MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Repeats of Roseobacter denitrificans plasmid pTB2

Total Repeats: 146

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_008387	CGGT	2	8	40	47	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
2	NC_008387	GGCC	2	8	983	990	0 %	0 %	50 %	50 %	115345637
3	NC_008387	GGAT	2	8	1195	1202	25 %	25 %	50 %	0 %	115345638
4	NC_008387	CGGG	2	8	1582	1589	0 %	0 %	75 %	25 %	115345639
5	NC_008387	GGGC	2	8	2008	2015	0 %	0 %	75 %	25 %	115345639
6	NC_008387	GACG	2	8	2119	2126	25 %	0 %	50 %	25 %	115345639
7	NC_008387	CTTC	2	8	2145	2152	0 %	50 %	0 %	50 %	115345639
8	NC_008387	CAGG	2	8	2647	2654	25 %	0 %	50 %	25 %	115345639
9	NC_008387	GCAG	2	8	3209	3216	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
10	NC_008387	GCAC	2	8	4481	4488	25 %	0 %	25 %	50 %	115345640
11	NC_008387	CTGC	2	8	4692	4699	0 %	25 %	25 %	50 %	115345641
12	NC_008387	GATC	2	8	5288	5295	25 %	25 %	25 %	25 %	115345641
13	NC_008387	CATG	2	8	6058	6065	25 %	25 %	25 %	25 %	115345642
14	NC_008387	TCGC	2	8	6457	6464	0 %	25 %	25 %	50 %	115345642
15	NC_008387	GCCA	2	8	6578	6585	25 %	0 %	25 %	50 %	115345642
16	NC_008387	CGCA	2	8	6986	6993	25 %	0 %	25 %	50 %	115345643
17	NC_008387	CCGA	2	8	7311	7318	25 %	0 %	25 %	50 %	115345643
18	NC_008387	CCCG	2	8	7352	7359	0 %	0 %	25 %	75 %	115345643
19	NC_008387	GGGC	2	8	7663	7670	0 %	0 %	75 %	25 %	115345643
20	NC_008387	GAAG	2	8	8377	8384	50 %	0 %	50 %	0 %	115345644
21	NC_008387	AGTC	2	8	9506	9513	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
22	NC_008387	ATTC	2	8	10320	10327	25 %	50 %	0 %	25 %	115345645
23	NC_008387	TGAA	2	8	10599	10606	50 %	25 %	25 %	0 %	115345645
24	NC_008387	GACC	2	8	10698	10705	25 %	0 %	25 %	50 %	115345646
25	NC_008387	CATG	2	8	10935	10942	25 %	25 %	25 %	25 %	115345646
26	NC_008387	CCGC	2	8	11345	11352	0 %	0 %	25 %	75 %	115345646
27	NC_008387	CGCC	2	8	12268	12275	0 %	0 %	25 %	75 %	115345647
28	NC_008387	CAAC	2	8	13263	13270	50 %	0 %	0 %	50 %	115345648
29	NC_008387	TGGT	2	8	13732	13739	0 %	50 %	50 %	0 %	115345648
30	NC_008387	GCGA	2	8	15328	15335	25 %	0 %	50 %	25 %	115345649
31	NC_008387	GTGG	2	8	15415	15422	0 %	25 %	75 %	0 %	115345649
32	NC_008387	AGCC	2	8	15807	15814	25 %	0 %	25 %	50 %	115345649
33	NC_008387	GGCC	2	8	16274	16281	0 %	0 %	50 %	50 %	115345650
34	NC_008387	CCGC	2	8	16297	16304	0 %	0 %	25 %	75 %	115345650
35	NC_008387	CGCC	2	8	16466	16473	0 %	0 %	25 %	75 %	115345650
36	NC_008387	TTCA	2	8	17282	17289	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
37	NC_008387	TCAG	2	8	17459	17466	25 %	25 %	25 %	25 %	115345651
38	NC_008387	GGCC	2	8	18359	18366	0 %	0 %	50 %	50 %	115345652
39	NC_008387	GAAG	2	8	18599	18606	50 %	0 %	50 %	0 %	115345652
40	NC_008387	AGAT	2	8	19797	19804	50 %	25 %	25 %	0 %	115345653
41	NC_008387	CGGT	2	8	21473	21480	0 %	25 %	50 %	25 %	115345655
42	NC_008387	TGGC	2	8	22151	22158	0 %	25 %	50 %	25 %	115345655
43	NC_008387	GGTG	2	8	22647	22654	0 %	25 %	75 %	0 %	115345656
44	NC_008387	TGGG	2	8	23494	23501	0 %	25 %	75 %	0 %	115345657
45	NC_008387	GCAG	2	8	23601	23608	25 %	0 %	50 %	25 %	115345657
46	NC_008387	GGGT	2	8	24663	24670	0 %	25 %	75 %	0 %	115345658
47	NC_008387	TGCC	2	8	25003	25010	0 %	25 %	25 %	50 %	115345658
48	NC_008387	ATTC	2	8	25060	25067	25 %	50 %	0 %	25 %	115345658
49	NC_008387	CCGG	2	8	25085	25092	0 %	0 %	50 %	50 %	115345658
