MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Coding Repeats of Rhodococcus jostii RHA1 plasmid pRHL2

Total Repeats: 165

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_008270	GAACAC	2	12	911	922	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	111026069
2	NC_008270	ACGGGC	2	12	13034	13045	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	111026080
3	NC_008270	ATCCGG	2	12	17967	17978	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	111026086
4	NC_008270	GCGCCG	2	12	18326	18337	0 %	0 %	50 %	50 %	111026086
5	NC_008270	CGCCCA	2	12	26927	26938	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	111026094
6	NC_008270	CCGACC	2	12	27181	27192	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	111026094
7	NC_008270	CCGCGG	2	12	27642	27653	0 %	0 %	50 %	50 %	111026095
8	NC_008270	CGCGGC	2	12	28318	28329	0 %	0 %	50 %	50 %	111026095
9	NC_008270	GTCGAC	2	12	33204	33215	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	111026097
10	NC_008270	CGACCG	2	12	33544	33555	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	111026097
11	NC_008270	GCCGCG	2	12	34459	34470	0 %	0 %	50 %	50 %	111026097
12	NC_008270	CGGTGT	2	12	38032	38043	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	111026099
13	NC_008270	GAAGCA	2	12	38613	38624	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	111026100
14	NC_008270	CGAGCG	2	12	41902	41913	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	111026105
15	NC_008270	GCCCTG	2	12	47045	47056	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	111026112
16	NC_008270	AAGGTC	2	12	48031	48042	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	111026113
17	NC_008270	GAATCG	2	12	48785	48796	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	111026113
18	NC_008270	GCGCCG	2	12	49556	49567	0 %	0 %	50 %	50 %	111026114
19	NC_008270	ACCGCC	2	12	53466	53477	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	111026120
20	NC_008270	CGCCGG	2	12	53968	53979	0 %	0 %	50 %	50 %	111026120
21	NC_008270	CGGCTC	2	12	54001	54012	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	111026120
22	NC_008270	GCTCCG	3	18	54015	54032	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	111026120
23	NC_008270	GCGCCC	2	12	54063	54074	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	111026120
24	NC_008270	GCTCCG	2	12	61953	61964	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	111026128
25	NC_008270	GGCCGC	2	12	64004	64015	0 %	0 %	50 %	50 %	111026129
26	NC_008270	CGCCGG	2	12	64061	64072	0 %	0 %	50 %	50 %	111026129
27	NC_008270	CGCCGT	2	12	68802	68813	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	111026135
28	NC_008270	GAGGTT	2	12	70188	70199	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	111026136
29	NC_008270	TGTAGG	2	12	70223	70234	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	111026136
30	NC_008270	GGTCGT	2	12	73768	73779	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	111026141
31	NC_008270	CAGGGC	2	12	81087	81098	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	111026152
32	NC_008270	GACGGC	2	12	83524	83535	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	111026154
33	NC_008270	CGTGGG	2	12	91909	91920	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	111026165
34	NC_008270	GAACGC	2	12	94523	94534	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	111026169
35	NC_008270	GACACC	2	12	95553	95564	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	111026171
36	NC_008270	GGTGCG	2	12	96884	96895	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	111026173
37	NC_008270	GAAGAG	2	12	101456	101467	50 %	0 %	50 %	0 %	111026179
38	NC_008270	CGCACC	2	12	102163	102174	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	111026180
39	NC_008270	CATCGT	2	12	104990	105001	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	111026185
40	NC_008270	AGGTCG	2	12	105012	105023	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	111026185
41	NC_008270	CGGGTG	2	12	107703	107714	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	111026188
42	NC_008270	TCTTGA	2	12	107855	107866	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	111026188
43	NC_008270	AGGTCG	2	12	109203	109214	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	111026190
44	NC_008270	GGCTCG	2	12	120415	120426	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	111026197
45	NC_008270	CCGACG	2	12	125249	125260	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	111026203
46	NC_008270	TCGGCG	2	12	129386	129397	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	111026208
47	NC_008270	ACCGGT	2	12	129732	129743	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	111026208
48	NC_008270	GCTGTT	2	12	134618	134629	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	111026215
49	NC_008270	CGACCT	2	12	134693	134704	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	111026215
50	NC_008270	CTGGAA	2	12	137613	137624	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	111026216
51	NC_008270	GGACCG	2	12	141417	141428	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	111026217
52	NC_008270	CTCGCC	2	12	142015	142026	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	111026217
53	NC_008270	GCTTGC	2	12	143521	143532	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	111026219
54	NC_008270	TCGGTC	2	12	146206	146217	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	111026222
55	NC_008270	CTCCTG	2	12	151510	151521	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	111026227
56	NC_008270	GGTGAA	2	12	156110	156121	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	111026230
