MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Repeats of Shewanella frigidimarina NCIMB 400 chromosome

Total Repeats: 3160

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_008345	CAGCA	2	10	75	84	40 %	0 %	20 %	40 %	114561189
2	NC_008345	CAGAG	2	10	1675	1684	40 %	0 %	40 %	20 %	114561190
3	NC_008345	CTATC	2	10	2239	2248	20 %	40 %	0 %	40 %	114561190
4	NC_008345	AGTGA	2	10	4744	4753	40 %	20 %	40 %	0 %	114561192
5	NC_008345	TTTAT	2	10	6406	6415	20 %	80 %	0 %	0 %	114561193
6	NC_008345	ACCAT	2	10	10526	10535	40 %	20 %	0 %	40 %	114561196
7	NC_008345	TGCTT	2	10	12856	12865	0 %	60 %	20 %	20 %	114561197
8	NC_008345	GAATG	2	10	13331	13340	40 %	20 %	40 %	0 %	114561197
9	NC_008345	AAACG	2	10	13932	13941	60 %	0 %	20 %	20 %	114561197
10	NC_008345	TAAAA	2	10	15493	15502	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_008345	TTACA	2	10	19821	19830	40 %	40 %	0 %	20 %	114561202
12	NC_008345	TGGCT	2	10	20075	20084	0 %	40 %	40 %	20 %	114561202
13	NC_008345	CTATT	2	10	22155	22164	20 %	60 %	0 %	20 %	114561204
14	NC_008345	CATGG	2	10	25210	25219	20 %	20 %	40 %	20 %	114561208
15	NC_008345	AATAA	2	10	25919	25928	80 %	20 %	0 %	0 %	114561209
16	NC_008345	TTAAC	2	10	26451	26460	40 %	40 %	0 %	20 %	114561209
17	NC_008345	CTTGT	2	10	27136	27145	0 %	60 %	20 %	20 %	114561209
18	NC_008345	TTGTC	2	10	27321	27330	0 %	60 %	20 %	20 %	114561210
19	NC_008345	GGCGC	2	10	27810	27819	0 %	0 %	60 %	40 %	114561210
20	NC_008345	AGCGT	2	10	28150	28159	20 %	20 %	40 %	20 %	114561210
21	NC_008345	GTAAA	2	10	28299	28308	60 %	20 %	20 %	0 %	114561210
22	NC_008345	ATTTA	2	10	30381	30390	40 %	60 %	0 %	0 %	114561213
23	NC_008345	TTATT	2	10	30868	30877	20 %	80 %	0 %	0 %	114561213
24	NC_008345	GCCTT	2	10	31402	31411	0 %	40 %	20 %	40 %	114561214
25	NC_008345	CGAGT	2	10	33425	33434	20 %	20 %	40 %	20 %	114561216
26	NC_008345	ACCGC	2	10	34618	34627	20 %	0 %	20 %	60 %	114561218
27	NC_008345	AATGA	2	10	35983	35992	60 %	20 %	20 %	0 %	114561220
28	NC_008345	AGGAG	2	10	38174	38183	40 %	0 %	60 %	0 %	114561221
29	NC_008345	GAATT	2	10	40499	40508	40 %	40 %	20 %	0 %	114561224
30	NC_008345	CTCTT	2	10	43905	43914	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
31	NC_008345	AGTCG	2	10	45045	45054	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
32	NC_008345	AGGCT	2	10	45374	45383	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
33	NC_008345	TACTT	2	10	47787	47796	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
34	NC_008345	CTTGG	2	10	47914	47923	0 %	40 %	40 %	20 %	114561226
35	NC_008345	AAGCC	2	10	48486	48495	40 %	0 %	20 %	40 %	114561226
36	NC_008345	TGGTT	2	10	49236	49245	0 %	60 %	40 %	0 %	114561226
37	NC_008345	AGTGA	2	10	49336	49345	40 %	20 %	40 %	0 %	114561226
38	NC_008345	GAATC	2	10	49881	49890	40 %	20 %	20 %	20 %	114561226
39	NC_008345	TGGCC	2	10	51542	51551	0 %	20 %	40 %	40 %	114561228
40	NC_008345	TAAAT	2	10	55173	55182	60 %	40 %	0 %	0 %	114561230
41	NC_008345	CAACA	2	10	56097	56106	60 %	0 %	0 %	40 %	114561231
42	NC_008345	AGTAA	2	10	57152	57161	60 %	20 %	20 %	0 %	114561232
43	NC_008345	CTAAG	2	10	57327	57336	40 %	20 %	20 %	20 %	114561232
44	NC_008345	GTGGC	2	10	58990	58999	0 %	20 %	60 %	20 %	114561233
