MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Repeats of Synechococcus sp. CC9311

Total Repeats: 2012

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_008319	CAACA	2	10	1041	1050	60 %	0 %	0 %	40 %	113953564
2	NC_008319	GATCA	2	10	1585	1594	40 %	20 %	20 %	20 %	113953136
3	NC_008319	ATTGC	2	10	2572	2581	20 %	40 %	20 %	20 %	113955261
4	NC_008319	AACGA	2	10	3856	3865	60 %	0 %	20 %	20 %	113955261
5	NC_008319	TTGGC	2	10	3955	3964	0 %	40 %	40 %	20 %	113955261
6	NC_008319	TTGGC	2	10	4028	4037	0 %	40 %	40 %	20 %	113955261
7	NC_008319	TTGGA	2	10	5028	5037	20 %	40 %	40 %	0 %	113954725
8	NC_008319	CAGCA	2	10	7203	7212	40 %	0 %	20 %	40 %	113953878
9	NC_008319	CCTTG	2	10	7257	7266	0 %	40 %	20 %	40 %	113953878
10	NC_008319	GCGCA	2	10	7365	7374	20 %	0 %	40 %	40 %	113953878
11	NC_008319	CCAGC	3	15	9977	9991	20 %	0 %	20 %	60 %	113952821
12	NC_008319	GACCT	2	10	11211	11220	20 %	20 %	20 %	40 %	113954152
13	NC_008319	AGGTG	2	10	11662	11671	20 %	20 %	60 %	0 %	113954152
14	NC_008319	ACTCG	2	10	11942	11951	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
15	NC_008319	TTTGC	2	10	14470	14479	0 %	60 %	20 %	20 %	113953373
16	NC_008319	TCAGC	2	10	14937	14946	20 %	20 %	20 %	40 %	113953373
17	NC_008319	TTCCG	2	10	17331	17340	0 %	40 %	20 %	40 %	113955034
18	NC_008319	GCTGA	2	10	17501	17510	20 %	20 %	40 %	20 %	113955034
19	NC_008319	GGCGC	2	10	18100	18109	0 %	0 %	60 %	40 %	113955552
20	NC_008319	GCTTT	2	10	25555	25564	0 %	60 %	20 %	20 %	113954482
21	NC_008319	AGCTG	2	10	25666	25675	20 %	20 %	40 %	20 %	113954482
22	NC_008319	AGCAC	2	10	28627	28636	40 %	0 %	20 %	40 %	113952817
23	NC_008319	AGTGA	2	10	31823	31832	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
24	NC_008319	GCGGT	2	10	33088	33097	0 %	20 %	60 %	20 %	113954195
25	NC_008319	GCGCT	2	10	33919	33928	0 %	20 %	40 %	40 %	113954195
26	NC_008319	TGACC	2	10	35116	35125	20 %	20 %	20 %	40 %	113953745
27	NC_008319	TCCCC	2	10	35424	35433	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
28	NC_008319	GTGGG	2	10	35901	35910	0 %	20 %	80 %	0 %	113952878
29	NC_008319	GCCCA	2	10	36669	36678	20 %	0 %	20 %	60 %	113954808
30	NC_008319	GGCGC	2	10	41157	41166	0 %	0 %	60 %	40 %	113955234
31	NC_008319	GCGCG	3	15	41982	41996	0 %	0 %	60 %	40 %	113952800
32	NC_008319	AGATG	2	10	42005	42014	40 %	20 %	40 %	0 %	113952800
33	NC_008319	CGCGT	2	10	43156	43165	0 %	20 %	40 %	40 %	113952800
34	NC_008319	TTCGG	2	10	43488	43497	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
35	NC_008319	GTTGA	2	10	43649	43658	20 %	40 %	40 %	0 %	113953453
36	NC_008319	TGCAG	2	10	44154	44163	20 %	20 %	40 %	20 %	113954460
37	NC_008319	AGATG	2	10	44830	44839	40 %	20 %	40 %	0 %	113955144
38	NC_008319	CCCAT	2	10	44963	44972	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
39	NC_008319	TTGAG	2	10	45201	45210	20 %	40 %	40 %	0 %	113953178
40	NC_008319	GATGG	2	10	46684	46693	20 %	20 %	60 %	0 %	113953744
41	NC_008319	GAGGT	2	10	51176	51185	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
42	NC_008319	GGTTT	2	10	51609	51618	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
43	NC_008319	AGAAA	2	10	51633	51642	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
