MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Coding Repeats of Rhizobium leguminosarum bv. viciae 3841 plasmid pRL10

Total Repeats: 290

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_008381	CGAGT	2	10	41	50	20 %	20 %	40 %	20 %	116254468
2	NC_008381	GGAGC	2	10	744	753	20 %	0 %	60 %	20 %	116254468
3	NC_008381	CAGGG	2	10	2787	2796	20 %	0 %	60 %	20 %	116254470
4	NC_008381	GAAGG	2	10	3276	3285	40 %	0 %	60 %	0 %	116254470
5	NC_008381	GCGAA	2	10	3624	3633	40 %	0 %	40 %	20 %	116254470
6	NC_008381	CGTGG	2	10	4950	4959	0 %	20 %	60 %	20 %	116254472
7	NC_008381	GGCGA	2	10	5776	5785	20 %	0 %	60 %	20 %	116254473
8	NC_008381	CAGGG	2	10	6035	6044	20 %	0 %	60 %	20 %	116254473
9	NC_008381	GTCGC	2	10	8203	8212	0 %	20 %	40 %	40 %	116254478
10	NC_008381	GGGGA	2	10	9230	9239	20 %	0 %	80 %	0 %	116254480
11	NC_008381	AGGGG	2	10	9606	9615	20 %	0 %	80 %	0 %	116254480
12	NC_008381	ATGCC	2	10	10691	10700	20 %	20 %	20 %	40 %	116254481
13	NC_008381	CGTCG	2	10	13741	13750	0 %	20 %	40 %	40 %	116254485
14	NC_008381	CGCGC	2	10	13957	13966	0 %	0 %	40 %	60 %	116254485
15	NC_008381	GACGG	2	10	14724	14733	20 %	0 %	60 %	20 %	116254485
16	NC_008381	GCGAC	2	10	15033	15042	20 %	0 %	40 %	40 %	116254485
17	NC_008381	CGAAG	2	10	16807	16816	40 %	0 %	40 %	20 %	116254487
18	NC_008381	GATTG	2	10	24867	24876	20 %	40 %	40 %	0 %	116254495
19	NC_008381	AAAGG	2	10	26524	26533	60 %	0 %	40 %	0 %	116254495
20	NC_008381	TAACC	2	10	26879	26888	40 %	20 %	0 %	40 %	116254495
21	NC_008381	CTTGT	2	10	30364	30373	0 %	60 %	20 %	20 %	116254496
22	NC_008381	CGTCG	2	10	30643	30652	0 %	20 %	40 %	40 %	116254496
23	NC_008381	GGCCC	2	10	31937	31946	0 %	0 %	40 %	60 %	116254497
24	NC_008381	CCGCG	2	10	33371	33380	0 %	0 %	40 %	60 %	116254497
25	NC_008381	CTGGG	2	10	37437	37446	0 %	20 %	60 %	20 %	116254499
26	NC_008381	CGCCA	2	10	37815	37824	20 %	0 %	20 %	60 %	116254499
27	NC_008381	CGATC	2	10	39210	39219	20 %	20 %	20 %	40 %	116254500
28	NC_008381	TCCGG	2	10	42821	42830	0 %	20 %	40 %	40 %	116254503
29	NC_008381	AGATC	2	10	43325	43334	40 %	20 %	20 %	20 %	116254503
30	NC_008381	CGCGT	2	10	44267	44276	0 %	20 %	40 %	40 %	116254504
31	NC_008381	TCCCG	2	10	44437	44446	0 %	20 %	20 %	60 %	116254505
32	NC_008381	CGACC	2	10	45112	45121	20 %	0 %	20 %	60 %	116254506
33	NC_008381	GGCTC	2	10	50764	50773	0 %	20 %	40 %	40 %	116254507
34	NC_008381	CAACG	2	10	55155	55164	40 %	0 %	20 %	40 %	116254511
35	NC_008381	GATCG	2	10	58013	58022	20 %	20 %	40 %	20 %	116254514
36	NC_008381	CACGT	2	10	59877	59886	20 %	20 %	20 %	40 %	116254517
37	NC_008381	GAAGG	2	10	61668	61677	40 %	0 %	60 %	0 %	116254518
38	NC_008381	ATCAC	2	10	61771	61780	40 %	20 %	0 %	40 %	116254518
39	NC_008381	GACAT	2	10	62416	62425	40 %	20 %	20 %	20 %	116254519
