MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Coding Repeats of Rhodococcus jostii RHA1 plasmid pRHL3

Total Repeats: 248

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_008271	GCACA	2	10	592	601	40 %	0 %	20 %	40 %	111026828
2	NC_008271	CCCGC	2	10	2333	2342	0 %	0 %	20 %	80 %	111026832
3	NC_008271	CGAGG	2	10	5201	5210	20 %	0 %	60 %	20 %	111026835
4	NC_008271	CGGGA	2	10	5699	5708	20 %	0 %	60 %	20 %	111026836
5	NC_008271	GGCCG	2	10	7374	7383	0 %	0 %	60 %	40 %	111026838
6	NC_008271	TGACG	2	10	8561	8570	20 %	20 %	40 %	20 %	111026839
7	NC_008271	GCCAG	2	10	10576	10585	20 %	0 %	40 %	40 %	111026841
8	NC_008271	GCAGC	2	10	10613	10622	20 %	0 %	40 %	40 %	111026841
9	NC_008271	AGTCG	2	10	11638	11647	20 %	20 %	40 %	20 %	111026841
10	NC_008271	CGAAT	2	10	12782	12791	40 %	20 %	20 %	20 %	111026843
11	NC_008271	GATCG	2	10	14356	14365	20 %	20 %	40 %	20 %	111026845
12	NC_008271	CCGTC	2	10	17180	17189	0 %	20 %	20 %	60 %	111026849
13	NC_008271	TCGGG	2	10	17425	17434	0 %	20 %	60 %	20 %	111026849
14	NC_008271	CAGCG	2	10	18380	18389	20 %	0 %	40 %	40 %	111026850
15	NC_008271	TGCCG	2	10	18423	18432	0 %	20 %	40 %	40 %	111026850
16	NC_008271	GCCGG	2	10	20476	20485	0 %	0 %	60 %	40 %	111026852
17	NC_008271	GGGGT	2	10	20789	20798	0 %	20 %	80 %	0 %	111026852
18	NC_008271	CGCAT	2	10	21581	21590	20 %	20 %	20 %	40 %	111026853
19	NC_008271	TTCGC	2	10	22568	22577	0 %	40 %	20 %	40 %	111026855
20	NC_008271	CGCGG	2	10	22867	22876	0 %	0 %	60 %	40 %	111026855
21	NC_008271	CCCGA	2	10	22924	22933	20 %	0 %	20 %	60 %	111026855
22	NC_008271	TTCCG	2	10	24559	24568	0 %	40 %	20 %	40 %	111026856
23	NC_008271	TCACC	2	10	24756	24765	20 %	20 %	0 %	60 %	111026856
24	NC_008271	TGTCC	2	10	25758	25767	0 %	40 %	20 %	40 %	111026857
25	NC_008271	GCGCA	2	10	26272	26281	20 %	0 %	40 %	40 %	111026858
26	NC_008271	GTCCG	2	10	29577	29586	0 %	20 %	40 %	40 %	111026861
27	NC_008271	CTGAC	2	10	31177	31186	20 %	20 %	20 %	40 %	111026862
28	NC_008271	CAGAA	2	10	31204	31213	60 %	0 %	20 %	20 %	111026862
29	NC_008271	AATCG	2	10	31344	31353	40 %	20 %	20 %	20 %	111026862
30	NC_008271	TCCCG	2	10	31361	31370	0 %	20 %	20 %	60 %	111026862
31	NC_008271	TGCGC	2	10	32527	32536	0 %	20 %	40 %	40 %	111026863
32	NC_008271	CACCG	2	10	33141	33150	20 %	0 %	20 %	60 %	111026863
33	NC_008271	GTGTA	2	10	33170	33179	20 %	40 %	40 %	0 %	111026863
34	NC_008271	AATCA	2	10	35265	35274	60 %	20 %	0 %	20 %	111026867
35	NC_008271	GACGC	2	10	36214	36223	20 %	0 %	40 %	40 %	111026868
36	NC_008271	TGCGC	2	10	36778	36787	0 %	20 %	40 %	40 %	111026868
37	NC_008271	ACCGC	2	10	37765	37774	20 %	0 %	20 %	60 %	111026868
38	NC_008271	CGCGC	2	10	38126	38135	0 %	0 %	40 %	60 %	111026868
39	NC_008271	CCGCC	2	10	39876	39885	0 %	0 %	20 %	80 %	111026871
40	NC_008271	GCACT	2	10	41642	41651	20 %	20 %	20 %	40 %	111026873
41	NC_008271	GCGCC	2	10	42502	42511	0 %	0 %	40 %	60 %	111026874
42	NC_008271	CGGAG	2	10	43692	43701	20 %	0 %	60 %	20 %	111026875
43	NC_008271	GTCCG	2	10	44770	44779	0 %	20 %	40 %	40 %	111026876
44	NC_008271	TCGGC	2	10	45140	45149	0 %	20 %	40 %	40 %	111026877
45	NC_008271	AGTCG	2	10	46833	46842	20 %	20 %	40 %	20 %	111026880
