MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Coding Repeats of Roseobacter denitrificans plasmid pTB1

Total Repeats: 216

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_008386	TGCC	2	8	980	987	0 %	25 %	25 %	50 %	115345531
2	NC_008386	TGGG	2	8	1775	1782	0 %	25 %	75 %	0 %	115345531
3	NC_008386	TTGG	2	8	1830	1837	0 %	50 %	50 %	0 %	115345531
4	NC_008386	TCAA	2	8	1951	1958	50 %	25 %	0 %	25 %	115345531
5	NC_008386	GAAT	2	8	2323	2330	50 %	25 %	25 %	0 %	115345532
6	NC_008386	GCCC	2	8	2374	2381	0 %	0 %	25 %	75 %	115345532
7	NC_008386	ACAA	2	8	2550	2557	75 %	0 %	0 %	25 %	115345532
8	NC_008386	CGCA	2	8	2636	2643	25 %	0 %	25 %	50 %	115345532
9	NC_008386	TCAA	2	8	2739	2746	50 %	25 %	0 %	25 %	115345532
10	NC_008386	AGTA	2	8	3081	3088	50 %	25 %	25 %	0 %	115345532
11	NC_008386	CATC	2	8	3097	3104	25 %	25 %	0 %	50 %	115345532
12	NC_008386	AACC	2	8	3135	3142	50 %	0 %	0 %	50 %	115345532
13	NC_008386	GGTC	2	8	4714	4721	0 %	25 %	50 %	25 %	115345534
14	NC_008386	GGAT	2	8	4913	4920	25 %	25 %	50 %	0 %	115345534
15	NC_008386	TTTC	2	8	5166	5173	0 %	75 %	0 %	25 %	115345535
16	NC_008386	TGCG	2	8	5225	5232	0 %	25 %	50 %	25 %	115345535
17	NC_008386	AGAT	2	8	5844	5851	50 %	25 %	25 %	0 %	115345535
18	NC_008386	AAGC	2	8	7214	7221	50 %	0 %	25 %	25 %	115345536
19	NC_008386	ATGG	2	8	7923	7930	25 %	25 %	50 %	0 %	115345537
20	NC_008386	ATTG	2	8	7956	7963	25 %	50 %	25 %	0 %	115345537
21	NC_008386	GGCG	2	8	8052	8059	0 %	0 %	75 %	25 %	115345537
22	NC_008386	CGAC	2	8	9163	9170	25 %	0 %	25 %	50 %	115345538
23	NC_008386	GGCG	2	8	9595	9602	0 %	0 %	75 %	25 %	115345538
24	NC_008386	TCTG	2	8	9786	9793	0 %	50 %	25 %	25 %	115345538
25	NC_008386	GCAG	2	8	10782	10789	25 %	0 %	50 %	25 %	115345539
26	NC_008386	CTCA	2	8	11244	11251	25 %	25 %	0 %	50 %	115345540
27	NC_008386	TCGC	2	8	11673	11680	0 %	25 %	25 %	50 %	115345541
28	NC_008386	ACCA	2	8	12045	12052	50 %	0 %	0 %	50 %	115345541
29	NC_008386	GCGA	2	8	12196	12203	25 %	0 %	50 %	25 %	115345541
30	NC_008386	TAGT	2	8	12278	12285	25 %	50 %	25 %	0 %	115345541
31	NC_008386	ATTG	2	8	12393	12400	25 %	50 %	25 %	0 %	115345541
32	NC_008386	CCAT	2	8	14055	14062	25 %	25 %	0 %	50 %	115345544
33	NC_008386	AGCC	2	8	14611	14618	25 %	0 %	25 %	50 %	115345544
34	NC_008386	CGGT	2	8	14870	14877	0 %	25 %	50 %	25 %	115345544
35	NC_008386	CAGC	2	8	15725	15732	25 %	0 %	25 %	50 %	115345544
36	NC_008386	TTCA	2	8	15873	15880	25 %	50 %	0 %	25 %	115345544
37	NC_008386	ACGA	2	8	16526	16533	50 %	0 %	25 %	25 %	115345545
38	NC_008386	TCTT	2	8	16907	16914	0 %	75 %	0 %	25 %	115345546
39	NC_008386	TGGG	2	8	17187	17194	0 %	25 %	75 %	0 %	115345547
40	NC_008386	CGAC	2	8	17437	17444	25 %	0 %	25 %	50 %	115345547
41	NC_008386	TCCC	2	8	17483	17490	0 %	25 %	0 %	75 %	115345547
42	NC_008386	GTAG	2	8	17569	17576	25 %	25 %	50 %	0 %	115345547
43	NC_008386	AGCG	2	8	17851	17858	25 %	0 %	50 %	25 %	115345548
44	NC_008386	TCAA	2	8	19212	19219	50 %	25 %	0 %	25 %	115345549
45	NC_008386	ATCT	2	8	19994	20001	25 %	50 %	0 %	25 %	115345550
