MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Rhodococcus jostii RHA1 plasmid pRHL1

Total Repeats: 66

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_008269	CGCCTG	2	12	34145	34156	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
2	NC_008269	CGGCCT	2	12	40567	40578	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
3	NC_008269	GCAACA	2	12	43167	43178	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
4	NC_008269	TGACGT	2	12	44144	44155	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
5	NC_008269	CCCCAA	2	12	67583	67594	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
6	NC_008269	CCACGA	2	12	124520	124531	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
7	NC_008269	TATGCA	2	12	132628	132639	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
8	NC_008269	GCGGTC	2	12	137561	137572	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
9	NC_008269	ACCACA	2	12	174995	175006	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
10	NC_008269	TGGCGG	2	12	180177	180188	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
11	NC_008269	TGGCGG	4	24	196686	196709	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
12	NC_008269	CTCTTC	2	12	209819	209830	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
13	NC_008269	CCCAGC	2	12	216864	216875	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
14	NC_008269	CCTTGC	2	12	218308	218319	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
15	NC_008269	GTCGAA	2	12	247830	247841	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
16	NC_008269	TTGCGG	2	12	250348	250359	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
17	NC_008269	CGCGGT	2	12	267661	267672	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
18	NC_008269	CTGGTG	2	12	278651	278662	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
19	NC_008269	CCGCGG	2	12	281578	281589	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
20	NC_008269	GGTTGC	2	12	290564	290575	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
21	NC_008269	CACCCG	2	12	325446	325457	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
22	NC_008269	GCACCG	2	12	332872	332883	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
23	NC_008269	GTCTCG	2	12	338293	338304	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
24	NC_008269	GGCCGC	2	12	349457	349468	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
25	NC_008269	CCGCGG	2	12	352258	352269	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
26	NC_008269	CGGATG	2	12	354094	354105	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
27	NC_008269	ACGTCG	2	12	359776	359787	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
28	NC_008269	TCCAAC	2	12	359810	359821	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
29	NC_008269	CCGGTC	2	12	375496	375507	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
30	NC_008269	TGGGGT	2	12	381076	381087	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
31	NC_008269	CCCGAC	2	12	388604	388615	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
32	NC_008269	CTCCCC	2	12	388899	388910	0 %	16.67 %	0 %	83.33 %	Non-Coding
33	NC_008269	CCTCAC	2	12	425740	425751	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
34	NC_008269	CGACCA	2	12	428006	428017	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
35	NC_008269	TCGAGG	2	12	430778	430789	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
36	NC_008269	ATCACC	2	12	433113	433124	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
37	NC_008269	TCCGCC	3	18	499272	499289	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
38	NC_008269	TCGTGT	3	18	531558	531575	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
39	NC_008269	CCGAAT	2	12	531753	531764	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
40	NC_008269	GAGCCG	2	12	534442	534453	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
41	NC_008269	CGGCCG	2	12	550374	550385	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
42	NC_008269	TGTGAG	2	12	566972	566983	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
43	NC_008269	CGAGCG	2	12	581206	581217	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
44	NC_008269	CTTTCG	2	12	581472	581483	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
45	NC_008269	CACTGC	2	12	623512	623523	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
46	NC_008269	CCGGAA	2	12	678982	678993	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
47	NC_008269	CATGAC	2	12	687102	687113	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
48	NC_008269	GGTGCG	2	12	695768	695779	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
49	NC_008269	GGCCGG	2	12	712284	712295	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
50	NC_008269	GCCGTT	2	12	754117	754128	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
51	NC_008269	GGGCGC	2	12	772355	772366	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
52	NC_008269	GCGGTG	2	12	780410	780421	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
53	NC_008269	CGATGT	2	12	801073	801084	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
54	NC_008269	GCGGTC	2	12	834336	834347	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
55	NC_008269	GGTGAC	2	12	858416	858427	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
56	NC_008269	GTTCCC	2	12	871005	871016	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
57	NC_008269	TGACGA	2	12	941345	941356	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
58	NC_008269	CCGCGG	2	12	953192	953203	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
59	NC_008269	GTGCCG	2	12	974217	974228	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
60	NC_008269	GATTGC	2	12	979625	979636	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
61	NC_008269	TCGATG	2	12	980963	980974	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
62	NC_008269	CGCCTC	2	12	986981	986992	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
63	NC_008269	GGATGT	2	12	994446	994457	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
64	NC_008269	CCGAGC	2	12	1031239	1031250	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
65	NC_008269	GGCCGA	2	12	1076974	1076985	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
66	NC_008269	GATGGC	2	12	1102257	1102268	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.