MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Coding Repeats of Rhizobium leguminosarum bv. viciae 3841 plasmid pRL9

Total Repeats: 161

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_008379	TTGACC	2	12	455	466	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	116249461
2	NC_008379	GATGTC	2	12	843	854	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	116249461
3	NC_008379	TCGAAA	2	12	2854	2865	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	116249463
4	NC_008379	CACTTG	2	12	7277	7288	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	116249466
5	NC_008379	GGCGAT	2	12	11708	11719	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	116249471
6	NC_008379	TCGCTG	2	12	12885	12896	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	116249471
7	NC_008379	GCGACG	2	12	12897	12908	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	116249471
8	NC_008379	GAATCG	2	12	16839	16850	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	116249474
9	NC_008379	TGGGCA	2	12	23091	23102	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	116249480
10	NC_008379	AGACGG	2	12	25340	25351	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	161501789
11	NC_008379	CGAACG	2	12	30169	30180	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	116249487
12	NC_008379	GCCGTC	2	12	30941	30952	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	116249489
13	NC_008379	TCCAAT	2	12	31355	31366	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	116249489
14	NC_008379	CATGGG	2	12	34743	34754	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	116249492
15	NC_008379	CTTCAA	2	12	35793	35804	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	116249493
16	NC_008379	CAATCA	2	12	36330	36341	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	116249495
17	NC_008379	TTCCTC	2	12	41087	41098	0 %	50 %	0 %	50 %	116249497
18	NC_008379	GACCAG	2	12	46881	46892	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	116249499
19	NC_008379	TGACAC	2	12	55385	55396	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	116249507
20	NC_008379	TGCTCG	2	12	67245	67256	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	116249518
21	NC_008379	GCTGGG	2	12	72700	72711	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	116249527
22	NC_008379	GAAGGT	2	12	75228	75239	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	116249529
23	NC_008379	CAGAAG	2	12	77267	77278	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	116249531
24	NC_008379	CGATCA	2	12	77724	77735	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	116249531
25	NC_008379	CGTCAT	2	12	78373	78384	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	116249532
26	NC_008379	AGGAAA	2	12	80124	80135	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	116249535
27	NC_008379	CGAGAA	2	12	81643	81654	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	116249535
28	NC_008379	CGCCGG	2	12	84622	84633	0 %	0 %	50 %	50 %	116249538
29	NC_008379	TGGCGA	2	12	85694	85705	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	116249539
30	NC_008379	TCGATC	2	12	86731	86742	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	116249539
31	NC_008379	CGGCGA	2	12	87954	87965	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	116249540
32	NC_008379	CGCTGC	2	12	91278	91289	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	116249544
33	NC_008379	TTGCGG	2	12	94875	94886	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	116249549
34	NC_008379	TGCCGG	2	12	95689	95700	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	116249551
35	NC_008379	CGGCGA	2	12	95992	96003	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	116249551
36	NC_008379	CCGGTG	2	12	96432	96443	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	116249551
37	NC_008379	GCCGAA	2	12	101284	101295	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	116249555
38	NC_008379	CCCTAT	2	12	101630	101641	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	116249555
39	NC_008379	TGATCA	2	12	103046	103057	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	116249556
40	NC_008379	CCAGCG	2	12	105711	105722	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	116249559
41	NC_008379	TGTCGA	2	12	106316	106327	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	116249560
42	NC_008379	TGTTGC	2	12	106667	106678	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	116249560
43	NC_008379	ATGTTG	2	12	109402	109413	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	116249563
44	NC_008379	GATCGA	2	12	110509	110520	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	116249564
45	NC_008379	CAATCA	2	12	112612	112623	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	116249565
46	NC_008379	CAGGGG	2	12	113150	113161	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	116249566
47	NC_008379	ACCTCC	2	12	122081	122092	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	116249575
48	NC_008379	CGTCGG	2	12	123242	123253	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	116249576
49	NC_008379	TCGGTC	2	12	125132	125143	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	116249578
50	NC_008379	ACGGTC	2	12	126343	126354	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	116249579
51	NC_008379	CGGTGC	2	12	130015	130026	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	116249581
52	NC_008379	AACGGC	2	12	131565	131576	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	116249582
53	NC_008379	TCGATT	2	12	133461	133472	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	116249584
