MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Non-Coding Repeats of Rhizobium leguminosarum bv. viciae 3841 plasmid pRL12

Total Repeats: 235

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_008378	CCAA	2	8	9619	9626	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
2	NC_008378	ATCG	2	8	10119	10126	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
3	NC_008378	AGGG	2	8	20386	20393	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
4	NC_008378	GAAA	2	8	25800	25807	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
5	NC_008378	TTTG	2	8	25823	25830	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
6	NC_008378	GCGG	2	8	27651	27658	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
7	NC_008378	CCAG	2	8	29169	29176	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
8	NC_008378	TGCG	2	8	33698	33705	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
9	NC_008378	CCTT	2	8	39082	39089	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
10	NC_008378	CTTT	2	8	45612	45619	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
11	NC_008378	AGAA	2	8	45620	45627	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
12	NC_008378	TGGC	2	8	57439	57446	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
13	NC_008378	GCCG	2	8	57610	57617	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
14	NC_008378	CAGG	2	8	57699	57706	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
15	NC_008378	GCCG	2	8	67184	67191	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
16	NC_008378	CTGA	2	8	71428	71435	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
17	NC_008378	GCTC	2	8	72948	72955	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
18	NC_008378	GGGA	2	8	77212	77219	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
19	NC_008378	GGCA	2	8	82954	82961	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
20	NC_008378	TAAA	2	8	84218	84225	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_008378	ACCC	2	8	88317	88324	25 %	0 %	0 %	75 %	Non-Coding
22	NC_008378	TATG	2	8	88363	88370	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
23	NC_008378	TGGC	2	8	88434	88441	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
24	NC_008378	TGAC	2	8	88461	88468	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
25	NC_008378	TGTC	2	8	95956	95963	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
26	NC_008378	AGCA	2	8	105256	105263	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
27	NC_008378	TGCC	2	8	105369	105376	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
28	NC_008378	GTCG	2	8	105790	105797	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
29	NC_008378	CCGA	2	8	105919	105926	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
30	NC_008378	AGAT	2	8	106064	106071	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
31	NC_008378	GCTT	2	8	116058	116065	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
32	NC_008378	ATCC	2	8	124015	124022	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
33	NC_008378	CCGG	2	8	133267	133274	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
34	NC_008378	CAGG	2	8	134478	134485	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
35	NC_008378	CGCC	2	8	144209	144216	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
36	NC_008378	ATCG	2	8	148696	148703	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
37	NC_008378	TGGA	2	8	149153	149160	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
38	NC_008378	GGTC	2	8	153666	153673	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
39	NC_008378	TTTC	2	8	154592	154599	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
40	NC_008378	TTTC	2	8	160013	160020	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
41	NC_008378	GCAG	2	8	165736	165743	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
42	NC_008378	GCCT	2	8	166184	166191	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
43	NC_008378	TGCT	2	8	166200	166207	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
44	NC_008378	CGTC	2	8	167261	167268	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
45	NC_008378	AAGG	2	8	167453	167460	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
46	NC_008378	AGTC	2	8	173788	173795	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
47	NC_008378	GGTG	2	8	189709	189716	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
48	NC_008378	GCAA	2	8	189722	189729	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
49	NC_008378	GCCT	2	8	192504	192511	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
50	NC_008378	AAAC	2	8	196749	196756	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
51	NC_008378	CCGG	2	8	196915	196922	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
52	NC_008378	GAAA	2	8	198003	198010	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
53	NC_008378	TCGA	2	8	202734	202741	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
54	NC_008378	CGCC	2	8	205598	205605	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
55	NC_008378	CGGC	2	8	207179	207186	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
56	NC_008378	TCGA	2	8	236475	236482	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
57	NC_008378	CTTG	2	8	239334	239341	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
58	NC_008378	ATCT	2	8	243921	243928	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
59	NC_008378	GCTT	2	8	250225	250232	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
60	NC_008378	CGGC	2	8	256760	256767	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
61	NC_008378	TAAT	2	8	256876	256883	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_008378	TCCA	2	8	257921	257928	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
63	NC_008378	CCTC	2	8	267352	267359	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
64	NC_008378	TCAA	2	8	267407	267414	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
65	NC_008378	TGGC	2	8	267512	267519	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
66	NC_008378	GGGC	2	8	271119	271126	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
67	NC_008378	GCTT	2	8	273313	273320	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
68	NC_008378	GCCA	2	8	273710	273717	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
69	NC_008378	AAGG	2	8	286797	286804	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
70	NC_008378	TCAA	2	8	287862	287869	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
71	NC_008378	CAAC	2	8	287886	287893	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
72	NC_008378	GTCG	2	8	287898	287905	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
73	NC_008378	ATCA	2	8	287914	287921	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
74	NC_008378	GATC	2	8	288043	288050	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
75	NC_008378	CTGC	2	8	289600	289607	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
76	NC_008378	CCGG	2	8	289733	289740	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
77	NC_008378	GCCG	2	8	294541	294548	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
78	NC_008378	CCCA	2	8	294576	294583	25 %	0 %	0 %	75 %	Non-Coding