50	NC_008387	TCTG	2	8	25299	25306	0 %	50 %	25 %	25 %	115345658
51	NC_008387	ATTC	2	8	25490	25497	25 %	50 %	0 %	25 %	115345658
52	NC_008387	CGGT	2	8	25523	25530	0 %	25 %	50 %	25 %	115345659
53	NC_008387	GCCA	2	8	25873	25880	25 %	0 %	25 %	50 %	115345659
54	NC_008387	TCAC	2	8	26009	26016	25 %	25 %	0 %	50 %	115345659
55	NC_008387	TCGC	2	8	26329	26336	0 %	25 %	25 %	50 %	115345659
56	NC_008387	ATTT	2	8	26595	26602	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_008387	CACT	2	8	26677	26684	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
58	NC_008387	GGCG	2	8	27875	27882	0 %	0 %	75 %	25 %	115345661
59	NC_008387	CTGG	2	8	29621	29628	0 %	25 %	50 %	25 %	115345661
60	NC_008387	GGGC	2	8	30231	30238	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
61	NC_008387	GACC	2	8	31576	31583	25 %	0 %	25 %	50 %	115345663
62	NC_008387	GATC	2	8	31621	31628	25 %	25 %	25 %	25 %	115345663
63	NC_008387	GTCA	2	8	32419	32426	25 %	25 %	25 %	25 %	115345664
64	NC_008387	ATGT	2	8	32906	32913	25 %	50 %	25 %	0 %	115345664
65	NC_008387	CGGG	2	8	33282	33289	0 %	0 %	75 %	25 %	115345665
66	NC_008387	AGGT	2	8	33788	33795	25 %	25 %	50 %	0 %	115345665
67	NC_008387	TCGC	2	8	34049	34056	0 %	25 %	25 %	50 %	115345665
68	NC_008387	TGCT	2	8	34193	34200	0 %	50 %	25 %	25 %	115345665
69	NC_008387	CCAG	2	8	34551	34558	25 %	0 %	25 %	50 %	115345665
70	NC_008387	GCCA	2	8	34638	34645	25 %	0 %	25 %	50 %	115345665
71	NC_008387	TGCC	2	8	34885	34892	0 %	25 %	25 %	50 %	115345665
72	NC_008387	GCCC	2	8	34897	34904	0 %	0 %	25 %	75 %	115345665
73	NC_008387	TCGA	2	8	35382	35389	25 %	25 %	25 %	25 %	115345666
74	NC_008387	CGCC	2	8	35625	35632	0 %	0 %	25 %	75 %	115345666
75	NC_008387	GCCA	2	8	36101	36108	25 %	0 %	25 %	50 %	115345666
76	NC_008387	AGAT	2	8	36441	36448	50 %	25 %	25 %	0 %	115345666
77	NC_008387	CGGT	2	8	36546	36553	0 %	25 %	50 %	25 %	115345666
78	NC_008387	CAGA	2	8	37263	37270	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
79	NC_008387	CTGC	2	8	38335	38342	0 %	25 %	25 %	50 %	115345667
80	NC_008387	ACGA	2	8	40154	40161	50 %	0 %	25 %	25 %	115345669
81	NC_008387	CAAC	2	8	40197	40204	50 %	0 %	0 %	50 %	115345669
82	NC_008387	GCAG	2	8	40419	40426	25 %	0 %	50 %	25 %	115345669
83	NC_008387	AGGC	2	8	40764	40771	25 %	0 %	50 %	25 %	115345670
84	NC_008387	TTGG	2	8	40823	40830	0 %	50 %	50 %	0 %	115345670
85	NC_008387	GCAG	2	8	41856	41863	25 %	0 %	50 %	25 %	115345671
86	NC_008387	GTTC	2	8	42299	42306	0 %	50 %	25 %	25 %	115345671
87	NC_008387	GTTT	2	8	44903	44910	0 %	75 %	25 %	0 %	115345673
88	NC_008387	TGCC	2	8	45681	45688	0 %	25 %	25 %	50 %	115345673
89	NC_008387	GCAG	2	8	46045	46052	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
90	NC_008387	TCAG	2	8	46113	46120	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
91	NC_008387	CACT	2	8	46444	46451	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
92	NC_008387	TCCT	2	8	46480	46487	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
93	NC_008387	ATGG	2	8	46710	46717	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
94	NC_008387	GCAG	2	8	46799	46806	25 %	0 %	50 %	25 %	115345674
95	NC_008387	CATC	2	8	46943	46950	25 %	25 %	0 %	50 %	115345674
96	NC_008387	CGCA	2	8	47680	47687	25 %	0 %	25 %	50 %	115345674
97	NC_008387	GCCC	2	8	48570	48577	0 %	0 %	25 %	75 %	115345675
98	NC_008387	TTTC	2	8	48650	48657	0 %	75 %	0 %	25 %	115345676
