MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Coding Repeats of Rhizobium leguminosarum bv. viciae 3841 plasmid pRL11

Total Repeats: 411

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_008384	CGTCG	2	10	703	712	0 %	20 %	40 %	40 %	116255201
2	NC_008384	CCGGT	2	10	1297	1306	0 %	20 %	40 %	40 %	116255202
3	NC_008384	CTGAT	2	10	1402	1411	20 %	40 %	20 %	20 %	116255202
4	NC_008384	GCATG	2	10	2628	2637	20 %	20 %	40 %	20 %	116255203
5	NC_008384	AGGGG	2	10	4098	4107	20 %	0 %	80 %	0 %	116255204
6	NC_008384	TCTTT	2	10	4523	4532	0 %	80 %	0 %	20 %	116255204
7	NC_008384	CGTGC	2	10	8513	8522	0 %	20 %	40 %	40 %	116255210
8	NC_008384	GCGCC	2	10	9583	9592	0 %	0 %	40 %	60 %	116255210
9	NC_008384	GGGGA	2	10	10804	10813	20 %	0 %	80 %	0 %	116255211
10	NC_008384	GTCCG	2	10	12351	12360	0 %	20 %	40 %	40 %	116255211
11	NC_008384	GAGGC	2	10	13063	13072	20 %	0 %	60 %	20 %	116255211
12	NC_008384	TTGCC	2	10	13627	13636	0 %	40 %	20 %	40 %	116255212
13	NC_008384	CGGCG	2	10	14246	14255	0 %	0 %	60 %	40 %	116255212
14	NC_008384	GCCGA	2	10	14548	14557	20 %	0 %	40 %	40 %	116255212
15	NC_008384	GCCGG	2	10	14765	14774	0 %	0 %	60 %	40 %	116255212
16	NC_008384	GCGCG	2	10	15074	15083	0 %	0 %	60 %	40 %	116255212
17	NC_008384	ATTTC	2	10	16636	16645	20 %	60 %	0 %	20 %	116255213
18	NC_008384	GCCTT	2	10	17466	17475	0 %	40 %	20 %	40 %	116255213
19	NC_008384	GGCGC	2	10	20638	20647	0 %	0 %	60 %	40 %	116255213
20	NC_008384	GCTGG	2	10	27326	27335	0 %	20 %	60 %	20 %	116255220
21	NC_008384	AGGAC	2	10	30413	30422	40 %	0 %	40 %	20 %	116255223
22	NC_008384	ACCGG	2	10	33054	33063	20 %	0 %	40 %	40 %	116255225
23	NC_008384	TGAAC	2	10	36711	36720	40 %	20 %	20 %	20 %	116255229
24	NC_008384	GGCCC	2	10	39811	39820	0 %	0 %	40 %	60 %	116255232
25	NC_008384	GACCA	2	10	41694	41703	40 %	0 %	20 %	40 %	116255233
26	NC_008384	GCCAT	2	10	41982	41991	20 %	20 %	20 %	40 %	116255233
27	NC_008384	CCGCG	2	10	46813	46822	0 %	0 %	40 %	60 %	116255237
28	NC_008384	GATCC	2	10	46931	46940	20 %	20 %	20 %	40 %	116255237
29	NC_008384	TGGTC	2	10	48217	48226	0 %	40 %	40 %	20 %	116255237
30	NC_008384	CCATG	2	10	48343	48352	20 %	20 %	20 %	40 %	116255237
31	NC_008384	TTGCG	2	10	50063	50072	0 %	40 %	40 %	20 %	116255240
32	NC_008384	ACGCG	2	10	54008	54017	20 %	0 %	40 %	40 %	116255243
33	NC_008384	GGCGA	2	10	56475	56484	20 %	0 %	60 %	20 %	116255246
34	NC_008384	GATCC	2	10	56966	56975	20 %	20 %	20 %	40 %	116255247
35	NC_008384	AGCGC	2	10	57859	57868	20 %	0 %	40 %	40 %	116255247
36	NC_008384	CGGCG	2	10	61151	61160	0 %	0 %	60 %	40 %	116255249
37	NC_008384	CCGGT	2	10	61399	61408	0 %	20 %	40 %	40 %	116255249
38	NC_008384	AAGGA	2	10	62353	62362	60 %	0 %	40 %	0 %	116255250