46	NC_008386	GCCA	2	8	20299	20306	25 %	0 %	25 %	50 %	115345550
47	NC_008386	CCGA	2	8	20455	20462	25 %	0 %	25 %	50 %	115345550
48	NC_008386	TGAA	2	8	20783	20790	50 %	25 %	25 %	0 %	115345550
49	NC_008386	CCAG	2	8	20817	20824	25 %	0 %	25 %	50 %	115345550
50	NC_008386	AACG	2	8	20962	20969	50 %	0 %	25 %	25 %	115345550
51	NC_008386	TGGA	2	8	21274	21281	25 %	25 %	50 %	0 %	115345550
52	NC_008386	AGCC	2	8	21355	21362	25 %	0 %	25 %	50 %	115345551
53	NC_008386	CAAA	2	8	21426	21433	75 %	0 %	0 %	25 %	115345551
54	NC_008386	GATA	2	8	21521	21528	50 %	25 %	25 %	0 %	115345551
55	NC_008386	TGGA	2	8	21606	21613	25 %	25 %	50 %	0 %	115345551
56	NC_008386	GAAT	2	8	22255	22262	50 %	25 %	25 %	0 %	115345551
57	NC_008386	AAGC	2	8	22269	22276	50 %	0 %	25 %	25 %	115345551
58	NC_008386	ACTA	2	8	23393	23400	50 %	25 %	0 %	25 %	115345552
59	NC_008386	AACG	2	8	23542	23549	50 %	0 %	25 %	25 %	115345552
60	NC_008386	CAGA	2	8	24178	24185	50 %	0 %	25 %	25 %	115345553
61	NC_008386	TTAC	2	8	24315	24322	25 %	50 %	0 %	25 %	115345554
62	NC_008386	CTGG	2	8	24595	24602	0 %	25 %	50 %	25 %	115345554
63	NC_008386	CTTC	2	8	26221	26228	0 %	50 %	0 %	50 %	115345557
64	NC_008386	TTAT	2	8	26373	26380	25 %	75 %	0 %	0 %	115345557
65	NC_008386	GCTG	2	8	26982	26989	0 %	25 %	50 %	25 %	115345558
66	NC_008386	GACC	2	8	27377	27384	25 %	0 %	25 %	50 %	115345558
67	NC_008386	ATGG	2	8	27589	27596	25 %	25 %	50 %	0 %	115345559
68	NC_008386	TGGT	2	8	27714	27721	0 %	50 %	50 %	0 %	115345559
69	NC_008386	GGGA	2	8	30089	30096	25 %	0 %	75 %	0 %	115345562
70	NC_008386	TGGC	2	8	30157	30164	0 %	25 %	50 %	25 %	115345562
71	NC_008386	GCAC	2	8	30834	30841	25 %	0 %	25 %	50 %	115345562
72	NC_008386	CTTG	2	8	31896	31903	0 %	50 %	25 %	25 %	115345562
73	NC_008386	GCGG	2	8	32026	32033	0 %	0 %	75 %	25 %	115345563
74	NC_008386	GGTT	2	8	32196	32203	0 %	50 %	50 %	0 %	115345563
75	NC_008386	TGTT	2	8	32973	32980	0 %	75 %	25 %	0 %	115345563
76	NC_008386	CTTC	2	8	35238	35245	0 %	50 %	0 %	50 %	115345564
77	NC_008386	AAAG	2	8	35936	35943	75 %	0 %	25 %	0 %	115345565
78	NC_008386	GATG	2	8	36352	36359	25 %	25 %	50 %	0 %	115345566
79	NC_008386	CCAG	2	8	37052	37059	25 %	0 %	25 %	50 %	115345566
80	NC_008386	GTTC	2	8	37540	37547	0 %	50 %	25 %	25 %	115345567
81	NC_008386	GAAA	2	8	38475	38482	75 %	0 %	25 %	0 %	115345568
82	NC_008386	TGAT	2	8	38927	38934	25 %	50 %	25 %	0 %	115345568
83	NC_008386	AATG	2	8	38941	38948	50 %	25 %	25 %	0 %	115345568
84	NC_008386	GCCG	2	8	39179	39186	0 %	0 %	50 %	50 %	115345568
85	NC_008386	CAGA	2	8	39208	39215	50 %	0 %	25 %	25 %	115345568
86	NC_008386	GCTT	2	8	39618	39625	0 %	50 %	25 %	25 %	115345569
87	NC_008386	CAAG	2	8	40256	40263	50 %	0 %	25 %	25 %	115345569
88	NC_008386	GATC	2	8	41291	41298	25 %	25 %	25 %	25 %	115345571
89	NC_008386	ACGT	2	8	41487	41494	25 %	25 %	25 %	25 %	115345571
90	NC_008386	TTTC	2	8	41538	41545	0 %	75 %	0 %	25 %	115345571
91	NC_008386	GCCC	2	8	41578	41585	0 %	0 %	25 %	75 %	115345571
92	NC_008386	CGAG	2	8	42218	42225	25 %	0 %	50 %	25 %	115345572