40	NC_008381	GCTGA	2	10	62485	62494	20 %	20 %	40 %	20 %	116254519
41	NC_008381	GCCGC	2	10	72675	72684	0 %	0 %	40 %	60 %	116254529
42	NC_008381	GACCG	2	10	73826	73835	20 %	0 %	40 %	40 %	116254531
43	NC_008381	AACGC	2	10	74437	74446	40 %	0 %	20 %	40 %	116254532
44	NC_008381	GCAGG	2	10	74966	74975	20 %	0 %	60 %	20 %	116254532
45	NC_008381	TGTAA	2	10	76408	76417	40 %	40 %	20 %	0 %	116254533
46	NC_008381	CCTGC	2	10	76818	76827	0 %	20 %	20 %	60 %	116254534
47	NC_008381	CCGAG	2	10	77191	77200	20 %	0 %	40 %	40 %	116254535
48	NC_008381	AAGGA	2	10	77721	77730	60 %	0 %	40 %	0 %	116254535
49	NC_008381	GCACC	2	10	77919	77928	20 %	0 %	20 %	60 %	116254535
50	NC_008381	CCACG	2	10	78045	78054	20 %	0 %	20 %	60 %	116254535
51	NC_008381	TGCCC	2	10	82305	82314	0 %	20 %	20 %	60 %	116254539
52	NC_008381	CGATG	2	10	82885	82894	20 %	20 %	40 %	20 %	116254540
53	NC_008381	GACGA	2	10	91137	91146	40 %	0 %	40 %	20 %	116254548
54	NC_008381	TTGAG	2	10	95364	95373	20 %	40 %	40 %	0 %	116254550
55	NC_008381	CCGTG	2	10	102036	102045	0 %	20 %	40 %	40 %	116254553
56	NC_008381	ACGGG	2	10	103516	103525	20 %	0 %	60 %	20 %	116254554
57	NC_008381	CCGCA	2	10	105114	105123	20 %	0 %	20 %	60 %	116254557
58	NC_008381	CCGAA	2	10	108709	108718	40 %	0 %	20 %	40 %	116254561
59	NC_008381	CGAGC	2	10	114044	114053	20 %	0 %	40 %	40 %	116254564
60	NC_008381	CAATG	2	10	115023	115032	40 %	20 %	20 %	20 %	116254564
61	NC_008381	CGCTG	2	10	116718	116727	0 %	20 %	40 %	40 %	116254566
62	NC_008381	GGGCA	2	10	117772	117781	20 %	0 %	60 %	20 %	116254566
63	NC_008381	ACCGC	2	10	118662	118671	20 %	0 %	20 %	60 %	116254567
64	NC_008381	GCTGT	2	10	120445	120454	0 %	40 %	40 %	20 %	116254569
65	NC_008381	GATGC	2	10	120913	120922	20 %	20 %	40 %	20 %	116254569
66	NC_008381	GGAAA	2	10	122747	122756	60 %	0 %	40 %	0 %	116254572
67	NC_008381	GTGGC	2	10	126946	126955	0 %	20 %	60 %	20 %	116254577
68	NC_008381	CGTCG	2	10	130215	130224	0 %	20 %	40 %	40 %	116254580
69	NC_008381	GCGAT	2	10	130418	130427	20 %	20 %	40 %	20 %	116254580
70	NC_008381	CGATG	2	10	131446	131455	20 %	20 %	40 %	20 %	116254581
71	NC_008381	CCGGC	2	10	133400	133409	0 %	0 %	40 %	60 %	116254583
72	NC_008381	CAGGC	2	10	133715	133724	20 %	0 %	40 %	40 %	116254583
73	NC_008381	ATCGC	2	10	134835	134844	20 %	20 %	20 %	40 %	116254584
74	NC_008381	CCCAA	2	10	135919	135928	40 %	0 %	0 %	60 %	116254585
75	NC_008381	CGATG	2	10	142159	142168	20 %	20 %	40 %	20 %	116254588
76	NC_008381	CCATG	2	10	143044	143053	20 %	20 %	20 %	40 %	116254588
77	NC_008381	AGAGG	2	10	144587	144596	40 %	0 %	60 %	0 %	116254589
78	NC_008381	GTCGC	2	10	146551	146560	0 %	20 %	40 %	40 %	116254591
79	NC_008381	TGCCT	2	10	147630	147639	0 %	40 %	20 %	40 %	116254592
80	NC_008381	TGGAT	2	10	148382	148391	20 %	40 %	40 %	0 %	116254592