79	NC_008378	GAAA	2	8	308403	308410	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
80	NC_008378	CCGC	2	8	312161	312168	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
81	NC_008378	CGCC	2	8	321336	321343	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
82	NC_008378	CCTC	2	8	323350	323357	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
83	NC_008378	GCGA	2	8	332099	332106	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
84	NC_008378	GCGG	2	8	346476	346483	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
85	NC_008378	GCCA	2	8	348238	348245	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
86	NC_008378	CATC	2	8	355475	355482	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
87	NC_008378	CAAG	2	8	357447	357454	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
88	NC_008378	GCCG	2	8	367241	367248	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
89	NC_008378	ATGG	2	8	371251	371258	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
90	NC_008378	TGGC	2	8	372843	372850	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
91	NC_008378	CGAC	2	8	377099	377106	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
92	NC_008378	TAAT	2	8	379760	379767	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
93	NC_008378	GCCT	2	8	381157	381164	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
94	NC_008378	CGGC	2	8	386281	386288	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
95	NC_008378	GCCG	2	8	386289	386296	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
96	NC_008378	CAGA	2	8	391122	391129	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
97	NC_008378	GCCG	2	8	394769	394776	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
98	NC_008378	GGCC	2	8	405131	405138	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
99	NC_008378	CTCG	2	8	405157	405164	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
100	NC_008378	CTGC	2	8	405196	405203	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
101	NC_008378	CGCT	3	12	405653	405664	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
102	NC_008378	GTCG	2	8	405717	405724	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
103	NC_008378	GTCG	2	8	405886	405893	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
104	NC_008378	CGCC	2	8	406145	406152	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
105	NC_008378	CTGC	2	8	406161	406168	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
106	NC_008378	CTGC	2	8	406331	406338	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
107	NC_008378	TCAG	2	8	406848	406855	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
108	NC_008378	CTCC	2	8	407045	407052	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
109	NC_008378	ACCG	2	8	407533	407540	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
110	NC_008378	AGCC	2	8	407632	407639	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
111	NC_008378	ACGC	2	8	407681	407688	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
112	NC_008378	CGCT	2	8	407771	407778	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
113	NC_008378	GATG	2	8	407792	407799	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
114	NC_008378	GTCG	2	8	407981	407988	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
115	NC_008378	TGAT	2	8	409069	409076	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
116	NC_008378	GGCA	2	8	409233	409240	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
117	NC_008378	TCGA	2	8	416288	416295	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
118	NC_008378	TCGA	2	8	416304	416311	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
119	NC_008378	GAAC	2	8	419321	419328	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
120	NC_008378	TGGC	2	8	431069	431076	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
121	NC_008378	CTTC	2	8	433546	433553	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
122	NC_008378	CCGG	2	8	436959	436966	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
123	NC_008378	ATCG	2	8	436994	437001	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
124	NC_008378	TAAA	2	8	437010	437017	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
125	NC_008378	ACAA	2	8	455200	455207	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
126	NC_008378	TCAT	2	8	460451	460458	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
127	NC_008378	GCTT	2	8	469130	469137	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
128	NC_008378	TCGC	2	8	469278	469285	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
129	NC_008378	TCAA	2	8	469982	469989	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
130	NC_008378	GTCC	2	8	470286	470293	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
131	NC_008378	ACCG	2	8	470373	470380	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
132	NC_008378	AACG	2	8	470385	470392	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
133	NC_008378	GGTC	2	8	472217	472224	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
134	NC_008378	AGAA	2	8	472324	472331	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
135	NC_008378	GCCT	2	8	472353	472360	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
136	NC_008378	ATGG	2	8	479040	479047	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
137	NC_008378	CCCG	2	8	482364	482371	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
138	NC_008378	TTGA	2	8	485820	485827	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
139	NC_008378	AGGT	2	8	491299	491306	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
140	NC_008378	GTTT	2	8	493326	493333	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
141	NC_008378	CATC	2	8	495019	495026	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
142	NC_008378	CTCG	2	8	515044	515051	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
143	NC_008378	GCGG	2	8	515112	515119	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
144	NC_008378	GCGG	2	8	515173	515180	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
145	NC_008378	GCGG	2	8	515687	515694	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
146	NC_008378	CAGG	2	8	515696	515703	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
147	NC_008378	CCGA	2	8	516249	516256	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
148	NC_008378	GCCG	2	8	516301	516308	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
149	NC_008378	TCGC	2	8	516704	516711	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
150	NC_008378	CCTT	2	8	517122	517129	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
151	NC_008378	CTGG	2	8	518107	518114	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
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181	NC_008378	CAGC	2	8	628740	628747	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
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188	NC_008378	GCTT	2	8	658952	658959	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
189	NC_008378	CGAT	2	8	667591	667598	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
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234	NC_008378	GAGC	2	8	867872	867879	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.