MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Rhodococcus jostii RHA1 plasmid pRHL1

Total Repeats: 197

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_008269	TCGCT	2	10	46	55	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
2	NC_008269	TCGCT	2	10	116	125	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
3	NC_008269	CCACC	2	10	3012	3021	20 %	0 %	0 %	80 %	Non-Coding
4	NC_008269	GGTCG	2	10	7636	7645	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
5	NC_008269	ACGGC	2	10	10340	10349	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
6	NC_008269	CCGGT	2	10	15321	15330	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
7	NC_008269	ACGGT	2	10	16094	16103	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
8	NC_008269	GGCTC	2	10	24796	24805	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
9	NC_008269	CGGAC	2	10	24972	24981	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
10	NC_008269	TGGTG	2	10	28738	28747	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
11	NC_008269	TCGAA	2	10	34171	34180	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
12	NC_008269	GCTCG	2	10	35605	35614	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
13	NC_008269	CGGCC	2	10	41234	41243	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
14	NC_008269	CCGAC	2	10	43064	43073	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
15	NC_008269	GTGTG	2	10	44117	44126	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
16	NC_008269	GTTCG	2	10	52623	52632	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
17	NC_008269	TCACA	2	10	62148	62157	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
18	NC_008269	CACTG	2	10	63383	63392	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
19	NC_008269	GACGC	2	10	63459	63468	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
20	NC_008269	CCGGA	2	10	69968	69977	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
21	NC_008269	GCACT	2	10	82127	82136	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
22	NC_008269	TCGCC	2	10	96922	96931	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
23	NC_008269	GACAC	2	10	110439	110448	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
24	NC_008269	GGATC	2	10	111986	111995	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
25	NC_008269	CACCC	2	10	112035	112044	20 %	0 %	0 %	80 %	Non-Coding
26	NC_008269	CCAGT	2	10	113419	113428	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
27	NC_008269	GCACC	2	10	122021	122030	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
28	NC_008269	CCAGG	2	10	124504	124513	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
29	NC_008269	CCCTG	2	10	131163	131172	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
30	NC_008269	CCGTC	2	10	132678	132687	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
31	NC_008269	CGACC	2	10	137264	137273	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
32	NC_008269	GGACC	2	10	137815	137824	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
33	NC_008269	GGCAC	2	10	140735	140744	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
34	NC_008269	GGCCG	2	10	147599	147608	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
35	NC_008269	GGGTC	2	10	158465	158474	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
36	NC_008269	GTCAA	2	10	176855	176864	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
37	NC_008269	GTTCC	2	10	176876	176885	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
38	NC_008269	CGACC	2	10	177841	177850	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
39	NC_008269	GCCGG	2	10	182979	182988	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
40	NC_008269	GGCAG	2	10	186532	186541	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
41	NC_008269	CCAGA	2	10	186835	186844	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
42	NC_008269	AGCTG	2	10	197547	197556	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
43	NC_008269	CGCGC	2	10	197923	197932	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
44	NC_008269	CCGCC	2	10	218204	218213	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
45	NC_008269	CGCAG	2	10	220914	220923	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
46	NC_008269	CCGCG	2	10	220998	221007	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
47	NC_008269	GCCAC	2	10	224659	224668	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
48	NC_008269	CCGCG	2	10	228722	228731	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
49	NC_008269	GGCCG	2	10	228865	228874	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
50	NC_008269	GCCGC	2	10	232359	232368	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
51	NC_008269	CACCG	2	10	232467	232476	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
52	NC_008269	GGAAA	2	10	247980	247989	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
53	NC_008269	ATTAG	2	10	249324	249333	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
54	NC_008269	CGCGC	2	10	253402	253411	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
55	NC_008269	TCGGA	2	10	257899	257908	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
56	NC_008269	GGTCG	4	20	265551	265570	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
57	NC_008269	GCCGG	2	10	269860	269869	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
58	NC_008269	CGGCC	2	10	284222	284231	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
59	NC_008269	TCGAT	2	10	304976	304985	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
60	NC_008269	CGCGG	2	10	310234	310243	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
61	NC_008269	CACCC	2	10	311043	311052	20 %	0 %	0 %	80 %	Non-Coding
62	NC_008269	GGACG	2	10	317959	317968	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
63	NC_008269	CGACC	2	10	319484	319493	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