81	NC_008381	GACAC	2	10	148678	148687	40 %	0 %	20 %	40 %	116254592
82	NC_008381	ATGCG	2	10	150084	150093	20 %	20 %	40 %	20 %	116254594
83	NC_008381	CCCGG	2	10	152455	152464	0 %	0 %	40 %	60 %	116254596
84	NC_008381	TGCGG	2	10	152663	152672	0 %	20 %	60 %	20 %	116254596
85	NC_008381	GTCAT	2	10	152991	153000	20 %	40 %	20 %	20 %	116254596
86	NC_008381	CATCG	2	10	158994	159003	20 %	20 %	20 %	40 %	116254602
87	NC_008381	CTGAT	2	10	159276	159285	20 %	40 %	20 %	20 %	116254602
88	NC_008381	GCAAC	2	10	159760	159769	40 %	0 %	20 %	40 %	116254602
89	NC_008381	GGAAT	2	10	160307	160316	40 %	20 %	40 %	0 %	116254603
90	NC_008381	AATCC	2	10	164132	164141	40 %	20 %	0 %	40 %	116254606
91	NC_008381	ATGAC	2	10	166179	166188	40 %	20 %	20 %	20 %	116254608
92	NC_008381	CCGGG	2	10	166715	166724	0 %	0 %	60 %	40 %	116254608
93	NC_008381	AGCGC	2	10	169931	169940	20 %	0 %	40 %	40 %	116254612
94	NC_008381	AATCA	2	10	170087	170096	60 %	20 %	0 %	20 %	116254612
95	NC_008381	CGGTG	2	10	170702	170711	0 %	20 %	60 %	20 %	116254613
96	NC_008381	CCGGT	2	10	171509	171518	0 %	20 %	40 %	40 %	116254614
97	NC_008381	CGTGC	2	10	174810	174819	0 %	20 %	40 %	40 %	116254617
98	NC_008381	ATTCC	2	10	177127	177136	20 %	40 %	0 %	40 %	116254619
99	NC_008381	CGTCG	2	10	177775	177784	0 %	20 %	40 %	40 %	116254620
100	NC_008381	ATCGA	2	10	178088	178097	40 %	20 %	20 %	20 %	116254620
101	NC_008381	TGCCG	2	10	180582	180591	0 %	20 %	40 %	40 %	116254622
102	NC_008381	TGATC	2	10	183905	183914	20 %	40 %	20 %	20 %	116254624
103	NC_008381	GCCTT	2	10	185797	185806	0 %	40 %	20 %	40 %	116254626
104	NC_008381	CGCCA	2	10	186923	186932	20 %	0 %	20 %	60 %	116254627
105	NC_008381	CGTGC	2	10	187969	187978	0 %	20 %	40 %	40 %	116254629
106	NC_008381	TGACT	2	10	195192	195201	20 %	40 %	20 %	20 %	116254637
107	NC_008381	CATTG	2	10	196599	196608	20 %	40 %	20 %	20 %	116254638
108	NC_008381	TCGGC	2	10	203348	203357	0 %	20 %	40 %	40 %	116254643
109	NC_008381	GCCTG	2	10	206708	206717	0 %	20 %	40 %	40 %	116254646
110	NC_008381	CCGAT	2	10	207344	207353	20 %	20 %	20 %	40 %	116254646
111	NC_008381	TGATC	2	10	209051	209060	20 %	40 %	20 %	20 %	116254649
112	NC_008381	TCATG	2	10	212773	212782	20 %	40 %	20 %	20 %	116254652
113	NC_008381	GTTTT	2	10	216731	216740	0 %	80 %	20 %	0 %	116254657
114	NC_008381	CGAGA	2	10	216933	216942	40 %	0 %	40 %	20 %	116254657
115	NC_008381	CCCGG	2	10	217087	217096	0 %	0 %	40 %	60 %	116254657
116	NC_008381	ATTCC	2	10	219510	219519	20 %	40 %	0 %	40 %	116254659
117	NC_008381	ACCGA	2	10	221118	221127	40 %	0 %	20 %	40 %	116254661
118	NC_008381	CGACG	2	10	224560	224569	20 %	0 %	40 %	40 %	116254663
119	NC_008381	GCATC	2	10	226943	226952	20 %	20 %	20 %	40 %	116254664
120	NC_008381	GCCGC	2	10	233705	233714	0 %	0 %	40 %	60 %	116254671
