MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Coding Repeats of Rhodococcus jostii RHA1 plasmid pRHL2

Total Repeats: 279

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_008270	CACCG	2	10	428	437	20 %	0 %	20 %	60 %	111026069
2	NC_008270	GGCCG	2	10	983	992	0 %	0 %	60 %	40 %	111026069
3	NC_008270	CCGCG	2	10	1769	1778	0 %	0 %	40 %	60 %	111026070
4	NC_008270	GATCT	2	10	3245	3254	20 %	40 %	20 %	20 %	111026073
5	NC_008270	TGTTC	2	10	6647	6656	0 %	60 %	20 %	20 %	111026077
6	NC_008270	GCGCC	2	10	7242	7251	0 %	0 %	40 %	60 %	111026077
7	NC_008270	GACCG	2	10	10255	10264	20 %	0 %	40 %	40 %	111026077
8	NC_008270	GCTGT	2	10	12011	12020	0 %	40 %	40 %	20 %	111026078
9	NC_008270	GTGGG	2	10	12410	12419	0 %	20 %	80 %	0 %	111026079
10	NC_008270	GTGGG	2	10	12422	12431	0 %	20 %	80 %	0 %	111026079
11	NC_008270	CGACC	2	10	12610	12619	20 %	0 %	20 %	60 %	111026080
12	NC_008270	GGGTC	2	10	12933	12942	0 %	20 %	60 %	20 %	111026080
13	NC_008270	CCGAC	2	10	22768	22777	20 %	0 %	20 %	60 %	111026090
14	NC_008270	CGTCG	2	10	23236	23245	0 %	20 %	40 %	40 %	111026091
15	NC_008270	CCATC	2	10	23461	23470	20 %	20 %	0 %	60 %	111026091
16	NC_008270	TCGGT	2	10	23703	23712	0 %	40 %	40 %	20 %	111026091
17	NC_008270	TCAGG	2	10	23885	23894	20 %	20 %	40 %	20 %	111026091
18	NC_008270	GCCGA	2	10	24302	24311	20 %	0 %	40 %	40 %	111026092
19	NC_008270	CCACC	2	10	24862	24871	20 %	0 %	0 %	80 %	111026093
20	NC_008270	CTCGA	2	10	25413	25422	20 %	20 %	20 %	40 %	111026094
21	NC_008270	ACCGC	2	10	27503	27512	20 %	0 %	20 %	60 %	111026094
22	NC_008270	CCGCG	2	10	27712	27721	0 %	0 %	40 %	60 %	111026095
23	NC_008270	ATCGA	2	10	28475	28484	40 %	20 %	20 %	20 %	111026095
24	NC_008270	TCCTC	2	10	29427	29436	0 %	40 %	0 %	60 %	111026095
25	NC_008270	CGCAG	2	10	29854	29863	20 %	0 %	40 %	40 %	111026095
26	NC_008270	TTCGA	2	10	33727	33736	20 %	40 %	20 %	20 %	111026097
27	NC_008270	CCACC	2	10	37421	37430	20 %	0 %	0 %	80 %	111026099
28	NC_008270	CGGTT	2	10	40701	40710	0 %	40 %	40 %	20 %	111026104
29	NC_008270	ATGCG	2	10	41069	41078	20 %	20 %	40 %	20 %	111026104
30	NC_008270	CGACG	2	10	41237	41246	20 %	0 %	40 %	40 %	111026105
31	NC_008270	TCGCC	2	10	42608	42617	0 %	20 %	20 %	60 %	111026105
32	NC_008270	CGAAC	2	10	43685	43694	40 %	0 %	20 %	40 %	111026107
33	NC_008270	GGCAC	2	10	45776	45785	20 %	0 %	40 %	40 %	111026110
34	NC_008270	CCTCC	2	10	46738	46747	0 %	20 %	0 %	80 %	111026111
35	NC_008270	GATGC	2	10	47282	47291	20 %	20 %	40 %	20 %	111026112
36	NC_008270	TGGGC	2	10	53308	53317	0 %	20 %	60 %	20 %	111026120
37	NC_008270	CGCAT	2	10	56553	56562	20 %	20 %	20 %	40 %	111026121
38	NC_008270	GGTCG	2	10	59179	59188	0 %	20 %	60 %	20 %	111026125
39	NC_008270	ACCGA	2	10	59913	59922	40 %	0 %	20 %	40 %	111026126
40	NC_008270	CGCGG	2	10	60074	60083	0 %	0 %	60 %	40 %	111026126
41	NC_008270	CTCCG	2	10	60861	60870	0 %	20 %	20 %	60 %	111026127
42	NC_008270	GCTTT	2	10	62097	62106	0 %	60 %	20 %	20 %	111026128
43	NC_008270	AGTTC	2	10	62284	62293	20 %	40 %	20 %	20 %	111026128
44	NC_008270	CCGCA	2	10	62318	62327	20 %	0 %	20 %	60 %	111026128
