MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tri-nucleotide Coding Repeats of Roseobacter denitrificans plasmid pTB3

Total Repeats: 174

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_008388	GTC	3	9	657	665	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	115345695
2	NC_008388	GCG	2	6	996	1001	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	115345695
3	NC_008388	GCA	2	6	1005	1010	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	115345695
4	NC_008388	ATC	2	6	1061	1066	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	115345695
5	NC_008388	ATC	3	9	1124	1132	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	115345695
6	NC_008388	GTT	2	6	1345	1350	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	115345696
7	NC_008388	CGG	2	6	1398	1403	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	115345696
8	NC_008388	ATC	2	6	1415	1420	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	115345696
9	NC_008388	AGC	2	6	1615	1620	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	115345696
10	NC_008388	AGG	2	6	1733	1738	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	115345696
11	NC_008388	GGC	2	6	1942	1947	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	115345696
12	NC_008388	CAA	2	6	1993	1998	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	115345696
13	NC_008388	CGG	2	6	2054	2059	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	115345696
14	NC_008388	CCG	2	6	2096	2101	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	115345696
15	NC_008388	CGG	2	6	2149	2154	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	115345696
16	NC_008388	GGC	2	6	2182	2187	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	115345696
17	NC_008388	GGC	2	6	2239	2244	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	115345696
18	NC_008388	GCC	2	6	2298	2303	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	115345696
19	NC_008388	CCG	2	6	2364	2369	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	115345696
20	NC_008388	CAG	2	6	2371	2376	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	115345696
21	NC_008388	CTT	2	6	2512	2517	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	115345696
22	NC_008388	GAA	2	6	2689	2694	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	115345697
23	NC_008388	CCA	2	6	2715	2720	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	115345697
24	NC_008388	ATG	2	6	2771	2776	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	115345697
25	NC_008388	TGG	2	6	3032	3037	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	115345697
26	NC_008388	TTC	2	6	3046	3051	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	115345697
27	NC_008388	ACC	2	6	3771	3776	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	115345700
28	NC_008388	CGG	3	9	3819	3827	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	115345700
29	NC_008388	GAG	2	6	3905	3910	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	115345700
30	NC_008388	CGC	2	6	3995	4000	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	115345700
31	NC_008388	ACC	2	6	4164	4169	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	115345700
32	NC_008388	GCG	2	6	4370	4375	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	115345700
33	NC_008388	CCG	2	6	4398	4403	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	115345700
34	NC_008388	GCC	2	6	4442	4447	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	115345700
35	NC_008388	GTT	2	6	4526	4531	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	115345700
36	NC_008388	GCC	2	6	4535	4540	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	115345700
37	NC_008388	CGC	2	6	4552	4557	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	115345700
38	NC_008388	GGC	2	6	4648	4653	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	115345700
39	NC_008388	GAC	2	6	4745	4750	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	115345700
40	NC_008388	CGG	2	6	4833	4838	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	115345700
41	NC_008388	GAA	2	6	4924	4929	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	115345700
42	NC_008388	AGG	2	6	4992	4997	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	115345700
43	NC_008388	TGA	2	6	5621	5626	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	115345702
44	NC_008388	GCA	2	6	5667	5672	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	115345702
45	NC_008388	CAG	2	6	5722	5727	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	115345702
46	NC_008388	GTG	2	6	5756	5761	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	115345702
47	NC_008388	GAC	2	6	5986	5991	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	115345702
48	NC_008388	AAG	2	6	6021	6026	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	115345702
49	NC_008388	CCG	2	6	6031	6036	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	115345702
50	NC_008388	TCG	2	6	6096	6101	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	115345702
51	NC_008388	GAA	2	6	6129	6134	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	115345702
52	NC_008388	ACG	2	6	6158	6163	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	115345702
53	NC_008388	ATT	2	6	6259	6264	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	115345702
54	NC_008388	GAT	2	6	6289	6294	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	115345702
55	NC_008388	AGG	2	6	6343	6348	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	115345702
56	NC_008388	GTT	2	6	6427	6432	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	115345702
57	NC_008388	CGC	2	6	6501	6506	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	115345702
58	NC_008388	TTG	2	6	6512	6517	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	115345702