39	NC_008384	CGCTG	2	10	62672	62681	0 %	20 %	40 %	40 %	116255250
40	NC_008384	GCACG	2	10	63737	63746	20 %	0 %	40 %	40 %	116255251
41	NC_008384	GCGAG	2	10	64433	64442	20 %	0 %	60 %	20 %	116255251
42	NC_008384	GGGTT	2	10	66903	66912	0 %	40 %	60 %	0 %	116255253
43	NC_008384	CCGGC	2	10	68604	68613	0 %	0 %	40 %	60 %	116255254
44	NC_008384	CTGAT	2	10	68978	68987	20 %	40 %	20 %	20 %	116255254
45	NC_008384	TGCTG	2	10	72508	72517	0 %	40 %	40 %	20 %	116255256
46	NC_008384	TAGAT	2	10	74648	74657	40 %	40 %	20 %	0 %	116255259
47	NC_008384	GGCGT	2	10	75973	75982	0 %	20 %	60 %	20 %	116255260
48	NC_008384	CAGCG	2	10	76735	76744	20 %	0 %	40 %	40 %	116255260
49	NC_008384	GGCCG	2	10	77520	77529	0 %	0 %	60 %	40 %	116255261
50	NC_008384	TCGCC	2	10	78553	78562	0 %	20 %	20 %	60 %	116255262
51	NC_008384	GCTCC	2	10	79587	79596	0 %	20 %	20 %	60 %	116255264
52	NC_008384	AGGGC	2	10	81387	81396	20 %	0 %	60 %	20 %	116255266
53	NC_008384	GGCCG	2	10	81589	81598	0 %	0 %	60 %	40 %	116255266
54	NC_008384	TGGCA	2	10	84845	84854	20 %	20 %	40 %	20 %	116255268
55	NC_008384	GCATC	2	10	85674	85683	20 %	20 %	20 %	40 %	116255269
56	NC_008384	GCCTT	2	10	88865	88874	0 %	40 %	20 %	40 %	116255273
57	NC_008384	TTCCG	2	10	91002	91011	0 %	40 %	20 %	40 %	116255274
58	NC_008384	GCACG	2	10	95661	95670	20 %	0 %	40 %	40 %	116255280
59	NC_008384	TCGGC	2	10	96699	96708	0 %	20 %	40 %	40 %	116255281
60	NC_008384	GGCGA	2	10	97349	97358	20 %	0 %	60 %	20 %	116255282
61	NC_008384	CAGCG	2	10	98731	98740	20 %	0 %	40 %	40 %	116255283
62	NC_008384	GGAAA	2	10	100889	100898	60 %	0 %	40 %	0 %	116255285
63	NC_008384	GACCG	2	10	102298	102307	20 %	0 %	40 %	40 %	116255287
64	NC_008384	CGGCG	2	10	102819	102828	0 %	0 %	60 %	40 %	116255288
65	NC_008384	TGCCG	2	10	104629	104638	0 %	20 %	40 %	40 %	116255290
66	NC_008384	TGGCG	2	10	106244	106253	0 %	20 %	60 %	20 %	116255293
67	NC_008384	CGGCG	2	10	109586	109595	0 %	0 %	60 %	40 %	116255295
68	NC_008384	CTTCG	2	10	110504	110513	0 %	40 %	20 %	40 %	116255295
69	NC_008384	TTTCC	2	10	113324	113333	0 %	60 %	0 %	40 %	116255297
70	NC_008384	ACCAC	2	10	113542	113551	40 %	0 %	0 %	60 %	116255297
71	NC_008384	CGGCG	2	10	114006	114015	0 %	0 %	60 %	40 %	116255297
72	NC_008384	CCGAT	2	10	115010	115019	20 %	20 %	20 %	40 %	116255298
73	NC_008384	ACCCT	2	10	118044	118053	20 %	20 %	0 %	60 %	116255300
74	NC_008384	CAGGG	2	10	122739	122748	20 %	0 %	60 %	20 %	116255304
75	NC_008384	AGGTG	2	10	123451	123460	20 %	20 %	60 %	0 %	116255304
76	NC_008384	CATCG	2	10	125789	125798	20 %	20 %	20 %	40 %	116255307
77	NC_008384	GATGG	2	10	130033	130042	20 %	20 %	60 %	0 %	116255312