46	NC_008271	GACTC	2	10	48286	48295	20 %	20 %	20 %	40 %	111026881
47	NC_008271	GCCTC	2	10	48651	48660	0 %	20 %	20 %	60 %	111026881
48	NC_008271	CCGGG	2	10	50506	50515	0 %	0 %	60 %	40 %	111026882
49	NC_008271	ACGCG	2	10	53531	53540	20 %	0 %	40 %	40 %	111026885
50	NC_008271	CGAAG	2	10	54530	54539	40 %	0 %	40 %	20 %	111026885
51	NC_008271	CGCTG	2	10	56828	56837	0 %	20 %	40 %	40 %	111026886
52	NC_008271	CGATC	2	10	56938	56947	20 %	20 %	20 %	40 %	111026886
53	NC_008271	CCTCT	2	10	57147	57156	0 %	40 %	0 %	60 %	111026886
54	NC_008271	CGACC	2	10	58750	58759	20 %	0 %	20 %	60 %	111026888
55	NC_008271	CGATC	2	10	60243	60252	20 %	20 %	20 %	40 %	111026889
56	NC_008271	GTCCG	2	10	60855	60864	0 %	20 %	40 %	40 %	111026890
57	NC_008271	GCCCA	2	10	63846	63855	20 %	0 %	20 %	60 %	111026893
58	NC_008271	GATCT	2	10	65532	65541	20 %	40 %	20 %	20 %	111026894
59	NC_008271	GCCGA	2	10	67853	67862	20 %	0 %	40 %	40 %	111026897
60	NC_008271	TGTCG	2	10	68481	68490	0 %	40 %	40 %	20 %	111026898
61	NC_008271	CGAAT	2	10	71177	71186	40 %	20 %	20 %	20 %	111026902
62	NC_008271	CGTCT	2	10	72010	72019	0 %	40 %	20 %	40 %	111026903
63	NC_008271	GGGTT	2	10	72143	72152	0 %	40 %	60 %	0 %	111026903
64	NC_008271	TCAGG	2	10	72333	72342	20 %	20 %	40 %	20 %	111026903
65	NC_008271	CCCAT	2	10	72347	72356	20 %	20 %	0 %	60 %	111026903
66	NC_008271	GTCGG	2	10	73382	73391	0 %	20 %	60 %	20 %	111026903
67	NC_008271	ACCGC	2	10	77468	77477	20 %	0 %	20 %	60 %	111026907
68	NC_008271	GCCAC	2	10	79245	79254	20 %	0 %	20 %	60 %	111026910
69	NC_008271	CAGGT	2	10	81876	81885	20 %	20 %	40 %	20 %	111026914
70	NC_008271	GGCGG	2	10	82133	82142	0 %	0 %	80 %	20 %	111026914
71	NC_008271	CGGTG	2	10	82143	82152	0 %	20 %	60 %	20 %	111026914
72	NC_008271	AGCGG	2	10	83127	83136	20 %	0 %	60 %	20 %	111026914
73	NC_008271	CCGCA	2	10	85864	85873	20 %	0 %	20 %	60 %	111026916
74	NC_008271	AACCC	2	10	89011	89020	40 %	0 %	0 %	60 %	111026919
75	NC_008271	GGCCT	2	10	91245	91254	0 %	20 %	40 %	40 %	111026921
76	NC_008271	GCGCT	2	10	92006	92015	0 %	20 %	40 %	40 %	111026921
77	NC_008271	TCGGC	2	10	92961	92970	0 %	20 %	40 %	40 %	111026922
78	NC_008271	CGCGG	2	10	96087	96096	0 %	0 %	60 %	40 %	111026925
79	NC_008271	GCACC	2	10	97538	97547	20 %	0 %	20 %	60 %	111026926
80	NC_008271	CGGCG	2	10	97724	97733	0 %	0 %	60 %	40 %	111026926
81	NC_008271	TCCGG	2	10	101644	101653	0 %	20 %	40 %	40 %	111026929
82	NC_008271	GCCGC	2	10	102239	102248	0 %	0 %	40 %	60 %	111026929
83	NC_008271	TCAGC	2	10	108308	108317	20 %	20 %	20 %	40 %	111026937
84	NC_008271	ATCAC	2	10	108574	108583	40 %	20 %	0 %	40 %	111026938
85	NC_008271	TGCGG	2	10	109551	109560	0 %	20 %	60 %	20 %	111026939
86	NC_008271	ATCGG	2	10	109779	109788	20 %	20 %	40 %	20 %	111026940
87	NC_008271	CACCG	2	10	110935	110944	20 %	0 %	20 %	60 %	111026941
88	NC_008271	CGCGG	2	10	113215	113224	0 %	0 %	60 %	40 %	111026942
89	NC_008271	CGGGC	2	10	113627	113636	0 %	0 %	60 %	40 %	111026943
90	NC_008271	GCACG	3	15	115950	115964	20 %	0 %	40 %	40 %	111026945
91	NC_008271	CACCC	2	10	121848	121857	20 %	0 %	0 %	80 %	111026952
92	NC_008271	GTTGC	2	10	121919	121928	0 %	40 %	40 %	20 %	111026952
