MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Repeats of Rhizobium leguminosarum bv. viciae 3841 plasmid pRL7

Total Repeats: 126

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_008382	AAACG	2	10	594	603	60 %	0 %	20 %	20 %	116254911
2	NC_008382	ATGTC	2	10	920	929	20 %	40 %	20 %	20 %	116254911
3	NC_008382	CGAGC	2	10	1032	1041	20 %	0 %	40 %	40 %	116254911
4	NC_008382	AAAAG	2	10	2309	2318	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
5	NC_008382	CATGG	2	10	2735	2744	20 %	20 %	40 %	20 %	116254913
6	NC_008382	CGGTC	2	10	3435	3444	0 %	20 %	40 %	40 %	116254913
7	NC_008382	GCCCG	2	10	5909	5918	0 %	0 %	40 %	60 %	116254916
8	NC_008382	GATGA	2	10	7348	7357	40 %	20 %	40 %	0 %	116254917
9	NC_008382	CATCA	2	10	8971	8980	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
10	NC_008382	CGTGC	2	10	9147	9156	0 %	20 %	40 %	40 %	116254918
11	NC_008382	CGGCC	2	10	9369	9378	0 %	0 %	40 %	60 %	116254918
12	NC_008382	GACCG	2	10	10248	10257	20 %	0 %	40 %	40 %	116254919
13	NC_008382	CAGGG	2	10	13404	13413	20 %	0 %	60 %	20 %	116254921
14	NC_008382	TTCCC	2	10	13537	13546	0 %	40 %	0 %	60 %	116254921
15	NC_008382	TCCGA	2	10	14707	14716	20 %	20 %	20 %	40 %	116254921
16	NC_008382	CGGGC	2	10	15196	15205	0 %	0 %	60 %	40 %	116254921
17	NC_008382	GCGCT	2	10	16332	16341	0 %	20 %	40 %	40 %	116254922
18	NC_008382	GCACC	2	10	16445	16454	20 %	0 %	20 %	60 %	116254922
19	NC_008382	GCCAC	2	10	19098	19107	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
20	NC_008382	CGCGT	2	10	19157	19166	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
21	NC_008382	CTCCG	2	10	20776	20785	0 %	20 %	20 %	60 %	116254929
22	NC_008382	GCCTG	2	10	21098	21107	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
23	NC_008382	AAAAT	2	10	24732	24741	80 %	20 %	0 %	0 %	116254936
24	NC_008382	TGAGC	2	10	26638	26647	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
25	NC_008382	TGCGG	2	10	29185	29194	0 %	20 %	60 %	20 %	116254940
26	NC_008382	GGTCC	2	10	29454	29463	0 %	20 %	40 %	40 %	116254940
27	NC_008382	CTCAT	2	10	29989	29998	20 %	40 %	0 %	40 %	116254940
28	NC_008382	GCATC	2	10	30088	30097	20 %	20 %	20 %	40 %	116254941
29	NC_008382	ATCCG	2	10	30439	30448	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
30	NC_008382	CCTTA	2	10	35213	35222	20 %	40 %	0 %	40 %	116254945
31	NC_008382	CCGAA	2	10	36421	36430	40 %	0 %	20 %	40 %	116254946
32	NC_008382	AGCAG	2	10	38830	38839	40 %	0 %	40 %	20 %	116254950
33	NC_008382	GCATC	2	10	42071	42080	20 %	20 %	20 %	40 %	116254954
34	NC_008382	GCGGT	2	10	42276	42285	0 %	20 %	60 %	20 %	116254954
35	NC_008382	CCATC	2	10	42325	42334	20 %	20 %	0 %	60 %	116254955
36	NC_008382	ACAGT	2	10	44952	44961	40 %	20 %	20 %	20 %	116254957
37	NC_008382	TTGAA	2	10	45252	45261	40 %	40 %	20 %	0 %	116254957
38	NC_008382	TGGCT	6	30	46408	46437	0 %	40 %	40 %	20 %	116254959
39	NC_008382	CGGCG	2	10	47388	47397	0 %	0 %	60 %	40 %	116254960
40	NC_008382	TAGAT	2	10	47946	47955	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
41	NC_008382	ACAAT	2	10	47988	47997	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
