MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Rhizobium leguminosarum bv. viciae 3841 plasmid pRL12

Total Repeats: 76

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_008378	ACTCA	2	10	10130	10139	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
2	NC_008378	CGGCG	2	10	53190	53199	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
3	NC_008378	GGCCG	2	10	65256	65265	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
4	NC_008378	GGCAG	2	10	69464	69473	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
5	NC_008378	GCTTT	2	10	77263	77272	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
6	NC_008378	ATGAC	2	10	78862	78871	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
7	NC_008378	CTTGC	2	10	88261	88270	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
8	NC_008378	GGCGG	2	10	99344	99353	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
9	NC_008378	AAGGC	2	10	104681	104690	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
10	NC_008378	GAAGT	2	10	116123	116132	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
11	NC_008378	TTTCC	2	10	118204	118213	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
12	NC_008378	TCCCG	2	10	147498	147507	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
13	NC_008378	CCTGC	2	10	153446	153455	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
14	NC_008378	CGAAA	2	10	163857	163866	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
15	NC_008378	TCGGC	2	10	190317	190326	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
16	NC_008378	CCGGC	2	10	197987	197996	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
17	NC_008378	CTTGG	2	10	212525	212534	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
18	NC_008378	CGCTG	2	10	212849	212858	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
19	NC_008378	GCCGC	2	10	251072	251081	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
20	NC_008378	ATTTC	2	10	267385	267394	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
21	NC_008378	ATGCC	2	10	273276	273285	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
22	NC_008378	TCCTG	2	10	289866	289875	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
23	NC_008378	GCAAA	2	10	289905	289914	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
24	NC_008378	CCCAG	2	10	338278	338287	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
25	NC_008378	CGGAG	2	10	367313	367322	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
26	NC_008378	CTCTG	2	10	367961	367970	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
27	NC_008378	TGGTG	2	10	368584	368593	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
28	NC_008378	AGACG	2	10	371277	371286	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
29	NC_008378	GCTTG	2	10	371926	371935	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
30	NC_008378	ATCAA	2	10	379738	379747	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
31	NC_008378	CCCCT	2	10	386270	386279	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
32	NC_008378	TCGCT	2	10	399375	399384	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
33	NC_008378	AGGAG	2	10	403551	403560	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
34	NC_008378	TGTGC	2	10	405045	405054	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
35	NC_008378	CCCCT	2	10	405810	405819	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
36	NC_008378	ATGGC	2	10	406377	406386	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
37	NC_008378	AGGCA	2	10	406898	406907	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
38	NC_008378	GAATC	2	10	410955	410964	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
39	NC_008378	GAGGG	2	10	426572	426581	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
40	NC_008378	CGCGG	2	10	433495	433504	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
41	NC_008378	GGAAG	2	10	485930	485939	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
42	NC_008378	CCAAG	2	10	539727	539736	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
43	NC_008378	CGCCA	2	10	557336	557345	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
44	NC_008378	GGCTT	2	10	557548	557557	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
45	NC_008378	TGAGT	2	10	557831	557840	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
46	NC_008378	TGATC	2	10	597250	597259	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
47	NC_008378	CAGCC	2	10	611304	611313	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
48	NC_008378	TGCCA	2	10	611348	611357	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
49	NC_008378	ACGGG	2	10	611381	611390	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
50	NC_008378	CTGCG	2	10	615007	615016	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
51	NC_008378	GCCCT	2	10	622187	622196	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
52	NC_008378	CGTTG	2	10	623557	623566	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
53	NC_008378	ATTTC	2	10	633810	633819	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
54	NC_008378	TGCCG	2	10	639908	639917	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
55	NC_008378	TCCTC	2	10	644200	644209	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
56	NC_008378	GCGCC	2	10	644271	644280	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
57	NC_008378	GAGTT	2	10	662559	662568	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
58	NC_008378	CGATA	2	10	674018	674027	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
59	NC_008378	GTCCG	2	10	693170	693179	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
60	NC_008378	CCGGA	2	10	698175	698184	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
61	NC_008378	CGGAT	2	10	703730	703739	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
62	NC_008378	CGGAT	2	10	725739	725748	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
63	NC_008378	GCATC	2	10	733094	733103	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
64	NC_008378	GGAAA	2	10	737969	737978	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
65	NC_008378	GCCTC	2	10	752486	752495	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
66	NC_008378	AGGCG	2	10	759190	759199	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
67	NC_008378	GAAAT	2	10	759445	759454	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
68	NC_008378	TGGTG	2	10	779284	779293	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
69	NC_008378	GGCAG	2	10	798596	798605	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
70	NC_008378	TGGCG	2	10	817924	817933	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
71	NC_008378	CGCGC	2	10	834100	834109	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
72	NC_008378	AATGC	2	10	837289	837298	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
73	NC_008378	CCAAG	2	10	840518	840527	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
74	NC_008378	GTCGG	2	10	850435	850444	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
75	NC_008378	ATTTA	2	10	858941	858950	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
76	NC_008378	GTTCC	2	10	860374	860383	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.