGG	2	12	2811519	2811530	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
136	NC_008390	GGCCAG	2	12	2811717	2811728	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
137	NC_008390	CGCATC	2	12	2827270	2827281	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
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139	NC_008390	CTTTTT	2	12	2835827	2835838	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
140	NC_008390	GCGCAA	2	12	2852940	2852951	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
141	NC_008390	CTCACG	2	12	2886446	2886457	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
142	NC_008390	CGATGC	2	12	2892242	2892253	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
143	NC_008390	GGCGCG	2	12	2908829	2908840	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
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146	NC_008390	ACGGCA	2	12	2997611	2997622	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
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151	NC_008390	AGCGAA	2	12	3092224	3092235	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
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154	NC_008390	GTGCCG	2	12	3115091	3115102	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.