54	NC_008379	ATCGAA	2	12	137123	137134	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	116249587
55	NC_008379	CGGCTG	2	12	137502	137513	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	116249587
56	NC_008379	GTAGTC	2	12	139272	139283	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	116249588
57	NC_008379	GATCGG	2	12	140438	140449	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	116249589
58	NC_008379	GTAGTT	2	12	141649	141660	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	116249590
59	NC_008379	TCGGCT	2	12	143207	143218	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	116249591
60	NC_008379	GTCGGC	2	12	144807	144818	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	116249592
61	NC_008379	GTTGAC	2	12	146566	146577	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	116249593
62	NC_008379	GTTGAC	2	12	146803	146814	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	116249593
63	NC_008379	GCGTCG	2	12	147018	147029	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	116249593
64	NC_008379	CACCAA	2	12	153379	153390	50 %	0 %	0 %	50 %	116249599
65	NC_008379	GACGCT	2	12	155748	155759	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	116249600
66	NC_008379	CCGATC	2	12	162767	162778	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	116249607
67	NC_008379	CAGCGT	2	12	163177	163188	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	116249607
68	NC_008379	ACCGGC	2	12	174632	174643	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	116249612
69	NC_008379	GCGATG	2	12	176820	176831	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	116249612
70	NC_008379	GCCCAG	2	12	177686	177697	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	116249612
71	NC_008379	CACGGC	2	12	177775	177786	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	116249612
72	NC_008379	GGGCTG	2	12	180520	180531	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	116249615
73	NC_008379	ATCGCG	2	12	180616	180627	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	116249615
74	NC_008379	ACCTTC	2	12	180643	180654	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	116249615
75	NC_008379	CATATC	2	12	185830	185841	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	116249620
76	NC_008379	CTGGTG	2	12	187312	187323	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	116249620
77	NC_008379	GATAGG	2	12	187946	187957	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	116249621
78	NC_008379	ATAGGT	2	12	190383	190394	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	116249623
79	NC_008379	GGCAAT	2	12	192182	192193	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	116249624
80	NC_008379	CGGTGA	2	12	196488	196499	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	116249627
81	NC_008379	GCCGAC	2	12	197056	197067	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	116249627
82	NC_008379	ATTGCC	2	12	199131	199142	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	116249628
83	NC_008379	TCGATG	2	12	200389	200400	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	116249630
84	NC_008379	CTGGAA	2	12	200772	200783	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	116249630
85	NC_008379	GCTGAT	2	12	201743	201754	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	116249631
86	NC_008379	CCGTCG	2	12	202201	202212	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	116249631
87	NC_008379	CCTTCC	2	12	202611	202622	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	116249632
88	NC_008379	ATCGCC	2	12	207021	207032	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	116249635
89	NC_008379	TCGACG	2	12	208461	208472	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	116249636
90	NC_008379	AGGATC	2	12	210819	210830	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	116249639
91	NC_008379	CAGCGC	2	12	210842	210853	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	116249639
92	NC_008379	GATGGT	2	12	210916	210927	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	116249640
93	NC_008379	GATCTG	2	12	213418	213429	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	116249642
94	NC_008379	GGCGCC	2	12	214153	214164	0 %	0 %	50 %	50 %	116249643
95	NC_008379	CCTCGG	2	12	214308	214319	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	116249643
96	NC_008379	CGCCAA	2	12	215689	215700	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	116249644
97	NC_008379	CGGCAT	2	12	217231	217242	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	116249646
98	NC_008379	ACGACC	2	12	219450	219461	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	116249649
99	NC_008379	GCGCTG	2	12	225470	225481	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	116249655
100	NC_008379	CTGATC	2	12	225785	225796	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	116249655
101	NC_008379	GCGATC	2	12	226001	226012	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	116249655
102	NC_008379	CAGGCG	2	12	227515	227526	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	116249657
103	NC_008379	CTGCCC	2	12	231318	231329	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	116249660
104	NC_008379	GAAGAC	2	12	232387	232398	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	116249662
105	NC_008379	TGCTGA	2	12	233819	233830	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	116249663
106	NC_008379	TCCTGT	2	12	234487	234498	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	116249664
107	NC_008379	GCTGAT	2	12	234620	234631	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	116249664
108	NC_008379	GGCTGC	2	12	237264	237275	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	116249667
