MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Coding Repeats of Rhodococcus jostii RHA1 plasmid pRHL3

Total Repeats: 178

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_008271	CCTCAC	2	12	2265	2276	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	111026832
2	NC_008271	AAGCGC	2	12	3509	3520	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	111026833
3	NC_008271	GCGACC	2	12	4845	4856	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	111026835
4	NC_008271	CAGGTC	2	12	5108	5119	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	111026835
5	NC_008271	GCTCGT	2	12	6814	6825	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	111026837
6	NC_008271	ACTGCG	2	12	12717	12728	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	111026843
7	NC_008271	ACGGCG	2	12	13287	13298	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	111026844
8	NC_008271	ACCCGA	2	12	14244	14255	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	111026845
9	NC_008271	GTCATG	2	12	14434	14445	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	111026845
10	NC_008271	CGTCTG	2	12	17831	17842	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	111026849
11	NC_008271	GCGCCG	2	12	19886	19897	0 %	0 %	50 %	50 %	111026851
12	NC_008271	GTACCA	2	12	20504	20515	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	111026852
13	NC_008271	TCACCG	2	12	21683	21694	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	111026853
14	NC_008271	TGCGTT	2	12	22307	22318	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	111026854
15	NC_008271	GACCTC	2	12	24175	24186	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	111026856
16	NC_008271	CGTGTC	2	12	25111	25122	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	111026857
17	NC_008271	GTCAAG	2	12	25580	25591	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	111026857
18	NC_008271	CGGTAC	3	18	33778	33795	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	111026864
19	NC_008271	CGTGCA	2	12	36595	36606	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	111026868
20	NC_008271	CGCGTC	2	12	36761	36772	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	111026868
21	NC_008271	CGGTTG	2	12	38440	38451	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	111026868
22	NC_008271	TTCATC	2	12	41198	41209	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	111026873
23	NC_008271	GACGTC	2	12	41423	41434	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	111026873
24	NC_008271	CGAGGG	2	12	43077	43088	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	111026875
25	NC_008271	CCATCG	2	12	44827	44838	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	111026876
26	NC_008271	CCGCTC	2	12	46099	46110	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	111026879
27	NC_008271	CATCAA	2	12	51619	51630	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	111026883
28	NC_008271	CCCGAT	2	12	54948	54959	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	111026885
29	NC_008271	GTTGCC	2	12	55094	55105	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	111026885
30	NC_008271	GCGACC	2	12	55342	55353	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	111026885
31	NC_008271	TTGGTA	2	12	57823	57834	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	111026887
32	NC_008271	CCGGTG	2	12	59324	59335	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	111026888
33	NC_008271	GCACCT	2	12	66017	66028	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	111026895
34	NC_008271	ACTGCG	2	12	71112	71123	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	111026902
35	NC_008271	CACCGC	2	12	79788	79799	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	111026910
36	NC_008271	CGCACA	2	12	79949	79960	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	111026910
37	NC_008271	GTCGAG	2	12	82930	82941	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	111026914
38	NC_008271	GTCGGC	2	12	83017	83028	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	111026914
39	NC_008271	ACCGGC	2	12	87765	87776	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	111026918
40	NC_008271	CGAGGC	2	12	91777	91788	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	111026921
41	NC_008271	GGCCGG	2	12	97040	97051	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	111026925
42	NC_008271	GATCGC	2	12	97086	97097	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	111026925
43	NC_008271	GGGCCG	2	12	97943	97954	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	111026927
44	NC_008271	CGGCCG	2	12	98289	98300	0 %	0 %	50 %	50 %	111026927
45	NC_008271	GGGGGT	2	12	98396	98407	0 %	16.67 %	83.33 %	0 %	111026927
46	NC_008271	CCACCG	2	12	101200	101211	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	111026929
47	NC_008271	ACACCG	2	12	103074	103085	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	111026930
48	NC_008271	CAGGGT	2	12	103351	103362	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	111026930
49	NC_008271	CAATAC	2	12	104697	104708	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	111026932
50	NC_008271	CCGGGT	2	12	107376	107387	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	111026936
51	NC_008271	GCGGTG	2	12	107842	107853	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	111026937
52	NC_008271	GGCGCC	2	12	110893	110904	0 %	0 %	50 %	50 %	111026941
53	NC_008271	CACCGA	3	18	110907	110924	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	111026941
54	NC_008271	GCTCCG	2	12	111341	111352	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	111026941
55	NC_008271	CGGTGG	2	12	111535	111546	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	111026941
56	NC_008271	GACCGC	2	12	115200	115211	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	111026944
57	NC_008271	GCAAGC	2	12	120522	120533	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	111026951
58	NC_008271	GCCTCG	2	12	121414	121425	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	111026952
59	NC_008271	CGGCCT	2	12	121520	121531	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	111026952