121	NC_008381	GCAGA	2	10	235620	235629	40 %	0 %	40 %	20 %	116254672
122	NC_008381	AACGC	2	10	235646	235655	40 %	0 %	20 %	40 %	116254672
123	NC_008381	GCCTC	2	10	236323	236332	0 %	20 %	20 %	60 %	116254673
124	NC_008381	CCGAT	2	10	237800	237809	20 %	20 %	20 %	40 %	116254674
125	NC_008381	CAGGC	2	10	238967	238976	20 %	0 %	40 %	40 %	116254676
126	NC_008381	CGAAG	2	10	243705	243714	40 %	0 %	40 %	20 %	116254683
127	NC_008381	CCCGT	2	10	245846	245855	0 %	20 %	20 %	60 %	116254684
128	NC_008381	TCGAG	2	10	246205	246214	20 %	20 %	40 %	20 %	116254685
129	NC_008381	CATGG	2	10	249815	249824	20 %	20 %	40 %	20 %	116254689
130	NC_008381	TCGCC	2	10	251836	251845	0 %	20 %	20 %	60 %	116254690
131	NC_008381	CGATC	2	10	252155	252164	20 %	20 %	20 %	40 %	116254690
132	NC_008381	GAGGC	2	10	252383	252392	20 %	0 %	60 %	20 %	116254691
133	NC_008381	GGTCA	2	10	252775	252784	20 %	20 %	40 %	20 %	116254692
134	NC_008381	GAACA	2	10	253282	253291	60 %	0 %	20 %	20 %	116254692
135	NC_008381	ATTTC	2	10	256075	256084	20 %	60 %	0 %	20 %	116254695
136	NC_008381	AGGCG	2	10	256322	256331	20 %	0 %	60 %	20 %	116254695
137	NC_008381	CCGCG	2	10	256608	256617	0 %	0 %	40 %	60 %	116254696
138	NC_008381	GTCTC	2	10	257774	257783	0 %	40 %	20 %	40 %	116254696
139	NC_008381	CGTCA	2	10	263521	263530	20 %	20 %	20 %	40 %	116254702
140	NC_008381	ATCGC	2	10	264783	264792	20 %	20 %	20 %	40 %	116254703
141	NC_008381	CCGCA	2	10	265454	265463	20 %	0 %	20 %	60 %	116254703
142	NC_008381	AACGA	2	10	266224	266233	60 %	0 %	20 %	20 %	116254704
143	NC_008381	TGCGC	2	10	266324	266333	0 %	20 %	40 %	40 %	116254704
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147	NC_008381	GCCTT	2	10	269898	269907	0 %	40 %	20 %	40 %	116254707
148	NC_008381	CCTTT	2	10	270123	270132	0 %	60 %	0 %	40 %	116254707
149	NC_008381	GCGCG	2	10	270277	270286	0 %	0 %	60 %	40 %	116254707
150	NC_008381	TCGTG	2	10	274202	274211	0 %	40 %	40 %	20 %	116254710
151	NC_008381	CGAAG	2	10	274502	274511	40 %	0 %	40 %	20 %	116254710
152	NC_008381	CGGCG	2	10	274812	274821	0 %	0 %	60 %	40 %	116254711
153	NC_008381	ACGGC	2	10	275393	275402	20 %	0 %	40 %	40 %	116254711
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155	NC_008381	CGCAG	2	10	276435	276444	20 %	0 %	40 %	40 %	116254712
156	NC_008381	TCTGG	2	10	278227	278236	0 %	40 %	40 %	20 %	116254714
157	NC_008381	CGGCG	2	10	278584	278593	0 %	0 %	60 %	40 %	116254714
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163	NC_008381	TCAGG	2	10	290430	290439	20 %	20 %	40 %	20 %	116254724
164	NC_008381	GCCCG	2	10	292199	292208	0 %	0 %	40 %	60 %	116254725
165	NC_008381	GGCTT	2	10	292266	292275	0 %	40 %	40 %	20 %	116254725
166	NC_008381	GGCGC	2	10	292321	292330	0 %	0 %	60 %	40 %	116254725
