MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Non-Coding Repeats of Rhodococcus jostii RHA1 plasmid pRHL3

Total Repeats: 167

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_008271	TCGA	2	8	107	114	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
2	NC_008271	ACAA	2	8	2491	2498	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
3	NC_008271	CCAC	2	8	2586	2593	25 %	0 %	0 %	75 %	Non-Coding
4	NC_008271	TGGG	2	8	2617	2624	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
5	NC_008271	ACGA	2	8	2633	2640	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
6	NC_008271	CTCG	2	8	9919	9926	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
7	NC_008271	CCCG	2	8	11877	11884	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
8	NC_008271	GCCG	2	8	14213	14220	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
9	NC_008271	CGGC	2	8	14651	14658	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
10	NC_008271	GGAC	2	8	14662	14669	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
11	NC_008271	TGAG	2	8	15253	15260	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
12	NC_008271	ACCA	2	8	15964	15971	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
13	NC_008271	CCGT	2	8	16025	16032	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
14	NC_008271	GGCC	2	8	33277	33284	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
15	NC_008271	CGGT	2	8	35195	35202	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
16	NC_008271	GGGC	2	8	38794	38801	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
17	NC_008271	GGAT	2	8	40534	40541	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
18	NC_008271	AGGA	2	8	42447	42454	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
19	NC_008271	GCCC	2	8	44212	44219	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
20	NC_008271	CCAG	2	8	45287	45294	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
21	NC_008271	GCGG	2	8	47462	47469	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
22	NC_008271	GCGT	2	8	49656	49663	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
23	NC_008271	GCCC	2	8	49830	49837	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
24	NC_008271	GCCC	2	8	49842	49849	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
25	NC_008271	TCCC	2	8	50202	50209	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
26	NC_008271	ACCG	2	8	52433	52440	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
27	NC_008271	CGGT	2	8	57323	57330	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
28	NC_008271	CGCT	2	8	57473	57480	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
29	NC_008271	TTTG	2	8	62532	62539	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
30	NC_008271	TTCC	2	8	62571	62578	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
31	NC_008271	GGTG	2	8	63645	63652	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
32	NC_008271	CGAC	2	8	64125	64132	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
33	NC_008271	TCGA	2	8	64331	64338	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
34	NC_008271	CAGA	2	8	67603	67610	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
35	NC_008271	GTCG	2	8	69090	69097	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
36	NC_008271	GGCC	2	8	69551	69558	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
37	NC_008271	CCCG	2	8	69767	69774	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
38	NC_008271	GGCA	2	8	71503	71510	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
39	NC_008271	GGGT	2	8	71557	71564	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
40	NC_008271	CGTG	2	8	75463	75470	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
41	NC_008271	TTGG	2	8	77234	77241	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
42	NC_008271	CTCA	2	8	78787	78794	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
43	NC_008271	GACA	2	8	78831	78838	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
44	NC_008271	ACCG	2	8	83474	83481	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
45	NC_008271	GTCC	2	8	83554	83561	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
46	NC_008271	CGTC	2	8	83568	83575	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
47	NC_008271	TCCG	2	8	86173	86180	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
48	NC_008271	GTCG	2	8	86264	86271	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
49	NC_008271	CCCA	2	8	86296	86303	25 %	0 %	0 %	75 %	Non-Coding
50	NC_008271	TCCG	2	8	86768	86775	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
51	NC_008271	ACCG	2	8	86793	86800	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
52	NC_008271	TTCG	2	8	88420	88427	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
53	NC_008271	CTGG	2	8	89195	89202	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
54	NC_008271	GCCG	2	8	89898	89905	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
55	NC_008271	ACCC	2	8	89920	89927	25 %	0 %	0 %	75 %	Non-Coding
56	NC_008271	CGCC	2	8	90510	90517	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
57	NC_008271	GCAC	2	8	90814	90821	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
58	NC_008271	CCCA	2	8	95145	95152	25 %	0 %	0 %	75 %	Non-Coding
59	NC_008271	GGCG	2	8	95195	95202	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
60	NC_008271	CGGG	2	8	99777	99784	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
61	NC_008271	GCAC	2	8	102709	102716	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
62	NC_008271	CGCC	2	8	102741	102748	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
63	NC_008271	ACCC	2	8	102988	102995	25 %	0 %	0 %	75 %	Non-Coding
64	NC_008271	CTTC	2	8	103553	103560	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
65	NC_008271	GCCG	2	8	104768	104775	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
66	NC_008271	CGTG	2	8	105975	105982	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
67	NC_008271	ACCG	2	8	107695	107702	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
68	NC_008271	CGCC	2	8	110440	110447	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
69	NC_008271	GGCA	2	8	110485	110492	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
70	NC_008271	CCGT	2	8	118353	118360	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
71	NC_008271	TCGG	2	8	118402	118409	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
72	NC_008271	CGAC	3	12	119920	119931	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
73	NC_008271	GCGG	2	8	124505	124512	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
74	NC_008271	GTTC	2	8	124531	124538	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
75	NC_008271	TGGC	2	8	124598	124605	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
76	NC_008271	TCGC	2	8	124632	124639	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
77	NC_008271	GTTC	2	8	124854	124861	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
78	NC_008271	GTCG	2	8	127166	127173	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
79	NC_008271	TCGC	2	8	128298	128305	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
80	NC_008271	CTCG	2	8	128416	128423	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
81	NC_008271	CTAC	2	8	131180	131187	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
82	NC_008271	TAGG	2	8	134426	134433	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
83	NC_008271	TCGA	2	8	139376	139383	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
84	NC_008271	CTTC	2	8	140574	140581	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