78	NC_008384	GTGGA	2	10	132269	132278	20 %	20 %	60 %	0 %	116255315
79	NC_008384	AGCAG	2	10	134207	134216	40 %	0 %	40 %	20 %	116255318
80	NC_008384	CCCGT	2	10	135252	135261	0 %	20 %	20 %	60 %	116255320
81	NC_008384	TGACG	2	10	138874	138883	20 %	20 %	40 %	20 %	116255327
82	NC_008384	CGGAA	2	10	142837	142846	40 %	0 %	40 %	20 %	116255332
83	NC_008384	GGAAG	2	10	144431	144440	40 %	0 %	60 %	0 %	116255334
84	NC_008384	GCCTC	2	10	146929	146938	0 %	20 %	20 %	60 %	116255334
85	NC_008384	ACCGC	2	10	148385	148394	20 %	0 %	20 %	60 %	116255335
86	NC_008384	ATCCT	2	10	152452	152461	20 %	40 %	0 %	40 %	116255340
87	NC_008384	TGCGG	2	10	154469	154478	0 %	20 %	60 %	20 %	116255343
88	NC_008384	GGTCC	2	10	154738	154747	0 %	20 %	40 %	40 %	116255343
89	NC_008384	CTCAT	2	10	155273	155282	20 %	40 %	0 %	40 %	116255343
90	NC_008384	GCATC	2	10	155372	155381	20 %	20 %	20 %	40 %	116255344
91	NC_008384	TGTCT	2	10	158827	158836	0 %	60 %	20 %	20 %	116255347
92	NC_008384	GTCGA	2	10	163339	163348	20 %	20 %	40 %	20 %	116255351
93	NC_008384	GGGCG	2	10	164090	164099	0 %	0 %	80 %	20 %	116255352
94	NC_008384	GGCGA	2	10	167189	167198	20 %	0 %	60 %	20 %	116255355
95	NC_008384	CATCG	2	10	167674	167683	20 %	20 %	20 %	40 %	116255355
96	NC_008384	AATCC	2	10	170342	170351	40 %	20 %	0 %	40 %	116255358
97	NC_008384	GTGGC	2	10	170849	170858	0 %	20 %	60 %	20 %	116255358
98	NC_008384	TTCCG	2	10	173161	173170	0 %	40 %	20 %	40 %	116255361
99	NC_008384	CAACG	2	10	175268	175277	40 %	0 %	20 %	40 %	116255362
100	NC_008384	GTACG	2	10	176798	176807	20 %	20 %	40 %	20 %	116255364
101	NC_008384	GTCAG	2	10	179705	179714	20 %	20 %	40 %	20 %	116255367
102	NC_008384	AGGTC	2	10	183395	183404	20 %	20 %	40 %	20 %	116255369
103	NC_008384	GACGA	2	10	184501	184510	40 %	0 %	40 %	20 %	116255370
104	NC_008384	GTTTT	2	10	188083	188092	0 %	80 %	20 %	0 %	116255374
105	NC_008384	TGGCT	2	10	191257	191266	0 %	40 %	40 %	20 %	116255376
106	NC_008384	CGGAA	2	10	192374	192383	40 %	0 %	40 %	20 %	116255377
107	NC_008384	GGCGA	2	10	194758	194767	20 %	0 %	60 %	20 %	116255380
108	NC_008384	CGCGA	2	10	196597	196606	20 %	0 %	40 %	40 %	116255381
109	NC_008384	TTGCG	2	10	197290	197299	0 %	40 %	40 %	20 %	116255382
110	NC_008384	GTCCG	2	10	199339	199348	0 %	20 %	40 %	40 %	116255385
111	NC_008384	ACGCG	2	10	199965	199974	20 %	0 %	40 %	40 %	116255386
112	NC_008384	TGGAA	2	10	201622	201631	40 %	20 %	40 %	0 %	116255387
113	NC_008384	CAGCT	2	10	201982	201991	20 %	20 %	20 %	40 %	116255387
114	NC_008384	GCGCC	2	10	202350	202359	0 %	0 %	40 %	60 %	116255387
115	NC_008384	GTGTT	2	10	202857	202866	0 %	60 %	40 %	0 %	116255388
116	NC_008384	CGGCT	2	10	204224	204233	0 %	20 %	40 %	40 %	116255391