167	NC_008381	CGATC	2	10	292447	292456	20 %	20 %	20 %	40 %	116254725
168	NC_008381	CGCGC	2	10	294245	294254	0 %	0 %	40 %	60 %	116254727
169	NC_008381	CGATC	2	10	294430	294439	20 %	20 %	20 %	40 %	116254727
170	NC_008381	CGAGG	2	10	294679	294688	20 %	0 %	60 %	20 %	116254727
171	NC_008381	TCGCT	2	10	295176	295185	0 %	40 %	20 %	40 %	116254727
172	NC_008381	CCGGT	2	10	296007	296016	0 %	20 %	40 %	40 %	116254728
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242	NC_008381	GCATG	2	10	409218	409227	20 %	20 %	40 %	20 %	116254833
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245	NC_008381	CGATG	2	10	418163	418172	20 %	20 %	40 %	20 %	116254841
246	NC_008381	TCCGC	2	10	421136	421145	0 %	20 %	20 %	60 %	116254843
247	NC_008381	CCGGA	2	10	422150	422159	20 %	0 %	40 %	40 %	116254844
248	NC_008381	TCGCC	2	10	422512	422521	0 %	20 %	20 %	60 %	116254844
249	NC_008381	CACAG	2	10	423309	423318	40 %	0 %	20 %	40 %	116254844
250	NC_008381	CGGAC	2	10	427158	427167	20 %	0 %	40 %	40 %	116254849
251	NC_008381	GCGCG	2	10	429583	429592	0 %	0 %	60 %	40 %	116254852
252	NC_008381	CGGGC	2	10	429624	429633	0 %	0 %	60 %	40 %	116254852
253	NC_008381	CGGCC	2	10	432630	432639	0 %	0 %	40 %	60 %	116254855
254	NC_008381	GGCGA	2	10	434165	434174	20 %	0 %	60 %	20 %	116254856
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256	NC_008381	TCGGC	2	10	437506	437515	0 %	20 %	40 %	40 %	116254859
257	NC_008381	CGATG	2	10	439113	439122	20 %	20 %	40 %	20 %	116254861
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259	NC_008381	TTGCC	2	10	442640	442649	0 %	40 %	20 %	40 %	116254865
260	NC_008381	CGCAG	2	10	443138	443147	20 %	0 %	40 %	40 %	116254865
261	NC_008381	AGGTC	2	10	444251	444260	20 %	20 %	40 %	20 %	116254867
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263	NC_008381	AGCCG	2	10	447952	447961	20 %	0 %	40 %	40 %	116254871
264	NC_008381	CGATC	2	10	450109	450118	20 %	20 %	20 %	40 %	116254873
265	NC_008381	GTTCC	2	10	450304	450313	0 %	40 %	20 %	40 %	116254873
266	NC_008381	CGCGG	2	10	453158	453167	0 %	0 %	60 %	40 %	116254877
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268	NC_008381	ATCCA	2	10	455659	455668	40 %	20 %	0 %	40 %	116254879
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272	NC_008381	TGCCG	2	10	458860	458869	0 %	20 %	40 %	40 %	116254882
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282	NC_008381	CCTTT	2	10	470860	470869	0 %	60 %	0 %	40 %	116254894
283	NC_008381	AGCCA	2	10	475705	475714	40 %	0 %	20 %	40 %	116254898
284	NC_008381	TTCTT	2	10	475892	475901	0 %	80 %	0 %	20 %	116254898
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290	NC_008381	CCCTC	2	10	487539	487548	0 %	20 %	0 %	80 %	116254909

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.