MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen chromosome

Total Repeats: 490

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_008346	TTGCA	2	10	14107	14116	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
2	NC_008346	CTCGA	2	10	18639	18648	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
3	NC_008346	TTTAG	2	10	21116	21125	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
4	NC_008346	ATATA	2	10	21193	21202	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_008346	ATATC	2	10	23515	23524	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
6	NC_008346	TGGGA	2	10	23653	23662	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
7	NC_008346	GTTTT	2	10	35616	35625	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
8	NC_008346	GGTAG	2	10	43975	43984	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
9	NC_008346	TCGTG	2	10	44793	44802	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
10	NC_008346	GAAAT	2	10	45667	45676	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
11	NC_008346	GCAAA	2	10	45958	45967	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
12	NC_008346	GGGAG	2	10	46559	46568	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
13	NC_008346	GAGAA	2	10	47404	47413	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
14	NC_008346	TTTTC	2	10	65237	65246	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
15	NC_008346	AAGAA	2	10	65555	65564	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
16	NC_008346	GGATT	2	10	91017	91026	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
17	NC_008346	ATCCT	2	10	92994	93003	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
18	NC_008346	TAACA	2	10	97406	97415	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
19	NC_008346	AAAGG	2	10	97465	97474	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
20	NC_008346	TAATA	2	10	110430	110439	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_008346	CAAAG	2	10	114588	114597	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
22	NC_008346	CGTTT	2	10	118380	118389	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
23	NC_008346	AACAG	2	10	121462	121471	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
24	NC_008346	GGACA	2	10	131235	131244	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
25	NC_008346	ATATG	2	10	138091	138100	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
26	NC_008346	AGCAA	2	10	149543	149552	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
27	NC_008346	CCAAT	2	10	152107	152116	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
28	NC_008346	GGCAT	2	10	154307	154316	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
29	NC_008346	ATTTT	2	10	156022	156031	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_008346	CCTTT	2	10	156189	156198	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
31	NC_008346	ATAAA	2	10	157614	157623	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_008346	ATAAA	3	15	161458	161472	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_008346	TATAA	2	10	169394	169403	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_008346	GAAAG	2	10	172683	172692	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
35	NC_008346	CAAGC	2	10	173849	173858	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
36	NC_008346	ACAAA	2	10	180390	180399	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
37	NC_008346	GTTGT	2	10	213757	213766	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
38	NC_008346	GGGGA	2	10	215633	215642	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
39	NC_008346	AGGGG	2	10	222614	222623	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
40	NC_008346	AAATA	2	10	226852	226861	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_008346	TAAAA	2	10	253004	253013	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_008346	GGCCG	2	10	268081	268090	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
43	NC_008346	GAAAA	2	10	272015	272024	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
44	NC_008346	GCATG	2	10	298235	298244	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
45	NC_008346	TTTAT	2	10	299711	299720	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_008346	GCAGC	2	10	304304	304313	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
47	NC_008346	GCGGA	2	10	326264	326273	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
48	NC_008346	TGGTA	2	10	326287	326296	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
49	NC_008346	CGGTA	2	10	326790	326799	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
50	NC_008346	AACCC	2	10	327507	327516	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
51	NC_008346	AAATT	2	10	330360	330369	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_008346	CTTTC	2	10	330373	330382	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
53	NC_008346	TCTCT	2	10	330932	330941	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
54	NC_008346	AATAT	2	10	331661	331670	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
55	NC_008346	CTTTT	2	10	335172	335181	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
56	NC_008346	GTAAT	2	10	335401	335410	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
57	NC_008346	TGATA	2	10	338565	338574	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
58	NC_008346	TGTGG	2	10	338593	338602	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
59	NC_008346	CCTAT	2	10	345801	345810	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
60	NC_008346	ATTCG	2	10	353123	353132	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
61	NC_008346	TTTAA	2	10	353147	353156	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_008346	CTATC	2	10	372609	372618	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
63	NC_008346	TGTTA	2	10	374624	374633	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
64	NC_008346	GTTTT	2	10	375028	375037	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
65	NC_008346	ATATT	2	10	376991	377000	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
66	NC_008346	AAGGA	2	10	377185	377194	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
67	NC_008346	AAACA	2	10	381775	381784	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
68	NC_008346	TTATT	2	10	392693	392702	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_008346	AGCGA	2	10	393240	393249	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
70	NC_008346	GGTGT	2	10	400915	400924	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
71	NC_008346	AAAGA	2	10	411851	411860	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
72	NC_008346	TATCT	2	10	412581	412590	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