117	NC_008384	TTTGG	2	10	209138	209147	0 %	60 %	40 %	0 %	116255397
118	NC_008384	GGCCG	2	10	211493	211502	0 %	0 %	60 %	40 %	116255400
119	NC_008384	CCGGA	2	10	213332	213341	20 %	0 %	40 %	40 %	116255402
120	NC_008384	GGCGA	2	10	214575	214584	20 %	0 %	60 %	20 %	116255404
121	NC_008384	TCGCC	2	10	215227	215236	0 %	20 %	20 %	60 %	116255404
122	NC_008384	GCCGC	2	10	216409	216418	0 %	0 %	40 %	60 %	116255405
123	NC_008384	GCGCG	2	10	217667	217676	0 %	0 %	60 %	40 %	116255406
124	NC_008384	CTTCA	2	10	219074	219083	20 %	40 %	0 %	40 %	116255407
125	NC_008384	CCGGT	2	10	219084	219093	0 %	20 %	40 %	40 %	116255407
126	NC_008384	CGGCC	2	10	219903	219912	0 %	0 %	40 %	60 %	116255408
127	NC_008384	AGACG	2	10	223604	223613	40 %	0 %	40 %	20 %	116255411
128	NC_008384	TGGCG	2	10	224526	224535	0 %	20 %	60 %	20 %	116255412
129	NC_008384	GGCAA	2	10	225825	225834	40 %	0 %	40 %	20 %	116255413
130	NC_008384	TCGCC	2	10	226031	226040	0 %	20 %	20 %	60 %	116255413
131	NC_008384	GCGCC	2	10	226238	226247	0 %	0 %	40 %	60 %	116255413
132	NC_008384	ATGAG	2	10	227655	227664	40 %	20 %	40 %	0 %	116255415
133	NC_008384	CGCGG	2	10	233086	233095	0 %	0 %	60 %	40 %	116255420
134	NC_008384	GGCAT	2	10	233237	233246	20 %	20 %	40 %	20 %	116255420
135	NC_008384	TTGCT	2	10	233334	233343	0 %	60 %	20 %	20 %	116255420
136	NC_008384	TGGCA	2	10	233479	233488	20 %	20 %	40 %	20 %	116255420
137	NC_008384	TTCCG	2	10	235842	235851	0 %	40 %	20 %	40 %	116255422
138	NC_008384	CGCGC	2	10	237694	237703	0 %	0 %	40 %	60 %	116255423
139	NC_008384	AGGAG	2	10	238404	238413	40 %	0 %	60 %	0 %	116255423
140	NC_008384	TGCCG	2	10	241310	241319	0 %	20 %	40 %	40 %	116255427
141	NC_008384	AGTGC	2	10	243899	243908	20 %	20 %	40 %	20 %	116255431
142	NC_008384	GCCGC	2	10	244268	244277	0 %	0 %	40 %	60 %	116255431
143	NC_008384	GCCGC	2	10	244959	244968	0 %	0 %	40 %	60 %	116255432
144	NC_008384	GCCGG	2	10	245529	245538	0 %	0 %	60 %	40 %	116255433
145	NC_008384	AGATC	2	10	245990	245999	40 %	20 %	20 %	20 %	116255433
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147	NC_008384	GCCTG	2	10	249907	249916	0 %	20 %	40 %	40 %	116255436
148	NC_008384	TTGCC	2	10	251082	251091	0 %	40 %	20 %	40 %	116255437
149	NC_008384	GAGCG	2	10	251243	251252	20 %	0 %	60 %	20 %	116255437
150	NC_008384	GCCCG	2	10	253822	253831	0 %	0 %	40 %	60 %	116255438
151	NC_008384	CTTTT	2	10	254138	254147	0 %	80 %	0 %	20 %	116255438
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153	NC_008384	TGCCG	2	10	258238	258247	0 %	20 %	40 %	40 %	116255443
154	NC_008384	CGCCC	2	10	262944	262953	0 %	0 %	20 %	80 %	116255447
155	NC_008384	GGCCA	2	10	263764	263773	20 %	0 %	40 %	40 %	116255447