57	NC_008270	CGGGGA	2	12	157532	157543	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	111026231
58	NC_008270	CGTCGC	2	12	162729	162740	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	111026237
59	NC_008270	CGGCGA	2	12	162957	162968	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	111026237
60	NC_008270	GAACTG	2	12	164850	164861	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	111026238
61	NC_008270	TCGGTG	2	12	165903	165914	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	111026240
62	NC_008270	AGCCGA	2	12	168759	168770	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	111026242
63	NC_008270	CGGTCT	2	12	172639	172650	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	111026245
64	NC_008270	CGTTGA	2	12	173713	173724	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	111026247
65	NC_008270	CGGCGT	2	12	174082	174093	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	111026247
66	NC_008270	GTCGAC	2	12	177651	177662	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	111026250
67	NC_008270	GCACCG	2	12	179098	179109	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	111026252
68	NC_008270	CGGTCT	2	12	179172	179183	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	111026252
69	NC_008270	CCGGAC	2	12	185387	185398	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	111026258
70	NC_008270	CGTCGG	2	12	189824	189835	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	111026261
71	NC_008270	GAGCAG	2	12	191138	191149	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	111026263
72	NC_008270	GCCTTT	2	12	195122	195133	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	111026267
73	NC_008270	CGTCGA	2	12	197587	197598	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	111026270
74	NC_008270	CGGTAT	2	12	198114	198125	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	111026271
75	NC_008270	TCATCG	2	12	199797	199808	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	111026273
76	NC_008270	CTCGCG	2	12	200774	200785	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	111026274
77	NC_008270	TTCGGA	2	12	216512	216523	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	111026293
78	NC_008270	GAAATA	2	12	218802	218813	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	111026296
79	NC_008270	GCCGGA	2	12	225082	225093	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	111026299
80	NC_008270	CGACCG	2	12	227910	227921	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	111026301
81	NC_008270	ACCGGG	2	12	228476	228487	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	111026302
82	NC_008270	GTCTAC	2	12	229416	229427	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	111026303
83	NC_008270	CATGCC	2	12	231298	231309	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	111026305
84	NC_008270	TGTCGG	2	12	231878	231889	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	111026306
85	NC_008270	GGACCG	2	12	233552	233563	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	111026308
86	NC_008270	CGCGGT	2	12	236127	236138	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	111026311
87	NC_008270	TGGGTG	2	12	237282	237293	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	111026311
88	NC_008270	GGCCAG	3	18	237517	237534	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	111026311
89	NC_008270	GCACCC	2	12	238363	238374	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	111026312
90	NC_008270	CAAGCC	2	12	249021	249032	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	111026325
91	NC_008270	GCCGTG	2	12	251293	251304	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	111026328
92	NC_008270	CTGACC	2	12	252882	252893	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	111026330
93	NC_008270	CTCGAT	2	12	256408	256419	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	111026333
94	NC_008270	GGTCAA	2	12	257224	257235	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	111026335
95	NC_008270	CCGACG	2	12	264653	264664	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	111026342
96	NC_008270	GCTACG	2	12	266153	266164	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	111026342
97	NC_008270	CGGTGC	2	12	267440	267451	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	111026343
98	NC_008270	GGCGCC	2	12	267759	267770	0 %	0 %	50 %	50 %	111026343
99	NC_008270	GGCCTG	2	12	268927	268938	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	111026346
100	NC_008270	GCGATC	2	12	270319	270330	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	111026347
101	NC_008270	CGGCGC	2	12	274011	274022	0 %	0 %	50 %	50 %	111026351
102	NC_008270	AAGCGG	2	12	275335	275346	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	111026353
103	NC_008270	GACGCC	2	12	276466	276477	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	111026354
104	NC_008270	GACGGT	2	12	279108	279119	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	111026358
105	NC_008270	GGCACG	2	12	279427	279438	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	111026358
106	NC_008270	CCGGTC	2	12	279882	279893	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	111026358
107	NC_008270	GTCGCC	2	12	283820	283831	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	111026361
108	NC_008270	CGCCCG	2	12	284152	284163	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	111026361
109	NC_008270	CGCCCT	2	12	284786	284797	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	111026362
110	NC_008270	CGGTAG	2	12	286608	286619	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	111026363
111	NC_008270	GAGGGC	2	12	288398	288409	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	111026365
