MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Non-Coding Repeats of Rhizobium leguminosarum bv. viciae 3841 plasmid pRL9

Total Repeats: 125

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_008379	TGCC	2	8	3748	3755	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
2	NC_008379	CGGC	2	8	3800	3807	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
3	NC_008379	GGCA	2	8	4198	4205	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
4	NC_008379	ACTC	2	8	6831	6838	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
5	NC_008379	ATTT	2	8	6958	6965	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_008379	TCGA	2	8	8571	8578	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
7	NC_008379	GCTC	2	8	8834	8841	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
8	NC_008379	CGAG	2	8	8860	8867	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
9	NC_008379	CATC	2	8	9989	9996	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
10	NC_008379	GCGA	2	8	23867	23874	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
11	NC_008379	CGTT	2	8	23910	23917	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
12	NC_008379	CCTT	2	8	25542	25549	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
13	NC_008379	GGAA	2	8	25761	25768	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
14	NC_008379	TCAT	2	8	26178	26185	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
15	NC_008379	AACA	2	8	28163	28170	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
16	NC_008379	CGAT	2	8	29486	29493	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
17	NC_008379	GGAT	2	8	30701	30708	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
18	NC_008379	CTTG	2	8	34000	34007	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
19	NC_008379	CGGG	2	8	34052	34059	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
20	NC_008379	ATCA	2	8	36739	36746	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
21	NC_008379	CGCC	2	8	36924	36931	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
22	NC_008379	GCCG	2	8	37001	37008	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
23	NC_008379	CGGG	2	8	37515	37522	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
24	NC_008379	TTGC	2	8	37739	37746	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
25	NC_008379	GCTT	2	8	39612	39619	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
26	NC_008379	CTTC	2	8	39932	39939	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
27	NC_008379	GGGC	2	8	40537	40544	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
28	NC_008379	AGCT	2	8	40626	40633	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
29	NC_008379	CCAA	2	8	42427	42434	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
30	NC_008379	AGGA	2	8	42492	42499	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
31	NC_008379	CTTC	2	8	42608	42615	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
32	NC_008379	CGAA	2	8	42674	42681	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
33	NC_008379	GCTG	2	8	42806	42813	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
34	NC_008379	ATCC	2	8	43071	43078	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
35	NC_008379	ATCG	2	8	44082	44089	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
36	NC_008379	GATT	2	8	49739	49746	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
37	NC_008379	CTAC	2	8	53762	53769	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
38	NC_008379	GATA	2	8	53774	53781	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
39	NC_008379	TGAT	2	8	53856	53863	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
40	NC_008379	ATGC	2	8	57492	57499	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
41	NC_008379	GAAG	2	8	59259	59266	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
42	NC_008379	CCGG	2	8	67538	67545	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
43	NC_008379	GACG	2	8	68659	68666	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
44	NC_008379	TCCC	2	8	69338	69345	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
45	NC_008379	TCCC	2	8	69601	69608	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
46	NC_008379	CTAT	2	8	69830	69837	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
47	NC_008379	TCCG	2	8	70086	70093	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
48	NC_008379	CTTT	2	8	73264	73271	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
49	NC_008379	AGGG	2	8	78780	78787	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
50	NC_008379	CGGG	2	8	86969	86976	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
51	NC_008379	AATT	2	8	88050	88057	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_008379	GGAT	2	8	88085	88092	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
53	NC_008379	GCAA	2	8	89907	89914	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
54	NC_008379	ACAA	2	8	89929	89936	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
55	NC_008379	AGCG	2	8	97849	97856	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
56	NC_008379	GTCA	2	8	98035	98042	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
57	NC_008379	TCGG	2	8	119444	119451	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
58	NC_008379	TTGA	2	8	122389	122396	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
59	NC_008379	GACT	2	8	123564	123571	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
60	NC_008379	GCTT	2	8	123614	123621	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
61	NC_008379	TCAG	2	8	130994	131001	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
62	NC_008379	TAGA	2	8	132061	132068	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