64	NC_008269	TCCGG	2	10	321770	321779	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
65	NC_008269	CGGCC	2	10	323329	323338	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
66	NC_008269	GTCGA	2	10	325124	325133	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
67	NC_008269	GTGCG	2	10	325355	325364	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
68	NC_008269	GTCGA	2	10	325909	325918	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
69	NC_008269	GGCGG	2	10	327711	327720	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
70	NC_008269	CCGGA	2	10	331922	331931	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
71	NC_008269	GGGTA	2	10	331998	332007	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
72	NC_008269	GGTCG	2	10	332148	332157	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
73	NC_008269	CAGCG	2	10	332194	332203	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
74	NC_008269	ACGGG	2	10	332646	332655	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
75	NC_008269	GCCCG	2	10	332894	332903	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
76	NC_008269	AGGAG	2	10	340470	340479	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
77	NC_008269	CGCGG	2	10	347096	347105	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
78	NC_008269	CCGGC	2	10	348964	348973	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
79	NC_008269	CGGAC	2	10	350000	350009	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
80	NC_008269	CTAAG	2	10	351022	351031	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
81	NC_008269	GCGGG	7	35	352275	352309	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
82	NC_008269	ACCTC	2	10	374575	374584	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
83	NC_008269	CGGCA	2	10	374776	374785	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
84	NC_008269	TGCGA	2	10	380761	380770	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
85	NC_008269	GCACC	2	10	386762	386771	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
86	NC_008269	GCCCC	2	10	388933	388942	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
87	NC_008269	GTCCC	2	10	390354	390363	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
88	NC_008269	GGCGC	2	10	394199	394208	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
89	NC_008269	GCCGC	2	10	396513	396522	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
90	NC_008269	CCCTG	2	10	397602	397611	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
91	NC_008269	GCCCC	2	10	403011	403020	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
92	NC_008269	GTCGA	2	10	405796	405805	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
93	NC_008269	CACGA	2	10	423703	423712	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
94	NC_008269	CCGGA	2	10	425173	425182	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
95	NC_008269	TGAGG	2	10	444444	444453	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
96	NC_008269	GCGCC	2	10	454451	454460	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
97	NC_008269	CCCGG	2	10	465248	465257	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
98	NC_008269	GTGCA	2	10	465379	465388	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
99	NC_008269	ATCGA	2	10	468056	468065	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
100	NC_008269	CGGAT	2	10	473316	473325	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
101	NC_008269	GCGCC	2	10	475067	475076	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
102	NC_008269	GCCAG	2	10	475078	475087	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
103	NC_008269	ACCAT	2	10	480908	480917	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
104	NC_008269	GGGTG	2	10	481867	481876	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
105	NC_008269	ACGGG	2	10	499307	499316	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
106	NC_008269	CTGGC	2	10	504279	504288	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
107	NC_008269	CTGGG	2	10	510621	510630	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
108	NC_008269	TCCGG	2	10	525682	525691	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
109	NC_008269	CACCT	2	10	536302	536311	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
110	NC_008269	CGGGT	2	10	536619	536628	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
111	NC_008269	CACTC	2	10	550352	550361	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
112	NC_008269	CCGGA	2	10	562986	562995	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
113	NC_008269	CGTTT	2	10	569657	569666	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
114	NC_008269	CCACT	2	10	570300	570309	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
115	NC_008269	ATCGA	2	10	578205	578214	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
116	NC_008269	TGAGA	2	10	581504	581513	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
117	NC_008269	TGCGA	2	10	585888	585897	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
118	NC_008269	TACCC	2	10	587706	587715	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
119	NC_008269	ACCCG	2	10	602155	602164	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
120	NC_008269	CGAAG	2	10	610404	610413	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
121	NC_008269	CGCGA	2	10	610550	610559	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
122	NC_008269	TCGGT	2	10	610804	610813	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
123	NC_008269	TTGGG	2	10	613787	613796	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
124	NC_008269	AATCG	2	10	619620	619629	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
125	NC_008269	GTGGG	2	10	621702	621711	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
126	NC_008269	CAGGG	2	10	623984	623993	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