44	NC_008319	TCGAA	2	10	52112	52121	40 %	20 %	20 %	20 %	113953079
45	NC_008319	AGCTC	2	10	52239	52248	20 %	20 %	20 %	40 %	113953079
46	NC_008319	GCTTC	2	10	53396	53405	0 %	40 %	20 %	40 %	113954455
47	NC_008319	TTGGA	2	10	54435	54444	20 %	40 %	40 %	0 %	113954455
48	NC_008319	CCTGA	2	10	57775	57784	20 %	20 %	20 %	40 %	113954659
49	NC_008319	GTTTT	2	10	58978	58987	0 %	80 %	20 %	0 %	113953011
50	NC_008319	AGCGG	2	10	60610	60619	20 %	0 %	60 %	20 %	113953827
51	NC_008319	AATGG	2	10	61289	61298	40 %	20 %	40 %	0 %	113953827
52	NC_008319	GGCGT	2	10	62999	63008	0 %	20 %	60 %	20 %	113954332
53	NC_008319	TTGCG	2	10	63565	63574	0 %	40 %	40 %	20 %	113955220
54	NC_008319	GCTGA	2	10	64474	64483	20 %	20 %	40 %	20 %	113955220
55	NC_008319	GGGGA	2	10	65922	65931	20 %	0 %	80 %	0 %	113955227
56	NC_008319	GCCAG	2	10	66890	66899	20 %	0 %	40 %	40 %	113955227
57	NC_008319	TGGTG	2	10	71264	71273	0 %	40 %	60 %	0 %	113952943
58	NC_008319	TGGAT	2	10	73206	73215	20 %	40 %	40 %	0 %	113954463
59	NC_008319	GGCCG	2	10	73334	73343	0 %	0 %	60 %	40 %	113954463
60	NC_008319	CCAGG	2	10	74261	74270	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
61	NC_008319	GTGTG	2	10	75481	75490	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
62	NC_008319	TGATT	2	10	75658	75667	20 %	60 %	20 %	0 %	113953983
63	NC_008319	CTGAT	2	10	75975	75984	20 %	40 %	20 %	20 %	113953983
64	NC_008319	GTTTG	2	10	76670	76679	0 %	60 %	40 %	0 %	113955178
65	NC_008319	GTGAT	2	10	77347	77356	20 %	40 %	40 %	0 %	113952727
66	NC_008319	GCTCA	2	10	79569	79578	20 %	20 %	20 %	40 %	113953978
67	NC_008319	TGTGG	2	10	80667	80676	0 %	40 %	60 %	0 %	113953978
68	NC_008319	TGGTT	2	10	81508	81517	0 %	60 %	40 %	0 %	113954436
69	NC_008319	CGAAA	2	10	81598	81607	60 %	0 %	20 %	20 %	113954436
70	NC_008319	GCAGC	2	10	85410	85419	20 %	0 %	40 %	40 %	113955376
71	NC_008319	TTACG	2	10	87502	87511	20 %	40 %	20 %	20 %	113954986
72	NC_008319	TCGCT	2	10	88146	88155	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
73	NC_008319	GGCTT	2	10	88655	88664	0 %	40 %	40 %	20 %	113952993
74	NC_008319	GAAAA	2	10	88810	88819	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
75	NC_008319	TCGAT	2	10	89974	89983	20 %	40 %	20 %	20 %	113954981
76	NC_008319	CAGCG	2	10	91730	91739	20 %	0 %	40 %	40 %	113952715
77	NC_008319	AGCAG	2	10	93619	93628	40 %	0 %	40 %	20 %	113954660
78	NC_008319	CGCAG	2	10	94371	94380	20 %	0 %	40 %	40 %	113954360
79	NC_008319	GCTGA	2	10	94830	94839	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
80	NC_008319	CTCAG	2	10	95608	95617	20 %	20 %	20 %	40 %	113952933
81	NC_008319	TCGCT	2	10	96368	96377	0 %	40 %	20 %	40 %	113955372
82	NC_008319	GGCCG	2	10	97369	97378	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
83	NC_008319	GCTTG	2	10	98862	98871	0 %	40 %	40 %	20 %	113954544
84	NC_008319	GCGCC	2	10	99292	99301	0 %	0 %	40 %	60 %	113954544
85	NC_008319	CCCTG	2	10	99542	99551	0 %	20 %	20 %	60 %	113954021
86	NC_008319	TCAGG	2	10	99639	99648	20 %	20 %	40 %	20 %	113954021
87	NC_008319	GTGAT	2	10	101674	101683	20 %	40 %	40 %	0 %	113954143
88	NC_008319	GGCGC	2	10	101924	101933	0 %	0 %	60 %	40 %	113954143
89	NC_008319	CCCGC	2	10	102572	102581	0 %	0 %	20 %	80 %	113954561
