MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Nitrosomonas eutropha C91 chromosome

Total Repeats: 336

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_008344	TTGAG	2	10	12666	12675	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
2	NC_008344	CCGTG	2	10	25809	25818	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
3	NC_008344	TGCGT	2	10	31601	31610	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
4	NC_008344	AAACA	2	10	32204	32213	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
5	NC_008344	GTACC	2	10	36155	36164	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
6	NC_008344	TGCGG	2	10	38943	38952	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
7	NC_008344	TACGT	2	10	42591	42600	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
8	NC_008344	TCAGT	2	10	43913	43922	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
9	NC_008344	GTTCA	2	10	44070	44079	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
10	NC_008344	TGAGC	2	10	47173	47182	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
11	NC_008344	CATCG	2	10	47562	47571	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
12	NC_008344	TGCGG	2	10	78613	78622	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
13	NC_008344	ACGCC	2	10	78650	78659	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
14	NC_008344	TCAGT	2	10	84448	84457	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
15	NC_008344	AATTC	2	10	99996	100005	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
16	NC_008344	GAGAT	2	10	108765	108774	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
17	NC_008344	CCCCT	2	10	109817	109826	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
18	NC_008344	ACGCA	2	10	109866	109875	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
19	NC_008344	GGCTA	2	10	145741	145750	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
20	NC_008344	TCAAT	2	10	149566	149575	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
21	NC_008344	GATAT	2	10	185339	185348	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
22	NC_008344	TTATT	2	10	192823	192832	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_008344	GGATA	2	10	206701	206710	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
24	NC_008344	CACAC	2	10	210330	210339	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
25	NC_008344	TTAAT	2	10	216584	216593	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_008344	CAAAG	2	10	231557	231566	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
27	NC_008344	TCGTG	2	10	232774	232783	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
28	NC_008344	ATTTA	2	10	233507	233516	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
29	NC_008344	GGGAG	2	10	234126	234135	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
30	NC_008344	ATGCG	2	10	235045	235054	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
31	NC_008344	ACCGT	2	10	235231	235240	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
32	NC_008344	AGATT	2	10	236399	236408	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
33	NC_008344	TTGTT	2	10	236754	236763	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
34	NC_008344	GCCTC	2	10	247777	247786	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
35	NC_008344	TTGAA	2	10	254880	254889	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
36	NC_008344	AAGAA	2	10	281831	281840	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
37	NC_008344	GTTGT	2	10	282038	282047	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
38	NC_008344	TTTTA	2	10	310356	310365	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_008344	AGCCC	2	10	310747	310756	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
40	NC_008344	ACCAA	2	10	326919	326928	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
41	NC_008344	CTTTT	2	10	327141	327150	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
42	NC_008344	AAGGT	2	10	330608	330617	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
43	NC_008344	CTGGA	2	10	335917	335926	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
44	NC_008344	CATAA	2	10	336905	336914	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
45	NC_008344	AAATG	2	10	339782	339791	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
46	NC_008344	ATATT	2	10	359578	359587	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_008344	TGAAA	2	10	362027	362036	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
48	NC_008344	ATTGC	2	10	362096	362105	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
49	NC_008344	CAAAA	2	10	367839	367848	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
50	NC_008344	GTTAG	2	10	369325	369334	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
51	NC_008344	AGCTC	2	10	373244	373253	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
52	NC_008344	TTGCA	2	10	373453	373462	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
53	NC_008344	CATGC	2	10	391204	391213	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
54	NC_008344	ACTTT	2	10	398672	398681	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
55	NC_008344	TTGTA	2	10	404479	404488	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
56	NC_008344	TGGAA	2	10	409377	409386	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
57	NC_008344	ATGCC	2	10	434575	434584	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
58	NC_008344	TAAAT	2	10	456648	456657	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
59	NC_008344	ACAAT	2	10	456758	456767	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
60	NC_008344	TTTTA	2	10	500504	500513	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_008344	CAAGC	2	10	545434	545443	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
62	NC_008344	CATCA	2	10	550342	550351	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
63	NC_008344	CAATT	2	10	554700	554709	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
64	NC_008344	ATTTA	2	10	554772	554781	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
65	NC_008344	GCACA	2	10	571991	572000	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
66	NC_008344	CTTGA	2	10	575490	575499	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
67	NC_008344	TTTAT	2	10	580376	580385	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_008344	AATTT	2	10	591504	591513	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_008344	TTCTT	2	10	611976	611985	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