60	NC_008271	GGCCTC	2	12	121611	121622	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	111026952
61	NC_008271	CAACGA	2	12	130564	130575	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	111026962
62	NC_008271	AAGCCC	2	12	131336	131347	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	111026964
63	NC_008271	GTAGAA	2	12	132572	132583	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	111026966
64	NC_008271	GTGGCG	2	12	134591	134602	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	111026968
65	NC_008271	GGCGCC	2	12	134944	134955	0 %	0 %	50 %	50 %	111026968
66	NC_008271	CGGCCG	2	12	142640	142651	0 %	0 %	50 %	50 %	111026975
67	NC_008271	GGAAGT	2	12	146258	146269	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	111026979
68	NC_008271	GATGTC	2	12	148741	148752	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	111026980
69	NC_008271	GCTACG	2	12	149222	149233	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	111026980
70	NC_008271	CGAAAC	2	12	149598	149609	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	111026980
71	NC_008271	GTTCGG	2	12	155504	155515	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	111026986
72	NC_008271	GCAGCG	2	12	156729	156740	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	111026988
73	NC_008271	CATCGA	2	12	161155	161166	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	111026992
74	NC_008271	ATCGGT	2	12	163012	163023	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	111026994
75	NC_008271	ACGCGG	2	12	163070	163081	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	111026994
76	NC_008271	GCCCTC	2	12	164098	164109	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	111026994
77	NC_008271	CGAGCA	2	12	171782	171793	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	111027000
78	NC_008271	AGGCCG	2	12	172210	172221	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	111027000
79	NC_008271	TTCGGA	2	12	175169	175180	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	111027002
80	NC_008271	CGCTGA	2	12	182162	182173	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	111027007
81	NC_008271	GCCACC	2	12	182785	182796	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	111027007
82	NC_008271	TGCCGC	2	12	182840	182851	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	111027007
83	NC_008271	GCATCT	2	12	183371	183382	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	111027008
84	NC_008271	CACCGG	2	12	183548	183559	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	111027008
85	NC_008271	TCGGCC	2	12	183586	183597	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	111027008
86	NC_008271	CCGCGG	2	12	186684	186695	0 %	0 %	50 %	50 %	111027012
87	NC_008271	TCCAGT	2	12	187415	187426	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	111027013
88	NC_008271	AATGGA	2	12	192433	192444	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	111027017
89	NC_008271	AGACCG	2	12	193659	193670	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	111027017
90	NC_008271	CGCCGT	2	12	194694	194705	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	111027018
91	NC_008271	GGTCCG	2	12	196146	196157	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	111027020
92	NC_008271	CACGGG	2	12	196464	196475	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	111027020
93	NC_008271	GTGACG	2	12	198509	198520	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	111027024
94	NC_008271	TTGCGG	2	12	199343	199354	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	111027025
95	NC_008271	TCGACC	2	12	201247	201258	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	111027028
96	NC_008271	GTGTCG	2	12	202449	202460	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	111027029
97	NC_008271	GTCGCC	2	12	202868	202879	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	111027030
98	NC_008271	CTCGCC	2	12	202898	202909	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	111027030
99	NC_008271	GCTGGT	2	12	203592	203603	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	111027031
100	NC_008271	GTCCTC	2	12	204929	204940	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	111027032
101	NC_008271	GGTCGC	2	12	206362	206373	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	111027035
102	NC_008271	GGTGGG	2	12	206986	206997	0 %	16.67 %	83.33 %	0 %	111027037
103	NC_008271	ACCAGC	2	12	208211	208222	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	111027037
104	NC_008271	CCCGCA	2	12	208332	208343	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	111027037
105	NC_008271	CTGACC	2	12	211159	211170	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	111027040
106	NC_008271	GCACCG	2	12	212753	212764	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	111027040
107	NC_008271	GGGAAG	2	12	213536	213547	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	111027041
108	NC_008271	ACCAGC	2	12	214517	214528	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	111027041
109	NC_008271	GGTCCT	2	12	217888	217899	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	111027046
110	NC_008271	CGCAGC	2	12	218526	218537	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	111027046
111	NC_008271	GGGCTG	2	12	219077	219088	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	111027047
112	NC_008271	GACGGT	2	12	219328	219339	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	111027047
113	NC_008271	CTCGCC	2	12	221884	221895	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	111027051
114	NC_008271	CGAGGA	2	12	225144	225155	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	111027053
115	NC_008271	GGCGCC	2	12	225421	225432	0 %	0 %	50 %	50 %	111027053
116	NC_008271	CTCGCA	2	12	234067	234078	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	111027063
117	NC_008271	GAGATC	2	12	234229	234240	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	111027064
118	NC_008271	TCCCGC	2	12	234555	234566	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	111027064
119	NC_008271	CACGAC	4	24	234650	234673	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	111027065
