MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Non-Coding Repeats of Rhodococcus jostii RHA1 plasmid pRHL2

Total Repeats: 255

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_008270	GGGT	2	8	1241	1248	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
2	NC_008270	GGTG	2	8	2427	2434	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
3	NC_008270	GACT	2	8	4127	4134	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
4	NC_008270	GACT	2	8	4147	4154	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
5	NC_008270	GTAG	2	8	14349	14356	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
6	NC_008270	GAGT	2	8	14837	14844	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
7	NC_008270	GGGC	2	8	16300	16307	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
8	NC_008270	CGAG	2	8	16338	16345	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
9	NC_008270	CCGT	2	8	16425	16432	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
10	NC_008270	AGTG	2	8	17033	17040	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
11	NC_008270	ATCG	2	8	17068	17075	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
12	NC_008270	CCGC	2	8	18503	18510	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
13	NC_008270	CGGT	2	8	18992	18999	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
14	NC_008270	CGAC	2	8	24392	24399	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
15	NC_008270	TAGC	2	8	24429	24436	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
16	NC_008270	CTCG	2	8	31566	31573	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
17	NC_008270	GGCC	2	8	31613	31620	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
18	NC_008270	ACTG	2	8	31912	31919	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
19	NC_008270	CGGC	2	8	31925	31932	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
20	NC_008270	CGAG	2	8	31979	31986	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
21	NC_008270	GTTC	2	8	32002	32009	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
22	NC_008270	ACGC	2	8	32129	32136	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
23	NC_008270	TCGG	2	8	32433	32440	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
24	NC_008270	GAGC	2	8	32670	32677	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
25	NC_008270	GCTC	2	8	32772	32779	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
26	NC_008270	ACGA	2	8	36618	36625	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
27	NC_008270	GCCG	2	8	37009	37016	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
28	NC_008270	GGCT	2	8	38238	38245	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
29	NC_008270	TGGC	2	8	39256	39263	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
30	NC_008270	GCCT	2	8	40039	40046	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
31	NC_008270	CATG	2	8	43195	43202	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
32	NC_008270	GTCG	2	8	43231	43238	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
33	NC_008270	TCGC	2	8	43302	43309	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
34	NC_008270	GGCA	2	8	45621	45628	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
35	NC_008270	AGCC	2	8	51761	51768	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
36	NC_008270	TCGT	2	8	59077	59084	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
37	NC_008270	TGTC	2	8	59877	59884	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
38	NC_008270	AGAA	2	8	65730	65737	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
39	NC_008270	CGGT	2	8	70489	70496	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
40	NC_008270	TCAC	2	8	74178	74185	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
41	NC_008270	GACA	2	8	74255	74262	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
42	NC_008270	TCCG	2	8	75134	75141	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
43	NC_008270	ACGT	2	8	77219	77226	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
44	NC_008270	GCGG	2	8	77227	77234	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
45	NC_008270	AGCC	2	8	78630	78637	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
46	NC_008270	GTGG	2	8	80761	80768	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
47	NC_008270	TCGG	2	8	82189	82196	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
48	NC_008270	CGAG	2	8	82258	82265	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
49	NC_008270	CGGC	2	8	87458	87465	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
50	NC_008270	GACG	2	8	90282	90289	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
51	NC_008270	GGCC	2	8	91768	91775	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
52	NC_008270	CTGG	2	8	95881	95888	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
53	NC_008270	GCGG	2	8	96866	96873	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
54	NC_008270	CTGA	2	8	101670	101677	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
55	NC_008270	GTGC	2	8	106710	106717	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
56	NC_008270	GCAG	2	8	108418	108425	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
57	NC_008270	GCGG	2	8	113955	113962	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
58	NC_008270	CTCG	2	8	114239	114246	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
59	NC_008270	GACC	2	8	119381	119388	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
60	NC_008270	GGCG	2	8	121408	121415	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
61	NC_008270	CGTG	2	8	122506	122513	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
62	NC_008270	TTCG	2	8	122734	122741	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
63	NC_008270	GCGA	2	8	122856	122863	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
64	NC_008270	GAAG	2	8	124348	124355	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