45	NC_008345	TAATT	2	10	59456	59465	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_008345	AACCA	2	10	59627	59636	60 %	0 %	0 %	40 %	114561234
47	NC_008345	TTTTA	2	10	60410	60419	20 %	80 %	0 %	0 %	114561235
48	NC_008345	GTTAT	2	10	60747	60756	20 %	60 %	20 %	0 %	114561235
49	NC_008345	TCAGG	2	10	61178	61187	20 %	20 %	40 %	20 %	114561235
50	NC_008345	TTTGA	2	10	61442	61451	20 %	60 %	20 %	0 %	114561235
51	NC_008345	TATGG	2	10	61517	61526	20 %	40 %	40 %	0 %	114561235
52	NC_008345	GCTGG	2	10	61691	61700	0 %	20 %	60 %	20 %	114561235
53	NC_008345	TAACT	2	10	62353	62362	40 %	40 %	0 %	20 %	114561235
54	NC_008345	ATTGC	2	10	65797	65806	20 %	40 %	20 %	20 %	114561239
55	NC_008345	AAAAG	2	10	67067	67076	80 %	0 %	20 %	0 %	114561241
56	NC_008345	TTAGC	2	10	68565	68574	20 %	40 %	20 %	20 %	114561242
57	NC_008345	TACCG	2	10	73180	73189	20 %	20 %	20 %	40 %	114561246
58	NC_008345	TACAG	2	10	73786	73795	40 %	20 %	20 %	20 %	114561247
59	NC_008345	ACAAA	2	10	74859	74868	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
60	NC_008345	TGTTT	2	10	79981	79990	0 %	80 %	20 %	0 %	114561253
61	NC_008345	CTTAT	2	10	80290	80299	20 %	60 %	0 %	20 %	114561254
62	NC_008345	AGCAA	2	10	81572	81581	60 %	0 %	20 %	20 %	114561256
63	NC_008345	TCGTT	2	10	82372	82381	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
64	NC_008345	TTTCA	2	10	82476	82485	20 %	60 %	0 %	20 %	114561257
65	NC_008345	ATTAA	2	10	84922	84931	60 %	40 %	0 %	0 %	114561259
66	NC_008345	TATAT	2	10	85479	85488	40 %	60 %	0 %	0 %	114561259
67	NC_008345	GTTTC	2	10	86826	86835	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
68	NC_008345	CAATA	2	10	89117	89126	60 %	20 %	0 %	20 %	114561262
69	NC_008345	GATGC	2	10	92204	92213	20 %	20 %	40 %	20 %	114561265
70	NC_008345	GATTG	2	10	94565	94574	20 %	40 %	40 %	0 %	114561268
71	NC_008345	TGAGG	2	10	96754	96763	20 %	20 %	60 %	0 %	114561269
72	NC_008345	GAGTC	2	10	97717	97726	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
73	NC_008345	TGGTG	2	10	101617	101626	0 %	40 %	60 %	0 %	114561275
74	NC_008345	TCTGC	2	10	104018	104027	0 %	40 %	20 %	40 %	114561278
75	NC_008345	AACGT	2	10	104178	104187	40 %	20 %	20 %	20 %	114561278
76	NC_008345	AACAC	2	10	109296	109305	60 %	0 %	0 %	40 %	114561285
77	NC_008345	ATTTT	2	10	110150	110159	20 %	80 %	0 %	0 %	114561285
78	NC_008345	TTTAT	2	10	112355	112364	20 %	80 %	0 %	0 %	114561288
79	NC_008345	TCCAG	2	10	112618	112627	20 %	20 %	20 %	40 %	114561288
80	NC_008345	TGTTT	2	10	115790	115799	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
81	NC_008345	TGGCT	2	10	117495	117504	0 %	40 %	40 %	20 %	114561292
82	NC_008345	TTACG	2	10	119184	119193	20 %	40 %	20 %	20 %	114561293
83	NC_008345	TTAAT	2	10	120298	120307	40 %	60 %	0 %	0 %	114561293
84	NC_008345	AAAAT	2	10	126223	126232	80 %	20 %	0 %	0 %	114561300
85	NC_008345	CAGCG	2	10	127902	127911	20 %	0 %	40 %	40 %	114561302
86	NC_008345	CATTG	2	10	128757	128766	20 %	40 %	20 %	20 %	114561303
87	NC_008345	TTGGC	2	10	132341	132350	0 %	40 %	40 %	20 %	114561307
88	NC_008345	CAAGC	2	10	132514	132523	40 %	0 %	20 %	40 %	114561307
89	NC_008345	TCGAC	2	10	136026	136035	20 %	20 %	20 %	40 %	114561310
90	NC_008345	GGAAG	2	10	136211	136220	40 %	0 %	60 %	0 %	114561310
91	NC_008345	CAAAA	2	10	136501	136510	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
