MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Shewanella frigidimarina NCIMB 400 chromosome

Total Repeats: 202

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_008345	TGAAGG	2	12	45150	45161	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
2	NC_008345	AGCGAA	2	12	141305	141316	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
3	NC_008345	TGAAGG	2	12	145133	145144	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
4	NC_008345	CTTTAA	2	12	181287	181298	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
5	NC_008345	TGAAGG	2	12	197687	197698	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
6	NC_008345	ATGTTG	2	12	216484	216495	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
7	NC_008345	ATCATT	2	12	224921	224932	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
8	NC_008345	TTGAAT	2	12	241669	241680	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
9	NC_008345	AATCAA	2	12	247767	247778	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
10	NC_008345	GGCTAA	2	12	269904	269915	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
11	NC_008345	TAGGTT	2	12	271614	271625	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
12	NC_008345	TAACAT	2	12	355220	355231	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
13	NC_008345	AAAATA	2	12	401309	401320	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_008345	TGCTCT	2	12	420934	420945	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
15	NC_008345	TCATTA	2	12	425561	425572	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
16	NC_008345	TGAGCT	2	12	435270	435281	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
17	NC_008345	ACATTT	2	12	445852	445863	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
18	NC_008345	GGTAAA	2	12	456787	456798	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
19	NC_008345	CATTCT	2	12	461057	461068	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
20	NC_008345	AATCCC	2	12	515771	515782	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
21	NC_008345	TTTTAT	2	12	547382	547393	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_008345	TGATTT	2	12	549015	549026	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
23	NC_008345	AACCTC	3	18	549944	549961	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
24	NC_008345	ACTTAT	2	12	559511	559522	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
25	NC_008345	TGAATA	2	12	574602	574613	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
26	NC_008345	TAGATT	2	12	575587	575598	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
27	NC_008345	GGTTTT	2	12	608135	608146	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
28	NC_008345	TTTTTA	2	12	619382	619393	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
29	NC_008345	CTTTTA	2	12	651541	651552	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
30	NC_008345	ATTTTT	2	12	663496	663507	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_008345	AATGAT	2	12	713176	713187	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
32	NC_008345	TATTAA	2	12	720812	720823	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_008345	TTAATG	2	12	727221	727232	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
34	NC_008345	CTTATT	3	18	743742	743759	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
35	NC_008345	TGAAGG	2	12	788532	788543	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
36	NC_008345	TGAAGG	2	12	796407	796418	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
37	NC_008345	CATAAT	2	12	827013	827024	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
38	NC_008345	TGGTTT	2	12	845434	845445	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
39	NC_008345	ATTTAA	2	12	860487	860498	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_008345	TTTTTG	2	12	860521	860532	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
41	NC_008345	AGGTAT	2	12	888138	888149	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
42	NC_008345	ATACTC	2	12	894875	894886	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
43	NC_008345	TTTGAT	2	12	936522	936533	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
44	NC_008345	AATTAA	2	12	944377	944388	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_008345	TTACAT	2	12	983391	983402	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
46	NC_008345	CTAAAA	2	12	1072987	1072998	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
47	NC_008345	AACGTT	2	12	1077774	1077785	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
48	NC_008345	TTTATA	2	12	1179087	1179098	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_008345	TTAGGT	2	12	1182886	1182897	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
50	NC_008345	TGTTTT	2	12	1194447	1194458	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
51	NC_008345	GTATTT	2	12	1247839	1247850	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
52	NC_008345	TAAGCT	2	12	1252237	1252248	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
53	NC_008345	ATAAAA	2	12	1265007	1265018	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_008345	TAAAGT	2	12	1297077	1297088	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
55	NC_008345	TTACGT	2	12	1299854	1299865	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
56	NC_008345	GAAAAA	2	12	1347399	1347410	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
57	NC_008345	TCGTGT	2	12	1347676	1347687	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
58	NC_008345	CTATCG	2	12	1363727	1363738	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
59	NC_008345	GTTTAC	2	12	1372164	1372175	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
60	NC_008345	TTGTTA	2	12	1372246	1372257	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
61	NC_008345	TTTTAA	2	12	1421120	1421131	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_008345	TTACTC	2	12	1489515	1489526	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
63	NC_008345	GTTTAA	2	12	1526335	1526346	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