70	NC_008344	GTTCG	2	10	633938	633947	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
71	NC_008344	AGTAG	2	10	642793	642802	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
72	NC_008344	AAAAC	2	10	654098	654107	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
73	NC_008344	AAAGA	2	10	669786	669795	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
74	NC_008344	GCAGG	2	10	682953	682962	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
75	NC_008344	CCTCC	2	10	683321	683330	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
76	NC_008344	CATAA	2	10	702906	702915	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
77	NC_008344	CAGGG	2	10	715080	715089	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
78	NC_008344	CAATT	2	10	716383	716392	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
79	NC_008344	ATCTG	2	10	717132	717141	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
80	NC_008344	GTGTT	2	10	726557	726566	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
81	NC_008344	TGAAG	2	10	752486	752495	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
82	NC_008344	GATTT	2	10	752554	752563	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
83	NC_008344	ATTTT	2	10	752802	752811	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
84	NC_008344	TTATA	2	10	758193	758202	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_008344	TTATT	2	10	774182	774191	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_008344	CACAA	2	10	780199	780208	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
87	NC_008344	AGTGA	2	10	781308	781317	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
88	NC_008344	TTGAT	2	10	782579	782588	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
89	NC_008344	GGATG	2	10	793579	793588	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
90	NC_008344	ACTCC	2	10	806166	806175	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
91	NC_008344	TCTGG	2	10	806313	806322	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
92	NC_008344	GATTC	2	10	823826	823835	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
93	NC_008344	TTTGA	2	10	836945	836954	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
94	NC_008344	CGTGC	2	10	837451	837460	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
95	NC_008344	TGCAG	2	10	847622	847631	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
96	NC_008344	ACCTG	2	10	847642	847651	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
97	NC_008344	TGTAA	2	10	847747	847756	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
98	NC_008344	GGATT	2	10	849229	849238	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
99	NC_008344	CAGAG	2	10	851767	851776	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
100	NC_008344	CTGCA	2	10	853836	853845	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
101	NC_008344	GAATG	2	10	857363	857372	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
102	NC_008344	AAACC	2	10	857388	857397	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
103	NC_008344	TTTTA	2	10	857952	857961	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
104	NC_008344	CAGGA	2	10	859073	859082	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
105	NC_008344	TTGTT	2	10	872598	872607	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
106	NC_008344	ATTGA	2	10	882897	882906	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
107	NC_008344	ATCGA	2	10	894707	894716	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
108	NC_008344	CTCTA	2	10	896525	896534	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
109	NC_008344	ATAAA	2	10	897415	897424	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
110	NC_008344	TCAAT	2	10	924220	924229	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
111	NC_008344	GGAGA	2	10	966890	966899	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
112	NC_008344	TTATA	2	10	976709	976718	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
113	NC_008344	ACTTC	2	10	1003282	1003291	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
114	NC_008344	CAACC	2	10	1009999	1010008	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
115	NC_008344	GTTTC	2	10	1015101	1015110	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
116	NC_008344	TAAAA	2	10	1023223	1023232	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
117	NC_008344	TCTTT	2	10	1031638	1031647	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
118	NC_008344	AATAG	2	10	1036304	1036313	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
119	NC_008344	TACAG	2	10	1044887	1044896	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
120	NC_008344	TTTCA	2	10	1049707	1049716	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
121	NC_008344	TTGCC	2	10	1064179	1064188	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
122	NC_008344	GGAAA	2	10	1092219	1092228	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
123	NC_008344	CGAAG	2	10	1095466	1095475	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
124	NC_008344	GGACA	2	10	1101731	1101740	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
125	NC_008344	TCGAC	2	10	1125080	1125089	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
126	NC_008344	ATCAA	2	10	1140916	1140925	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
127	NC_008344	AAGAA	2	10	1163802	1163811	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
128	NC_008344	GAAAT	2	10	1165609	1165618	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
129	NC_008344	CGGTA	2	10	1165792	1165801	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
130	NC_008344	GCAGC	2	10	1168101	1168110	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
131	NC_008344	TTGTT	2	10	1175498	1175507	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
132	NC_008344	TTCAC	2	10	1180980	1180989	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
133	NC_008344	ACTTG	2	10	1211496	1211505	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
134	NC_008344	AGTTA	2	10	1217352	1217361	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
135	NC_008344	ATTAA	2	10	1238658	1238667	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
136	NC_008344	TGTGT	2	10	1240050	1240059	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
137	NC_008344	GTAGC	2	10	1240080	1240089	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