90	NC_008319	TTGGT	2	10	102950	102959	0 %	60 %	40 %	0 %	113954561
91	NC_008319	GTGGA	2	10	102962	102971	20 %	20 %	60 %	0 %	113954561
92	NC_008319	ATGGA	2	10	103406	103415	40 %	20 %	40 %	0 %	113954561
93	NC_008319	TCCCA	2	10	105860	105869	20 %	20 %	0 %	60 %	113954483
94	NC_008319	TTGAT	2	10	106764	106773	20 %	60 %	20 %	0 %	113954483
95	NC_008319	GATCA	2	10	114925	114934	40 %	20 %	20 %	20 %	113955396
96	NC_008319	TCTGG	2	10	115147	115156	0 %	40 %	40 %	20 %	113955396
97	NC_008319	CTTCC	2	10	116621	116630	0 %	40 %	0 %	60 %	113953317
98	NC_008319	ATCAC	2	10	117075	117084	40 %	20 %	0 %	40 %	113953317
99	NC_008319	CTGAG	2	10	117318	117327	20 %	20 %	40 %	20 %	113953317
100	NC_008319	TTTGA	2	10	117498	117507	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
101	NC_008319	GCTTT	2	10	117834	117843	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
102	NC_008319	GGTTT	2	10	118978	118987	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
103	NC_008319	GAAGC	2	10	119267	119276	40 %	0 %	40 %	20 %	113954196
104	NC_008319	GTGCG	2	10	119307	119316	0 %	20 %	60 %	20 %	113954196
105	NC_008319	GCCGT	2	10	119460	119469	0 %	20 %	40 %	40 %	113954196
106	NC_008319	CGTCC	2	10	120698	120707	0 %	20 %	20 %	60 %	113954774
107	NC_008319	TGGCG	2	10	122261	122270	0 %	20 %	60 %	20 %	113953371
108	NC_008319	TTGAA	2	10	122754	122763	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
109	NC_008319	GAACG	2	10	123349	123358	40 %	0 %	40 %	20 %	113954007
110	NC_008319	TCGCT	2	10	123644	123653	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
111	NC_008319	GCTCA	2	10	123980	123989	20 %	20 %	20 %	40 %	113955017
112	NC_008319	ACCCC	2	10	125424	125433	20 %	0 %	0 %	80 %	113954179
113	NC_008319	GAGCA	2	10	127010	127019	40 %	0 %	40 %	20 %	113952850
114	NC_008319	CCAGC	2	10	127517	127526	20 %	0 %	20 %	60 %	113955527
115	NC_008319	GGGAT	2	10	132431	132440	20 %	20 %	60 %	0 %	113954451
116	NC_008319	GGCCA	2	10	135319	135328	20 %	0 %	40 %	40 %	113955068
117	NC_008319	CTGAA	2	10	136046	136055	40 %	20 %	20 %	20 %	113955068
118	NC_008319	TGGCA	2	10	136273	136282	20 %	20 %	40 %	20 %	113955068
119	NC_008319	GATGG	2	10	137410	137419	20 %	20 %	60 %	0 %	113953070
120	NC_008319	GTGAT	2	10	138292	138301	20 %	40 %	40 %	0 %	113953070
121	NC_008319	TGGAG	2	10	138872	138881	20 %	20 %	60 %	0 %	113953070
122	NC_008319	GACGT	2	10	140429	140438	20 %	20 %	40 %	20 %	113954189
123	NC_008319	ACGGC	2	10	141681	141690	20 %	0 %	40 %	40 %	113953254
124	NC_008319	GATTT	2	10	145044	145053	20 %	60 %	20 %	0 %	113954640
125	NC_008319	ATTCA	2	10	146416	146425	40 %	40 %	0 %	20 %	113955249
126	NC_008319	AGGAT	2	10	147668	147677	40 %	20 %	40 %	0 %	113954093
127	NC_008319	GATAG	2	10	149424	149433	40 %	20 %	40 %	0 %	113954180
128	NC_008319	GAACA	2	10	150061	150070	60 %	0 %	20 %	20 %	113954180
129	NC_008319	AGCAA	2	10	150503	150512	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
130	NC_008319	CCAGC	2	10	151803	151812	20 %	0 %	20 %	60 %	113954112
131	NC_008319	CCCAG	2	10	151955	151964	20 %	0 %	20 %	60 %	113954112
132	NC_008319	AGGCC	2	10	153001	153010	20 %	0 %	40 %	40 %	113953067
133	NC_008319	ATCAC	2	10	153385	153394	40 %	20 %	0 %	40 %	113953067
134	NC_008319	GCCGT	2	10	154945	154954	0 %	20 %	40 %	40 %	113953552
