MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Coding Repeats of Rhizobium leguminosarum bv. viciae 3841 plasmid pRL10

Total Repeats: 168

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_008381	AGGCGA	2	12	5634	5645	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	116254473
2	NC_008381	GCTGCG	2	12	10072	10083	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	116254481
3	NC_008381	CCTCTG	2	12	10447	10458	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	116254481
4	NC_008381	CGCGTT	2	12	11119	11130	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	116254482
5	NC_008381	CGCGAT	2	12	14236	14247	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	116254485
6	NC_008381	CGGATC	2	12	14250	14261	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	116254485
7	NC_008381	TCGCAA	2	12	15512	15523	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	116254486
8	NC_008381	GGGGAG	2	12	19641	19652	16.67 %	0 %	83.33 %	0 %	116254489
9	NC_008381	GCTTGC	2	12	21235	21246	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	116254491
10	NC_008381	GATGTC	2	12	36381	36392	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	116254499
11	NC_008381	TGCACG	2	12	38679	38690	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	116254499
12	NC_008381	CAAAAG	2	12	56600	56611	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	116254512
13	NC_008381	GACGCC	2	12	62181	62192	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	116254518
14	NC_008381	TGCGAT	2	12	62968	62979	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	116254520
15	NC_008381	GCTTTC	2	12	66981	66992	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	116254523
16	NC_008381	GCCCAC	2	12	69096	69107	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	116254526
17	NC_008381	GCTTCC	2	12	69595	69606	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	116254526
18	NC_008381	GTGCCC	2	12	71296	71307	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	116254528
19	NC_008381	AAGCCG	2	12	77787	77798	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	116254535
20	NC_008381	ATGTCG	2	12	81289	81300	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	116254538
21	NC_008381	GAAGTC	2	12	90131	90142	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	116254547
22	NC_008381	GGCGCT	2	12	101201	101212	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	116254552
23	NC_008381	GATGTC	2	12	102530	102541	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	116254554
24	NC_008381	ACCAGA	2	12	114946	114957	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	116254564
25	NC_008381	CGCCGG	2	12	115061	115072	0 %	0 %	50 %	50 %	116254564
26	NC_008381	AGACCG	2	12	117350	117361	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	116254566
27	NC_008381	GACGCA	2	12	118633	118644	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	116254567
28	NC_008381	ACTTCG	2	12	125669	125680	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	116254576
29	NC_008381	TTGCCC	2	12	126768	126779	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	116254577
30	NC_008381	CTCGTT	2	12	131267	131278	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	116254581
31	NC_008381	GAATAT	2	12	132446	132457	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	116254582
32	NC_008381	ATTGCC	2	12	135757	135768	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	116254585
33	NC_008381	CATAAG	2	12	136737	136748	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	116254585
34	NC_008381	GGTCGA	2	12	142453	142464	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	116254588
35	NC_008381	GTCATC	2	12	153033	153044	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	116254596
36	NC_008381	GCCACT	2	12	154437	154448	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	116254598
37	NC_008381	CCATGT	2	12	160226	160237	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	116254603
38	NC_008381	GATGAC	2	12	166135	166146	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	116254608
39	NC_008381	CTGCCG	2	12	175585	175596	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	116254618
40	NC_008381	GGTGCC	2	12	183540	183551	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	116254624
41	NC_008381	GATCTC	2	12	192992	193003	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	116254635
42	NC_008381	TGTGGC	2	12	196647	196658	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	116254638
43	NC_008381	GCCGAG	2	12	200229	200240	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	116254641
44	NC_008381	TCGCGG	2	12	206288	206299	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	116254646
45	NC_008381	CGATTC	2	12	209084	209095	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	116254649
46	NC_008381	CGTCGC	2	12	213004	213015	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	116254652
47	NC_008381	CAGCGA	2	12	213016	213027	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	116254652
48	NC_008381	ATCGCC	2	12	214193	214204	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	116254652
49	NC_008381	CAAGAT	2	12	216111	216122	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	116254656
50	NC_008381	ACGATG	2	12	222034	222045	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	116254661
51	NC_008381	TGCCGG	2	12	223977	223988	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	116254663
52	NC_008381	GTTCGT	2	12	227536	227547	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	116254665
53	NC_008381	CGGCGC	2	12	231746	231757	0 %	0 %	50 %	50 %	116254669
54	NC_008381	GCTGGG	2	12	233266	233277	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	116254671
55	NC_008381	TCGTCA	2	12	234712	234723	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	116254671
