MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Non-Coding Repeats of Rhizobium leguminosarum bv. viciae 3841 plasmid pRL11

Total Repeats: 216

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_008384	GGAA	2	8	3696	3703	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
2	NC_008384	GTGG	2	8	13411	13418	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
3	NC_008384	CCGG	2	8	21008	21015	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
4	NC_008384	GTGA	2	8	21105	21112	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
5	NC_008384	GTAG	2	8	37106	37113	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
6	NC_008384	CAAA	2	8	38306	38313	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
7	NC_008384	TTCT	2	8	39363	39370	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
8	NC_008384	GGGA	2	8	39480	39487	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
9	NC_008384	AAAT	2	8	39954	39961	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_008384	GTTC	2	8	39979	39986	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
11	NC_008384	ATGC	2	8	40007	40014	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
12	NC_008384	TCGA	2	8	45090	45097	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
13	NC_008384	TCGT	2	8	53605	53612	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
14	NC_008384	GGCC	2	8	53780	53787	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
15	NC_008384	GAGG	2	8	53950	53957	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
16	NC_008384	TAGT	2	8	63308	63315	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
17	NC_008384	CGGC	2	8	70898	70905	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
18	NC_008384	GCAT	2	8	71256	71263	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
19	NC_008384	GTTT	2	8	73236	73243	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
20	NC_008384	GGTG	2	8	80159	80166	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
21	NC_008384	GGAT	2	8	80180	80187	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
22	NC_008384	TGGT	2	8	87503	87510	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
23	NC_008384	TCCG	2	8	89278	89285	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
24	NC_008384	AGCG	2	8	91285	91292	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
25	NC_008384	TCGC	2	8	91320	91327	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
26	NC_008384	GCAA	2	8	92499	92506	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
27	NC_008384	ACAG	2	8	97896	97903	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
28	NC_008384	GCCG	2	8	106664	106671	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
29	NC_008384	CCTG	2	8	106959	106966	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
30	NC_008384	CGGC	2	8	108890	108897	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
31	NC_008384	CCGC	2	8	112683	112690	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
32	NC_008384	CCTC	2	8	121177	121184	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
33	NC_008384	CGCA	2	8	122504	122511	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
34	NC_008384	AGCG	2	8	122518	122525	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
35	NC_008384	GTGC	2	8	123797	123804	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
36	NC_008384	GGTT	2	8	124017	124024	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
37	NC_008384	TTCC	2	8	126388	126395	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
38	NC_008384	CCGC	2	8	127145	127152	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
39	NC_008384	GAAA	2	8	131174	131181	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
40	NC_008384	TAGG	2	8	131202	131209	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
41	NC_008384	AATA	2	8	131279	131286	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_008384	CTTT	2	8	131290	131297	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
43	NC_008384	ACGG	2	8	134603	134610	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
44	NC_008384	TACA	2	8	140511	140518	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
45	NC_008384	CTGG	2	8	147347	147354	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
46	NC_008384	CGGA	2	8	148799	148806	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
47	NC_008384	TCGC	2	8	148813	148820	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
48	NC_008384	GACG	2	8	151497	151504	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
49	NC_008384	CGGC	2	8	152834	152841	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
50	NC_008384	CGGG	2	8	153010	153017	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
51	NC_008384	CCAT	2	8	155663	155670	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
52	NC_008384	TCGC	2	8	155729	155736	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
53	NC_008384	CTTG	2	8	156019	156026	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
54	NC_008384	TGAG	2	8	156420	156427	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
55	NC_008384	TGAC	2	8	156477	156484	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
56	NC_008384	CGGA	2	8	159837	159844	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
57	NC_008384	TGCG	2	8	159988	159995	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
58	NC_008384	TGTC	2	8	163613	163620	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
59	NC_008384	TGCC	2	8	170033	170040	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
60	NC_008384	ATCG	2	8	174577	174584	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
61	NC_008384	TGAT	2	8	174601	174608	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
62	NC_008384	CCGT	2	8	179671	179678	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
63	NC_008384	GGGC	2	8	183969	183976	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
64	NC_008384	TGAT	2	8	186052	186059	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
65	NC_008384	GAGG	2	8	193611	193618	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
66	NC_008384	CGAA	2	8	197119	197126	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
67	NC_008384	TTCT	2	8	199868	199875	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
68	NC_008384	CCAA	2	8	203322	203329	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
69	NC_008384	GCAA	2	8	207636	207643	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
70	NC_008384	ACAT	2	8	208800	208807	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
71	NC_008384	GGCA	2	8	209343	209350	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
72	NC_008384	CGGC	2	8	210002	210009	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
73	NC_008384	TGGC	2	8	221950	221957	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
74	NC_008384	CTTC	2	8	223244	223251	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
75	NC_008384	ACGG	2	8	225541	225548	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
