MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tri-nucleotide Repeats of Clostridium perfringens SM101 plasmid pSM101A

Total Repeats: 172

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_008263	AAG	2	6	102	107	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
2	NC_008263	GGA	2	6	399	404	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
3	NC_008263	GAT	2	6	476	481	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
4	NC_008263	TAA	2	6	484	489	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_008263	ATA	2	6	594	599	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_008263	GAT	2	6	671	676	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
7	NC_008263	GCT	2	6	727	732	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
8	NC_008263	TAA	2	6	886	891	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_008263	ATA	2	6	918	923	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_008263	GCT	2	6	931	936	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
11	NC_008263	AGA	2	6	1129	1134	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
12	NC_008263	AGA	2	6	1314	1319	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	110804002
13	NC_008263	ATA	2	6	1567	1572	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	110804002
14	NC_008263	TAA	2	6	1593	1598	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	110804002
15	NC_008263	ATA	3	9	1618	1626	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	110804002
16	NC_008263	TTA	2	6	1681	1686	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_008263	AGT	2	6	1707	1712	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
18	NC_008263	ATA	2	6	1717	1722	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_008263	TAT	2	6	1727	1732	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_008263	AAT	2	6	1734	1739	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_008263	TAA	2	6	1805	1810	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_008263	TAT	2	6	1850	1855	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_008263	AAG	2	6	1948	1953	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
24	NC_008263	TAG	2	6	2064	2069	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	110804008
25	NC_008263	AGA	2	6	2163	2168	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	110804008
26	NC_008263	GAT	2	6	2206	2211	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	110804008
27	NC_008263	AAG	2	6	2223	2228	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	110804008
28	NC_008263	AAG	2	6	2266	2271	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	110804008
29	NC_008263	ATA	2	6	2373	2378	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	110804008
30	NC_008263	TTA	2	6	2384	2389	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	110804008
31	NC_008263	TAA	2	6	2427	2432	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	110804008
32	NC_008263	AAG	2	6	2445	2450	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	110804008
33	NC_008263	GGA	2	6	2483	2488	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	110804008
34	NC_008263	AAG	2	6	2538	2543	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	110804008
35	NC_008263	AAT	2	6	2628	2633	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	110804008
36	NC_008263	TCT	2	6	2684	2689	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
37	NC_008263	TTA	2	6	2711	2716	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	110804005
38	NC_008263	ATT	2	6	2792	2797	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	110804005
39	NC_008263	TTA	2	6	3081	3086	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	110804005
40	NC_008263	TAT	2	6	3145	3150	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	110804005
41	NC_008263	TAT	2	6	3178	3183	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	110804005
42	NC_008263	CTG	2	6	3325	3330	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	110804005
43	NC_008263	ATT	2	6	3333	3338	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	110804005
44	NC_008263	CTA	2	6	3415	3420	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	110804005
45	NC_008263	TCC	2	6	3446	3451	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	110804005
46	NC_008263	ATT	2	6	3545	3550	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	110804005
47	NC_008263	ATT	2	6	3623	3628	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	110804005
48	NC_008263	AGT	2	6	3674	3679	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	110804005
49	NC_008263	ACC	2	6	3722	3727	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	110804005
50	NC_008263	GAG	2	6	3971	3976	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
51	NC_008263	AAG	2	6	4041	4046	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	110804004
52	NC_008263	ATT	2	6	4081	4086	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	110804004
53	NC_008263	TAA	2	6	4288	4293	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	110804004
54	NC_008263	GAT	2	6	4541	4546	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	110804004
55	NC_008263	AGG	2	6	4588	4593	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
56	NC_008263	TTA	2	6	4663	4668	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	110804000
57	NC_008263	AGA	2	6	4698	4703	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	110804000
58	NC_008263	TAT	2	6	4716	4721	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	110804000
59	NC_008263	GTT	2	6	4737	4742	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	110804000
60	NC_008263	AGA	2	6	4764	4769	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	110804000
61	NC_008263	GAA	2	6	5057	5062	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	110804003
62	NC_008263	CAA	2	6	5174	5179	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	110804003
63	NC_008263	TAT	2	6	5181	5186	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	110804003
64	NC_008263	ATG	2	6	5240	5245	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	110804003
65	NC_008263	CAA	2	6	5291	5296	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	110804003
66	NC_008263	TGG	2	6	5400	5405	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	110804003
67	NC_008263	AGG	2	6	5430	5435	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	110804003
68	NC_008263	AGG	2	6	5445	5450	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	110804003