135	NC_008319	TCACC	2	10	155078	155087	20 %	20 %	0 %	60 %	113953552
136	NC_008319	CAATC	2	10	158402	158411	40 %	20 %	0 %	40 %	113954055
137	NC_008319	GAGCG	2	10	158711	158720	20 %	0 %	60 %	20 %	113953412
138	NC_008319	GCCTG	2	10	158975	158984	0 %	20 %	40 %	40 %	113953412
139	NC_008319	GAACG	2	10	159327	159336	40 %	0 %	40 %	20 %	113954651
140	NC_008319	CCAAG	2	10	162451	162460	40 %	0 %	20 %	40 %	113953647
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142	NC_008319	CAGTG	2	10	164318	164327	20 %	20 %	40 %	20 %	113952828
143	NC_008319	CTGCC	2	10	164993	165002	0 %	20 %	20 %	60 %	113952828
144	NC_008319	CAGCT	2	10	165101	165110	20 %	20 %	20 %	40 %	113952828
145	NC_008319	TCCAG	2	10	165633	165642	20 %	20 %	20 %	40 %	113952828
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150	NC_008319	ATGCC	2	10	171619	171628	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
151	NC_008319	GATTG	2	10	172319	172328	20 %	40 %	40 %	0 %	113954459
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153	NC_008319	AGATG	2	10	173073	173082	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
154	NC_008319	GATTG	2	10	178786	178795	20 %	40 %	40 %	0 %	113955173
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159	NC_008319	CTATT	2	10	187163	187172	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
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196	NC_008319	TTTTG	2	10	232607	232616	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
197	NC_008319	GTCTC	2	10	234073	234082	0 %	40 %	20 %	40 %	113952837
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242	NC_008319	GAATG	2	10	288388	288397	40 %	20 %	40 %	0 %	113955021
243	NC_008319	TTGAT	2	10	290361	290370	20 %	60 %	20 %	0 %	113953784
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249	NC_008319	TGGGA	2	10	297140	297149	20 %	20 %	60 %	0 %	113953355
250	NC_008319	GATGT	2	10	297489	297498	20 %	40 %	40 %	0 %	113953355
251	NC_008319	TTCCC	2	10	298806	298815	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
252	NC_008319	ATGGG	2	10	300262	300271	20 %	20 %	60 %	0 %	113954282
253	NC_008319	CAAGG	2	10	300289	300298	40 %	0 %	40 %	20 %	113954282
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256	NC_008319	AGCCA	2	10	305015	305024	40 %	0 %	20 %	40 %	113955348
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259	NC_008319	AGCGG	2	10	308564	308573	20 %	0 %	60 %	20 %	113955025
260	NC_008319	GGTTC	2	10	308992	309001	0 %	40 %	40 %	20 %	113954253
261	NC_008319	CTTGC	2	10	309169	309178	0 %	40 %	20 %	40 %	113954253
262	NC_008319	CGTTC	2	10	309407	309416	0 %	40 %	20 %	40 %	113954253
263	NC_008319	AGTCC	2	10	309496	309505	20 %	20 %	20 %	40 %	113954253
264	NC_008319	CGGTG	2	10	312327	312336	0 %	20 %	60 %	20 %	113953300
265	NC_008319	TGGAT	2	10	312645	312654	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
266	NC_008319	CAGGC	2	10	312911	312920	20 %	0 %	40 %	40 %	113954855
267	NC_008319	TGGGA	2	10	317720	317729	20 %	20 %	60 %	0 %	113954181
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393	NC_008319	AAGTT	2	10	491152	491161	40 %	40 %	20 %	0 %	113955579
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