MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tri-nucleotide Coding Repeats of Clostridium perfringens SM101 plasmid pSM101A

Total Repeats: 108

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_008263	AGA	2	6	1314	1319	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	110804002
2	NC_008263	ATA	2	6	1567	1572	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	110804002
3	NC_008263	TAA	2	6	1593	1598	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	110804002
4	NC_008263	ATA	3	9	1618	1626	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	110804002
5	NC_008263	TAG	2	6	2064	2069	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	110804008
6	NC_008263	AGA	2	6	2163	2168	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	110804008
7	NC_008263	GAT	2	6	2206	2211	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	110804008
8	NC_008263	AAG	2	6	2223	2228	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	110804008
9	NC_008263	AAG	2	6	2266	2271	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	110804008
10	NC_008263	ATA	2	6	2373	2378	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	110804008
11	NC_008263	TTA	2	6	2384	2389	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	110804008
12	NC_008263	TAA	2	6	2427	2432	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	110804008
13	NC_008263	AAG	2	6	2445	2450	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	110804008
14	NC_008263	GGA	2	6	2483	2488	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	110804008
15	NC_008263	AAG	2	6	2538	2543	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	110804008
16	NC_008263	AAT	2	6	2628	2633	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	110804008
17	NC_008263	TTA	2	6	2711	2716	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	110804005
18	NC_008263	ATT	2	6	2792	2797	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	110804005
19	NC_008263	TTA	2	6	3081	3086	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	110804005
20	NC_008263	TAT	2	6	3145	3150	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	110804005
21	NC_008263	TAT	2	6	3178	3183	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	110804005
22	NC_008263	CTG	2	6	3325	3330	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	110804005
23	NC_008263	ATT	2	6	3333	3338	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	110804005
24	NC_008263	CTA	2	6	3415	3420	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	110804005
25	NC_008263	TCC	2	6	3446	3451	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	110804005
26	NC_008263	ATT	2	6	3545	3550	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	110804005
27	NC_008263	ATT	2	6	3623	3628	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	110804005
28	NC_008263	AGT	2	6	3674	3679	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	110804005
29	NC_008263	ACC	2	6	3722	3727	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	110804005
30	NC_008263	AAG	2	6	4041	4046	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	110804004
31	NC_008263	ATT	2	6	4081	4086	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	110804004
32	NC_008263	TAA	2	6	4288	4293	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	110804004
33	NC_008263	GAT	2	6	4541	4546	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	110804004
34	NC_008263	TTA	2	6	4663	4668	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	110804000
35	NC_008263	AGA	2	6	4698	4703	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	110804000
36	NC_008263	TAT	2	6	4716	4721	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	110804000
37	NC_008263	GTT	2	6	4737	4742	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	110804000
38	NC_008263	AGA	2	6	4764	4769	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	110804000
39	NC_008263	GAA	2	6	5057	5062	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	110804003
40	NC_008263	CAA	2	6	5174	5179	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	110804003
41	NC_008263	TAT	2	6	5181	5186	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	110804003
42	NC_008263	ATG	2	6	5240	5245	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	110804003
43	NC_008263	CAA	2	6	5291	5296	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	110804003
44	NC_008263	TGG	2	6	5400	5405	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	110804003
45	NC_008263	AGG	2	6	5430	5435	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	110804003
46	NC_008263	AGG	2	6	5445	5450	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	110804003
47	NC_008263	TAA	2	6	5463	5468	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	110804003
48	NC_008263	GTT	2	6	5476	5481	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	110804003
49	NC_008263	CTG	2	6	5606	5611	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	110804003
50	NC_008263	GTT	2	6	5617	5622	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	110804003
51	NC_008263	TAC	2	6	5694	5699	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	110804003
52	NC_008263	TGG	2	6	5721	5726	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	110804003
53	NC_008263	GTA	2	6	5794	5799	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	110804003