73	NC_008346	AATAA	2	10	412664	412673	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
74	NC_008346	TAGAA	2	10	412828	412837	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
75	NC_008346	AGAGT	2	10	416056	416065	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
76	NC_008346	AATAT	2	10	417597	417606	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
77	NC_008346	GTTTT	2	10	417674	417683	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
78	NC_008346	GGTAG	2	10	418278	418287	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
79	NC_008346	TCGTG	2	10	419096	419105	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
80	NC_008346	GCAAA	2	10	419813	419822	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
81	NC_008346	GGGAG	2	10	420414	420423	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
82	NC_008346	GATTA	2	10	428462	428471	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
83	NC_008346	GTAAT	2	10	428932	428941	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
84	NC_008346	GAGAG	2	10	428967	428976	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
85	NC_008346	TAATT	2	10	431615	431624	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_008346	GAAAA	2	10	443931	443940	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
87	NC_008346	GGGAA	2	10	460420	460429	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
88	NC_008346	TTCGC	2	10	467398	467407	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
89	NC_008346	ATTAT	2	10	467443	467452	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
90	NC_008346	ATTTA	2	10	468719	468728	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
91	NC_008346	TTTCT	2	10	469545	469554	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
92	NC_008346	GCCGG	2	10	477036	477045	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
93	NC_008346	GCTTC	2	10	477172	477181	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
94	NC_008346	AATAT	2	10	485830	485839	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
95	NC_008346	AAAGG	2	10	506620	506629	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
96	NC_008346	CCGTC	2	10	509643	509652	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
97	NC_008346	AAAAC	2	10	511065	511074	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
98	NC_008346	AGGAG	2	10	513797	513806	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
99	NC_008346	GGAAT	2	10	516193	516202	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
100	NC_008346	TAGAA	2	10	530104	530113	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
101	NC_008346	CCCGT	2	10	534745	534754	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
102	NC_008346	CTGCC	2	10	544741	544750	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
103	NC_008346	TCTAT	2	10	564626	564635	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
104	NC_008346	AGTAA	2	10	564708	564717	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
105	NC_008346	CAATT	2	10	566985	566994	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
106	NC_008346	AAGCA	2	10	567332	567341	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
107	NC_008346	GTTTG	2	10	570524	570533	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
108	NC_008346	TTTTG	2	10	577391	577400	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
109	NC_008346	GAATA	2	10	587672	587681	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
110	NC_008346	ATTGT	2	10	594301	594310	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
111	NC_008346	TGTAA	2	10	604699	604708	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
112	NC_008346	GTAGA	2	10	605398	605407	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
113	NC_008346	ACAAA	2	10	620760	620769	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
114	NC_008346	ATTAT	2	10	629959	629968	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
115	NC_008346	TATAA	2	10	643638	643647	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
116	NC_008346	TTTTG	2	10	645097	645106	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
117	NC_008346	CGTTT	2	10	655356	655365	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
118	NC_008346	TTGCC	2	10	662627	662636	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
119	NC_008346	GTATG	2	10	666269	666278	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
120	NC_008346	CAATT	2	10	679509	679518	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
121	NC_008346	CTTTT	2	10	679723	679732	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
122	NC_008346	CTTTG	2	10	679781	679790	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
123	NC_008346	TCGAT	2	10	684997	685006	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
124	NC_008346	TAAAC	2	10	719078	719087	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
125	NC_008346	TTTAT	2	10	722668	722677	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
126	NC_008346	CCCCT	2	10	722958	722967	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
127	NC_008346	GGGTT	2	10	730604	730613	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
128	NC_008346	TCAAT	2	10	731202	731211	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
129	NC_008346	GAGAG	2	10	735961	735970	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
130	NC_008346	AAAGC	2	10	737351	737360	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
131	NC_008346	GGAGC	2	10	742531	742540	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
132	NC_008346	CAGAC	2	10	767782	767791	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
133	NC_008346	ATTTT	2	10	774614	774623	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
134	NC_008346	CATGA	2	10	776187	776196	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
135	NC_008346	GGTCA	2	10	783956	783965	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
136	NC_008346	GGGAG	2	10	793859	793868	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
137	NC_008346	ATCCA	2	10	794683	794692	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
138	NC_008346	CGAAG	3	15	800775	800789	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
139	NC_008346	AGCGA	2	10	803182	803191	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
140	NC_008346	ACAAA	2	10	809081	809090	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
141	NC_008346	AGGTT	2	10	821429	821438	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
142	NC_008346	TTTGT	2	10	823151	823160	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
143	NC_008346	TATCT	2	10	824983	824992	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
144	NC_008346	AATTG	2	10	827730	827739	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