156	NC_008384	ATCCC	2	10	264525	264534	20 %	20 %	0 %	60 %	116255447
157	NC_008384	AGGGC	2	10	265302	265311	20 %	0 %	60 %	20 %	116255448
158	NC_008384	CGGCT	2	10	265370	265379	0 %	20 %	40 %	40 %	116255448
159	NC_008384	CCTGT	2	10	266199	266208	0 %	40 %	20 %	40 %	116255449
160	NC_008384	AGAAC	2	10	274771	274780	60 %	0 %	20 %	20 %	116255454
161	NC_008384	GTCTC	2	10	276212	276221	0 %	40 %	20 %	40 %	116255455
162	NC_008384	TTCGG	2	10	277975	277984	0 %	40 %	40 %	20 %	116255455
163	NC_008384	TGCGC	2	10	282614	282623	0 %	20 %	40 %	40 %	116255461
164	NC_008384	GGCAG	2	10	284240	284249	20 %	0 %	60 %	20 %	116255461
165	NC_008384	ACCGA	2	10	284556	284565	40 %	0 %	20 %	40 %	116255461
166	NC_008384	GAGTG	2	10	284570	284579	20 %	20 %	60 %	0 %	116255461
167	NC_008384	ATCGG	2	10	285813	285822	20 %	20 %	40 %	20 %	116255462
168	NC_008384	CTTGG	2	10	286690	286699	0 %	40 %	40 %	20 %	116255463
169	NC_008384	CAGGC	2	10	288878	288887	20 %	0 %	40 %	40 %	116255465
170	NC_008384	GCTGG	2	10	289397	289406	0 %	20 %	60 %	20 %	116255465
171	NC_008384	GCAGG	2	10	289523	289532	20 %	0 %	60 %	20 %	116255465
172	NC_008384	CGACA	2	10	289963	289972	40 %	0 %	20 %	40 %	116255466
173	NC_008384	ACGCG	2	10	290314	290323	20 %	0 %	40 %	40 %	116255466
174	NC_008384	CAATC	2	10	293259	293268	40 %	20 %	0 %	40 %	116255470
175	NC_008384	ATGCC	2	10	293805	293814	20 %	20 %	20 %	40 %	116255470
176	NC_008384	ACAGG	2	10	299003	299012	40 %	0 %	40 %	20 %	116255476
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179	NC_008384	GCTCC	2	10	303296	303305	0 %	20 %	20 %	60 %	116255477
180	NC_008384	CAGGG	2	10	305935	305944	20 %	0 %	60 %	20 %	116255480
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182	NC_008384	CCATT	2	10	310621	310630	20 %	40 %	0 %	40 %	116255483
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186	NC_008384	TCGGC	2	10	319382	319391	0 %	20 %	40 %	40 %	116255491
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199	NC_008384	CGGCG	2	10	336159	336168	0 %	0 %	60 %	40 %	116255503
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201	NC_008384	CGATC	2	10	337539	337548	20 %	20 %	20 %	40 %	116255504
202	NC_008384	TACGA	2	10	337885	337894	40 %	20 %	20 %	20 %	116255504
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223	NC_008384	GCGAT	2	10	379166	379175	20 %	20 %	40 %	20 %	116255544
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234	NC_008384	TGAAG	2	10	399464	399473	40 %	20 %	40 %	0 %	116255570
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244	NC_008384	GCGAG	2	10	411876	411885	20 %	0 %	60 %	20 %	116255581
245	NC_008384	AGCCG	2	10	413391	413400	20 %	0 %	40 %	40 %	116255582