93	NC_008386	GTCG	2	8	42464	42471	0 %	25 %	50 %	25 %	115345572
94	NC_008386	GCCG	2	8	42809	42816	0 %	0 %	50 %	50 %	115345572
95	NC_008386	GCCG	2	8	42891	42898	0 %	0 %	50 %	50 %	115345572
96	NC_008386	TTCG	2	8	43740	43747	0 %	50 %	25 %	25 %	115345573
97	NC_008386	CGGA	2	8	44093	44100	25 %	0 %	50 %	25 %	115345573
98	NC_008386	CGAA	2	8	44261	44268	50 %	0 %	25 %	25 %	115345573
99	NC_008386	TCAC	2	8	44279	44286	25 %	25 %	0 %	50 %	115345573
100	NC_008386	GCAG	2	8	44422	44429	25 %	0 %	50 %	25 %	115345573
101	NC_008386	CACC	2	8	44470	44477	25 %	0 %	0 %	75 %	115345573
102	NC_008386	CGAA	2	8	45357	45364	50 %	0 %	25 %	25 %	115345573
103	NC_008386	CGGT	2	8	45977	45984	0 %	25 %	50 %	25 %	115345573
104	NC_008386	GCCT	2	8	46222	46229	0 %	25 %	25 %	50 %	115345574
105	NC_008386	GCAG	2	8	47781	47788	25 %	0 %	50 %	25 %	115345576
106	NC_008386	TCTT	2	8	47913	47920	0 %	75 %	0 %	25 %	115345576
107	NC_008386	TCCG	2	8	48138	48145	0 %	25 %	25 %	50 %	115345576
108	NC_008386	AAAG	2	8	48426	48433	75 %	0 %	25 %	0 %	115345576
109	NC_008386	CACG	2	8	49673	49680	25 %	0 %	25 %	50 %	115345577
110	NC_008386	AGGC	2	8	49988	49995	25 %	0 %	50 %	25 %	115345577
111	NC_008386	GGCA	2	8	50153	50160	25 %	0 %	50 %	25 %	115345577
112	NC_008386	TGCA	2	8	50466	50473	25 %	25 %	25 %	25 %	115345578
113	NC_008386	CGGT	2	8	50596	50603	0 %	25 %	50 %	25 %	115345578
114	NC_008386	TCAA	2	8	53160	53167	50 %	25 %	0 %	25 %	115345580
115	NC_008386	TACG	2	8	53468	53475	25 %	25 %	25 %	25 %	115345580
116	NC_008386	GTCA	2	8	54282	54289	25 %	25 %	25 %	25 %	115345580
117	NC_008386	ATCA	2	8	54329	54336	50 %	25 %	0 %	25 %	115345580
118	NC_008386	GGAT	2	8	54728	54735	25 %	25 %	50 %	0 %	115345580
119	NC_008386	ACTT	2	8	55135	55142	25 %	50 %	0 %	25 %	115345580
120	NC_008386	GCTT	2	8	55550	55557	0 %	50 %	25 %	25 %	115345580
121	NC_008386	CGGG	2	8	56541	56548	0 %	0 %	75 %	25 %	115345580
122	NC_008386	GGAG	2	8	57098	57105	25 %	0 %	75 %	0 %	115345580
123	NC_008386	CTTT	2	8	57334	57341	0 %	75 %	0 %	25 %	115345580
124	NC_008386	AACG	2	8	57398	57405	50 %	0 %	25 %	25 %	115345580
125	NC_008386	AGGC	2	8	57841	57848	25 %	0 %	50 %	25 %	115345580
126	NC_008386	GGGC	2	8	58634	58641	0 %	0 %	75 %	25 %	115345580
127	NC_008386	CTTG	2	8	59909	59916	0 %	50 %	25 %	25 %	115345580
128	NC_008386	TGGT	2	8	60146	60153	0 %	50 %	50 %	0 %	115345580
129	NC_008386	GACG	2	8	60264	60271	25 %	0 %	50 %	25 %	115345581
130	NC_008386	CCGT	2	8	60293	60300	0 %	25 %	25 %	50 %	115345581
131	NC_008386	TAAT	2	8	60841	60848	50 %	50 %	0 %	0 %	115345582
132	NC_008386	TCCG	2	8	61038	61045	0 %	25 %	25 %	50 %	115345583
133	NC_008386	GCTT	2	8	61550	61557	0 %	50 %	25 %	25 %	115345584
134	NC_008386	ACGC	2	8	62021	62028	25 %	0 %	25 %	50 %	115345585
135	NC_008386	CTGG	2	8	62260	62267	0 %	25 %	50 %	25 %	115345585
136	NC_008386	GACG	2	8	62363	62370	25 %	0 %	50 %	25 %	115345585
137	NC_008386	GTGC	2	8	63629	63636	0 %	25 %	50 %	25 %	115345587
138	NC_008386	CAGC	2	8	63681	63688	25 %	0 %	25 %	50 %	115345587
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.