109	NC_008379	GGAAAT	2	12	241552	241563	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	116249672
110	NC_008379	ATCAGG	2	12	241650	241661	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	116249672
111	NC_008379	GAGCCG	2	12	241797	241808	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	116249672
112	NC_008379	ATGGCG	2	12	242337	242348	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	116249672
113	NC_008379	GTTCCG	2	12	243284	243295	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	116249673
114	NC_008379	GCCGAG	2	12	245669	245680	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	116249676
115	NC_008379	ACCAGC	2	12	246851	246862	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	116249677
116	NC_008379	GCGCTG	2	12	247819	247830	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	116249678
117	NC_008379	CATGCC	2	12	248305	248316	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	116249678
118	NC_008379	TCGACT	2	12	249557	249568	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	116249680
119	NC_008379	GTTCGA	2	12	250992	251003	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	116249680
120	NC_008379	GCCGAG	2	12	251418	251429	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	116249681
121	NC_008379	CCGCGA	2	12	254473	254484	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	116249683
122	NC_008379	TCAGGA	2	12	254581	254592	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	116249683
123	NC_008379	TTGGCC	2	12	256777	256788	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	116249685
124	NC_008379	TCGATG	2	12	257532	257543	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	116249686
125	NC_008379	CGTGGA	2	12	257692	257703	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	116249686
126	NC_008379	CCGCAC	2	12	259337	259348	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	116249687
127	NC_008379	GAAATT	2	12	262200	262211	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	116249690
128	NC_008379	GCATTG	2	12	264630	264641	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	116249692
129	NC_008379	CGTCAC	2	12	268210	268221	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	116249695
130	NC_008379	GATCGA	2	12	275923	275934	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	116249702
131	NC_008379	GGCGAT	2	12	278700	278711	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	116249704
132	NC_008379	TTCTGG	2	12	283176	283187	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	116249708
133	NC_008379	CCTGAT	2	12	283300	283311	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	116249708
134	NC_008379	TGCGCG	2	12	285266	285277	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	116249711
135	NC_008379	GGCGTC	2	12	286758	286769	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	116249712
136	NC_008379	CGCGGC	2	12	286990	287001	0 %	0 %	50 %	50 %	116249713
137	NC_008379	CCGGTC	2	12	288208	288219	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	116249714
138	NC_008379	GGGCCA	2	12	289174	289185	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	116249715
139	NC_008379	GCACCT	2	12	289764	289775	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	116249716
140	NC_008379	CGCCGG	2	12	300028	300039	0 %	0 %	50 %	50 %	116249725
141	NC_008379	TTCGGC	2	12	300263	300274	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	116249725
142	NC_008379	CGCTGG	2	12	307810	307821	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	116249731
143	NC_008379	GCTCGG	2	12	312752	312763	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	116249736
144	NC_008379	CTGGCG	2	12	315097	315108	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	116249738
145	NC_008379	TGCGCC	2	12	316211	316222	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	116249739
146	NC_008379	GATGAC	2	12	316306	316317	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	116249740
147	NC_008379	CGGCAC	2	12	316543	316554	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	116249740
148	NC_008379	TCGGCC	2	12	318705	318716	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	116249741
149	NC_008379	GAGGTC	2	12	322107	322118	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	116249742
150	NC_008379	ATCGGC	2	12	322910	322921	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	116249744
151	NC_008379	GCATCC	2	12	323759	323770	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	116249744
152	NC_008379	GAGATC	2	12	327942	327953	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	116249747
153	NC_008379	GCGAAG	2	12	329642	329653	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	116249748
154	NC_008379	ACGGCG	2	12	332803	332814	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	116249751
155	NC_008379	GCGGCA	2	12	334458	334469	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	116249753
156	NC_008379	ATGGCG	2	12	334559	334570	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	116249753
157	NC_008379	AGCCGA	2	12	334743	334754	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	116249753
158	NC_008379	CATCCT	2	12	337782	337793	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	116249755
159	NC_008379	AGCCAA	2	12	338100	338111	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	116249756
160	NC_008379	GATCTG	2	12	338816	338827	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	116249756
161	NC_008379	CTCGCC	2	12	340254	340265	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	116249756

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.