MICAS: Microsatellite Analysis Server

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Frankia alni ACN14a chromosome

Total Repeats: 621

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_008278	CCCCGA	2	12	5262	5273	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
2	NC_008278	CGTCGG	2	12	5274	5285	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
3	NC_008278	CGGCGC	2	12	18887	18898	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
4	NC_008278	GGTGAC	2	12	26443	26454	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
5	NC_008278	CCGTTG	2	12	34938	34949	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
6	NC_008278	CGCGCC	2	12	55699	55710	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
7	NC_008278	CGGTGG	2	12	61317	61328	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
8	NC_008278	GGTGCG	3	18	64032	64049	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
9	NC_008278	GTCCGG	2	12	102294	102305	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
10	NC_008278	GCGGGC	2	12	120740	120751	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
11	NC_008278	CCCGAA	2	12	140936	140947	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
12	NC_008278	CTGGTC	6	36	144813	144848	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
13	NC_008278	GCGCGG	2	12	157308	157319	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
14	NC_008278	GACCCG	3	18	175438	175455	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
15	NC_008278	CTGGAC	2	12	175530	175541	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
16	NC_008278	CTGGAC	2	12	175544	175555	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
17	NC_008278	CGCGGG	2	12	234305	234316	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
18	NC_008278	GCCGGT	2	12	240416	240427	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
19	NC_008278	TCCGTC	2	12	264302	264313	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
20	NC_008278	GCCGGG	2	12	269317	269328	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
21	NC_008278	CGCCAC	2	12	269385	269396	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
22	NC_008278	GGGGTC	2	12	269842	269853	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
23	NC_008278	TGAGGC	2	12	303412	303423	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
24	NC_008278	CGGCGC	2	12	315462	315473	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
25	NC_008278	CCAGCG	2	12	342072	342083	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
26	NC_008278	TCACTG	2	12	346539	346550	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
27	NC_008278	TCACTG	2	12	346555	346566	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
28	NC_008278	TCACTG	2	12	346571	346582	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
29	NC_008278	TCACTG	2	12	346587	346598	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
30	NC_008278	TCACTG	2	12	346603	346614	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
31	NC_008278	GTACCG	3	18	412055	412072	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
32	NC_008278	CGACCT	2	12	425590	425601	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
33	NC_008278	CCGTGC	2	12	431544	431555	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
34	NC_008278	CCCGGC	2	12	431568	431579	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
35	NC_008278	CGGGTC	2	12	431582	431593	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
36	NC_008278	CGGCGT	2	12	433312	433323	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
37	NC_008278	CCGGGC	2	12	440065	440076	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
38	NC_008278	GGGCGG	2	12	450092	450103	0 %	0 %	83.33 %	16.67 %	Non-Coding
39	NC_008278	TGCTCC	2	12	486818	486829	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
40	NC_008278	GCGCCG	2	12	513999	514010	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
41	NC_008278	CTGGAT	2	12	530520	530531	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
42	NC_008278	CAGGCC	2	12	543165	543176	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
43	NC_008278	GCGCCC	3	18	570178	570195	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
44	NC_008278	GGCCTG	2	12	579232	579243	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
45	NC_008278	GGTCCG	2	12	580294	580305	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
46	NC_008278	TGTCGC	2	12	583899	583910	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
47	NC_008278	GGGCCG	2	12	667008	667019	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
48	NC_008278	TCCGCG	2	12	668708	668719	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
49	NC_008278	TGCTCC	2	12	682407	682418	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
50	NC_008278	CGGCGC	2	12	692419	692430	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
51	NC_008278	AGTCCG	2	12	704439	704450	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
52	NC_008278	CAGGTC	3	18	714226	714243	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
53	NC_008278	CGGGTT	3	18	714244	714261	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
54	NC_008278	CCCAGC	2	12	717307	717318	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
55	NC_008278	CCAGCC	3	18	717320	717337	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
56	NC_008278	CCGGTC	2	12	717338	717349	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
57	NC_008278	GCGACC	2	12	736374	736385	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
58	NC_008278	GCTCAA	2	12	737596	737607	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
59	NC_008278	TGGCCG	2	12	755851	755862	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
60	NC_008278	TGGCCC	2	12	802293	802304	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
61	NC_008278	GGACGG	2	12	807617	807628	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
