MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Rhodococcus jostii RHA1 plasmid pRHL3

Total Repeats: 57

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_008271	TCGCT	2	10	45	54	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
2	NC_008271	TCGCT	2	10	116	125	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
3	NC_008271	CCACC	2	10	283	292	20 %	0 %	0 %	80 %	Non-Coding
4	NC_008271	CCCAC	2	10	2477	2486	20 %	0 %	0 %	80 %	Non-Coding
5	NC_008271	CAGGC	2	10	14167	14176	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
6	NC_008271	CCTCA	2	10	28047	28056	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
7	NC_008271	ACCGC	2	10	28263	28272	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
8	NC_008271	TGATG	2	10	40385	40394	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
9	NC_008271	GTAGC	2	10	44175	44184	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
10	NC_008271	TGGTT	2	10	45277	45286	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
11	NC_008271	GTCGA	2	10	45884	45893	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
12	NC_008271	AACGA	2	10	49543	49552	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
13	NC_008271	GATCG	2	10	50235	50244	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
14	NC_008271	GATGA	2	10	53479	53488	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
15	NC_008271	TTAGA	2	10	63426	63435	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
16	NC_008271	GCTCG	2	10	75327	75336	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
17	NC_008271	CGATC	2	10	78815	78824	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
18	NC_008271	GCGAG	2	10	86094	86103	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
19	NC_008271	CCGCC	2	10	90325	90334	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
20	NC_008271	ACCGG	2	10	90376	90385	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
21	NC_008271	GTGCT	2	10	94461	94470	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
22	NC_008271	GGCGC	2	10	104758	104767	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
23	NC_008271	GATCC	2	10	105925	105934	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
24	NC_008271	CGACC	2	10	107713	107722	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
25	NC_008271	CGCAA	2	10	107796	107805	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
26	NC_008271	CACGC	2	10	109196	109205	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
27	NC_008271	CGTAC	2	10	110515	110524	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
28	NC_008271	CGGGG	2	10	119359	119368	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
29	NC_008271	CGTTA	2	10	119720	119729	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
30	NC_008271	AGGTG	2	10	135070	135079	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
31	NC_008271	CTCCA	2	10	139366	139375	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
32	NC_008271	CGATC	2	10	139948	139957	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
33	NC_008271	CTCGG	2	10	140011	140020	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
34	NC_008271	CCGCT	2	10	152229	152238	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
35	NC_008271	ACCTG	2	10	152409	152418	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
36	NC_008271	CTCGC	2	10	164311	164320	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
37	NC_008271	CGATT	2	10	164637	164646	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
38	NC_008271	TACAT	2	10	179093	179102	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
39	NC_008271	GGCAA	2	10	191103	191112	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
40	NC_008271	GATGA	2	10	191799	191808	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
41	NC_008271	GACCG	2	10	197692	197701	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
42	NC_008271	CCCGT	2	10	232503	232512	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
43	NC_008271	GCCTC	2	10	237152	237161	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
44	NC_008271	TGCCG	2	10	246600	246609	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
45	NC_008271	GCGTT	4	20	253802	253821	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
46	NC_008271	GCGTT	2	10	253840	253849	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
47	NC_008271	TCGGC	2	10	255461	255470	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
48	NC_008271	TCCGT	2	10	256705	256714	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
49	NC_008271	AACAG	2	10	257563	257572	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
50	NC_008271	GGCGG	2	10	272179	272188	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
51	NC_008271	GGACT	2	10	300581	300590	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
52	NC_008271	TCCGA	2	10	313425	313434	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
53	NC_008271	GACGT	2	10	313551	313560	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
54	NC_008271	CACAA	2	10	318670	318679	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
55	NC_008271	CGCCC	2	10	330972	330981	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
56	NC_008271	GGGGT	2	10	332070	332079	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
57	NC_008271	GAGCG	2	10	332307	332316	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.