56	NC_008381	CTATGC	2	12	236246	236257	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	116254673
57	NC_008381	CGAGCA	2	12	237855	237866	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	116254674
58	NC_008381	GTATCT	2	12	241537	241548	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	116254680
59	NC_008381	GCCGAC	2	12	244359	244370	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	116254683
60	NC_008381	CGGCGA	2	12	246772	246783	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	116254685
61	NC_008381	ATGCCG	2	12	252950	252961	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	116254692
62	NC_008381	GCGAGC	2	12	261256	261267	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	116254700
63	NC_008381	GATGCC	2	12	261974	261985	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	116254701
64	NC_008381	GCTCGG	2	12	264014	264025	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	116254703
65	NC_008381	GCGTGC	2	12	267019	267030	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	116254704
66	NC_008381	TCGAGG	2	12	267907	267918	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	116254705
67	NC_008381	CGGCAA	2	12	269212	269223	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	116254706
68	NC_008381	TCCTGA	2	12	271160	271171	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	116254708
69	NC_008381	TCGATC	2	12	273148	273159	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	116254709
70	NC_008381	GCTGGC	2	12	286066	286077	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	116254720
71	NC_008381	CGCAGC	2	12	288380	288391	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	116254722
72	NC_008381	GCATCG	2	12	288657	288668	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	116254722
73	NC_008381	ATCCCG	2	12	292470	292481	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	116254725
74	NC_008381	GATCGA	2	12	293881	293892	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	116254727
75	NC_008381	GAACCG	2	12	294921	294932	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	116254727
76	NC_008381	CATGAG	2	12	296333	296344	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	116254728
77	NC_008381	TCGTGG	2	12	297349	297360	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	116254728
78	NC_008381	GCCGTC	2	12	299675	299686	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	116254729
79	NC_008381	GAGCAA	2	12	303711	303722	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	116254733
80	NC_008381	TGCCGG	2	12	303864	303875	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	116254733
81	NC_008381	CTTGCC	2	12	309671	309682	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	116254737
82	NC_008381	CCTATC	2	12	311423	311434	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	116254740
83	NC_008381	GTAGCG	2	12	312142	312153	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	116254741
84	NC_008381	CATCGT	2	12	313758	313769	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	116254743
85	NC_008381	GATCCA	2	12	315940	315951	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	116254744
86	NC_008381	AGGCCG	2	12	317204	317215	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	116254745
87	NC_008381	CTCGAT	2	12	318134	318145	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	116254746
88	NC_008381	GCCGAG	2	12	318434	318445	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	116254747
89	NC_008381	CCTGCG	2	12	318728	318739	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	116254747
90	NC_008381	GGTGGA	2	12	320001	320012	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	116254748
91	NC_008381	CTCGAT	2	12	320476	320487	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	116254748
92	NC_008381	GCGACG	2	12	322980	322991	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	116254749
93	NC_008381	CGTCGA	2	12	326116	326127	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	116254751
94	NC_008381	TGAGCC	2	12	330798	330809	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	116254759
95	NC_008381	GTCGAC	2	12	334456	334467	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	116254765
96	NC_008381	ATATCG	2	12	334803	334814	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	116254765
97	NC_008381	CCTATT	2	12	335712	335723	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	116254765
98	NC_008381	ATCGGC	2	12	343775	343786	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	116254773
99	NC_008381	TGGCGC	2	12	345635	345646	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	116254775
100	NC_008381	GGCGAA	2	12	346520	346531	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	116254776
101	NC_008381	TCGGCA	2	12	347043	347054	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	116254776
102	NC_008381	CGGCAT	2	12	348543	348554	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	116254778
103	NC_008381	GCGCGG	2	12	349420	349431	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	116254778
104	NC_008381	ATCGCC	2	12	351587	351598	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	116254780
105	NC_008381	ACCTCG	2	12	357318	357329	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	116254786
106	NC_008381	CTGCGG	2	12	357906	357917	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	116254787
107	NC_008381	TGGCCG	2	12	359190	359201	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	116254788
108	NC_008381	GGCATC	2	12	361137	361148	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	116254790
109	NC_008381	GTCGCC	2	12	362907	362918	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	116254791
110	NC_008381	CCTACA	2	12	362938	362949	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	116254791
111	NC_008381	ATCCGT	2	12	363135	363146	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	116254792