62	NC_008278	CGGGCG	2	12	808265	808276	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
63	NC_008278	CCCGGC	2	12	809202	809213	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
64	NC_008278	CCTGGC	2	12	809283	809294	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
65	NC_008278	GGTCGG	2	12	811793	811804	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
66	NC_008278	TGCGTG	3	18	817313	817330	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
67	NC_008278	GGCGAC	2	12	818407	818418	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
68	NC_008278	GACCGC	2	12	840230	840241	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
69	NC_008278	CTCGTC	3	18	843251	843268	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
70	NC_008278	GCCGGA	2	12	847227	847238	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
71	NC_008278	GTCGGT	3	18	847847	847864	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
72	NC_008278	CCGGCT	2	12	854373	854384	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
73	NC_008278	CCGGCG	2	12	863648	863659	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
74	NC_008278	GCCTGC	2	12	867790	867801	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
75	NC_008278	GGGCCG	2	12	870563	870574	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
76	NC_008278	GACCGC	2	12	891324	891335	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
77	NC_008278	CACGGT	2	12	912360	912371	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
78	NC_008278	CCCTGC	2	12	913563	913574	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
79	NC_008278	GGCGCG	2	12	922879	922890	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
80	NC_008278	ATTGTC	2	12	931439	931450	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
81	NC_008278	TGCGGC	2	12	939728	939739	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
82	NC_008278	GGTCGT	2	12	943060	943071	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
83	NC_008278	GGCGAC	2	12	990317	990328	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
84	NC_008278	CAATGC	2	12	995865	995876	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
85	NC_008278	GGTGGC	2	12	995959	995970	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
86	NC_008278	GACCGG	2	12	1010609	1010620	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
87	NC_008278	GCCGGG	2	12	1013004	1013015	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
88	NC_008278	CGGGGC	2	12	1014935	1014946	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
89	NC_008278	CGGTGC	3	18	1017486	1017503	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
90	NC_008278	GCACCG	2	12	1028735	1028746	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
91	NC_008278	GCACCG	2	12	1043922	1043933	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
92	NC_008278	CCGGTC	2	12	1047236	1047247	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
93	NC_008278	GGTCGG	2	12	1053530	1053541	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
94	NC_008278	CGAGCA	2	12	1060281	1060292	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
95	NC_008278	GACGGT	2	12	1060334	1060345	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
96	NC_008278	CTCCGC	2	12	1065583	1065594	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
97	NC_008278	CCGGCC	2	12	1076268	1076279	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
98	NC_008278	GGACGA	2	12	1089555	1089566	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
99	NC_008278	TCGGTG	2	12	1104274	1104285	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
100	NC_008278	GCCCCG	2	12	1122761	1122772	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
101	NC_008278	TCGCCC	2	12	1129224	1129235	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
102	NC_008278	TCTGAC	2	12	1132168	1132179	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
103	NC_008278	GGGTCG	2	12	1140030	1140041	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
104	NC_008278	CGCGGC	2	12	1144330	1144341	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
105	NC_008278	CCAGGA	2	12	1154403	1154414	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
106	NC_008278	GGACAC	2	12	1172270	1172281	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
107	NC_008278	CCCGGC	2	12	1187522	1187533	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
108	NC_008278	CCTGGC	2	12	1187534	1187545	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
109	NC_008278	CCGGTC	2	12	1194183	1194194	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
110	NC_008278	AGGTCG	2	12	1202473	1202484	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
111	NC_008278	TCCCCG	2	12	1293509	1293520	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
112	NC_008278	GTCACC	2	12	1294916	1294927	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
113	NC_008278	CCACGA	2	12	1312632	1312643	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
114	NC_008278	CGGGCG	2	12	1333182	1333193	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
115	NC_008278	GGGCAG	2	12	1340641	1340652	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
116	NC_008278	CCGCCC	2	12	1354818	1354829	0 %	0 %	16.67 %	83.33 %	Non-Coding
117	NC_008278	GGATGG	2	12	1400773	1400784	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
118	NC_008278	GCAGCG	2	12	1430480	1430491	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
119	NC_008278	GCCACC	2	12	1439464	1439475	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
120	NC_008278	GGCGCC	2	12	1452071	1452082	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
121	NC_008278	CTCGGG	2	12	1454240	1454251	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
122	NC_008278	CGGGGG	3	18	1475489	1475506	0 %	0 %	83.33 %	16.67 %	Non-Coding
123	NC_008278	CGGCGC	2	12	1486190	1486201	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