99	NC_008387	GCCC	2	8	49633	49640	0 %	0 %	25 %	75 %	115345676
100	NC_008387	TTTC	2	8	49887	49894	0 %	75 %	0 %	25 %	115345677
101	NC_008387	TGTA	2	8	49900	49907	25 %	50 %	25 %	0 %	115345677
102	NC_008387	CCGC	2	8	50206	50213	0 %	0 %	25 %	75 %	115345677
103	NC_008387	ATCA	2	8	50305	50312	50 %	25 %	0 %	25 %	115345677
104	NC_008387	GGCG	2	8	50345	50352	0 %	0 %	75 %	25 %	115345677
105	NC_008387	CATC	2	8	51180	51187	25 %	25 %	0 %	50 %	115345679
106	NC_008387	TCGA	2	8	51214	51221	25 %	25 %	25 %	25 %	115345679
107	NC_008387	GTCT	2	8	52039	52046	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
108	NC_008387	ATCC	2	8	52249	52256	25 %	25 %	0 %	50 %	115345680
109	NC_008387	GCAA	2	8	52509	52516	50 %	0 %	25 %	25 %	115345681
110	NC_008387	TTTC	2	8	52776	52783	0 %	75 %	0 %	25 %	115345681
111	NC_008387	ACCT	2	8	53375	53382	25 %	25 %	0 %	50 %	115345681
112	NC_008387	CAGC	2	8	53640	53647	25 %	0 %	25 %	50 %	115345682
113	NC_008387	CTGC	2	8	53853	53860	0 %	25 %	25 %	50 %	115345682
114	NC_008387	CTGC	2	8	54741	54748	0 %	25 %	25 %	50 %	115345683
115	NC_008387	AAGC	2	8	54778	54785	50 %	0 %	25 %	25 %	115345683
116	NC_008387	GCCC	2	8	54818	54825	0 %	0 %	25 %	75 %	115345683
117	NC_008387	CTGC	2	8	54891	54898	0 %	25 %	25 %	50 %	115345683
118	NC_008387	CAGC	2	8	56834	56841	25 %	0 %	25 %	50 %	115345684
119	NC_008387	GCAT	2	8	57726	57733	25 %	25 %	25 %	25 %	115345685
120	NC_008387	CCCG	2	8	57744	57751	0 %	0 %	25 %	75 %	115345685
121	NC_008387	CCAG	2	8	58154	58161	25 %	0 %	25 %	50 %	115345685
122	NC_008387	GCGG	2	8	58225	58232	0 %	0 %	75 %	25 %	115345685
123	NC_008387	GGCT	2	8	58761	58768	0 %	25 %	50 %	25 %	115345685
124	NC_008387	CTAA	2	8	59973	59980	50 %	25 %	0 %	25 %	115345686
125	NC_008387	ACTG	2	8	60172	60179	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
126	NC_008387	CAGG	2	8	60206	60213	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
127	NC_008387	ATGA	2	8	60304	60311	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
128	NC_008387	CCTA	2	8	60796	60803	25 %	25 %	0 %	50 %	115345687
129	NC_008387	TGAT	2	8	61401	61408	25 %	50 %	25 %	0 %	115345687
130	NC_008387	GGAG	2	8	61902	61909	25 %	0 %	75 %	0 %	115345687
131	NC_008387	TGCG	2	8	62004	62011	0 %	25 %	50 %	25 %	115345687
132	NC_008387	CTGG	2	8	62056	62063	0 %	25 %	50 %	25 %	115345687
133	NC_008387	GGGC	2	8	62176	62183	0 %	0 %	75 %	25 %	115345687
134	NC_008387	TTTG	2	8	64939	64946	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
135	NC_008387	GTGG	2	8	65127	65134	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
136	NC_008387	CGGG	2	8	65523	65530	0 %	0 %	75 %	25 %	115345690
137	NC_008387	GCCT	2	8	65681	65688	0 %	25 %	25 %	50 %	115345690
138	NC_008387	TCCT	2	8	65989	65996	0 %	50 %	0 %	50 %	115345690
139	NC_008387	GCTG	2	8	66093	66100	0 %	25 %	50 %	25 %	115345690
140	NC_008387	ATCT	2	8	66305	66312	25 %	50 %	0 %	25 %	115345690
141	NC_008387	AGCA	2	8	66573	66580	50 %	0 %	25 %	25 %	115345690
142	NC_008387	GCCG	2	8	67057	67064	0 %	0 %	50 %	50 %	115345690
143	NC_008387	GCAA	2	8	67753	67760	50 %	0 %	25 %	25 %	115345691
144	NC_008387	CTCC	2	8	67938	67945	0 %	25 %	0 %	75 %	115345691
145	NC_008387	ACAA	2	8	68142	68149	75 %	0 %	0 %	25 %	115345691
146	NC_008387	GGCA	2	8	68922	68929	25 %	0 %	50 %	25 %	115345692

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.