45	NC_008270	CCGCA	2	10	62636	62645	20 %	0 %	20 %	60 %	111026128
46	NC_008270	GGCGG	2	10	63852	63861	0 %	0 %	80 %	20 %	111026129
47	NC_008270	GAGCG	2	10	64445	64454	20 %	0 %	60 %	20 %	111026129
48	NC_008270	CGGCA	2	10	64893	64902	20 %	0 %	40 %	40 %	111026130
49	NC_008270	GTCCT	2	10	65210	65219	0 %	40 %	20 %	40 %	111026130
50	NC_008270	AGCCC	2	10	66785	66794	20 %	0 %	20 %	60 %	111026131
51	NC_008270	TCGGG	2	10	68788	68797	0 %	20 %	60 %	20 %	111026135
52	NC_008270	GTTCG	2	10	70278	70287	0 %	40 %	40 %	20 %	111026136
53	NC_008270	AGGTG	2	10	70295	70304	20 %	20 %	60 %	0 %	111026136
54	NC_008270	CGGCC	2	10	70962	70971	0 %	0 %	40 %	60 %	111026137
55	NC_008270	ATCGG	2	10	72444	72453	20 %	20 %	40 %	20 %	111026139
56	NC_008270	ACCCG	2	10	73237	73246	20 %	0 %	20 %	60 %	111026140
57	NC_008270	TCGCG	2	10	75380	75389	0 %	20 %	40 %	40 %	111026144
58	NC_008270	CTCGG	2	10	77270	77279	0 %	20 %	40 %	40 %	111026147
59	NC_008270	GACTG	2	10	77983	77992	20 %	20 %	40 %	20 %	111026148
60	NC_008270	GCTTG	2	10	80512	80521	0 %	40 %	40 %	20 %	111026151
61	NC_008270	GCGGG	2	10	82844	82853	0 %	0 %	80 %	20 %	111026153
62	NC_008270	GGCGG	2	10	83802	83811	0 %	0 %	80 %	20 %	111026154
63	NC_008270	CGCGG	2	10	83837	83846	0 %	0 %	60 %	40 %	111026154
64	NC_008270	GGCTC	2	10	84550	84559	0 %	20 %	40 %	40 %	111026155
65	NC_008270	CGATG	2	10	85175	85184	20 %	20 %	40 %	20 %	111026155
66	NC_008270	TCCGA	2	10	85860	85869	20 %	20 %	20 %	40 %	111026156
67	NC_008270	ACCGC	2	10	86863	86872	20 %	0 %	20 %	60 %	111026156
68	NC_008270	CCAGC	2	10	87136	87145	20 %	0 %	20 %	60 %	111026157
69	NC_008270	TGGGG	2	10	87785	87794	0 %	20 %	80 %	0 %	111026159
70	NC_008270	GGACG	2	10	89068	89077	20 %	0 %	60 %	20 %	111026160
71	NC_008270	AGGGG	2	10	90859	90868	20 %	0 %	80 %	0 %	111026163
72	NC_008270	ACCAC	2	10	94958	94967	40 %	0 %	0 %	60 %	111026170
73	NC_008270	GGAAG	2	10	100727	100736	40 %	0 %	60 %	0 %	111026179
74	NC_008270	GTATC	2	10	101197	101206	20 %	40 %	20 %	20 %	111026179
75	NC_008270	CCCGA	2	10	104719	104728	20 %	0 %	20 %	60 %	111026184
76	NC_008270	CCGAT	2	10	110751	110760	20 %	20 %	20 %	40 %	111026190
77	NC_008270	CGGCC	2	10	111264	111273	0 %	0 %	40 %	60 %	111026190
78	NC_008270	GAGCC	2	10	113684	113693	20 %	0 %	40 %	40 %	111026190
79	NC_008270	GGATC	2	10	116437	116446	20 %	20 %	40 %	20 %	111026193
80	NC_008270	GAGGC	2	10	118283	118292	20 %	0 %	60 %	20 %	111026195
81	NC_008270	CGACC	2	10	118827	118836	20 %	0 %	20 %	60 %	111026195
82	NC_008270	AGGGA	2	10	122279	122288	40 %	0 %	60 %	0 %	111026200
83	NC_008270	CAGGC	2	10	122296	122305	20 %	0 %	40 %	40 %	111026200
84	NC_008270	TTTCT	2	10	123887	123896	0 %	80 %	0 %	20 %	111026201
85	NC_008270	CCCGC	2	10	125774	125783	0 %	0 %	20 %	80 %	111026203
86	NC_008270	CCAGC	2	10	125785	125794	20 %	0 %	20 %	60 %	111026203
87	NC_008270	ATCGT	2	10	126716	126725	20 %	40 %	20 %	20 %	111026204
88	NC_008270	CGGTG	2	10	127481	127490	0 %	20 %	60 %	20 %	111026205
89	NC_008270	GCTCG	2	10	127691	127700	0 %	20 %	40 %	40 %	111026205
90	NC_008270	TTTCG	2	10	127707	127716	0 %	60 %	20 %	20 %	111026205