63	NC_008379	GCTC	2	8	133381	133388	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
64	NC_008379	TCCG	2	8	133800	133807	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
65	NC_008379	AGCC	2	8	133882	133889	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
66	NC_008379	ATTT	2	8	136264	136271	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
67	NC_008379	GTTG	2	8	142173	142180	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
68	NC_008379	CAAG	2	8	142283	142290	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
69	NC_008379	GATG	2	8	145829	145836	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
70	NC_008379	TTCT	2	8	148512	148519	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
71	NC_008379	GCCT	2	8	148787	148794	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
72	NC_008379	GATC	2	8	148966	148973	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
73	NC_008379	ATGC	2	8	148985	148992	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
74	NC_008379	CCGG	2	8	155136	155143	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
75	NC_008379	CCGG	2	8	155174	155181	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
76	NC_008379	CCGG	2	8	172792	172799	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
77	NC_008379	CCTG	2	8	185431	185438	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
78	NC_008379	CTTC	2	8	185490	185497	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
79	NC_008379	ACCC	2	8	189901	189908	25 %	0 %	0 %	75 %	Non-Coding
80	NC_008379	ATTG	2	8	191608	191615	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
81	NC_008379	ACTA	2	8	191755	191762	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
82	NC_008379	AAGG	2	8	197698	197705	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
83	NC_008379	CTGC	2	8	197883	197890	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
84	NC_008379	CGAG	2	8	198005	198012	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
85	NC_008379	CTGG	2	8	198256	198263	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
86	NC_008379	GAAC	2	8	204796	204803	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
87	NC_008379	TCCC	2	8	208540	208547	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
88	NC_008379	TCCC	2	8	208951	208958	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
89	NC_008379	CTCC	2	8	213143	213150	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
90	NC_008379	CCTC	2	8	213198	213205	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
91	NC_008379	CCGG	2	8	213227	213234	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
92	NC_008379	GATC	2	8	214003	214010	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
93	NC_008379	CGGC	2	8	217738	217745	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
94	NC_008379	CATC	2	8	230470	230477	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
95	NC_008379	TAAA	2	8	230517	230524	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
96	NC_008379	AAGG	2	8	235014	235021	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
97	NC_008379	GCCT	2	8	249414	249421	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
98	NC_008379	GCAC	2	8	252889	252896	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
99	NC_008379	CGGA	2	8	259493	259500	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
100	NC_008379	TCTG	2	8	262355	262362	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
101	NC_008379	TTTC	2	8	262587	262594	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
102	NC_008379	CGGC	2	8	280183	280190	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
103	NC_008379	GACC	2	8	291768	291775	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
104	NC_008379	CGGA	2	8	304052	304059	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
105	NC_008379	AATG	2	8	309961	309968	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
106	NC_008379	CGCC	2	8	309971	309978	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
107	NC_008379	TGCA	2	8	312419	312426	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
108	NC_008379	GCAC	2	8	312491	312498	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
109	NC_008379	GATC	2	8	322352	322359	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
110	NC_008379	CCGC	2	8	322378	322385	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
111	NC_008379	TAAT	2	8	328807	328814	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
112	NC_008379	CTGA	2	8	332883	332890	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
113	NC_008379	TTCC	2	8	333681	333688	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
114	NC_008379	TCGA	2	8	333866	333873	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
115	NC_008379	CAAT	2	8	336047	336054	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
116	NC_008379	ACTG	2	8	336058	336065	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
117	NC_008379	GGCC	2	8	336346	336353	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
118	NC_008379	GCAG	2	8	336575	336582	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
119	NC_008379	GCCA	2	8	336591	336598	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
120	NC_008379	AAAT	2	8	342156	342163	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
121	NC_008379	GTGC	2	8	345240	345247	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
122	NC_008379	AGCC	2	8	348529	348536	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
123	NC_008379	CTGC	2	8	350377	350384	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
124	NC_008379	GAAA	2	8	351132	351139	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
125	NC_008379	TCAG	2	8	352097	352104	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.