112	NC_008381	GCCGAG	2	12	364279	364290	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	116254793
113	NC_008381	GATCGA	2	12	365710	365721	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	116254794
114	NC_008381	TCATCG	2	12	366458	366469	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	116254795
115	NC_008381	GGCGAC	2	12	368794	368805	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	116254798
116	NC_008381	GAGGCG	2	12	371032	371043	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	116254801
117	NC_008381	TTCATG	2	12	372659	372670	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	116254803
118	NC_008381	GACAAA	2	12	373064	373075	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	116254803
119	NC_008381	AGGCAA	2	12	373362	373373	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	116254803
120	NC_008381	CGCCCG	2	12	375180	375191	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	116254805
121	NC_008381	GGCACG	2	12	376477	376488	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	116254806
122	NC_008381	GGTCGA	2	12	378654	378665	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	116254808
123	NC_008381	GCTGCC	2	12	379113	379124	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	116254808
124	NC_008381	TCGATA	2	12	380075	380086	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	116254809
125	NC_008381	AGCCGC	2	12	381350	381361	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	116254810
126	NC_008381	GCCGGC	2	12	381374	381385	0 %	0 %	50 %	50 %	116254810
127	NC_008381	GATCAG	2	12	385347	385358	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	116254813
128	NC_008381	CCGGCG	2	12	385571	385582	0 %	0 %	50 %	50 %	116254814
129	NC_008381	CCCCTT	2	12	385831	385842	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	116254814
130	NC_008381	TCGGCC	2	12	389912	389923	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	116254817
131	NC_008381	GCGGCA	2	12	390739	390750	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	116254817
132	NC_008381	ATCGAG	2	12	393258	393269	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	116254819
133	NC_008381	ATCGCC	2	12	394800	394811	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	116254821
134	NC_008381	GGAAAT	2	12	397137	397148	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	116254822
135	NC_008381	CATCGA	2	12	398787	398798	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	116254823
136	NC_008381	GACCTG	2	12	399081	399092	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	116254823
137	NC_008381	CCGACG	2	12	400516	400527	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	116254825
138	NC_008381	CTGTCG	2	12	401343	401354	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	116254826
139	NC_008381	CGGCAT	2	12	406095	406106	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	116254829
140	NC_008381	GACGAT	2	12	406795	406806	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	116254830
141	NC_008381	CGGTCG	2	12	411713	411724	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	116254835
142	NC_008381	TGCGCT	2	12	411834	411845	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	116254835
143	NC_008381	CGGAAG	2	12	417880	417891	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	116254841
144	NC_008381	CGCAGC	2	12	421872	421883	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	116254843
145	NC_008381	CTGATC	2	12	428717	428728	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	116254851
146	NC_008381	TCGCCA	2	12	429324	429335	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	116254852
147	NC_008381	CGCTCG	2	12	434873	434884	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	116254857
148	NC_008381	GCGTCA	2	12	436270	436281	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	116254858
149	NC_008381	GCGGAA	2	12	436943	436954	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	116254859
150	NC_008381	GGCATG	2	12	438579	438590	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	116254860
151	NC_008381	CCGATC	2	12	439193	439204	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	116254861
152	NC_008381	ATGCCG	2	12	442591	442602	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	116254865
153	NC_008381	ACCCGC	2	12	445772	445783	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	116254869
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155	NC_008381	GACAAG	2	12	456660	456671	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	116254880
156	NC_008381	CGGCAT	2	12	459359	459370	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	116254883
157	NC_008381	GCCAGC	2	12	459544	459555	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	116254883
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159	NC_008381	CCAAAG	2	12	462743	462754	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	116254885
160	NC_008381	TGACGA	2	12	463708	463719	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	116254886
161	NC_008381	GCCGAC	2	12	471514	471525	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	116254894
162	NC_008381	CATCCA	2	12	472720	472731	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	116254895
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164	NC_008381	GACGGC	2	12	478002	478013	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	116254901
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166	NC_008381	ATCGGC	2	12	480941	480952	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	116254903
167	NC_008381	TGGCAA	2	12	484622	484633	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	116254907
168	NC_008381	TGTCGA	2	12	484910	484921	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	116254907

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.