65	NC_008270	CGCC	2	8	125948	125955	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
66	NC_008270	CGAT	2	8	127724	127731	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
67	NC_008270	AAGA	2	8	130812	130819	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
68	NC_008270	AGCG	2	8	130942	130949	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
69	NC_008270	GAAG	2	8	132343	132350	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
70	NC_008270	GAGC	2	8	133416	133423	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
71	NC_008270	TTCC	2	8	134309	134316	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
72	NC_008270	GCGA	2	8	134531	134538	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
73	NC_008270	CTTG	2	8	140926	140933	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
74	NC_008270	TCGG	2	8	144137	144144	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
75	NC_008270	ACCA	2	8	145366	145373	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
76	NC_008270	GGGC	2	8	145738	145745	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
77	NC_008270	GGTG	2	8	145750	145757	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
78	NC_008270	GCTG	2	8	147271	147278	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
79	NC_008270	GCGG	2	8	147306	147313	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
80	NC_008270	GTTG	2	8	147325	147332	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
81	NC_008270	GAGG	2	8	149172	149179	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
82	NC_008270	GTGG	2	8	149241	149248	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
83	NC_008270	AGAC	2	8	158837	158844	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
84	NC_008270	CACC	2	8	158953	158960	25 %	0 %	0 %	75 %	Non-Coding
85	NC_008270	CCGC	2	8	163289	163296	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
86	NC_008270	CCCG	2	8	166953	166960	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
87	NC_008270	ACCA	2	8	168865	168872	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
88	NC_008270	CCGC	2	8	168963	168970	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
89	NC_008270	TCGG	2	8	174483	174490	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
90	NC_008270	GGAG	2	8	174677	174684	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
91	NC_008270	GTGG	2	8	175254	175261	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
92	NC_008270	CGGC	2	8	176036	176043	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
93	NC_008270	CGAC	2	8	178425	178432	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
94	NC_008270	GCTG	2	8	179881	179888	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
95	NC_008270	TCGG	2	8	184077	184084	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
96	NC_008270	GGCT	2	8	184115	184122	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
97	NC_008270	GGGT	2	8	185251	185258	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
98	NC_008270	CCGG	2	8	185270	185277	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
99	NC_008270	GGTG	2	8	187658	187665	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
100	NC_008270	GTCA	2	8	189015	189022	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
101	NC_008270	CCGG	2	8	190314	190321	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
102	NC_008270	CTCG	2	8	195569	195576	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
103	NC_008270	CCCA	2	8	196429	196436	25 %	0 %	0 %	75 %	Non-Coding
104	NC_008270	TGTC	2	8	196550	196557	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
105	NC_008270	CGTG	2	8	207699	207706	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
106	NC_008270	CCTC	2	8	212446	212453	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
107	NC_008270	CCGC	2	8	212557	212564	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
108	NC_008270	ATCG	2	8	218264	218271	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
109	NC_008270	GCAA	2	8	219336	219343	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
110	NC_008270	CGTC	2	8	221104	221111	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
111	NC_008270	CGCA	2	8	221126	221133	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
112	NC_008270	ACAA	2	8	221415	221422	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
113	NC_008270	AACC	2	8	224867	224874	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
114	NC_008270	AGTG	2	8	225816	225823	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
115	NC_008270	CTCG	2	8	226235	226242	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
116	NC_008270	TCTG	2	8	226743	226750	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
117	NC_008270	CCCA	2	8	228046	228053	25 %	0 %	0 %	75 %	Non-Coding
118	NC_008270	GCAC	2	8	228067	228074	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
119	NC_008270	TGTC	2	8	230564	230571	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
120	NC_008270	AGCG	2	8	230605	230612	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
121	NC_008270	TCAC	2	8	230660	230667	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
122	NC_008270	GTGG	2	8	231552	231559	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
123	NC_008270	GTCG	2	8	231735	231742	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
124	NC_008270	GTGG	2	8	232690	232697	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
125	NC_008270	GGTA	2	8	232818	232825	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
126	NC_008270	CCGG	2	8	233748	233755	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
127	NC_008270	GACC	2	8	234167	234174	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
128	NC_008270	CGGT	2	8	234310	234317	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
129	NC_008270	ACCT	2	8	234334	234341	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