92	NC_008345	AAACC	2	10	136867	136876	60 %	0 %	0 %	40 %	114561311
93	NC_008345	ACGAT	2	10	137224	137233	40 %	20 %	20 %	20 %	114561311
94	NC_008345	CAATG	2	10	137395	137404	40 %	20 %	20 %	20 %	114561311
95	NC_008345	ATTGA	2	10	139174	139183	40 %	40 %	20 %	0 %	114561313
96	NC_008345	TAGCT	2	10	139189	139198	20 %	40 %	20 %	20 %	114561313
97	NC_008345	TAAAC	2	10	143409	143418	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
98	NC_008345	CTCTT	2	10	143889	143898	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
99	NC_008345	AGTCG	2	10	145028	145037	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
100	NC_008345	AGGCT	2	10	145357	145366	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
101	NC_008345	TCGAT	2	10	152166	152175	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
102	NC_008345	CGTTA	2	10	159168	159177	20 %	40 %	20 %	20 %	114561329
103	NC_008345	TCGTA	2	10	159521	159530	20 %	40 %	20 %	20 %	114561329
104	NC_008345	AAGCA	2	10	161405	161414	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
105	NC_008345	CAATT	2	10	162779	162788	40 %	40 %	0 %	20 %	114561330
106	NC_008345	GAAAA	2	10	166457	166466	80 %	0 %	20 %	0 %	114561332
107	NC_008345	GTTCT	2	10	166940	166949	0 %	60 %	20 %	20 %	114561333
108	NC_008345	CAATT	2	10	167355	167364	40 %	40 %	0 %	20 %	114561333
109	NC_008345	TGGCG	2	10	171783	171792	0 %	20 %	60 %	20 %	114561337
110	NC_008345	CAATC	2	10	172816	172825	40 %	20 %	0 %	40 %	114561339
111	NC_008345	AGGCA	2	10	176287	176296	40 %	0 %	40 %	20 %	114561347
112	NC_008345	TCGCG	2	10	179474	179483	0 %	20 %	40 %	40 %	114561355
113	NC_008345	CTGAA	2	10	179761	179770	40 %	20 %	20 %	20 %	114561356
114	NC_008345	TGGTT	2	10	180582	180591	0 %	60 %	40 %	0 %	114561356
115	NC_008345	ATGGC	2	10	181738	181747	20 %	20 %	40 %	20 %	114561359
116	NC_008345	AGTTG	2	10	183607	183616	20 %	40 %	40 %	0 %	114561361
117	NC_008345	TATAG	2	10	189357	189366	40 %	40 %	20 %	0 %	114561369
118	NC_008345	GATAC	2	10	193888	193897	40 %	20 %	20 %	20 %	114561373
119	NC_008345	GAAAG	2	10	194221	194230	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
120	NC_008345	CTCTT	2	10	196442	196451	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
121	NC_008345	AGTCG	2	10	197582	197591	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
122	NC_008345	AGGCT	2	10	197911	197920	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
123	NC_008345	TCCGC	2	10	199825	199834	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
124	NC_008345	TCCGC	2	10	200050	200059	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
125	NC_008345	CATGC	2	10	202724	202733	20 %	20 %	20 %	40 %	114561375
126	NC_008345	AATAT	2	10	203094	203103	60 %	40 %	0 %	0 %	114561375
127	NC_008345	CCAAG	2	10	206629	206638	40 %	0 %	20 %	40 %	114561377
128	NC_008345	AGCAA	2	10	212792	212801	60 %	0 %	20 %	20 %	114561381
129	NC_008345	TACAT	2	10	214980	214989	40 %	40 %	0 %	20 %	114561383
130	NC_008345	GCAGC	2	10	215297	215306	20 %	0 %	40 %	40 %	114561383
131	NC_008345	CGCCA	2	10	216266	216275	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
132	NC_008345	AATAA	2	10	216817	216826	80 %	20 %	0 %	0 %	114561384
133	NC_008345	AAAAT	2	10	220102	220111	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
