MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Repeats of Roseobacter denitrificans plasmid pTB1

Total Repeats: 69

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_008386	TTTGG	2	10	88	97	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
2	NC_008386	GCAAC	2	10	967	976	40 %	0 %	20 %	40 %	115345531
3	NC_008386	TTGGA	2	10	1571	1580	20 %	40 %	40 %	0 %	115345531
4	NC_008386	CCAGC	2	10	2600	2609	20 %	0 %	20 %	60 %	115345532
5	NC_008386	AACCA	2	10	2783	2792	60 %	0 %	0 %	40 %	115345532
6	NC_008386	AATTC	2	10	6303	6312	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
7	NC_008386	CGCGG	2	10	9431	9440	0 %	0 %	60 %	40 %	115345538
8	NC_008386	CGGAT	2	10	12544	12553	20 %	20 %	40 %	20 %	115345541
9	NC_008386	GATCA	2	10	12861	12870	40 %	20 %	20 %	20 %	115345542
10	NC_008386	CTGCC	2	10	15318	15327	0 %	20 %	20 %	60 %	115345544
11	NC_008386	CCTTT	2	10	16392	16401	0 %	60 %	0 %	40 %	115345545
12	NC_008386	CCCGG	2	10	17094	17103	0 %	0 %	40 %	60 %	115345547
13	NC_008386	CAGAG	2	10	22387	22396	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
14	NC_008386	AAAAG	2	10	22421	22430	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
15	NC_008386	CAACT	2	10	23401	23410	40 %	20 %	0 %	40 %	115345552
16	NC_008386	TGAGC	2	10	25058	25067	20 %	20 %	40 %	20 %	115345555
17	NC_008386	AGGGC	2	10	25377	25386	20 %	0 %	60 %	20 %	115345557
18	NC_008386	ACCGA	2	10	25500	25509	40 %	0 %	20 %	40 %	115345557
19	NC_008386	AAGAA	2	10	29609	29618	80 %	0 %	20 %	0 %	115345562
20	NC_008386	ATGGT	2	10	31300	31309	20 %	40 %	40 %	0 %	115345562
21	NC_008386	TGACA	2	10	31326	31335	40 %	20 %	20 %	20 %	115345562
22	NC_008386	ATCAG	2	10	31633	31642	40 %	20 %	20 %	20 %	115345562
23	NC_008386	AGGGG	2	10	31965	31974	20 %	0 %	80 %	0 %	115345562
24	NC_008386	GGCGG	2	10	33555	33564	0 %	0 %	80 %	20 %	115345564
25	NC_008386	ACGTT	2	10	35458	35467	20 %	40 %	20 %	20 %	115345564
26	NC_008386	ATAAG	2	10	35509	35518	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
27	NC_008386	GCATT	2	10	35765	35774	20 %	40 %	20 %	20 %	115345565
28	NC_008386	AGCGC	2	10	43212	43221	20 %	0 %	40 %	40 %	115345573
29	NC_008386	CGAAG	2	10	44695	44704	40 %	0 %	40 %	20 %	115345573
30	NC_008386	TGCAA	2	10	47075	47084	40 %	20 %	20 %	20 %	115345575
31	NC_008386	ATCAC	2	10	47567	47576	40 %	20 %	0 %	40 %	115345575
32	NC_008386	GGGTT	2	10	48099	48108	0 %	40 %	60 %	0 %	115345576
33	NC_008386	TGCCT	2	10	48543	48552	0 %	40 %	20 %	40 %	115345576
34	NC_008386	AGGGC	2	10	49916	49925	20 %	0 %	60 %	20 %	115345577
35	NC_008386	ACTTT	2	10	52123	52132	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
36	NC_008386	ACAAA	2	10	52968	52977	80 %	0 %	0 %	20 %	115345580
37	NC_008386	ATGTA	2	10	53263	53272	40 %	40 %	20 %	0 %	115345580
38	NC_008386	CGCTT	2	10	53921	53930	0 %	40 %	20 %	40 %	115345580
39	NC_008386	ATAGA	2	10	59827	59836	60 %	20 %	20 %	0 %	115345580
40	NC_008386	GTCGG	2	10	65528	65537	0 %	20 %	60 %	20 %	115345588
41	NC_008386	TGCCA	2	10	65815	65824	20 %	20 %	20 %	40 %	115345588
42	NC_008386	ACAAA	2	10	67103	67112	80 %	0 %	0 %	20 %	115345589
43	NC_008386	ACAGA	2	10	67561	67570	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
44	NC_008386	ACTGC	2	10	68689	68698	20 %	20 %	20 %	40 %	115345591
45	NC_008386	GACAA	2	10	69972	69981	60 %	0 %	20 %	20 %	115345592
46	NC_008386	AACGG	2	10	70801	70810	40 %	0 %	40 %	20 %	115345595
47	NC_008386	GCCTC	2	10	72343	72352	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
48	NC_008386	TGCGC	2	10	72910	72919	0 %	20 %	40 %	40 %	115345597
49	NC_008386	GCGCC	2	10	74215	74224	0 %	0 %	40 %	60 %	115345597
50	NC_008386	GCGAC	2	10	76988	76997	20 %	0 %	40 %	40 %	115345604
51	NC_008386	GCGCG	2	10	77356	77365	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
52	NC_008386	CTGCC	2	10	77849	77858	0 %	20 %	20 %	60 %	115345607
53	NC_008386	ATCGC	2	10	78307	78316	20 %	20 %	20 %	40 %	115345608
54	NC_008386	ATCGG	2	10	78424	78433	20 %	20 %	40 %	20 %	115345608
55	NC_008386	CCCCG	2	10	78868	78877	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
56	NC_008386	TTCCT	2	10	78923	78932	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
57	NC_008386	GACCT	2	10	80331	80340	20 %	20 %	20 %	40 %	115345609
58	NC_008386	TGCTG	2	10	83868	83877	0 %	40 %	40 %	20 %	115345612
59	NC_008386	CGCGG	2	10	84601	84610	0 %	0 %	60 %	40 %	115345612
60	NC_008386	CGGGG	2	10	89083	89092	0 %	0 %	80 %	20 %	115345618
61	NC_008386	CCGAC	2	10	89917	89926	20 %	0 %	20 %	60 %	115345618
62	NC_008386	TCGCC	2	10	90931	90940	0 %	20 %	20 %	60 %	115345620
63	NC_008386	GCGCG	2	10	92048	92057	0 %	0 %	60 %	40 %	115345622
64	NC_008386	CGTTG	2	10	95325	95334	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
65	NC_008386	AAATG	2	10	96775	96784	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
66	NC_008386	GATCA	2	10	97764	97773	40 %	20 %	20 %	20 %	115345627
67	NC_008386	CCCCG	2	10	98304	98313	0 %	0 %	20 %	80 %	115345628
68	NC_008386	GTCGG	2	10	104061	104070	0 %	20 %	60 %	20 %	115345635
69	NC_008386	ACCCG	2	10	105761	105770	20 %	0 %	20 %	60 %	115345635

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.