MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Rhodococcus jostii RHA1 plasmid pRHL2

Total Repeats: 92

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_008270	CACCG	2	10	211	220	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
2	NC_008270	TCGGA	2	10	2956	2965	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
3	NC_008270	TGATG	2	10	17924	17933	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
4	NC_008270	GGCCG	2	10	31824	31833	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
5	NC_008270	TGAGG	2	10	31843	31852	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
6	NC_008270	TGGCA	2	10	32107	32116	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
7	NC_008270	GGATG	2	10	32609	32618	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
8	NC_008270	CGCAG	2	10	36603	36612	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
9	NC_008270	GGGCA	2	10	37036	37045	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
10	NC_008270	CGATT	2	10	39949	39958	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
11	NC_008270	TCACC	2	10	43872	43881	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
12	NC_008270	GTGGA	2	10	63399	63408	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
13	NC_008270	GACCT	2	10	65566	65575	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
14	NC_008270	TCCGC	2	10	75418	75427	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
15	NC_008270	ATCGA	2	10	77106	77115	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
16	NC_008270	CGGTG	2	10	78766	78775	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
17	NC_008270	CTTGG	2	10	92570	92579	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
18	NC_008270	GAGCG	2	10	96253	96262	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
19	NC_008270	CGGCC	2	10	101781	101790	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
20	NC_008270	GTGTG	2	10	106821	106830	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
21	NC_008270	TGAGA	2	10	117008	117017	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
22	NC_008270	TGGAG	2	10	122960	122969	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
23	NC_008270	TGGAG	2	10	130955	130964	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
24	NC_008270	TCGGG	2	10	145584	145593	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
25	NC_008270	CGGCT	2	10	146691	146700	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
26	NC_008270	CGGCG	2	10	161888	161897	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
27	NC_008270	CCTGA	2	10	163267	163276	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
28	NC_008270	ATCCG	2	10	167601	167610	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
29	NC_008270	CGCAA	2	10	168895	168904	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
30	NC_008270	CCCAG	2	10	175265	175274	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
31	NC_008270	CTGCC	2	10	176381	176390	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
32	NC_008270	GCCCG	2	10	179911	179920	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
33	NC_008270	GGTCG	2	10	185050	185059	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
34	NC_008270	CCTTC	2	10	187356	187365	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
35	NC_008270	GGAAC	2	10	189877	189886	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
36	NC_008270	TTGAC	2	10	189898	189907	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
37	NC_008270	CGACC	2	10	208287	208296	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
38	NC_008270	GGTGA	2	10	209957	209966	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
39	NC_008270	CACAT	2	10	212303	212312	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
40	NC_008270	TGGCC	2	10	214387	214396	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
41	NC_008270	GGCGC	2	10	221116	221125	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
42	NC_008270	GGCGG	2	10	221200	221209	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
43	NC_008270	GCCAG	2	10	226304	226313	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
44	NC_008270	CTTCG	2	10	226672	226681	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
45	NC_008270	CGCTT	2	10	226754	226763	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
46	NC_008270	GACTC	2	10	234175	234184	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
47	NC_008270	TGGCC	2	10	237767	237776	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
48	NC_008270	GTGAT	2	10	237964	237973	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
49	NC_008270	CGGCG	2	10	240313	240322	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
50	NC_008270	CTGGT	2	10	244358	244367	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
51	NC_008270	GCGGG	2	10	244453	244462	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
52	NC_008270	CGGCC	2	10	244581	244590	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
53	NC_008270	AGCTA	2	10	248550	248559	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
54	NC_008270	GGCAC	2	10	248563	248572	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
55	NC_008270	TCGCT	2	10	255394	255403	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
56	NC_008270	ACCGC	2	10	261587	261596	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
57	NC_008270	TTGGG	2	10	280211	280220	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
58	NC_008270	CCCGT	2	10	281653	281662	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
59	NC_008270	ACCGA	2	10	281701	281710	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
60	NC_008270	CGGGA	2	10	290443	290452	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
61	NC_008270	GCCGG	2	10	308178	308187	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
62	NC_008270	CAGGT	2	10	308417	308426	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
63	NC_008270	ATCGA	2	10	309831	309840	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
64	NC_008270	CGGCT	2	10	316041	316050	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
65	NC_008270	CACCT	2	10	318875	318884	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
66	NC_008270	CGAAT	2	10	318972	318981	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
67	NC_008270	CCGAA	2	10	322412	322421	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
68	NC_008270	GGATT	2	10	326102	326111	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
69	NC_008270	ACGCC	2	10	334246	334255	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
70	NC_008270	GGCTC	2	10	335854	335863	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
71	NC_008270	CACCG	2	10	337654	337663	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
72	NC_008270	CCCGA	2	10	338130	338139	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
73	NC_008270	CCACC	2	10	341479	341488	20 %	0 %	0 %	80 %	Non-Coding
74	NC_008270	TCACG	2	10	350924	350933	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
75	NC_008270	AACTC	2	10	352179	352188	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
76	NC_008270	CAGGG	2	10	353602	353611	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
77	NC_008270	CCCGT	2	10	354941	354950	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
78	NC_008270	GCCAC	2	10	364199	364208	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
79	NC_008270	CGGCC	2	10	364870	364879	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
80	NC_008270	ACCGG	2	10	370103	370112	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
81	NC_008270	GATCG	2	10	370479	370488	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
82	NC_008270	CCGTG	2	10	383151	383160	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
83	NC_008270	GTGGG	2	10	384588	384597	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
84	NC_008270	CGGTG	2	10	386482	386491	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
85	NC_008270	GATCC	2	10	388174	388183	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
86	NC_008270	GGCGA	2	10	393219	393228	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
87	NC_008270	CCCAA	2	10	407554	407563	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
88	NC_008270	CTCGG	2	10	424766	424775	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
89	NC_008270	GCATC	2	10	440663	440672	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
90	NC_008270	GGGGT	2	10	442245	442254	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
91	NC_008270	AGCGA	2	10	442413	442422	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
92	NC_008270	GAGCG	2	10	442482	442491	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.