59	NC_008388	GAC	2	6	6528	6533	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	115345702
60	NC_008388	GAT	2	6	6589	6594	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	115345702
61	NC_008388	GCT	2	6	6616	6621	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	115345702
62	NC_008388	GAG	2	6	6685	6690	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	115345702
63	NC_008388	AAT	2	6	6733	6738	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	115345702
64	NC_008388	ACA	2	6	6743	6748	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	115345702
65	NC_008388	GAG	2	6	6766	6771	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	115345702
66	NC_008388	ATG	2	6	6830	6835	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	115345702
67	NC_008388	AGA	2	6	6882	6887	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	115345702
68	NC_008388	CAA	2	6	6892	6897	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	115345702
69	NC_008388	GGC	2	6	6917	6922	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	115345702
70	NC_008388	TGC	2	6	6923	6928	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	115345702
71	NC_008388	TTG	2	6	6944	6949	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	115345702
72	NC_008388	GCT	2	6	6953	6958	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	115345702
73	NC_008388	CTT	2	6	7159	7164	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	115345702
74	NC_008388	CGG	2	6	7532	7537	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	115345702
75	NC_008388	TGA	2	6	7542	7547	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	115345702
76	NC_008388	GTC	2	6	7693	7698	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	115345702
77	NC_008388	ATC	2	6	7712	7717	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	115345702
78	NC_008388	AGA	2	6	7731	7736	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	115345702
79	NC_008388	TGT	2	6	7882	7887	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	115345703
80	NC_008388	GAG	2	6	8328	8333	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	115345703
81	NC_008388	ATT	2	6	8409	8414	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	115345703
82	NC_008388	TTC	2	6	8675	8680	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	115345703
83	NC_008388	GAT	2	6	8681	8686	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	115345703
84	NC_008388	AGA	2	6	8710	8715	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	115345703
85	NC_008388	ATC	2	6	9765	9770	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	115345704
86	NC_008388	GAC	2	6	9792	9797	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	115345704
87	NC_008388	AGC	2	6	9910	9915	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	115345704
88	NC_008388	GCC	2	6	10063	10068	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	115345704
89	NC_008388	CAG	2	6	10192	10197	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	115345704
90	NC_008388	AGA	2	6	10201	10206	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	115345704
91	NC_008388	AGC	2	6	10234	10239	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	115345704
92	NC_008388	GTT	2	6	10262	10267	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	115345704
93	NC_008388	GCG	2	6	10289	10294	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	115345704
94	NC_008388	AGA	2	6	10393	10398	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	115345705
95	NC_008388	ACA	2	6	10454	10459	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	115345705
96	NC_008388	AAT	2	6	10460	10465	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	115345705
97	NC_008388	GAC	2	6	10466	10471	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	115345705
98	NC_008388	TAT	2	6	10520	10525	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	115345705
99	NC_008388	TGG	2	6	10558	10563	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	115345705
100	NC_008388	GTG	2	6	10582	10587	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	115345705
101	NC_008388	TCA	2	6	10595	10600	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	115345705
102	NC_008388	ACG	2	6	10620	10625	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	115345705
103	NC_008388	GAA	2	6	10630	10635	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	115345705
104	NC_008388	GCC	2	6	10679	10684	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	115345705
105	NC_008388	GTC	2	6	10689	10694	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	115345705
106	NC_008388	CGT	2	6	10697	10702	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	115345705
107	NC_008388	CAA	2	6	10706	10711	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	115345705
108	NC_008388	AAG	2	6	10732	10737	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	115345705
109	NC_008388	AGT	2	6	10767	10772	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	115345705
110	NC_008388	ATT	2	6	10774	10779	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	115345705
111	NC_008388	ATT	2	6	10794	10799	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	115345705
112	NC_008388	GCC	2	6	10963	10968	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	115345705
113	NC_008388	GTC	2	6	10977	10982	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	115345705
114	NC_008388	AGA	2	6	11055	11060	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	115345705
115	NC_008388	ATG	2	6	11235	11240	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	115345705
116	NC_008388	GCT	2	6	11286	11291	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	115345705
117	NC_008388	TGA	2	6	11306	11311	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	115345705