76	NC_008384	GGCA	2	8	240583	240590	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
77	NC_008384	GTTG	2	8	245088	245095	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
78	NC_008384	GAGG	2	8	250451	250458	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
79	NC_008384	TTGA	2	8	254665	254672	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
80	NC_008384	GGGA	2	8	258406	258413	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
81	NC_008384	CTCC	2	8	260646	260653	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
82	NC_008384	GCCG	2	8	260710	260717	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
83	NC_008384	TGAT	2	8	262910	262917	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
84	NC_008384	CAGC	2	8	268553	268560	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
85	NC_008384	CTTG	2	8	268921	268928	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
86	NC_008384	GGCT	2	8	269203	269210	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
87	NC_008384	CTGG	2	8	269316	269323	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
88	NC_008384	ATTT	2	8	269410	269417	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
89	NC_008384	AAGC	2	8	269675	269682	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
90	NC_008384	GTTG	2	8	269817	269824	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
91	NC_008384	GGCG	2	8	269860	269867	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
92	NC_008384	ACTT	2	8	269967	269974	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
93	NC_008384	GGTT	2	8	270117	270124	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
94	NC_008384	CGGT	2	8	270812	270819	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
95	NC_008384	TGCA	2	8	278462	278469	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
96	NC_008384	CGGC	2	8	278740	278747	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
97	NC_008384	CCAC	2	8	279092	279099	25 %	0 %	0 %	75 %	Non-Coding
98	NC_008384	GCAC	2	8	279121	279128	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
99	NC_008384	GGTT	2	8	280578	280585	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
100	NC_008384	GACG	2	8	284822	284829	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
101	NC_008384	AACC	2	8	284973	284980	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
102	NC_008384	TTGC	2	8	291896	291903	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
103	NC_008384	CGCC	2	8	292938	292945	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
104	NC_008384	CCGG	3	12	292963	292974	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
105	NC_008384	GCAG	2	8	293168	293175	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
106	NC_008384	TGAT	2	8	294503	294510	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
107	NC_008384	GCAT	2	8	294645	294652	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
108	NC_008384	GCCG	2	8	302480	302487	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
109	NC_008384	GACG	2	8	302559	302566	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
110	NC_008384	ATGA	2	8	311343	311350	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
111	NC_008384	CGAT	2	8	311462	311469	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
112	NC_008384	CTGT	2	8	315555	315562	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
113	NC_008384	TGCC	2	8	319115	319122	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
114	NC_008384	AGTA	2	8	327828	327835	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
115	NC_008384	GCGG	2	8	329887	329894	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
116	NC_008384	CGAC	2	8	340498	340505	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
117	NC_008384	CAAG	2	8	342725	342732	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
118	NC_008384	TCGA	2	8	342918	342925	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
119	NC_008384	GGGA	2	8	345862	345869	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
120	NC_008384	TGCC	2	8	349145	349152	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
121	NC_008384	GCCG	2	8	351016	351023	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
122	NC_008384	ACTA	2	8	352762	352769	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
123	NC_008384	GCTA	2	8	352973	352980	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
124	NC_008384	TCAT	2	8	353604	353611	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
125	NC_008384	AGAA	2	8	353984	353991	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
126	NC_008384	GATT	2	8	356635	356642	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
127	NC_008384	CCGG	2	8	358360	358367	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
128	NC_008384	AGTT	2	8	358464	358471	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
129	NC_008384	CCTC	2	8	359818	359825	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
130	NC_008384	CCAG	2	8	360695	360702	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
131	NC_008384	CATA	2	8	365737	365744	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
132	NC_008384	TCCT	2	8	365750	365757	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
133	NC_008384	CGAG	2	8	365821	365828	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
134	NC_008384	CATT	2	8	367188	367195	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
135	NC_008384	GATA	2	8	367229	367236	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
136	NC_008384	CGAA	2	8	370941	370948	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
137	NC_008384	ACGG	2	8	371683	371690	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
138	NC_008384	CTTC	2	8	371903	371910	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
139	NC_008384	AGGG	2	8	372260	372267	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
140	NC_008384	CGCC	2	8	375356	375363	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
141	NC_008384	GATT	2	8	382033	382040	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
142	NC_008384	AGGA	2	8	384270	384277	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
143	NC_008384	CCGG	2	8	386268	386275	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
144	NC_008384	GAGC	2	8	386776	386783	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
145	NC_008384	AAAC	2	8	390246	390253	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
146	NC_008384	CAGC	2	8	391338	391345	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
147	NC_008384	AACA	2	8	391382	391389	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
148	NC_008384	AGCG	2	8	398445	398452	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
149	NC_008384	CGTG	2	8	398490	398497	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
150	NC_008384	ACAA	2	8	400761	400768	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
151	NC_008384	CTGC	2	8	404913	404920	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.