138	NC_008344	CCTGT	2	10	1252862	1252871	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
139	NC_008344	AAATT	2	10	1254235	1254244	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
140	NC_008344	TGGAA	2	10	1270243	1270252	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
141	NC_008344	TTTAA	2	10	1279896	1279905	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
142	NC_008344	CACTC	2	10	1291726	1291735	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
143	NC_008344	TCCGG	2	10	1305247	1305256	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
144	NC_008344	GAAAA	2	10	1306339	1306348	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
145	NC_008344	TATAT	3	15	1310715	1310729	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
146	NC_008344	GAAAA	2	10	1310799	1310808	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
147	NC_008344	AGCCA	2	10	1311275	1311284	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
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149	NC_008344	TAGCA	2	10	1312830	1312839	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
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263	NC_008344	GAATA	2	10	2110330	2110339	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
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283	NC_008344	GGCTC	2	10	2254315	2254324	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
284	NC_008344	ACAGG	2	10	2269492	2269501	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
285	NC_008344	ACAAA	2	10	2275011	2275020	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
286	NC_008344	TACCT	2	10	2277604	2277613	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
287	NC_008344	GTACC	2	10	2284947	2284956	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
288	NC_008344	TTATT	2	10	2312870	2312879	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
289	NC_008344	ATTTA	2	10	2313224	2313233	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
290	NC_008344	CGGTG	2	10	2319363	2319372	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
291	NC_008344	CCCCG	2	10	2326472	2326481	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
292	NC_008344	AACCG	2	10	2338557	2338566	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
293	NC_008344	GAAAT	2	10	2342933	2342942	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
294	NC_008344	ATTTC	2	10	2344041	2344050	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
295	NC_008344	CAAGA	2	10	2358378	2358387	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
296	NC_008344	GGGAG	2	10	2381929	2381938	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
297	NC_008344	CCTGC	2	10	2382298	2382307	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
298	NC_008344	CCCTG	2	10	2396449	2396458	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
299	NC_008344	CAAGA	2	10	2402505	2402514	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
300	NC_008344	TTTTA	2	10	2407842	2407851	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
301	NC_008344	TCGTA	2	10	2419189	2419198	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
302	NC_008344	GTAAA	2	10	2431713	2431722	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
303	NC_008344	AAAAT	2	10	2445409	2445418	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
304	NC_008344	ATTTG	6	30	2447302	2447331	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
305	NC_008344	TATTT	2	10	2473873	2473882	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
306	NC_008344	CATAA	2	10	2475401	2475410	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
307	NC_008344	TAAAT	2	10	2475429	2475438	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
308	NC_008344	GCTAT	2	10	2475720	2475729	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
309	NC_008344	TTGTT	2	10	2482760	2482769	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
310	NC_008344	GACTA	2	10	2483446	2483455	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
311	NC_008344	TTTTC	2	10	2498141	2498150	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
312	NC_008344	GCAGA	2	10	2499189	2499198	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
313	NC_008344	TAAAA	2	10	2506654	2506663	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
314	NC_008344	TAAAA	2	10	2517721	2517730	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
315	NC_008344	CATTC	2	10	2524938	2524947	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
316	NC_008344	GTGAT	2	10	2532475	2532484	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
317	NC_008344	TCTGC	2	10	2537675	2537684	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
318	NC_008344	ATAGT	2	10	2540850	2540859	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
319	NC_008344	GAGAG	2	10	2542522	2542531	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
320	NC_008344	GCCAA	2	10	2567573	2567582	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
321	NC_008344	CTTTT	2	10	2584637	2584646	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
322	NC_008344	CAATT	2	10	2608271	2608280	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
323	NC_008344	TACCG	2	10	2608695	2608704	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
324	NC_008344	AAAAT	2	10	2610945	2610954	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
325	NC_008344	GATCC	2	10	2616444	2616453	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
326	NC_008344	GTTTC	2	10	2618957	2618966	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
327	NC_008344	AGTAA	2	10	2622892	2622901	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
328	NC_008344	TGTTT	2	10	2628081	2628090	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
329	NC_008344	TACAT	2	10	2628772	2628781	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
330	NC_008344	CTTGG	2	10	2629390	2629399	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
331	NC_008344	GGACA	2	10	2636506	2636515	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
332	NC_008344	ATCAG	2	10	2637398	2637407	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
333	NC_008344	TAATA	2	10	2637619	2637628	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
334	NC_008344	GCAAG	2	10	2645765	2645774	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
335	NC_008344	TTTTC	2	10	2647057	2647066	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
336	NC_008344	GTGAG	2	10	2649449	2649458	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.