MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Coding Repeats of Roseobacter denitrificans plasmid pTB2

Total Repeats: 61

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_008387	CATGG	2	10	815	824	20 %	20 %	40 %	20 %	115345637
2	NC_008387	GATGG	2	10	3880	3889	20 %	20 %	60 %	0 %	115345640
3	NC_008387	GCCTG	2	10	3934	3943	0 %	20 %	40 %	40 %	115345640
4	NC_008387	GCGGG	2	10	4317	4326	0 %	0 %	80 %	20 %	115345640
5	NC_008387	CTGGC	2	10	5867	5876	0 %	20 %	40 %	40 %	115345642
6	NC_008387	GCCGC	2	10	7011	7020	0 %	0 %	40 %	60 %	115345643
7	NC_008387	CCGGT	2	10	7559	7568	0 %	20 %	40 %	40 %	115345643
8	NC_008387	ACGCG	2	10	9621	9630	20 %	0 %	40 %	40 %	115345645
9	NC_008387	TTTCT	2	10	10719	10728	0 %	80 %	0 %	20 %	115345646
10	NC_008387	GCGAG	2	10	10805	10814	20 %	0 %	60 %	20 %	115345646
11	NC_008387	CACTC	2	10	10982	10991	20 %	20 %	0 %	60 %	115345646
12	NC_008387	GTCTG	2	10	11150	11159	0 %	40 %	40 %	20 %	115345646
13	NC_008387	CTGAT	2	10	11937	11946	20 %	40 %	20 %	20 %	115345647
14	NC_008387	GCGTG	2	10	14904	14913	0 %	20 %	60 %	20 %	115345649
15	NC_008387	CATGA	2	10	15373	15382	40 %	20 %	20 %	20 %	115345649
16	NC_008387	GTTTC	2	10	16414	16423	0 %	60 %	20 %	20 %	115345650
17	NC_008387	GCGCG	2	10	16563	16572	0 %	0 %	60 %	40 %	115345650
18	NC_008387	GCGCC	2	10	17135	17144	0 %	0 %	40 %	60 %	115345650
19	NC_008387	GGGGA	2	10	18561	18570	20 %	0 %	80 %	0 %	115345652
20	NC_008387	ATCAG	2	10	20052	20061	40 %	20 %	20 %	20 %	115345653
21	NC_008387	TGATC	2	10	21489	21498	20 %	40 %	20 %	20 %	115345655
22	NC_008387	CGCTG	2	10	21526	21535	0 %	20 %	40 %	40 %	115345655
23	NC_008387	GCCCG	2	10	22084	22093	0 %	0 %	40 %	60 %	115345655
24	NC_008387	CGGGT	2	10	23383	23392	0 %	20 %	60 %	20 %	115345657
25	NC_008387	TTACC	2	10	23943	23952	20 %	40 %	0 %	40 %	115345658
26	NC_008387	CAGGG	2	10	25702	25711	20 %	0 %	60 %	20 %	115345659
27	NC_008387	ACATT	2	10	26843	26852	40 %	40 %	0 %	20 %	115345660
28	NC_008387	CCCTG	2	10	29171	29180	0 %	20 %	20 %	60 %	115345661
29	NC_008387	CGGCG	2	10	29961	29970	0 %	0 %	60 %	40 %	115345661
30	NC_008387	CCGCA	2	10	30576	30585	20 %	0 %	20 %	60 %	115345662
31	NC_008387	CGGTC	2	10	33309	33318	0 %	20 %	40 %	40 %	115345665
32	NC_008387	AGGCA	2	10	33388	33397	40 %	0 %	40 %	20 %	115345665
33	NC_008387	CCCTG	2	10	33686	33695	0 %	20 %	20 %	60 %	115345665
34	NC_008387	CGTGG	2	10	34432	34441	0 %	20 %	60 %	20 %	115345665
35	NC_008387	GATCA	2	10	35176	35185	40 %	20 %	20 %	20 %	115345666
36	NC_008387	CGCAC	2	10	35439	35448	20 %	0 %	20 %	60 %	115345666
37	NC_008387	ACCCG	2	10	35678	35687	20 %	0 %	20 %	60 %	115345666
38	NC_008387	CCAGC	2	10	36338	36347	20 %	0 %	20 %	60 %	115345666
39	NC_008387	ACGCA	2	10	38939	38948	40 %	0 %	20 %	40 %	115345668
40	NC_008387	CGATG	2	10	39525	39534	20 %	20 %	40 %	20 %	115345669
41	NC_008387	CGTGC	2	10	42944	42953	0 %	20 %	40 %	40 %	115345672
42	NC_008387	AGCGC	2	10	43244	43253	20 %	0 %	40 %	40 %	115345672
43	NC_008387	TCCGG	2	10	43325	43334	0 %	20 %	40 %	40 %	115345672
44	NC_008387	ACAGG	2	10	44157	44166	40 %	0 %	40 %	20 %	115345672
45	NC_008387	CTGGC	2	10	45267	45276	0 %	20 %	40 %	40 %	115345673
46	NC_008387	GAGCG	2	10	45717	45726	20 %	0 %	60 %	20 %	115345673
47	NC_008387	TTGGA	2	10	46742	46751	20 %	40 %	40 %	0 %	115345674
48	NC_008387	GTCCT	2	10	47163	47172	0 %	40 %	20 %	40 %	115345674
49	NC_008387	TGGGT	2	10	47434	47443	0 %	40 %	60 %	0 %	115345674
50	NC_008387	GCCCG	2	10	48186	48195	0 %	0 %	40 %	60 %	115345675
51	NC_008387	CCCAG	2	10	48761	48770	20 %	0 %	20 %	60 %	115345676
52	NC_008387	CGGGC	2	10	53066	53075	0 %	0 %	60 %	40 %	115345681
53	NC_008387	CCCAG	2	10	54510	54519	20 %	0 %	20 %	60 %	115345682
54	NC_008387	GATCA	2	10	55369	55378	40 %	20 %	20 %	20 %	115345683
55	NC_008387	CTGGG	2	10	57561	57570	0 %	20 %	60 %	20 %	115345684
56	NC_008387	ACGAA	2	10	59742	59751	60 %	0 %	20 %	20 %	115345686
57	NC_008387	CGATG	2	10	61030	61039	20 %	20 %	40 %	20 %	115345687
58	NC_008387	ATGGG	2	10	61430	61439	20 %	20 %	60 %	0 %	115345687
59	NC_008387	GGATG	2	10	61489	61498	20 %	20 %	60 %	0 %	115345687
60	NC_008387	CCACG	2	10	62409	62418	20 %	0 %	20 %	60 %	115345687
61	NC_008387	GCTTG	2	10	67921	67930	0 %	40 %	40 %	20 %	115345691

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.