134	NC_008345	TTTGG	2	10	221539	221548	0 %	60 %	40 %	0 %	114561387
135	NC_008345	GCCGA	2	10	223221	223230	20 %	0 %	40 %	40 %	114561389
136	NC_008345	AATAA	2	10	224461	224470	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
137	NC_008345	GCCAA	2	10	230584	230593	40 %	0 %	20 %	40 %	114561396
138	NC_008345	AAGCT	2	10	236452	236461	40 %	20 %	20 %	20 %	114561402
139	NC_008345	GCAAC	2	10	237689	237698	40 %	0 %	20 %	40 %	114561404
140	NC_008345	TTGGT	2	10	237934	237943	0 %	60 %	40 %	0 %	114561404
141	NC_008345	GATTC	2	10	238394	238403	20 %	40 %	20 %	20 %	114561404
142	NC_008345	TAGGT	2	10	238920	238929	20 %	40 %	40 %	0 %	114561404
143	NC_008345	TGTGG	2	10	242283	242292	0 %	40 %	60 %	0 %	114561407
144	NC_008345	TTAAG	2	10	242293	242302	40 %	40 %	20 %	0 %	114561407
145	NC_008345	AAATT	2	10	243569	243578	60 %	40 %	0 %	0 %	114561408
146	NC_008345	TCCAG	2	10	247274	247283	20 %	20 %	20 %	40 %	114561412
147	NC_008345	CCACA	2	10	247404	247413	40 %	0 %	0 %	60 %	114561412
148	NC_008345	TTAAA	2	10	247835	247844	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
149	NC_008345	TGCCG	2	10	249299	249308	0 %	20 %	40 %	40 %	114561415
150	NC_008345	GCTCA	2	10	252240	252249	20 %	20 %	20 %	40 %	114561417
151	NC_008345	ATCAA	2	10	253509	253518	60 %	20 %	0 %	20 %	114561418
152	NC_008345	TTGGG	2	10	253634	253643	0 %	40 %	60 %	0 %	114561418
153	NC_008345	ACAAA	2	10	258241	258250	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
154	NC_008345	ATTTT	2	10	259950	259959	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
155	NC_008345	TTTTA	2	10	260466	260475	20 %	80 %	0 %	0 %	114561423
156	NC_008345	AACTG	2	10	261747	261756	40 %	20 %	20 %	20 %	114561423
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158	NC_008345	TTAAC	2	10	264724	264733	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
159	NC_008345	CCAGG	2	10	270349	270358	20 %	0 %	40 %	40 %	114561430
160	NC_008345	ATGCA	2	10	270720	270729	40 %	20 %	20 %	20 %	114561430
161	NC_008345	GTGTG	2	10	271975	271984	0 %	40 %	60 %	0 %	114561432
162	NC_008345	CGTGA	2	10	272396	272405	20 %	20 %	40 %	20 %	114561432
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164	NC_008345	CAAGC	2	10	279690	279699	40 %	0 %	20 %	40 %	114561439
165	NC_008345	GTTAA	2	10	280486	280495	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
166	NC_008345	AATGG	2	10	280615	280624	40 %	20 %	40 %	0 %	114561441
167	NC_008345	TGGGT	2	10	280791	280800	0 %	40 %	60 %	0 %	114561441
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169	NC_008345	GATTT	2	10	282933	282942	20 %	60 %	20 %	0 %	114561444
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171	NC_008345	CCGGT	2	10	284740	284749	0 %	20 %	40 %	40 %	114561446
172	NC_008345	GTGGC	2	10	287020	287029	0 %	20 %	60 %	20 %	114561447
173	NC_008345	ATTTT	2	10	288402	288411	20 %	80 %	0 %	0 %	114561449
174	NC_008345	ACTTA	2	10	291685	291694	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
175	NC_008345	GCCTG	2	10	296376	296385	0 %	20 %	40 %	40 %	114561454
176	NC_008345	TGGTT	2	10	300725	300734	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
177	NC_008345	CAACA	2	10	301501	301510	60 %	0 %	0 %	40 %	114561460
178	NC_008345	CAAAA	2	10	304559	304568	80 %	0 %	0 %	20 %	114561463