85	NC_008271	CTGG	2	8	140717	140724	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
86	NC_008271	TGAC	2	8	144338	144345	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
87	NC_008271	TCGA	2	8	157221	157228	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
88	NC_008271	ACGC	2	8	158317	158324	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
89	NC_008271	TCCC	2	8	161419	161426	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
90	NC_008271	CGCA	2	8	161455	161462	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
91	NC_008271	TCGA	2	8	164428	164435	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
92	NC_008271	CGTG	2	8	168660	168667	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
93	NC_008271	GTTC	2	8	170377	170384	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
94	NC_008271	CGAA	2	8	172400	172407	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
95	NC_008271	TCGT	2	8	173012	173019	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
96	NC_008271	CGGG	2	8	173035	173042	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
97	NC_008271	CGAT	2	8	175737	175744	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
98	NC_008271	CTGT	2	8	187345	187352	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
99	NC_008271	GTCG	2	8	190847	190854	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
100	NC_008271	ATCA	2	8	191195	191202	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
101	NC_008271	TGGA	2	8	191788	191795	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
102	NC_008271	GGTC	2	8	191954	191961	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
103	NC_008271	CTCG	2	8	194378	194385	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
104	NC_008271	CTCA	2	8	194534	194541	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
105	NC_008271	TCGG	2	8	195769	195776	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
106	NC_008271	CGGG	2	8	198450	198457	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
107	NC_008271	CCGG	2	8	200605	200612	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
108	NC_008271	GCCC	3	12	206760	206771	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
109	NC_008271	GCCC	2	8	209757	209764	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
110	NC_008271	GCAT	2	8	210594	210601	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
111	NC_008271	CGGC	2	8	215363	215370	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
112	NC_008271	CGGA	2	8	218880	218887	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
113	NC_008271	CGAG	2	8	220372	220379	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
114	NC_008271	TCGT	2	8	225056	225063	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
115	NC_008271	GGCT	2	8	227377	227384	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
116	NC_008271	CGGC	2	8	233391	233398	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
117	NC_008271	GCAC	2	8	236817	236824	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
118	NC_008271	CGGG	2	8	240190	240197	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
119	NC_008271	CAAG	2	8	243029	243036	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
120	NC_008271	CCGG	2	8	246636	246643	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
121	NC_008271	CCGT	2	8	250659	250666	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
122	NC_008271	TGCA	2	8	250731	250738	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
123	NC_008271	CGGG	2	8	251719	251726	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
124	NC_008271	GATC	2	8	252786	252793	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
125	NC_008271	GCTA	2	8	252976	252983	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
126	NC_008271	TAGC	2	8	252996	253003	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
127	NC_008271	GACG	2	8	253467	253474	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
128	NC_008271	TGGT	2	8	253881	253888	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
129	NC_008271	GTCT	2	8	253896	253903	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
130	NC_008271	TTCC	2	8	255397	255404	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
131	NC_008271	GCTA	2	8	255522	255529	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
132	NC_008271	GCTA	2	8	257663	257670	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
133	NC_008271	GCTA	2	8	257744	257751	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
134	NC_008271	GTAG	2	8	259341	259348	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
135	NC_008271	CTCG	2	8	260313	260320	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
136	NC_008271	ACCC	2	8	261827	261834	25 %	0 %	0 %	75 %	Non-Coding
137	NC_008271	GACA	2	8	262092	262099	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
138	NC_008271	TGAC	2	8	262102	262109	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
139	NC_008271	GCAG	2	8	262119	262126	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
140	NC_008271	CAGT	2	8	266708	266715	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
141	NC_008271	GGCC	2	8	272354	272361	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
142	NC_008271	CTGG	2	8	288163	288170	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
143	NC_008271	AGCG	2	8	288245	288252	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
144	NC_008271	GCGT	2	8	288271	288278	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
145	NC_008271	CGCC	2	8	299645	299652	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
146	NC_008271	CCGG	2	8	300617	300624	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
147	NC_008271	ACCG	2	8	300661	300668	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
148	NC_008271	CCCG	2	8	300734	300741	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
149	NC_008271	TCCC	2	8	303097	303104	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
150	NC_008271	TGGC	2	8	304954	304961	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
151	NC_008271	CCGG	2	8	311526	311533	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
152	NC_008271	TCCG	2	8	311559	311566	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
153	NC_008271	GGGT	2	8	313289	313296	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
154	NC_008271	CCTC	2	8	313308	313315	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
155	NC_008271	GTGC	2	8	313720	313727	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
156	NC_008271	TGCC	2	8	318648	318655	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
157	NC_008271	CGGT	2	8	319269	319276	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
158	NC_008271	CACC	2	8	320563	320570	25 %	0 %	0 %	75 %	Non-Coding
159	NC_008271	CCCG	2	8	321084	321091	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
160	NC_008271	TCCG	2	8	321632	321639	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
161	NC_008271	CCGG	2	8	327076	327083	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
162	NC_008271	GCCG	2	8	327097	327104	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
163	NC_008271	TCGC	2	8	328465	328472	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
164	NC_008271	CTCC	2	8	331662	331669	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
165	NC_008271	TGGG	2	8	331744	331751	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
166	NC_008271	TTGA	2	8	331927	331934	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
167	NC_008271	TCGA	2	8	332249	332256	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.