246	NC_008384	ATGCC	2	10	416643	416652	20 %	20 %	20 %	40 %	116255584
247	NC_008384	CAACC	2	10	416774	416783	40 %	0 %	0 %	60 %	116255584
248	NC_008384	GAAAC	2	10	416786	416795	60 %	0 %	20 %	20 %	116255584
249	NC_008384	GCGGT	2	10	418081	418090	0 %	20 %	60 %	20 %	116255585
250	NC_008384	TTCCA	2	10	425753	425762	20 %	40 %	0 %	40 %	116255593
251	NC_008384	GGCGG	2	10	426146	426155	0 %	0 %	80 %	20 %	116255593
252	NC_008384	AGCGA	2	10	426478	426487	40 %	0 %	40 %	20 %	116255593
253	NC_008384	GGCAC	2	10	427129	427138	20 %	0 %	40 %	40 %	116255593
254	NC_008384	CGTGG	2	10	439885	439894	0 %	20 %	60 %	20 %	116255606
255	NC_008384	CTGTC	2	10	439922	439931	0 %	40 %	20 %	40 %	116255606
256	NC_008384	AGCGG	2	10	442231	442240	20 %	0 %	60 %	20 %	116255608
257	NC_008384	CGGCC	2	10	443028	443037	0 %	0 %	40 %	60 %	116255609
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259	NC_008384	GCGAG	2	10	445084	445093	20 %	0 %	60 %	20 %	116255611
260	NC_008384	CGATG	2	10	452596	452605	20 %	20 %	40 %	20 %	116255617
261	NC_008384	GCTCG	2	10	454255	454264	0 %	20 %	40 %	40 %	116255619
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263	NC_008384	CATGT	2	10	455259	455268	20 %	40 %	20 %	20 %	116255620
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383	NC_008384	TCGCC	2	10	641018	641027	0 %	20 %	20 %	60 %	116255793
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392	NC_008384	GCACG	2	10	656912	656921	20 %	0 %	40 %	40 %	116255807
393	NC_008384	AAGTT	2	10	657166	657175	40 %	40 %	20 %	0 %	116255807
394	NC_008384	ACCCG	2	10	659662	659671	20 %	0 %	20 %	60 %	116255809
395	NC_008384	GCCGG	2	10	660119	660128	0 %	0 %	60 %	40 %	116255810
396	NC_008384	GCCGC	2	10	664047	664056	0 %	0 %	40 %	60 %	116255813
397	NC_008384	CCGAG	2	10	665136	665145	20 %	0 %	40 %	40 %	116255815
398	NC_008384	CGGCG	2	10	669233	669242	0 %	0 %	60 %	40 %	116255819
399	NC_008384	TGGCG	2	10	671464	671473	0 %	20 %	60 %	20 %	116255821
400	NC_008384	CCGGC	2	10	672922	672931	0 %	0 %	40 %	60 %	116255822
401	NC_008384	CCGTC	2	10	673065	673074	0 %	20 %	20 %	60 %	116255822
402	NC_008384	CCCCT	2	10	678275	678284	0 %	20 %	0 %	80 %	116255828
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406	NC_008384	GGCCT	2	10	681161	681170	0 %	20 %	40 %	40 %	116255832
407	NC_008384	ATCGC	2	10	681751	681760	20 %	20 %	20 %	40 %	116255832
408	NC_008384	CTGCC	2	10	682509	682518	0 %	20 %	20 %	60 %	116255833
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410	NC_008384	CGCCT	2	10	683129	683138	0 %	20 %	20 %	60 %	116255833
411	NC_008384	GCCGT	2	10	683296	683305	0 %	20 %	40 %	40 %	116255834

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.