179	NC_008345	AGGTA	2	10	305071	305080	40 %	20 %	40 %	0 %	114561464
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182	NC_008345	CCAAA	2	10	311499	311508	60 %	0 %	0 %	40 %	114561470
183	NC_008345	TGGGT	2	10	312074	312083	0 %	40 %	60 %	0 %	114561470
184	NC_008345	GCCTA	2	10	317823	317832	20 %	20 %	20 %	40 %	114561476
185	NC_008345	AGCCT	2	10	319849	319858	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
186	NC_008345	AACTT	2	10	320949	320958	40 %	40 %	0 %	20 %	114561478
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191	NC_008345	TTGGC	2	10	340863	340872	0 %	40 %	40 %	20 %	114561499
192	NC_008345	CTTAT	2	10	341316	341325	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
193	NC_008345	TCGCA	2	10	347452	347461	20 %	20 %	20 %	40 %	114561507
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196	NC_008345	ATCGC	2	10	351535	351544	20 %	20 %	20 %	40 %	114561509
197	NC_008345	TCGCT	2	10	352921	352930	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
198	NC_008345	TCGCT	2	10	352960	352969	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
199	NC_008345	GTTAA	2	10	353301	353310	40 %	40 %	20 %	0 %	114561512
200	NC_008345	GCAAA	2	10	353479	353488	60 %	0 %	20 %	20 %	114561512
201	NC_008345	AAGTT	2	10	355512	355521	40 %	40 %	20 %	0 %	114561513
202	NC_008345	CGATG	2	10	359047	359056	20 %	20 %	40 %	20 %	114561517
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205	NC_008345	TTAAG	2	10	362611	362620	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
206	NC_008345	ACTTT	2	10	362770	362779	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
207	NC_008345	AACCA	2	10	365586	365595	60 %	0 %	0 %	40 %	114561525
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234	NC_008345	TATTT	2	10	427131	427140	20 %	80 %	0 %	0 %	114561581
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236	NC_008345	TCATA	2	10	427793	427802	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
237	NC_008345	CTGAA	2	10	429535	429544	40 %	20 %	20 %	20 %	114561583
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239	NC_008345	AAGTG	2	10	431990	431999	40 %	20 %	40 %	0 %	114561584
240	NC_008345	GTTTT	2	10	432303	432312	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
241	NC_008345	TCTAT	2	10	433435	433444	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
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245	NC_008345	TTAAC	2	10	436285	436294	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
246	NC_008345	ACAAA	2	10	436844	436853	80 %	0 %	0 %	20 %	114561588
247	NC_008345	AGCTT	2	10	437358	437367	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
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260	NC_008345	GCACA	2	10	462444	462453	40 %	0 %	20 %	40 %	114561609
261	NC_008345	TACGT	2	10	466180	466189	20 %	40 %	20 %	20 %	114561612
262	NC_008345	GATAT	2	10	466812	466821	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
263	NC_008345	CTAAA	2	10	467869	467878	60 %	20 %	0 %	20 %	114561613
264	NC_008345	CGATG	2	10	470728	470737	20 %	20 %	40 %	20 %	114561615
265	NC_008345	GAGCC	2	10	470739	470748	20 %	0 %	40 %	40 %	114561615
266	NC_008345	ATAAC	2	10	471694	471703	60 %	20 %	0 %	20 %	114561616
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