64	NC_008345	CGTCAA	2	12	1592892	1592903	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
65	NC_008345	CTGTAG	2	12	1640979	1640990	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
66	NC_008345	CTTTTG	2	12	1653744	1653755	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
67	NC_008345	TCTCTG	2	12	1669325	1669336	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
68	NC_008345	CCTACA	2	12	1731804	1731815	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
69	NC_008345	AAGATA	2	12	1733155	1733166	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
70	NC_008345	TTTTAT	2	12	1794077	1794088	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
71	NC_008345	ATAGTT	2	12	1799865	1799876	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
72	NC_008345	TTAAAA	2	12	1825569	1825580	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_008345	TTTTGT	2	12	1832207	1832218	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
74	NC_008345	TGAAGG	2	12	1853146	1853157	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
75	NC_008345	CTAAAG	2	12	1884126	1884137	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
76	NC_008345	TGTTAT	2	12	1909918	1909929	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
77	NC_008345	GAATTA	2	12	1915401	1915412	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
78	NC_008345	AAATTG	2	12	1939747	1939758	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
79	NC_008345	AGTTTA	2	12	1943461	1943472	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
80	NC_008345	ATTTGA	2	12	1949336	1949347	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
81	NC_008345	ATAAAA	2	12	1950646	1950657	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_008345	AATTGA	2	12	1973197	1973208	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
83	NC_008345	TCATTT	2	12	2000307	2000318	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
84	NC_008345	TTGATG	2	12	2011494	2011505	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
85	NC_008345	CATGAG	2	12	2034296	2034307	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
86	NC_008345	AATAAA	2	12	2080022	2080033	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_008345	TTGGTG	2	12	2109130	2109141	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
88	NC_008345	TTGGCA	2	12	2126733	2126744	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
89	NC_008345	ATCCCT	2	12	2127134	2127145	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
90	NC_008345	TTATTT	2	12	2127655	2127666	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
91	NC_008345	TAAAAA	2	12	2132626	2132637	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
92	NC_008345	GATCAA	2	12	2141628	2141639	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
93	NC_008345	ACCCTG	2	12	2178191	2178202	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
94	NC_008345	TTCCAA	2	12	2191914	2191925	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
95	NC_008345	TTTTAA	2	12	2220747	2220758	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
96	NC_008345	TTTTCT	2	12	2222378	2222389	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
97	NC_008345	AGCCTG	2	12	2228524	2228535	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
98	NC_008345	CATTTT	2	12	2264863	2264874	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
99	NC_008345	TTACAA	2	12	2275501	2275512	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
100	NC_008345	TTTATT	2	12	2335239	2335250	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
101	NC_008345	AAATCG	2	12	2353452	2353463	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
102	NC_008345	AATTAA	2	12	2375727	2375738	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
103	NC_008345	ATATGG	2	12	2377815	2377826	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
104	NC_008345	ATCTGT	2	12	2379810	2379821	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
105	NC_008345	CAAAAA	2	12	2395516	2395527	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
106	NC_008345	CAAATG	2	12	2404652	2404663	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
107	NC_008345	TATCAA	2	12	2412698	2412709	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
108	NC_008345	ATATGG	2	12	2432480	2432491	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
109	NC_008345	CAATTG	2	12	2469158	2469169	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
110	NC_008345	TTTACC	2	12	2491803	2491814	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
111	NC_008345	TAACAA	2	12	2491895	2491906	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
112	NC_008345	GCTATC	2	12	2493237	2493248	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
113	NC_008345	GTTATG	2	12	2496957	2496968	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
114	NC_008345	TTTTAT	2	12	2564641	2564652	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
115	NC_008345	CTGTTA	2	12	2573761	2573772	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
116	NC_008345	TATATT	2	12	2590770	2590781	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
117	NC_008345	TATTGG	2	12	2642808	2642819	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
118	NC_008345	TTTACG	2	12	2711159	2711170	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
119	NC_008345	CAAAAA	2	12	2781331	2781342	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
120	NC_008345	TGAAAT	2	12	2895697	2895708	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
121	NC_008345	ATCATT	2	12	2902753	2902764	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
122	NC_008345	TCGTTA	2	12	2909794	2909805	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
123	NC_008345	AATAAA	2	12	2940447	2940458	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
124	NC_008345	TTTCAT	2	12	2941588	2941599	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
125	NC_008345	TAAAAA	2	12	2981177	2981188	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
126	NC_008345	AACTTG	2	12	2994375	2994386	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.