127	NC_008269	CGGCG	2	10	678951	678960	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
128	NC_008269	ACGCG	2	10	680428	680437	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
129	NC_008269	GCAAC	2	10	685866	685875	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
130	NC_008269	GCGGG	2	10	693732	693741	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
131	NC_008269	GTCGC	2	10	704223	704232	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
132	NC_008269	CCCGG	2	10	711285	711294	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
133	NC_008269	GGCGC	2	10	711295	711304	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
134	NC_008269	CACCT	2	10	718526	718535	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
135	NC_008269	CGCAC	2	10	724810	724819	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
136	NC_008269	GCCCG	2	10	725254	725263	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
137	NC_008269	GCGTC	2	10	725891	725900	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
138	NC_008269	CGGCG	2	10	726059	726068	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
139	NC_008269	AAGTC	2	10	727818	727827	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
140	NC_008269	CGCCC	2	10	739051	739060	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
141	NC_008269	GCAGT	2	10	741475	741484	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
142	NC_008269	GGTGC	2	10	749235	749244	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
143	NC_008269	CGTTC	2	10	754080	754089	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
144	NC_008269	CACCT	2	10	755168	755177	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
145	NC_008269	CGCGT	2	10	766432	766441	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
146	NC_008269	GCGTT	2	10	767667	767676	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
147	NC_008269	GCCAA	2	10	778836	778845	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
148	NC_008269	CGGCT	2	10	790678	790687	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
149	NC_008269	TTGCT	2	10	797843	797852	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
150	NC_008269	CGAAC	2	10	801205	801214	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
151	NC_008269	GAAGC	2	10	803970	803979	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
152	NC_008269	GTGGG	2	10	815562	815571	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
153	NC_008269	TGCAG	2	10	815645	815654	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
154	NC_008269	CCCCG	2	10	815859	815868	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
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156	NC_008269	GCCCG	2	10	837392	837401	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
157	NC_008269	GCGGG	2	10	838068	838077	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
158	NC_008269	GCCGA	2	10	858350	858359	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
159	NC_008269	CAGAC	2	10	858975	858984	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
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161	NC_008269	GGCCC	2	10	868159	868168	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
162	NC_008269	CGCAG	2	10	871070	871079	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
163	NC_008269	GACCA	2	10	871838	871847	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
164	NC_008269	GCGCC	2	10	894101	894110	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
165	NC_008269	ATCCG	2	10	896523	896532	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
166	NC_008269	GGGGT	2	10	898267	898276	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
167	NC_008269	CCGAC	2	10	918177	918186	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
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171	NC_008269	CCGCG	2	10	952677	952686	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
172	NC_008269	GCTCA	2	10	952765	952774	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
173	NC_008269	CGCGC	2	10	962176	962185	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
174	NC_008269	GAACG	2	10	962781	962790	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
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179	NC_008269	CCGGG	2	10	992214	992223	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
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182	NC_008269	GTGCA	2	10	1003611	1003620	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
183	NC_008269	GGACG	2	10	1014719	1014728	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
184	NC_008269	GTGCC	2	10	1027728	1027737	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
185	NC_008269	TCGGC	2	10	1035033	1035042	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
186	NC_008269	GTGCG	2	10	1036403	1036412	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
187	NC_008269	TGCCG	2	10	1036603	1036612	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
188	NC_008269	CGGGG	2	10	1060542	1060551	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
189	NC_008269	CCCCG	2	10	1060610	1060619	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
190	NC_008269	GGCCC	2	10	1073583	1073592	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
191	NC_008269	ACGAA	2	10	1080318	1080327	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
192	NC_008269	GTCGG	2	10	1088079	1088088	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
193	NC_008269	GTCTC	2	10	1088941	1088950	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
194	NC_008269	GGCGG	2	10	1090844	1090853	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
195	NC_008269	GGCAC	2	10	1100279	1100288	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
196	NC_008269	AGCGA	2	10	1122952	1122961	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
197	NC_008269	AGCGA	2	10	1123022	1123031	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.