42	NC_008382	AGGGA	2	10	48427	48436	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
43	NC_008382	GATCT	2	10	50071	50080	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
44	NC_008382	AAAAC	2	10	53562	53571	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
45	NC_008382	ATATA	2	10	53657	53666	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_008382	ATTGA	2	10	53689	53698	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
47	NC_008382	TGGCT	5	25	54537	54561	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
48	NC_008382	CGTCG	2	10	55849	55858	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
49	NC_008382	CGGCA	2	10	56691	56700	20 %	0 %	40 %	40 %	116254972
50	NC_008382	CGGAC	2	10	58475	58484	20 %	0 %	40 %	40 %	116254972
51	NC_008382	CTGAT	2	10	61501	61510	20 %	40 %	20 %	20 %	116254974
52	NC_008382	AGGCG	2	10	61820	61829	20 %	0 %	60 %	20 %	116254974
53	NC_008382	CTAGT	2	10	63189	63198	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
54	NC_008382	GGCGC	2	10	64350	64359	0 %	0 %	60 %	40 %	116254976
55	NC_008382	AGCGG	2	10	67648	67657	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
56	NC_008382	CCCCT	2	10	69082	69091	0 %	20 %	0 %	80 %	116254983
57	NC_008382	GCCCT	2	10	69110	69119	0 %	20 %	20 %	60 %	116254983
58	NC_008382	GCGCT	2	10	71891	71900	0 %	20 %	40 %	40 %	116254984
59	NC_008382	GCGAT	2	10	72555	72564	20 %	20 %	40 %	20 %	116254984
60	NC_008382	CTTCG	2	10	73471	73480	0 %	40 %	20 %	40 %	116254986
61	NC_008382	GAAAA	2	10	75174	75183	80 %	0 %	20 %	0 %	116254987
62	NC_008382	CCCCT	2	10	76052	76061	0 %	20 %	0 %	80 %	116254989
63	NC_008382	GTTGA	2	10	76117	76126	20 %	40 %	40 %	0 %	116254989
64	NC_008382	GCTTC	2	10	77310	77319	0 %	40 %	20 %	40 %	116254990
65	NC_008382	CGAAG	2	10	78963	78972	40 %	0 %	40 %	20 %	116254991
66	NC_008382	CTTTG	2	10	81564	81573	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
67	NC_008382	TCGAG	2	10	81575	81584	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
68	NC_008382	CGGTC	2	10	82476	82485	0 %	20 %	40 %	40 %	116254995
69	NC_008382	GAGGG	2	10	82592	82601	20 %	0 %	80 %	0 %	116254995
70	NC_008382	CGTCA	2	10	83106	83115	20 %	20 %	20 %	40 %	116254997
71	NC_008382	CGTGG	2	10	83215	83224	0 %	20 %	60 %	20 %	116254997
72	NC_008382	GGCGA	2	10	84197	84206	20 %	0 %	60 %	20 %	116254998
73	NC_008382	GGCAG	2	10	84701	84710	20 %	0 %	60 %	20 %	116254999
74	NC_008382	GCAGA	2	10	84729	84738	40 %	0 %	40 %	20 %	116254999
75	NC_008382	CGCAG	2	10	85052	85061	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
76	NC_008382	CGAGG	2	10	85111	85120	20 %	0 %	60 %	20 %	116255000
77	NC_008382	CTCGC	2	10	87086	87095	0 %	20 %	20 %	60 %	116255001
78	NC_008382	CCCGG	2	10	88615	88624	0 %	0 %	40 %	60 %	116255003
79	NC_008382	TGCGG	2	10	88823	88832	0 %	20 %	60 %	20 %	116255003
80	NC_008382	GTCAT	2	10	89151	89160	20 %	40 %	20 %	20 %	116255003
81	NC_008382	GGATG	2	10	89840	89849	20 %	20 %	60 %	0 %	116255004
82	NC_008382	AGGTC	2	10	92637	92646	20 %	20 %	40 %	20 %	116255006
83	NC_008382	GATGC	2	10	93942	93951	20 %	20 %	40 %	20 %	116255008
84	NC_008382	CGGAC	2	10	94575	94584	20 %	0 %	40 %	40 %	116255009