91	NC_008270	CGATC	2	10	129321	129330	20 %	20 %	20 %	40 %	111026208
92	NC_008270	CCGAC	2	10	129434	129443	20 %	0 %	20 %	60 %	111026208
93	NC_008270	TTTCT	2	10	131882	131891	0 %	80 %	0 %	20 %	111026211
94	NC_008270	CGGGT	2	10	133551	133560	0 %	20 %	60 %	20 %	111026214
95	NC_008270	CCAGC	2	10	134761	134770	20 %	0 %	20 %	60 %	111026215
96	NC_008270	CTGGC	2	10	134818	134827	0 %	20 %	40 %	40 %	111026215
97	NC_008270	CGGCG	2	10	135476	135485	0 %	0 %	60 %	40 %	111026215
98	NC_008270	TTCCC	2	10	137970	137979	0 %	40 %	0 %	60 %	111026216
99	NC_008270	GCGAC	2	10	138149	138158	20 %	0 %	40 %	40 %	111026216
100	NC_008270	GATCG	2	10	139206	139215	20 %	20 %	40 %	20 %	111026216
101	NC_008270	GTGCC	2	10	141429	141438	0 %	20 %	40 %	40 %	111026217
102	NC_008270	TCCGA	2	10	141823	141832	20 %	20 %	20 %	40 %	111026217
103	NC_008270	TCGTC	2	10	143995	144004	0 %	40 %	20 %	40 %	111026219
104	NC_008270	TAACG	2	10	144342	144351	40 %	20 %	20 %	20 %	111026220
105	NC_008270	CCCGC	2	10	148711	148720	0 %	0 %	20 %	80 %	111026226
106	NC_008270	GACCG	2	10	149093	149102	20 %	0 %	40 %	40 %	111026226
107	NC_008270	ACTGG	2	10	151641	151650	20 %	20 %	40 %	20 %	111026228
108	NC_008270	GATCC	2	10	152678	152687	20 %	20 %	20 %	40 %	111026228
109	NC_008270	ACCGA	2	10	155325	155334	40 %	0 %	20 %	40 %	111026230
110	NC_008270	GATCA	2	10	155852	155861	40 %	20 %	20 %	20 %	111026230
111	NC_008270	GCATC	2	10	157872	157881	20 %	20 %	20 %	40 %	111026231
112	NC_008270	ACGCG	2	10	158127	158136	20 %	0 %	40 %	40 %	111026231
113	NC_008270	GCCGC	2	10	161101	161110	0 %	0 %	40 %	60 %	111026236
114	NC_008270	TCACG	2	10	169607	169616	20 %	20 %	20 %	40 %	111026243
115	NC_008270	CGAGG	2	10	172771	172780	20 %	0 %	60 %	20 %	111026246
116	NC_008270	GACCA	2	10	173816	173825	40 %	0 %	20 %	40 %	111026247
117	NC_008270	CTGTG	2	10	180470	180479	0 %	40 %	40 %	20 %	111026254
118	NC_008270	CGGAC	2	10	183454	183463	20 %	0 %	40 %	40 %	111026256
119	NC_008270	ACCCC	2	10	188129	188138	20 %	0 %	0 %	80 %	111026260
120	NC_008270	CGACC	2	10	189840	189849	20 %	0 %	20 %	60 %	111026261
121	NC_008270	AGTGC	2	10	190971	190980	20 %	20 %	40 %	20 %	111026263
122	NC_008270	CGGCG	2	10	191321	191330	0 %	0 %	60 %	40 %	111026263
123	NC_008270	CACTC	2	10	192578	192587	20 %	20 %	0 %	60 %	111026264
124	NC_008270	GCTGC	2	10	192953	192962	0 %	20 %	40 %	40 %	111026265
125	NC_008270	CCCGG	2	10	193527	193536	0 %	0 %	40 %	60 %	111026265
126	NC_008270	TCTGA	2	10	194722	194731	20 %	40 %	20 %	20 %	111026267
127	NC_008270	TCGAA	2	10	198089	198098	40 %	20 %	20 %	20 %	111026271
128	NC_008270	CGATC	2	10	200029	200038	20 %	20 %	20 %	40 %	111026273
129	NC_008270	GGCGC	2	10	203422	203431	0 %	0 %	60 %	40 %	111026276
130	NC_008270	CTCGT	2	10	204220	204229	0 %	40 %	20 %	40 %	111026277
131	NC_008270	GACGC	2	10	205248	205257	20 %	0 %	40 %	40 %	111026279
132	NC_008270	TCGAC	2	10	205261	205270	20 %	20 %	20 %	40 %	111026279
133	NC_008270	TGGTG	2	10	206449	206458	0 %	40 %	60 %	0 %	111026281
134	NC_008270	GGGTG	2	10	207333	207342	0 %	20 %	80 %	0 %	111026282