124	NC_008278	GAGTCG	2	12	1509263	1509274	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
125	NC_008278	TCCGGC	2	12	1531804	1531815	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
126	NC_008278	GGGCGG	2	12	1546814	1546825	0 %	0 %	83.33 %	16.67 %	Non-Coding
127	NC_008278	CCCGTC	2	12	1548525	1548536	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
128	NC_008278	CCCGGC	2	12	1549352	1549363	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
129	NC_008278	CTTCGG	2	12	1556146	1556157	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
130	NC_008278	GTCGGT	2	12	1581693	1581704	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
131	NC_008278	GCCGGT	2	12	1581717	1581728	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
132	NC_008278	ACCGGC	2	12	1586877	1586888	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
133	NC_008278	TCGGGC	2	12	1602935	1602946	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
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135	NC_008278	GGCCAC	2	12	1617449	1617460	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
136	NC_008278	GCGGTG	2	12	1620360	1620371	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
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140	NC_008278	CGGGAA	2	12	1715498	1715509	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
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142	NC_008278	GGGGGC	2	12	1741980	1741991	0 %	0 %	83.33 %	16.67 %	Non-Coding
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152	NC_008278	CCTGTT	2	12	1889134	1889145	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
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154	NC_008278	CGCGGC	2	12	1942860	1942871	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
155	NC_008278	GATGGT	2	12	1945016	1945027	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
156	NC_008278	CGATTC	2	12	1945420	1945431	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
157	NC_008278	GCGTGG	2	12	1958973	1958984	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
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159	NC_008278	CCGTGC	2	12	1999287	1999298	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
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240	NC_008278	GCCGGC	2	12	3272518	3272529	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
241	NC_008278	TACGAC	2	12	3303812	3303823	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
242	NC_008278	CGACGT	2	12	3327515	3327526	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
243	NC_008278	GTCCGC	2	12	3332147	3332158	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
244	NC_008278	CCGCGA	2	12	3334270	3334281	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
245	NC_008278	GACGAA	2	12	3335126	3335137	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
246	NC_008278	GAAGCC	2	12	3341059	3341070	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
247	NC_008278	GCCGGA	2	12	3341074	3341085	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
248	NC_008278	GGCTGG	3	18	3357318	3357335	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
249	NC_008278	CCCGGT	2	12	3379765	3379776	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
250	NC_008278	GCCGTG	4	24	3394678	3394701	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
251	NC_008278	GGCCCG	2	12	3395837	3395848	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
252	NC_008278	GTCGCC	5	30	3421916	3421945	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
253	NC_008278	CGCCGG	2	12	3444042	3444053	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
254	NC_008278	ACCGCA	2	12	3452627	3452638	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
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258	NC_008278	GCGTCG	2	12	3546120	3546131	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
259	NC_008278	CGTGGA	2	12	3555730	3555741	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
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372	NC_008278	GCCACC	2	12	4825958	4825969	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
373	NC_008278	GACGGC	2	12	4831165	4831176	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
374	NC_008278	CCAACC	2	12	4832012	4832023	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
375	NC_008278	CACCGA	2	12	4868974	4868985	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
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380	NC_008278	CGCCGA	2	12	4916238	4916249	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
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451	NC_008278	CGGCGT	2	12	5657419	5657430	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
452	NC_008278	CGCCGG	2	12	5658031	5658042	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
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489	NC_008278	CGTCGC	2	12	6086718	6086729	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
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492	NC_008278	GCCGGT	2	12	6159292	6159303	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
493	NC_008278	GCCCGG	2	12	6172869	6172880	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
494	NC_008278	CCGGTC	2	12	6182572	6182583	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
495	NC_008278	CGGGAC	3	18	6200804	6200821	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
496	NC_008278	CTGCCG	2	12	6226908	6226919	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
497	NC_008278	GTCGAG	2	12	6233569	6233580	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
498	NC_008278	CGCCAG	2	12	6253863	6253874	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
499	NC_008278	CGAGGA	2	12	6254102	6254113	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
500	NC_008278	GCCCCG	2	12	6263692	6263703	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding

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