145	NC_008346	CAAAA	2	10	827762	827771	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
146	NC_008346	GTTCA	2	10	838223	838232	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
147	NC_008346	TCAAA	2	10	846643	846652	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
148	NC_008346	GATAA	2	10	851764	851773	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
149	NC_008346	AGGCC	2	10	853561	853570	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
150	NC_008346	CGTTT	2	10	861290	861299	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
151	NC_008346	ATTTT	2	10	862214	862223	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
152	NC_008346	AAACG	2	10	862575	862584	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
153	NC_008346	CATAA	2	10	862683	862692	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
154	NC_008346	ATAAA	2	10	867404	867413	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
155	NC_008346	GGATA	2	10	867547	867556	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
156	NC_008346	GTTAT	2	10	869733	869742	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
157	NC_008346	GGCCG	2	10	884421	884430	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
158	NC_008346	TAAGG	2	10	895766	895775	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
159	NC_008346	ATAGT	2	10	896107	896116	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
160	NC_008346	TATAA	3	15	916144	916158	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
161	NC_008346	TGTTC	2	10	917396	917405	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
162	NC_008346	TGTAA	2	10	945542	945551	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
163	NC_008346	TAAAT	2	10	952944	952953	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
164	NC_008346	GTAAA	2	10	963330	963339	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
165	NC_008346	TATTC	2	10	978092	978101	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
166	NC_008346	AGGAG	2	10	984574	984583	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
167	NC_008346	TTTAG	2	10	1002905	1002914	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
168	NC_008346	CAAAC	2	10	1024648	1024657	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
169	NC_008346	GGATT	2	10	1024700	1024709	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
170	NC_008346	AATTC	2	10	1044647	1044656	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
171	NC_008346	GGTAG	2	10	1053610	1053619	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
172	NC_008346	TCGTG	2	10	1054428	1054437	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
173	NC_008346	GCAAA	2	10	1055264	1055273	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
174	NC_008346	GGGAG	2	10	1055865	1055874	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
175	NC_008346	ACGGT	2	10	1064605	1064614	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
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177	NC_008346	CTGTG	2	10	1077153	1077162	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
178	NC_008346	TTTGC	2	10	1094012	1094021	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
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181	NC_008346	TGGTA	2	10	1116109	1116118	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
182	NC_008346	AGATA	2	10	1142604	1142613	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
183	NC_008346	GATTG	2	10	1146876	1146885	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
184	NC_008346	AAAGA	2	10	1147440	1147449	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
185	NC_008346	CTGAG	2	10	1151850	1151859	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
186	NC_008346	ATATT	2	10	1153969	1153978	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
187	NC_008346	AATAA	2	10	1163848	1163857	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
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189	NC_008346	TTAAT	2	10	1178838	1178847	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
190	NC_008346	AGGGA	2	10	1186792	1186801	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
191	NC_008346	AATTC	2	10	1193789	1193798	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
192	NC_008346	ATATT	2	10	1196958	1196967	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
193	NC_008346	GGCCC	2	10	1198982	1198991	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
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195	NC_008346	AATGG	2	10	1202799	1202808	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
196	NC_008346	CGTTT	2	10	1202827	1202836	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
197	NC_008346	AAACG	2	10	1203637	1203646	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
198	NC_008346	AAACG	2	10	1203681	1203690	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
199	NC_008346	AAACG	2	10	1203716	1203725	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
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201	NC_008346	ATTTT	2	10	1210091	1210100	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
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223	NC_008346	GAATA	2	10	1316226	1316235	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
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232	NC_008346	GTTAT	2	10	1373553	1373562	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
233	NC_008346	AATTA	2	10	1385446	1385455	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
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281	NC_008346	AAACG	2	10	1613534	1613543	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
282	NC_008346	AAACG	2	10	1613590	1613599	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
283	NC_008346	GCTAC	2	10	1624725	1624734	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
284	NC_008346	ACGGA	2	10	1680461	1680470	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
285	NC_008346	ATTAA	2	10	1686774	1686783	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
286	NC_008346	TAAAC	2	10	1690506	1690515	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
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292	NC_008346	TTAAT	2	10	1719292	1719301	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
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424	NC_008346	TTAAT	2	10	2510553	2510562	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
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483	NC_008346	ACCTT	2	10	2861902	2861911	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
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490	NC_008346	CAAAA	2	10	2928507	2928516	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.