118	NC_008388	GCA	2	6	11338	11343	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	115345705
119	NC_008388	TGC	2	6	11381	11386	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	115345705
120	NC_008388	CAA	3	9	11389	11397	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	115345705
121	NC_008388	TGA	2	6	11749	11754	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	115345706
122	NC_008388	TAA	2	6	11803	11808	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	115345706
123	NC_008388	TCA	2	6	11848	11853	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	115345706
124	NC_008388	GGA	2	6	12065	12070	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	115345706
125	NC_008388	TGT	2	6	12312	12317	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	115345706
126	NC_008388	TTG	2	6	12443	12448	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	115345706
127	NC_008388	AGA	2	6	12475	12480	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	115345706
128	NC_008388	ATT	2	6	12497	12502	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	115345706
129	NC_008388	CGA	2	6	12511	12516	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	115345706
130	NC_008388	GAT	2	6	12677	12682	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	115345706
131	NC_008388	TGT	2	6	12833	12838	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	115345707
132	NC_008388	CGT	2	6	12940	12945	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	115345707
133	NC_008388	GGC	2	6	13017	13022	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	115345707
134	NC_008388	TCT	2	6	13056	13061	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	115345707
135	NC_008388	TGC	2	6	13088	13093	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	115345707
136	NC_008388	GAC	2	6	13115	13120	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	115345707
137	NC_008388	TTC	2	6	13139	13144	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	115345707
138	NC_008388	AAT	2	6	13148	13153	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	115345707
139	NC_008388	GGT	2	6	13254	13259	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	115345707
140	NC_008388	GTT	2	6	13277	13282	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	115345707
141	NC_008388	AGT	2	6	13342	13347	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	115345707
142	NC_008388	ACC	2	6	13361	13366	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	115345707
143	NC_008388	TCT	2	6	13432	13437	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	115345707
144	NC_008388	TCG	2	6	13620	13625	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	115345707
145	NC_008388	TGG	2	6	13657	13662	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	115345708
146	NC_008388	ACC	2	6	13685	13690	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	115345708
147	NC_008388	CCA	2	6	13860	13865	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	115345708
148	NC_008388	GAC	2	6	13883	13888	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	115345708
149	NC_008388	TCA	2	6	13922	13927	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	115345708
150	NC_008388	GTG	2	6	13960	13965	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	115345708
151	NC_008388	ACC	2	6	13987	13992	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	115345708
152	NC_008388	CAG	2	6	14007	14012	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	115345708
153	NC_008388	TCA	2	6	14049	14054	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	115345708
154	NC_008388	ACA	2	6	14058	14063	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	115345708
155	NC_008388	CCA	2	6	14164	14169	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	115345708
156	NC_008388	TTC	2	6	14213	14218	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	115345708
157	NC_008388	TTC	2	6	14276	14281	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	115345708
158	NC_008388	CAA	2	6	14427	14432	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	115345708
159	NC_008388	TTC	2	6	14479	14484	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	115345708
160	NC_008388	CGC	2	6	14523	14528	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	115345708
161	NC_008388	CAC	2	6	14541	14546	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	115345708
162	NC_008388	ATC	2	6	14608	14613	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	115345708
163	NC_008388	GTC	2	6	14632	14637	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	115345708
164	NC_008388	ATC	2	6	14642	14647	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	115345708
165	NC_008388	TTC	2	6	14663	14668	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	115345708
166	NC_008388	CTT	2	6	14683	14688	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	115345708
167	NC_008388	CAG	2	6	14964	14969	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	115345709
168	NC_008388	CTT	2	6	15105	15110	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	115345709
169	NC_008388	GTC	2	6	15116	15121	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	115345709
170	NC_008388	CCA	2	6	15301	15306	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	115345710
171	NC_008388	CAG	2	6	15379	15384	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	115345710
172	NC_008388	CAC	2	6	15401	15406	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	115345710
173	NC_008388	CTT	2	6	15433	15438	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	115345710
174	NC_008388	TGG	2	6	15610	15615	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	115345710

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.