54	NC_008263	GTA	2	6	5975	5980	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	110804003
55	NC_008263	ATG	2	6	6032	6037	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	110804003
56	NC_008263	ACT	2	6	6199	6204	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	110804003
57	NC_008263	CAC	2	6	6242	6247	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	110804003
58	NC_008263	CAA	2	6	6479	6484	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	110804003
59	NC_008263	ATG	2	6	6542	6547	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	110804003
60	NC_008263	AAT	2	6	6585	6590	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	110804003
61	NC_008263	AAT	2	6	6604	6609	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	110804003
62	NC_008263	TGG	2	6	6615	6620	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	110804003
63	NC_008263	TGG	2	6	6633	6638	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	110804003
64	NC_008263	AAG	2	6	6714	6719	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	110804003
65	NC_008263	AAC	2	6	6729	6734	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	110804003
66	NC_008263	AAG	2	6	6855	6860	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	110804003
67	NC_008263	ATA	2	6	6913	6918	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	110804003
68	NC_008263	ATC	2	6	6924	6929	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	110804003
69	NC_008263	AAG	2	6	6942	6947	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	110804003
70	NC_008263	TAC	2	6	7047	7052	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	110804003
71	NC_008263	TAA	2	6	7143	7148	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	110804003
72	NC_008263	TAA	3	9	7209	7217	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	110804003
73	NC_008263	TAT	2	6	7245	7250	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	110804003
74	NC_008263	TAA	2	6	7319	7324	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	110804003
75	NC_008263	ATT	3	9	7331	7339	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	110804003
76	NC_008263	ATG	2	6	7373	7378	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	110804003
77	NC_008263	GAT	2	6	7441	7446	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	110804003
78	NC_008263	TAT	2	6	7530	7535	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	110804003
79	NC_008263	GCA	2	6	7564	7569	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	110804003
80	NC_008263	GGT	2	6	7618	7623	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	110804003
81	NC_008263	AAT	2	6	7638	7643	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	110804003
82	NC_008263	TAA	2	6	7665	7670	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	110804003
83	NC_008263	ATG	2	6	7733	7738	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	110804003
84	NC_008263	AGA	2	6	7806	7811	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	110804003
85	NC_008263	TTC	2	6	7902	7907	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	110804003
86	NC_008263	TAA	2	6	7922	7927	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	110804003
87	NC_008263	CAA	2	6	8038	8043	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	110804003
88	NC_008263	TAG	2	6	8198	8203	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	110804001
89	NC_008263	AAG	2	6	8295	8300	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	110804001
90	NC_008263	AAT	2	6	8396	8401	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	110804001
91	NC_008263	ATA	2	6	8610	8615	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	110804007
92	NC_008263	TTG	2	6	8686	8691	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	110804007
93	NC_008263	ATG	2	6	8705	8710	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	110804007
94	NC_008263	ATT	2	6	8725	8730	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	110804007
95	NC_008263	AGC	2	6	8761	8766	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	110804007
96	NC_008263	TTG	2	6	8850	8855	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	110804007
97	NC_008263	TTA	2	6	8906	8911	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	110804007
98	NC_008263	ATA	2	6	8927	8932	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	110804007
99	NC_008263	TAA	2	6	8980	8985	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	110804007
100	NC_008263	CTA	2	6	9026	9031	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	110804007
101	NC_008263	GAT	2	6	10895	10900	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	110803999
102	NC_008263	AAG	3	9	10955	10963	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	110803999
103	NC_008263	ATT	2	6	10982	10987	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	110803999
104	NC_008263	AGA	2	6	11071	11076	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	110803999
105	NC_008263	ATG	2	6	11216	11221	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	110804006
106	NC_008263	GAA	2	6	11278	11283	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	110804006
107	NC_008263	AGA	2	6	11334	11339	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	110804006
108	NC_008263	AGA	2	6	11424	11429	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	110804006

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.