135	NC_008270	CGTCG	2	10	207453	207462	0 %	20 %	40 %	40 %	111026282
136	NC_008270	CACGA	2	10	211578	211587	40 %	0 %	20 %	40 %	111026288
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139	NC_008270	AGTGG	2	10	216425	216434	20 %	20 %	60 %	0 %	111026293
140	NC_008270	GCAGA	2	10	216783	216792	40 %	0 %	40 %	20 %	111026294
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155	NC_008270	GTCGA	2	10	240959	240968	20 %	20 %	40 %	20 %	111026314
156	NC_008270	TCGGC	2	10	243235	243244	0 %	20 %	40 %	40 %	111026317
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166	NC_008270	GCTGC	2	10	255951	255960	0 %	20 %	40 %	40 %	111026333
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174	NC_008270	GCGCT	2	10	273519	273528	0 %	20 %	40 %	40 %	111026351
175	NC_008270	TGGCC	2	10	273630	273639	0 %	20 %	40 %	40 %	111026351
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247	NC_008270	ACCGC	2	10	396946	396955	20 %	0 %	20 %	60 %	111026474
248	NC_008270	ATGGA	2	10	398012	398021	40 %	20 %	40 %	0 %	111026476
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250	NC_008270	TCGAG	2	10	399590	399599	20 %	20 %	40 %	20 %	111026477
251	NC_008270	GTCGA	2	10	401270	401279	20 %	20 %	40 %	20 %	111026478
252	NC_008270	CCGGT	2	10	401884	401893	0 %	20 %	40 %	40 %	111026478
253	NC_008270	GTTGG	2	10	401903	401912	0 %	40 %	60 %	0 %	111026478
254	NC_008270	GGTGC	2	10	401918	401927	0 %	20 %	60 %	20 %	111026478
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257	NC_008270	CGAAG	2	10	403618	403627	40 %	0 %	40 %	20 %	111026483
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259	NC_008270	GTTGG	2	10	405796	405805	0 %	40 %	60 %	0 %	111026484
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261	NC_008270	GCTCG	2	10	406825	406834	0 %	20 %	40 %	40 %	111026486
262	NC_008270	ACCCA	2	10	407165	407174	40 %	0 %	0 %	60 %	111026487
263	NC_008270	TCGTC	2	10	411663	411672	0 %	40 %	20 %	40 %	111026492
264	NC_008270	CCACA	2	10	417424	417433	40 %	0 %	0 %	60 %	111026498
265	NC_008270	GTTCG	2	10	419479	419488	0 %	40 %	40 %	20 %	111026499
266	NC_008270	CAGGA	2	10	420741	420750	40 %	0 %	40 %	20 %	111026500
267	NC_008270	GTGGG	2	10	421867	421876	0 %	20 %	80 %	0 %	111026503
268	NC_008270	CGAAG	2	10	425571	425580	40 %	0 %	40 %	20 %	111026507
269	NC_008270	GATTC	2	10	428181	428190	20 %	40 %	20 %	20 %	111026509
270	NC_008270	AGGGG	2	10	428708	428717	20 %	0 %	80 %	0 %	111026509
271	NC_008270	CGACT	2	10	429833	429842	20 %	20 %	20 %	40 %	111026512
272	NC_008270	GCTGC	2	10	430852	430861	0 %	20 %	40 %	40 %	111026512
273	NC_008270	CTGGC	2	10	430889	430898	0 %	20 %	40 %	40 %	111026512
274	NC_008270	ATGCA	2	10	432916	432925	40 %	20 %	20 %	20 %	111026514
275	NC_008270	GGAAC	2	10	433422	433431	40 %	0 %	40 %	20 %	111026514
276	NC_008270	CCAGC	2	10	435173	435182	20 %	0 %	20 %	60 %	111026515
277	NC_008270	CAGAC	2	10	436321	436330	40 %	0 %	20 %	40 %	111026516
278	NC_008270	CGCGG	2	10	437360	437369	0 %	0 %	60 %	40 %	111026516
279	NC_008270	CGAGA	2	10	441379	441388	40 %	0 %	40 %	20 %	111026522

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.