85	NC_008382	CCGCA	2	10	94845	94854	20 %	0 %	20 %	60 %	116255009
86	NC_008382	CCTTT	2	10	95444	95453	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
87	NC_008382	ATTGC	2	10	95979	95988	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
88	NC_008382	CCGAA	2	10	99194	99203	40 %	0 %	20 %	40 %	116255012
89	NC_008382	GCCCG	2	10	99220	99229	0 %	0 %	40 %	60 %	116255012
90	NC_008382	TGAAC	2	10	100555	100564	40 %	20 %	20 %	20 %	116255014
91	NC_008382	CGGCG	2	10	104186	104195	0 %	0 %	60 %	40 %	116255017
92	NC_008382	GCCTT	2	10	107334	107343	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
93	NC_008382	GATGG	2	10	107710	107719	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
94	NC_008382	GATGC	2	10	109721	109730	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
95	NC_008382	CAATG	2	10	110077	110086	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
96	NC_008382	TGCCG	2	10	112325	112334	0 %	20 %	40 %	40 %	116255025
97	NC_008382	GCGAC	2	10	113121	113130	20 %	0 %	40 %	40 %	116255027
98	NC_008382	GCTGA	2	10	113776	113785	20 %	20 %	40 %	20 %	116255028
99	NC_008382	GCTGA	2	10	117459	117468	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
100	NC_008382	GCATC	2	10	119002	119011	20 %	20 %	20 %	40 %	116255033
101	NC_008382	GCGGT	2	10	119207	119216	0 %	20 %	60 %	20 %	116255033
102	NC_008382	CCATC	2	10	119256	119265	20 %	20 %	0 %	60 %	116255034
103	NC_008382	CCGAC	2	10	121656	121665	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
104	NC_008382	CTTCT	2	10	122103	122112	0 %	60 %	0 %	40 %	116255036
105	NC_008382	CAGCC	2	10	122888	122897	20 %	0 %	20 %	60 %	116255036
106	NC_008382	TGGAC	2	10	123278	123287	20 %	20 %	40 %	20 %	116255037
107	NC_008382	CCTCC	2	10	123394	123403	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
108	NC_008382	GCCAG	2	10	125023	125032	20 %	0 %	40 %	40 %	116255039
109	NC_008382	AAGCC	2	10	125104	125113	40 %	0 %	20 %	40 %	116255039
110	NC_008382	CGCGG	2	10	125255	125264	0 %	0 %	60 %	40 %	116255039
111	NC_008382	CGGAC	2	10	126530	126539	20 %	0 %	40 %	40 %	116255040
112	NC_008382	AAGCG	2	10	126959	126968	40 %	0 %	40 %	20 %	116255040
113	NC_008382	GATTG	2	10	126978	126987	20 %	40 %	40 %	0 %	116255040
114	NC_008382	GCAGC	2	10	128024	128033	20 %	0 %	40 %	40 %	116255041
115	NC_008382	AAACC	2	10	128603	128612	60 %	0 %	0 %	40 %	116255042
116	NC_008382	CGGCG	2	10	133054	133063	0 %	0 %	60 %	40 %	116255046
117	NC_008382	ACCGC	2	10	133194	133203	20 %	0 %	20 %	60 %	116255046
118	NC_008382	AGGTC	2	10	138108	138117	20 %	20 %	40 %	20 %	116255052
119	NC_008382	CTCAG	2	10	141847	141856	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
120	NC_008382	CGTCG	2	10	142502	142511	0 %	20 %	40 %	40 %	116255057
121	NC_008382	TCGGA	2	10	144432	144441	20 %	20 %	40 %	20 %	116255059
122	NC_008382	CCGGA	2	10	144453	144462	20 %	0 %	40 %	40 %	116255059
123	NC_008382	GACGA	2	10	145291	145300	40 %	0 %	40 %	20 %	116255061
124	NC_008382	GACCT	2	10	145954	145963	20 %	20 %	20 %	40 %	116255062
125	NC_008382	CTGGT	2	10	148856	148865	0 %	40 %	40 %	20 %	116255064
126	NC_008382	TTCTG	2	10	151095	151104	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.