130	NC_008270	GTGC	2	8	237845	237852	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
131	NC_008270	TGCC	2	8	238307	238314	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
132	NC_008270	GCCG	2	8	239573	239580	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
133	NC_008270	TCGG	2	8	240577	240584	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
134	NC_008270	GTCC	2	8	241848	241855	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
135	NC_008270	CGGC	2	8	242450	242457	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
136	NC_008270	CGTG	2	8	243524	243531	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
137	NC_008270	CGGC	2	8	243577	243584	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
138	NC_008270	CCGG	2	8	244606	244613	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
139	NC_008270	GCCG	2	8	245478	245485	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
140	NC_008270	CGAT	2	8	248590	248597	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
141	NC_008270	ATCC	2	8	253493	253500	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
142	NC_008270	CTGC	2	8	254483	254490	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
143	NC_008270	AGAT	2	8	255448	255455	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
144	NC_008270	GGAA	2	8	255546	255553	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
145	NC_008270	GATC	2	8	256426	256433	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
146	NC_008270	TCAA	2	8	258689	258696	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
147	NC_008270	GGGA	2	8	258886	258893	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
148	NC_008270	TGGC	2	8	261544	261551	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
149	NC_008270	CCTG	2	8	266880	266887	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
150	NC_008270	AGCG	2	8	268645	268652	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
151	NC_008270	GCCG	2	8	270966	270973	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
152	NC_008270	GTCG	2	8	271113	271120	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
153	NC_008270	CTGG	2	8	280202	280209	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
154	NC_008270	GGGC	2	8	281492	281499	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
155	NC_008270	ACGA	2	8	281816	281823	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
156	NC_008270	CGGC	2	8	281891	281898	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
157	NC_008270	TGGA	2	8	282190	282197	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
158	NC_008270	GATC	2	8	282358	282365	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
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160	NC_008270	CGGG	2	8	291144	291151	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
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162	NC_008270	TGAA	2	8	295166	295173	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
163	NC_008270	GCGG	2	8	296535	296542	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
164	NC_008270	GACC	2	8	308068	308075	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
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168	NC_008270	TGCT	2	8	316031	316038	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
169	NC_008270	CGCA	2	8	316055	316062	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
170	NC_008270	GCCG	2	8	316129	316136	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
171	NC_008270	CCCA	2	8	316236	316243	25 %	0 %	0 %	75 %	Non-Coding
172	NC_008270	CTGG	2	8	316283	316290	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
173	NC_008270	AGGC	2	8	316326	316333	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
174	NC_008270	GGGC	2	8	316358	316365	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
175	NC_008270	CTGA	2	8	319049	319056	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
176	NC_008270	CAAC	2	8	319481	319488	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
177	NC_008270	ATCT	2	8	319587	319594	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
178	NC_008270	TCCG	2	8	319932	319939	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
179	NC_008270	CGAG	2	8	321129	321136	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
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181	NC_008270	TCAG	2	8	323789	323796	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
182	NC_008270	CGGG	2	8	326072	326079	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
183	NC_008270	CGTC	2	8	327917	327924	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
184	NC_008270	TCAT	2	8	328022	328029	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
185	NC_008270	ACAG	2	8	329268	329275	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
186	NC_008270	TTAT	2	8	329911	329918	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
187	NC_008270	GAGC	2	8	329956	329963	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
188	NC_008270	GGGC	2	8	336161	336168	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
189	NC_008270	CCGG	2	8	339269	339276	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
190	NC_008270	CCCG	2	8	339297	339304	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
191	NC_008270	GGAC	2	8	339318	339325	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
192	NC_008270	CGGT	2	8	339344	339351	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
193	NC_008270	CAGT	2	8	340843	340850	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
194	NC_008270	GATG	2	8	341991	341998	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
195	NC_008270	CCCG	2	8	346807	346814	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
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253	NC_008270	GGCC	2	8	434630	434637	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.