120	NC_008271	TCGCCC	2	12	235402	235413	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	111027065
121	NC_008271	GCCGTC	2	12	238885	238896	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	111027070
122	NC_008271	CCCTGA	2	12	239735	239746	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	111027070
123	NC_008271	GCATCG	2	12	239795	239806	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	111027070
124	NC_008271	GACATC	2	12	240148	240159	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	111027070
125	NC_008271	CCACCC	2	12	240289	240300	16.67 %	0 %	0 %	83.33 %	111027071
126	NC_008271	CGGCGC	2	12	241696	241707	0 %	0 %	50 %	50 %	111027074
127	NC_008271	TCCCCT	2	12	245212	245223	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	111027079
128	NC_008271	TCACCG	2	12	245860	245871	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	111027079
129	NC_008271	GTCATC	2	12	251110	251121	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	111027084
130	NC_008271	TCGTCT	2	12	252437	252448	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	111027086
131	NC_008271	TCGCGG	2	12	254852	254863	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	111027088
132	NC_008271	CCAAGA	2	12	254943	254954	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	111027088
133	NC_008271	GTCGAC	2	12	256576	256587	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	111027090
134	NC_008271	CGTTCG	2	12	260490	260501	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	111027094
135	NC_008271	GGGATT	2	12	260951	260962	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	111027094
136	NC_008271	CGGTGA	2	12	263699	263710	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	111027098
137	NC_008271	CGTCGG	2	12	269537	269548	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	111027104
138	NC_008271	TCGTCT	2	12	272539	272550	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	111027108
139	NC_008271	GGGTGT	2	12	274160	274171	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	111027108
140	NC_008271	GGGCGG	2	12	274736	274747	0 %	0 %	83.33 %	16.67 %	111027108
141	NC_008271	GCTGTT	2	12	280326	280337	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	111027112
142	NC_008271	GTTGGG	2	12	280347	280358	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	111027112
143	NC_008271	CGGGAT	2	12	281030	281041	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	111027113
144	NC_008271	GGCGTC	2	12	281869	281880	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	111027114
145	NC_008271	CTGCGC	2	12	282994	283005	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	111027114
146	NC_008271	GGGAAA	2	12	283910	283921	50 %	0 %	50 %	0 %	111027114
147	NC_008271	TCGGTG	2	12	284239	284250	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	111027115
148	NC_008271	TCGCCG	2	12	284743	284754	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	111027115
149	NC_008271	TGCGCC	2	12	286552	286563	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	111027115
150	NC_008271	GGGCCG	2	12	286994	287005	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	111027115
151	NC_008271	CCCGAG	2	12	287435	287446	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	111027116
152	NC_008271	TGTCGA	2	12	291518	291529	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	111027121
153	NC_008271	TGCTGA	2	12	292696	292707	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	111027121
154	NC_008271	GGACCG	2	12	293553	293564	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	111027122
155	NC_008271	CCACCG	2	12	294583	294594	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	111027123
156	NC_008271	CCACCT	2	12	294781	294792	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	111027123
157	NC_008271	ATCACC	2	12	295560	295571	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	111027124
158	NC_008271	ACCGAT	2	12	297748	297759	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	111027125
159	NC_008271	GAAGCC	2	12	298881	298892	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	111027126
160	NC_008271	TGGGCC	2	12	301641	301652	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	111027129
161	NC_008271	CGATCG	2	12	304703	304714	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	111027133
162	NC_008271	TCGGCA	2	12	306203	306214	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	111027136
163	NC_008271	GAGCGC	2	12	309532	309543	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	111027140
164	NC_008271	GGTGCG	2	12	312629	312640	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	111027143
165	NC_008271	CCGGAA	2	12	312911	312922	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	111027143
166	NC_008271	CGACAC	2	12	314691	314702	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	111027144
167	NC_008271	TCGATC	2	12	316441	316452	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	111027146
168	NC_008271	TCGCAT	2	12	317317	317328	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	111027147
169	NC_008271	GGCGAA	2	12	319942	319953	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	111027149
170	NC_008271	CGTCCC	2	12	320357	320368	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	111027149
171	NC_008271	GCCGAC	2	12	322408	322419	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	111027153
172	NC_008271	GACCGG	2	12	324796	324807	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	111027155
173	NC_008271	CGGCGA	2	12	325821	325832	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	111027156
174	NC_008271	TCGCCG	2	12	326745	326756	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	111027157
175	NC_008271	GACGGT	2	12	326996	327007	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	111027157
176	NC_008271	GTCGAC	2	12	327878	327889	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	111027158
177	NC_008271	CACCTT	2	12	329242	329253	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	111027159
178	NC_008271	CGGTCG	2	12	330659	330670	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	111027160

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.