112	NC_008270	ATCTGG	2	12	290817	290828	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	111026368
113	NC_008270	AGGCGA	2	12	290932	290943	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	111026368
114	NC_008270	TCCTGG	2	12	293478	293489	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	111026370
115	NC_008270	GTGGCA	2	12	296082	296093	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	111026372
116	NC_008270	CTTCCC	2	12	297271	297282	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	111026373
117	NC_008270	GCGTGC	2	12	300618	300629	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	111026377
118	NC_008270	CCGCTG	2	12	300918	300929	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	111026377
119	NC_008270	GGACCG	2	12	304683	304694	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	111026380
120	NC_008270	CGCCGG	2	12	308943	308954	0 %	0 %	50 %	50 %	111026384
121	NC_008270	TCGCGG	2	12	312124	312135	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	111026387
122	NC_008270	GTTCGG	2	12	312446	312457	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	111026387
123	NC_008270	GCTGGC	2	12	312836	312847	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	111026387
124	NC_008270	CTCCGA	2	12	317974	317985	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	111026392
125	NC_008270	TCGCGA	2	12	321518	321529	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	111026396
126	NC_008270	AGGGCG	2	12	323986	323997	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	111026399
127	NC_008270	TCACCG	2	12	331847	331858	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	111026407
128	NC_008270	GATGCG	2	12	334515	334526	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	111026409
129	NC_008270	AGCCTG	2	12	340592	340603	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	111026417
130	NC_008270	CGTGTC	2	12	342223	342234	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	111026420
131	NC_008270	ACGCAT	2	12	348932	348943	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	111026426
132	NC_008270	CTGCCC	2	12	349164	349175	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	111026426
133	NC_008270	TGGCCG	2	12	350236	350247	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	111026426
134	NC_008270	CTACGA	2	12	354601	354612	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	111026432
135	NC_008270	GCTTGG	2	12	359010	359021	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	111026435
136	NC_008270	CGGCCG	2	12	362245	362256	0 %	0 %	50 %	50 %	111026437
137	NC_008270	GAGCAG	2	12	362600	362611	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	111026438
138	NC_008270	GGGTGC	2	12	363427	363438	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	111026439
139	NC_008270	TGTGCG	2	12	368304	368315	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	111026447
140	NC_008270	GACCGG	2	12	371134	371145	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	111026449
141	NC_008270	CTCGCC	2	12	371731	371742	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	111026449
142	NC_008270	CGGCCA	2	12	372447	372458	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	111026450
143	NC_008270	GATCCG	2	12	376361	376372	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	111026453
144	NC_008270	ACCCGC	2	12	379579	379590	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	111026456
145	NC_008270	CCGCGG	2	12	380008	380019	0 %	0 %	50 %	50 %	111026456
146	NC_008270	AGCCGT	2	12	380692	380703	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	111026457
147	NC_008270	GTCGAC	2	12	380867	380878	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	111026457
148	NC_008270	GGGTGC	2	12	382759	382770	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	111026461
149	NC_008270	CCGATG	2	12	390922	390933	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	111026467
150	NC_008270	GTAGAG	2	12	395273	395284	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	111026471
151	NC_008270	CATGGC	2	12	397604	397615	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	111026475
152	NC_008270	CAGTCA	2	12	398157	398168	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	111026476
153	NC_008270	CGATGA	2	12	399386	399397	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	111026477
154	NC_008270	AGCGGA	2	12	399605	399616	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	111026477
155	NC_008270	ACCATC	2	12	413339	413350	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	111026494
156	NC_008270	ATGCTG	2	12	418653	418664	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	111026499
157	NC_008270	ACCGGC	2	12	420757	420768	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	111026500
158	NC_008270	TGGATC	2	12	421535	421546	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	111026502
159	NC_008270	TCAGCG	2	12	426389	426400	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	111026507
160	NC_008270	GACCAC	2	12	430295	430306	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	111026512
161	NC_008270	CGGCGA	2	12	430665	430676	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	111026512
162	NC_008270	CGACCT	2	12	432777	432788	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	111026514
163	NC_008270	CCCGGA	2	12	436828	436839	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	111026516
164	NC_008270	CTTCTG	2	12	441004	441015	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	111026522
165	NC_008270	GGGCTC	2	12	441068	441079	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	111026522

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.