69	NC_008263	TAA	2	6	5463	5468	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	110804003
70	NC_008263	GTT	2	6	5476	5481	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	110804003
71	NC_008263	CTG	2	6	5606	5611	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	110804003
72	NC_008263	GTT	2	6	5617	5622	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	110804003
73	NC_008263	TAC	2	6	5694	5699	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	110804003
74	NC_008263	TGG	2	6	5721	5726	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	110804003
75	NC_008263	GTA	2	6	5794	5799	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	110804003
76	NC_008263	GTA	2	6	5975	5980	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	110804003
77	NC_008263	ATG	2	6	6032	6037	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	110804003
78	NC_008263	ACT	2	6	6199	6204	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	110804003
79	NC_008263	CAC	2	6	6242	6247	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	110804003
80	NC_008263	CAA	2	6	6479	6484	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	110804003
81	NC_008263	ATG	2	6	6542	6547	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	110804003
82	NC_008263	AAT	2	6	6585	6590	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	110804003
83	NC_008263	AAT	2	6	6604	6609	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	110804003
84	NC_008263	TGG	2	6	6615	6620	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	110804003
85	NC_008263	TGG	2	6	6633	6638	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	110804003
86	NC_008263	AAG	2	6	6714	6719	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	110804003
87	NC_008263	AAC	2	6	6729	6734	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	110804003
88	NC_008263	AAG	2	6	6855	6860	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	110804003
89	NC_008263	ATA	2	6	6913	6918	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	110804003
90	NC_008263	ATC	2	6	6924	6929	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	110804003
91	NC_008263	AAG	2	6	6942	6947	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	110804003
92	NC_008263	TAC	2	6	7047	7052	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	110804003
93	NC_008263	TAA	2	6	7143	7148	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	110804003
94	NC_008263	TAA	3	9	7209	7217	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	110804003
95	NC_008263	TAT	2	6	7245	7250	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	110804003
96	NC_008263	TAA	2	6	7319	7324	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	110804003
97	NC_008263	ATT	3	9	7331	7339	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	110804003
98	NC_008263	ATG	2	6	7373	7378	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	110804003
99	NC_008263	GAT	2	6	7441	7446	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	110804003
100	NC_008263	TAT	2	6	7530	7535	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	110804003
101	NC_008263	GCA	2	6	7564	7569	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	110804003
102	NC_008263	GGT	2	6	7618	7623	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	110804003
103	NC_008263	AAT	2	6	7638	7643	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	110804003
104	NC_008263	TAA	2	6	7665	7670	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	110804003
105	NC_008263	ATG	2	6	7733	7738	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	110804003
106	NC_008263	AGA	2	6	7806	7811	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	110804003
107	NC_008263	TTC	2	6	7902	7907	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	110804003
108	NC_008263	TAA	2	6	7922	7927	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	110804003
109	NC_008263	CAA	2	6	8038	8043	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	110804003
110	NC_008263	TAG	2	6	8198	8203	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	110804001
111	NC_008263	AAG	2	6	8295	8300	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	110804001
112	NC_008263	AAT	2	6	8396	8401	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	110804001
113	NC_008263	TAA	2	6	8413	8418	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
114	NC_008263	TAA	2	6	8497	8502	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
115	NC_008263	TGG	2	6	8510	8515	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
116	NC_008263	ATA	2	6	8610	8615	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	110804007
117	NC_008263	TTG	2	6	8686	8691	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	110804007
118	NC_008263	ATG	2	6	8705	8710	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	110804007
119	NC_008263	ATT	2	6	8725	8730	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	110804007
120	NC_008263	AGC	2	6	8761	8766	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	110804007
121	NC_008263	TTG	2	6	8850	8855	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	110804007
122	NC_008263	TTA	2	6	8906	8911	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	110804007
123	NC_008263	ATA	2	6	8927	8932	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	110804007
124	NC_008263	TAA	2	6	8980	8985	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	110804007
125	NC_008263	CTA	2	6	9026	9031	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	110804007
126	NC_008263	TAA	2	6	9097	9102	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
127	NC_008263	TAT	2	6	9107	9112	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
128	NC_008263	TAT	2	6	9177	9182	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
129	NC_008263	ATA	2	6	9226	9231	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
130	NC_008263	AAG	2	6	9414	9419	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
131	NC_008263	ATA	2	6	9517	9522	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
132	NC_008263	CAC	2	6	9699	9704	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
133	NC_008263	AGC	2	6	9709	9714	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
134	NC_008263	CTT	2	6	9736	9741	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
135	NC_008263	ATA	2	6	9758	9763	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.