93	NC_008271	GTCGG	2	10	122662	122671	0 %	20 %	60 %	20 %	111026954
94	NC_008271	CCGCG	2	10	122775	122784	0 %	0 %	40 %	60 %	111026954
95	NC_008271	CGAGG	2	10	128797	128806	20 %	0 %	60 %	20 %	111026962
96	NC_008271	GGGTT	2	10	130640	130649	0 %	40 %	60 %	0 %	111026963
97	NC_008271	CCTCG	2	10	132830	132839	0 %	20 %	20 %	60 %	111026966
98	NC_008271	CGGCT	2	10	133387	133396	0 %	20 %	40 %	40 %	111026967
99	NC_008271	TGTGG	2	10	134536	134545	0 %	40 %	60 %	0 %	111026968
100	NC_008271	GCTCG	2	10	134632	134641	0 %	20 %	40 %	40 %	111026968
101	NC_008271	TCCTG	2	10	135715	135724	0 %	40 %	20 %	40 %	111026970
102	NC_008271	CCGGT	2	10	138268	138277	0 %	20 %	40 %	40 %	111026971
103	NC_008271	CGGTG	2	10	139807	139816	0 %	20 %	60 %	20 %	111026972
104	NC_008271	CCCGC	2	10	146076	146085	0 %	0 %	20 %	80 %	111026978
105	NC_008271	CGGCT	2	10	147516	147525	0 %	20 %	40 %	40 %	111026980
106	NC_008271	CGCGG	2	10	150995	151004	0 %	0 %	60 %	40 %	111026981
107	NC_008271	TCCGC	2	10	151367	151376	0 %	20 %	20 %	60 %	111026981
108	NC_008271	GACTT	2	10	151935	151944	20 %	40 %	20 %	20 %	111026981
109	NC_008271	ACCCG	2	10	152605	152614	20 %	0 %	20 %	60 %	111026982
110	NC_008271	GTTCC	2	10	153318	153327	0 %	40 %	20 %	40 %	111026983
111	NC_008271	GACTC	2	10	155332	155341	20 %	20 %	20 %	40 %	111026986
112	NC_008271	AGGTC	2	10	155693	155702	20 %	20 %	40 %	20 %	111026986
113	NC_008271	CGAAT	2	10	158372	158381	40 %	20 %	20 %	20 %	111026990
114	NC_008271	GGGAC	2	10	159668	159677	20 %	0 %	60 %	20 %	111026991
115	NC_008271	CGGGC	2	10	162064	162073	0 %	0 %	60 %	40 %	111026993
116	NC_008271	GCGCC	2	10	162495	162504	0 %	0 %	40 %	60 %	111026993
117	NC_008271	CCGCA	2	10	163467	163476	20 %	0 %	20 %	60 %	111026994
118	NC_008271	GGCCG	2	10	165978	165987	0 %	0 %	60 %	40 %	111026995
119	NC_008271	TTGGT	2	10	166320	166329	0 %	60 %	40 %	0 %	111026995
120	NC_008271	GGCCC	2	10	167308	167317	0 %	0 %	40 %	60 %	111026996
121	NC_008271	CCTTC	2	10	167349	167358	0 %	40 %	0 %	60 %	111026996
122	NC_008271	TCGAC	2	10	167954	167963	20 %	20 %	20 %	40 %	111026997
123	NC_008271	CGCCA	2	10	168105	168114	20 %	0 %	20 %	60 %	111026997
124	NC_008271	CGCCA	2	10	168791	168800	20 %	0 %	20 %	60 %	111026998
125	NC_008271	GACCC	2	10	169461	169470	20 %	0 %	20 %	60 %	111026998
126	NC_008271	CGAGC	2	10	169545	169554	20 %	0 %	40 %	40 %	111026998
127	NC_008271	GATCG	2	10	169846	169855	20 %	20 %	40 %	20 %	111026998
128	NC_008271	CGTCC	2	10	170232	170241	0 %	20 %	20 %	60 %	111026998
129	NC_008271	GCCAC	2	10	170271	170280	20 %	0 %	20 %	60 %	111026998
130	NC_008271	TTTCG	2	10	170740	170749	0 %	60 %	20 %	20 %	111026999
131	NC_008271	CGATG	2	10	170952	170961	20 %	20 %	40 %	20 %	111026999
132	NC_008271	ACCAC	2	10	173576	173585	40 %	0 %	0 %	60 %	111027001
133	NC_008271	TGTGC	2	10	174529	174538	0 %	40 %	40 %	20 %	111027002
134	NC_008271	TCGCC	2	10	174864	174873	0 %	20 %	20 %	60 %	111027002
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247	NC_008271	GCCCT	2	10	330365	330374	0 %	20 %	20 %	60 %	111027160
248	NC_008271	CGGTG	2	10	331449	331458	0 %	20 %	60 %	20 %	111027161

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.