MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Haemophilus somnus 129PT chromosome

Total Repeats: 121

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_008309	AATTTA	2	12	1577	1588	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_008309	TTACTT	2	12	30206	30217	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
3	NC_008309	ATAAAA	2	12	43574	43585	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
4	NC_008309	ATTTTA	2	12	56087	56098	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_008309	AGGTAA	2	12	90166	90177	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
6	NC_008309	TTATAA	2	12	95470	95481	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_008309	TTTATG	2	12	111927	111938	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
8	NC_008309	TAAAAA	2	12	117363	117374	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_008309	CTAAAT	2	12	121879	121890	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
10	NC_008309	GATTTT	2	12	143167	143178	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
11	NC_008309	GTAAAA	2	12	150022	150033	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
12	NC_008309	CTTAAT	2	12	163538	163549	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
13	NC_008309	TAAAAA	2	12	171331	171342	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_008309	AGTAAA	2	12	180028	180039	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
15	NC_008309	AAAATA	2	12	190498	190509	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_008309	AGGTTG	2	12	212613	212624	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
17	NC_008309	TATTTA	2	12	228387	228398	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_008309	ATATTC	2	12	248223	248234	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
19	NC_008309	AAAAGT	2	12	256324	256335	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
20	NC_008309	TTCTAT	2	12	327300	327311	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
21	NC_008309	GTAAAA	2	12	329145	329156	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
22	NC_008309	GATTAC	2	12	370972	370983	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
23	NC_008309	CGTTGG	2	12	371016	371027	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
24	NC_008309	TGGCGG	2	12	371028	371039	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
25	NC_008309	TAAAAA	2	12	389281	389292	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_008309	AGGTTG	2	12	407016	407027	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
27	NC_008309	AAGTAA	2	12	407269	407280	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
28	NC_008309	CTTAAT	2	12	448235	448246	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
29	NC_008309	AGCGGT	2	12	466357	466368	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
30	NC_008309	ATTTTA	2	12	509099	509110	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_008309	TCAACA	2	12	544748	544759	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
32	NC_008309	TGATAG	2	12	557896	557907	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
33	NC_008309	ATTTGA	2	12	580921	580932	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
34	NC_008309	AAAATA	2	12	587939	587950	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
35	NC_008309	TTTTAT	2	12	605008	605019	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
36	NC_008309	TTATTT	2	12	646618	646629	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
37	NC_008309	TATTCA	2	12	683628	683639	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
38	NC_008309	AAACTG	2	12	685212	685223	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
39	NC_008309	AATTGA	2	12	725347	725358	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
40	NC_008309	AATAAA	2	12	730357	730368	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_008309	AGTAAA	2	12	746549	746560	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
42	NC_008309	CAAAAA	2	12	772762	772773	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
43	NC_008309	CAAAAA	2	12	772864	772875	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
44	NC_008309	ATTTTT	2	12	781669	781680	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_008309	TTTTTG	2	12	810926	810937	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
46	NC_008309	ATTTTA	2	12	843464	843475	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_008309	TCAACC	2	12	846933	846944	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
48	NC_008309	ATTTAA	2	12	882469	882480	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_008309	AATTTG	2	12	951060	951071	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
50	NC_008309	ATAAAA	2	12	953492	953503	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_008309	GTTTAA	2	12	955540	955551	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
52	NC_008309	TAAAAA	2	12	969444	969455	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_008309	TTTTAT	2	12	970809	970820	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_008309	TATTTA	2	12	999580	999591	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
55	NC_008309	CTATGG	2	12	1006562	1006573	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
56	NC_008309	TAAATT	2	12	1051435	1051446	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_008309	TTAATT	2	12	1078497	1078508	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_008309	ATTTCA	2	12	1103467	1103478	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
59	NC_008309	AATTTT	2	12	1106961	1106972	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_008309	TGATCT	2	12	1106995	1107006	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
61	NC_008309	TTTAGA	2	12	1159113	1159124	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
62	NC_008309	AATATA	2	12	1162378	1162389	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
63	NC_008309	AGGTTG	2	12	1172820	1172831	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
64	NC_008309	TTAATT	2	12	1173118	1173129	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
65	NC_008309	TCAACC	2	12	1203305	1203316	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
66	NC_008309	CAGTAA	2	12	1226720	1226731	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
67	NC_008309	GAATTT	2	12	1226753	1226764	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
68	NC_008309	TAAAGA	2	12	1236892	1236903	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
69	NC_008309	TTTAAT	2	12	1273015	1273026	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NC_008309	TTTTAT	2	12	1273947	1273958	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
71	NC_008309	TAAAAA	2	12	1285497	1285508	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_008309	AAAAAT	2	12	1285509	1285520	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_008309	TTAAAA	2	12	1285625	1285636	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
74	NC_008309	TCAACC	2	12	1293556	1293567	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
75	NC_008309	TCAAAA	2	12	1373692	1373703	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
76	NC_008309	ATTTCA	2	12	1390787	1390798	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
77	NC_008309	GCCTTC	2	12	1394044	1394055	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
78	NC_008309	GTTAGA	2	12	1427498	1427509	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
79	NC_008309	AATTTA	2	12	1431957	1431968	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_008309	ACGATT	2	12	1456819	1456830	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
81	NC_008309	TGTAAG	2	12	1456893	1456904	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
82	NC_008309	AAAATT	2	12	1465271	1465282	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
83	NC_008309	TGCCAC	2	12	1471530	1471541	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
84	NC_008309	AGAGAT	2	12	1524409	1524420	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
85	NC_008309	TCTGCA	2	12	1533506	1533517	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
86	NC_008309	AATAGG	2	12	1535615	1535626	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
87	NC_008309	AGTGAT	2	12	1538243	1538254	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
88	NC_008309	AACTAA	2	12	1557932	1557943	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
89	NC_008309	TAAAAA	2	12	1571064	1571075	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
90	NC_008309	CATTAA	2	12	1585637	1585648	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
91	NC_008309	GTGATT	2	12	1622088	1622099	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
92	NC_008309	ATTTCA	2	12	1641381	1641392	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
93	NC_008309	GCCTTC	2	12	1644827	1644838	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
94	NC_008309	AAATAA	2	12	1660568	1660579	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
95	NC_008309	CTTTGA	2	12	1668310	1668321	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
96	NC_008309	TCTATT	2	12	1686522	1686533	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
97	NC_008309	CTCCGG	2	12	1692936	1692947	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
98	NC_008309	ATTTCA	2	12	1717036	1717047	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
99	NC_008309	GCCTTC	2	12	1720293	1720304	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
100	NC_008309	TAACTG	2	12	1722621	1722632	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
101	NC_008309	ATGCCA	2	12	1725650	1725661	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
102	NC_008309	AGAATT	2	12	1728001	1728012	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
103	NC_008309	TAATTT	2	12	1730510	1730521	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
104	NC_008309	AGGTAG	2	12	1736004	1736015	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
105	NC_008309	AGAAAG	2	12	1761370	1761381	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
106	NC_008309	AAATAA	2	12	1762688	1762699	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
107	NC_008309	ATTTCA	2	12	1775815	1775826	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
108	NC_008309	GCCTTC	2	12	1779072	1779083	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
109	NC_008309	TTTAGT	2	12	1805202	1805213	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
110	NC_008309	TCAACC	2	12	1857966	1857977	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
111	NC_008309	AGCTAA	2	12	1898262	1898273	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
112	NC_008309	CCTCTC	2	12	1907252	1907263	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
113	NC_008309	ATAAAA	2	12	1920138	1920149	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
114	NC_008309	TAGTTT	2	12	1941254	1941265	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
115	NC_008309	CGAAGG	2	12	1943278	1943289	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
116	NC_008309	GTGAAG	2	12	1946449	1946460	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
117	NC_008309	TGAAAT	2	12	1946725	1946736	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
118	NC_008309	AAGTGC	2	12	1951946	1951957	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
119	NC_008309	AAAGCA	2	12	1956978	1956989	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
120	NC_008309	GAGAGG	2	12	1980039	1980050	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
121	NC_008309	TCGAAG	2	12	2007521	2007532	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.